膀胱的主要生理功能是贮藏和排泄尿液，这与肾的气化功能有密切联系。贮藏属于肾气的固摄作用，排泄属于肾气的通利作用，二者合称肾的“开、合”作用。肾气的开合，控制着尿液下注膀胱，并使膀胱能将尿液贮存到一定数量而及时排泄。因此，《素问·灵兰秘典论》有“膀胱者……津液藏焉，气化则能出矣”的记载。膀胱的气化，实际上即是肾的气化作用的一部分。故肾的开合失调，可引起“膀胱不利为癃，不约为遗溺”（《素问·宣明五气》）。膀胱的病理表现，如小便癃闭与尿有余沥，或尿频、尿急、尿痛，或小便过多、遗尿、失禁等，除膀胱本身的病变外，多与肾的疾病有关。
3.肾主纳气纳，摄纳之义。肾主纳气，是指肾可以摄纳肺所吸入之清气，起到调节呼吸，防止呼吸表浅，保证体内外气体正常交换的作用。
肺是主司人体呼吸的主要器官，但呼吸功能还必须有肾的参与才能维持正常。具体来说，由肺吸入的清气必须下达于肾，由肾来摄纳，才能保持呼吸运动的深沉和平稳，从而保证体内外气体得以正常交换，所以古人称为“肺为气之主，肾为气之根，肺主出气，肾主纳气，阴阳相交，呼吸乃和，若出纳升降失常，斯喘作矣”。只有肺肾功能协调一致，呼吸功能才会正常。实际上，肾主纳气是肾的封藏作用在呼吸运动中的具体体现。因此，肾的纳气功能正常，则呼吸均匀和调。如果肾的纳气功能减退，摄纳无权，则肺吸入之清气上逆而不能下行，即可出现呼吸表浅，动则气喘，呼多吸少，或呼吸困难等病症，称为“肾不纳气”。在临床实际中，治疗属于“肾不纳气”的疾患，如慢性气管炎、肺气肿、肺心病等，常用补肾纳气的方法，多可获得较好的效果。
4.肾主骨生髓，其华在发肾主骨生髓，其实也是肾的精气促进生长发育功能的一个组成部分。肾藏精，精生髓，髓养骨。所以有“肾生骨髓”“其充在骨”和“肾主骨”之说，即骨的生长、发育、修复，均依赖肾脏精气的滋养和推动。所以，小儿的囟门迟闭，骨软无力等症，是肾的精气不足的表现。肾精不足、骨髓空虚，会出现腿足痿弱不能行动，或腰脊不能俯仰的症候。不少补肾的药物，能加速骨折愈合，也说明肾与骨有关。
因为肾主骨生髓，而脑为髓之海，所以肾与脑髓也有密切关系。髓，有骨髓、脊髓、脑髓之分。藏于骨腔内之髓，称为骨髓；位于脊椎管内之髓，称为脊髓；位于颅腔中的髓，称为脑髓。这三种髓，均由肾精所化生。因此，肾中精气的盛衰，不仅影响到骨的生长与发育，而且也影响到髓的充盈和发育。中医学认为“脑为髓之海”，因为脊髓上通于脑，聚而为脑髓。肾精充沛，髓海满盈，脑得其养，则精力充沛，思维敏捷，耳目聪明，记忆力强。反之，若肾的精气不足，可致髓海空虚失充，小儿则会出现大脑发育不全，智力低下，或形成傻呆病；而成年人，多会出现记忆力减退，精神委顿不振，思维缓慢，头晕、眼花、耳鸣、失眠；严重者，则可发展成为健忘症或老年痴呆症。应用补肾药物治疗可取得一定疗效。
此外，还有“齿为骨之余”的说法。临床上，认为小儿牙齿生长迟缓或成人牙齿松动早脱，是由于肾的精气不足，故一部分属于虚证的齿病，可用治肾的方法来治疗。
《素问·六节脏象论》曰：“肾者，……其华在发”，是说头发的润泽与枯槁、生长与脱落，和肾的精气盛衰有关。如年老脱发，就是肾的精气虚衰的一种表现。但头发还要靠血的滋养，故又称“发为血之余”。
5.肾开窍于耳和二阴耳是听觉器官，听觉的灵敏与否有赖于脑髓的充养，而脑髓为肾精所化。故肾精充盈，髓海得养，则听觉灵敏，故《灵枢·脉度》曰：“肾气通于耳，肾和则耳能闻五音矣”；如果肾精不足，则髓海失养，将出现听力减退，或见耳鸣，甚则耳聋等。老年人多见耳聋失聪等症，往往是由于肾精衰少，耳窍失养的缘故，所以多从滋养肾精着手治疗。
二阴，是指前阴与后阴。前阴指尿道口和外生殖器，是排尿和生殖器官；后阴即肛门，是排泄粪便的通道。这些器官同属于下焦，功能多与肾气有关，尿液的排泄有赖于肾的气化，生殖功能有赖于肾精的促进，而粪便的排泄，虽是大肠传化糟粕的功能，也与肾的气化功能有关，故亦称之为肾之外窍。病理情况时，肾虚时可出现大、小便异常，如尿少、尿闭或小便清长、小便失禁；如肾阴亏耗，可致肠液枯涸而便秘；肾阳虚衰，封藏失司时，又可见久泄滑脱，大便失禁等；或生殖系统病变，如阳痿、早泄、滑精等。
