回顾我国50年来的学校内部管理体制改革，特别是20世纪80年代中期以来以校长负责制为核心的学校管理体制改革，我们认为，要建立高效能的学校管理体制，需要处理好以下几方面的关系。
学校自主办学与上级领导的关系
尽管校长负责制的内涵不包括界定校长与上级领导的关系，但是，上级教育行政部门与学校自主办学之间的领导与被领导关系处理得是否得当，直接影响到校长负责制的落实。实行校长负责制，给校长以办学自主权，但无论如何校长都要接受上级教育行政机关的领导，执行上级的指示，校长应当在国家的教育法律、法规、政策以及教育行政部门的具体要求下，依法自主办学。另一方面，作为上级教育行政机关，对学校不可统得太多太死，要简政放权，转变职能，注重对学校依法进行规划、协调、监督。指导、咨询等宏观调控式管理，给学校管理者以依法自主办学的空间。
党的领导与行政领导的关系
这并不是只有学校管理体制才反映出来的问题，我国各行各业在改革与发展过程中，都反映出这一问题。我国政治体制的核心问题是坚持共产党的领导问题，而党的领导是通过政策、路线和组织加以保证的。党的组织如果在重大问题上不参与决策，不对工作方向予以监督，不去教育和组织广大党员。干部和教职工去实现学校的各项任务，党的领导就会有名无实；而如果党组织事无巨细都要参与学校管理的决策和指挥，就必然会陷人事务主义而放弃党所应有的政治领导，并且会越阻代庵，取代行政领导。在正确处理党的领导与行政领导的关系问题上，半个多世纪以来，我国的学校管理往往从一个极端走向另一个极端，很难准确把握。邓小平同志早在20世纪80年代指出：“关于改善党的领导，现在需要解决的问题很多。比如，我们历来说，工厂要实行党委领导下的厂长负责制；军队是党委领导下的首长分工负责制；学校是党委领导下的校长负责制。如果今后继续实行这个制度，那末，工厂的车间是否也要由党总支领导？班组里边是否也要由党支部或者党小组领导？同样，大学的系是否也要由党总支领导？这样是不是有利于工厂和大学的工作？能不能体现党的领导作用？如果这个问题解决得不好，可能损害党的领导，削弱党的领导，而不是加强党的领导。”
因此，实行校长负责制以后，必须正确处理好党政分工与合作的关系。明确划分党政职能是理顺党政关系的前提，而理顺关系的最终目的是形成工作的真正合力，保证党政都朝着“提高整体办学水平”这一共同目标前进。在学校管理改革实践中，有的学校总结出“职责上分，思想上合；工作上分，目标上合；制度上分，关系上合”的“三分三合”经验，有的学校归纳出党政配合“分而不离，合而不混”的八字方针，都有一定的参考价值。
校长负责与民主管理的关系
列宁说：“管理的基本原则是一定的人对所管的一定工作完全负责，只有明确的责任，才能促使高度的责任心和积极性，才能保证更合理地利用人力、物力，才便于检查工作，改进工作，实行赏罚。”校长负责制的核心就是通过选拔具有较高素质的人并赋予他相应权力让他对学校工作全面负起责任来，以避免权力分散、责任不明、效率低下等现象的发生。学校工作的好坏，校长是第一责任人。因此，学校的行政工作，必须由校长统一领导和管理，否则，就不是真正意义上的校长负责制。在学校管理过程中，人们较多地注意到学校领导人的管理作用，似乎学校领导人是唯一的领导者、管理者，其实，学校的广大教职工同样是学校的主人。只有广大教职工的积极参与管理，才能保证管理者科学决策，共同努力达成组织目标。二战以后，随着人们民主意识的不断增强，广大教职工参与学校管理的积极性主动性日益高涨，民主管理的意识与能力不断增强。校长负责制不能演变成“一长制”，个人独断专行，无视或压制教职工的民主参与的意识与行动。对于校长而言，要真正能够全面负起责任来，就要因势利导，加强民主管理。校长要充分发挥校务委员会、教职工代表大会的作用，认真听取各位委员和代表的意见；要充分调动领导集体一班人的积极性，善于集中各种意见，形成自己的决策。
校长负责与分级管理实行校长负责制的核心问题是让校长有职有权，保证校长的政令畅通。但是，为了提高管理效率，校长必须善于授权，从繁重的具体事务中解脱出来，才能思考重要问题，抓大放小，把握学校发展方向。从责权关系看，实行校长负责制，校长与副校长之间不是平行关系，而是领导与被领导的关系，副校长对校长负责，也不是集体领导、少数服从多数的集体负责。校长拥有决策权，但不是校长个人说了算。校长与中层干部之间的关系也是领导与被领导的关系，但中层干部的直接领导关系应该是分管部门工作的校长或副校长，所属中层干部应直接向分管校长或副校长负责。校长对副校长要合理分权，充分授权，明确分工，以充分发挥副校长的主观能动性，充分调动其工作积极性。校长要按分级管理和职。责、权统一和专业化分工的原则，根据学校发展的需要，建立起分工明确、结构清晰、精简高效的管理系统。校长应注重维护这种分层负责、分级管理的系统，尊重分管副校长和中层干部的职责。
职责与权力的关系
科学管理的原理之一便是管理者职、责、权、利的统一。责任制的特征是在对管理者明确责任的同时，要授予相应的权力。要使学校各方面工作有效率地运转，就要有一定的决策权、指挥权和管理人、财、物的权力，否则，学校管理将不过是句空话。实行校长负责制，同样需要调动校长的办学积极性，需要激发校长承担管理责任的意愿、能力、责任与勇气。同时要建立一定的监督、制约力量与机制，一方面，保证其不独断专行，另一方面，保证其尽职尽责。这就需要建立健全校长激励机制与制约机制。所谓校长激励机制，就是要将校长办学的绩效与其待遇挂起钩来，以充分调动校长办学积极性，增强校长的责任感和事业心。上海市正在推行的校长职级制，实行校长职级津贴的改革，北京市部分学校实行的校长结构工资制等，都是建立校长激励机制的有益探索。对校长的权力要有一定制约机制，这种制约一靠制度制约，如建立健全决策咨询制度、党政沟通制度、教代会审议制度等；二靠校内的民主评价与上级教育行政部门的督导评价；三靠校长加强自我修养，完善人格魁力。实行校长负责制，对校长的个人素质要求很高，选好校长，全面提高校长素质是实行校长负责制的前提条件。校长的产生，必须将严格的组织考核考察与走群众路线、发扬民主结合起来，选出德才兼备。群众信服信赖的校长。