6.肾在志为恐恐指恐惧、畏惧，是一种恐惧、害怕的情志活动，是机体对一种不良刺激的反应。在过度恐惧状态下，易致上焦气机闭塞不通，气迫于下，损伤肾气。
肾藏精而居下焦，“恐则气下”，恐惧的心理状态可使精气不能上行，反而气泄于下。如《灵枢·本神》说：“恐惧而不解则伤精，精伤则骨酸痿软”。临床可见肾虚失于固摄，精气耗损，肾虚失充则腰膝酸软、骨痿；肾气不固则二便失禁、男子遗精、女子月经紊乱或白带增多等症。
7.肾在液为唾唾为口津，生于舌下，由口腔颌下腺与舌下腺所分泌，从口中唾出，能润泽口腔，并与食物搅拌，有利于食物下咽。《素问·宣明五气》说：“五脏化液……肾为唾”，故古代医家认为，肾藏精，唾为肾之液。临床上，肾虚肾寒常见频吐唾液，肾阴亏虚常见唾液分泌不足而口舌干燥。反之，多唾或久唾可耗伤肾精。由于唾为肾精所化，故古代导引家主张以舌抵上腭、待津唾渗出至满口后再咽之的方法以养肾精。
8.肾与冬气相通应按照中医五行学说，肾在五行属水，水为冬季之主气，故肾与冬季之气相互通应，如《素问·六节藏象论》所曰：“肾……为阴中之少阴，通于冬气。”冬季，自然界的生物与寒冷气候相应，处于静谧闭藏阶段，以度冬时。肾为水脏，藏精而为封藏之本，故以肾应冬气，是说肾与冬季、寒冷、闭藏等有一定的内在联系。
冬季是寒冷气候当令，人们的生活规律亦要与之相协调，以保养肾气。在病理方面，肾的病变，在自然界之气的滋助下，在冬季易于好转，病人的自我感觉亦较为舒服些。
如果冬季气候变化过于剧烈，对肾也容易产生损害作用。
（二）肾与其他脏腑的关系
1.肾与膀胱相为表里肾与膀胱的经脉互为络属，形成相为表里的关系。肾与膀胱在同主小便方面的关系更为密切。水液经肾的气化作用，浊者下降于膀胱而成为尿，由膀胱贮存和排泄；而膀胱的贮尿和排尿功能，又依赖于肾的固摄与气化，使其开合有度。膀胱的气化功能，取决于肾气的盛衰，肾气有助于膀胱气化津液，膀胱开阖则以约束尿液。因此，肾与膀胱相互依存、相互协作，肾气充足，气化正常，固摄有权，膀胱开阖有度，完成小便的生成、贮存与排泄，以维持水液的正常代谢。在病理方面，如果肾气不足，气化不利，固摄无权，膀胱开阖失常，就可以出现小便不利或失禁、遗尿、尿频等病症。膀胱湿热，也可影响到肾，皆可出现小便的异常。
2.肾阴、肾阳为各脏阴阳的根本肾的生理功能和病理表现，可用肾阴和肾阳两个方面来概括，它们都以肾的精气作为物质基础。
对人体各个脏腑起着滋养、润泽作用的称为肾阴。因此，肾阴虚不但可出现内热、眩晕、耳鸣、腰膝酸软、遗精、舌质红而少津等一般见症，而且其他脏腑也因失去肾阴的滋养作用，产生一系列病变。如肝失去肾阴的滋涵，则可出现肝阳上亢、肝风内动之证；心失去肾阴的上承，则可出现心火上炎、心肾不交之证；肺失去肾阴的滋养，则可出现干咳、潮热、升火、咽燥等肺肾阴虚之证。
对人体各个脏腑的生理活动起着推动、温煦作用的称为“肾阳”。因此，肾阳虚除发生水液代谢和生殖功能等病变外，还能引起其他脏腑生理功能的衰退。如心失去肾阳的推动，可出现心悸、脉迟、汗出、气短、肢冷等心肾阳虚之证；肺失去肾阳的摄纳，则出现动辄气急等肾不纳气之证；脾失去肾阳的温煦，则出现五更泄泻、完谷不化之症。
反之，其他各脏的阴虚或阳虚，也可累及肾阴和肾阳。如肝阴虚、肝阳亢和心阴虚、心火旺，日久都可以伤及肾阴，称为“下及肾阴”；肺阴虚也多累及肾阴；又如脾阳虚的泄泻，日久也可以伤及肾阳而出现“脾肾阳虚”。因此，肾阳又可称为真阳或元阳，肾阴又可称为真阴或元阴，表示肾阴和肾阳是全身各脏阴阳的根本。
肾阴与肾阳，实际是肾脏精气功能活动对立统一的两个方面。二者之间，相互依存，相互制约，在生理上相互为用，缺一不可。如果由于某些原因使这种矛盾运动遭到破坏，就可出现肾阴虚或肾阳虚的证候，表现虽有肾阴虚或肾阳虚的不同，但其本质都是肾的精气不足。所以肾阴虚到一定程度时，可以累及肾阳，转化为阴阳两虚，称作“阴损及阳”；而肾阳虚到一定程度时，也能累及肾阴，转化为阴阳两虚，称为“阳损及阴”。
附：命门
“命门”一词，最早见于《灵枢·根结》，明确指出：“命门者，目也”，系指眼睛而言。命门作为内脏的名称，始于《难经》。《难经》说：“其左者为肾，右者为命门”，还指出“其气与肾通”，说明命门与肾在生理上紧密联系。
后来医家对命门所在部位及其功能众说纷纭。有的袭用《难经》的说法，有的则认为命门是独立于肾之外的一个内脏。对其功能，有的认为命门火就是肾阳，有的则认为命门火存在于肾阳之外。而张景岳说“命门为元气之根，为水火之宅，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发”。这里所说的命门的功能，实际上是指肾阴和肾阳的功能。
一般所称命门之火，是指肾阳，又称“元阳”“真阳”等，它是维持生命活动的动力源泉。在临床上，命门火衰的病人，其病症与肾阳不足病证多属一致，补命门火的药物，就是温肾阳的药物。命门之水即是肾阴，又称之“元阴”“真阴”。所以称为“命门”，是强调肾阴肾阳的重要性而已。所以，“命门”，即生命之门，含有生命根本之意。
“火”，指功能动力而言。肾主命门之火是说肾有主管人体生命活动的根本动力的功能，有滋养和推动各脏腑功能，暧脾运化，助肺吸气，促进生殖功能成熟，促进生长发育，推动水液运行和气化等作用。若命门火衰，不能暖脾胃则可引起五更泻或久泻，或阳痿早泄、滑精、女子月经不调等证候。若命门火旺（相火旺），则见遗精、性欲亢进、虚烦不寐等。
第二节六腑及奇恒之腑
六腑，即胆、胃、大肠、小肠、膀胱、三焦等六个脏器的总称。在古代，“腑”通“府”。府，府库之义，是中空盛放物品之处，有出有入。六腑多为中空有腔的内脏器官，其共同的生理功能是受盛和传化饮食与水液。六腑共同的生理特点是“泻而不藏”，以降为顺，以通为用。六腑之间相互联系，密切配合，完成对饮食物的消化、吸收、排泄的全过程。
奇恒之腑，即脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，“奇”是“异”的意思，“恒”是“常”的意思，因其形同于腑，功同于脏，故有其特殊性。其中胆即为六腑之一，又属于“奇恒之腑”。本节主要论述六腑、脑与女子胞的生理功能与特性。
一、胆主贮存和排泄胆汁
胆在右胁之内，附于肝之短叶间，与肝相连。其形如囊，故现称之为“胆囊”。胆内藏由肝之精气所化的胆汁，古人称胆汁为“精汁”“清汁”，故又称胆为“中精之府”“中清之府”。
1.胆主贮存、排泄胆汁胆汁呈黄绿色，味极苦。胆汁的形成与分泌，来自肝脏，是“借肝之余气，溢入于胆，积聚而成。”故胆汁的分泌与排泄，是肝的疏泄功能的一个重要方面。胆汁生成后，则流入胆囊，由胆囊贮存。人在进食后，通过肝的疏泄作用，胆汁排入肠道，协助脾胃，维持正常消化。由于肝胆在经络上互相络属，关系密切，肝疏泄正常，气机调畅，胆汁生化有源，胆道畅通，胆汁方能顺利排入消化道，以起到帮助消化的作用。若肝有病，则影响胆汁的生成，排泄异常，使消化功能失常。例如，肝胆疏泄失职，胆汁不循常道，反而溢于肌肤，则可发为黄疸；胆气上逆，胆汁上泛，则口苦；胆汁排泄障碍，不能顺利排入肠道，则出现厌食、腹胀、便溏等症状；胆病及胃，又可引起恶心、呕吐；若胆汁滞留，蕴而化热，湿热蕴结，进一步煎熬胆汁，又可形成砂石。
2.胆主决断《素问·灵兰秘典论》有“胆者中正之官，决断出焉”之说，说明胆气与人的精神情志活动有关，有主决断的功能。决断，属于人的精神活动。精神活动主要由心所主管，但胆也参与了人的精神活动过程，胆对精神活动的作用就是主决断。
胆主决断的功能，实际上是与肝主谋虑相关联的。因而，某些惊恐、失眠、多梦、谋虑不决等精神情志症状，多认为是胆气虚所致，临床上也常常从胆治疗。
胆又属奇恒之腑。胆虽为六腑之一，但主藏精汁，为清净之府，又不直接接受水谷糟粕，与其他腑有异，所以胆又属奇恒之腑。