格利佛很快就学会了小人国的语言。他请求国王恢复他的自由。国王要格利佛发誓，保证不伤害小人国的任何一个人。格利佛答应了国王的要求，对小人国的公民们非常友好。国王这才恢复了他的自由。
在离利立浦特不远的地方，有一个叫卜来夫斯古的小人国。利立浦特国王想利用格利佛占领卜来夫斯古。格利佛没有同意，还帮助这两个小人国签订了互不侵犯的条约。利立浦特国王很不高兴，在一些大臣的挑唆下，决定挖掉格利佛的眼睛，让他慢慢地饿死。
有一个同格利佛非常要好的官员把这个秘密告诉了格利佛。格利佛立即逃到卜来夫斯古去避难。卜来夫斯古国王非常感激格利佛对他们国家的帮助，命令左右热情照顾格利佛。
但是，格利佛不想在这里长期住下去，一心想回到自己的故乡去。几天以后，格利佛在海滩上发现了一艘能乘坐的木船，就把它拖了回来，用当地最大的树木做成桨，用布拼起来做成帆，准备乘船回到故乡去。
卜来夫斯古国王知道格利佛要走，并不挽留他，只是送了许多牛和羊让他在路上吃，还送给他很多金币。
格利佛乘坐小船在海上航行了三天后，幸运地碰上了一艘商船，他得救了。当他向船员们讲述他在小人国的经历时，船员们都不相信他的故事，以为他疯了。格利佛拿出卜来夫斯古国王送给他的小牛羊和金币，让船员们观看，大家这才信以为真，大为惊奇。
两个月后，格利佛又出海旅行去了。
巨人国
格利佛又要去旅行了。这一次他乘坐的是“探险号”轮船。半路上，遇到了风暴，船漂到了一个陌生的地方。这时候，船上的淡水快用完了，格利佛和几个水手登上一座荒岛去找水。突然，他们发现一个跟教堂的尖顶一样高的巨人在追赶他们。其他的同伴都逃回船上去了，格利佛晚了一步，没跟上大家，被留在荒岛上。
格利佛害怕极了，慌乱中爬上了一座很陡的高山。他向四周望了望，看到有一个山村，还种植着庄稼，可是很奇怪，这里的青草长得比人高，庄稼长得就像森林一样高大、茂密。格利佛进了一块麦田，在里面什么也看不见。大约过了一个小时，麦田里来了几个人，他们是来收割庄稼的。格利佛眼看就无处藏身了，便躺在草丛中等死。
一个巨人发现了躺在草丛中的格利佛。一开始，那巨人又惊又怕，以为格利佛是什么危险的动物，用两个手指像抓一只苍蝇那样，把格利佛高高地举在空中。格利佛疼得要命，又害怕被巨人摔死，就向巨人苦苦哀求。那巨人好像听懂了格利佛的意思，把他放在衣袋里，交给了主人，并把发现格利佛的经过对主人说了一遍。
主人观察了格利佛的一举一动，相信他是与人类似的动物，就把他带回了家。
巨人一家对格利佛很友好。那个主人叫他9岁的女儿做格利佛的保姆和老师，教他学巨人国的语言。还给他取了个名字，叫格立锥格，意思是小人。
巨人在麦田里捡到了一个形状像人的怪物的消息，很快就传开了。主人听从朋友的意见，在一个集日把格利佛带到了集市上，让他表演了许多节目，主人赚到了一大笔钱。
从此，主人就带着格利佛到全国各地去展览演出，后来到了首都。国王下了一道命令，要那个巨人带着格利佛进宫，为王后表演。看了格利佛的表演后，王后舍不得让他走，就用1000块金币把格利佛买了下来。国王开始以为格利佛是由哪位高明的工匠装配起来的机器，格利佛就向国王讲述了自己是怎样来到这里的，还把自己国家的事情讲给国王听。国王相信了格利佛的叙述，叫王后好好照顾他。
王后命令木匠给格利佛做了一个箱子居住；每逢吃饭的时候，王后总要格利佛陪她一起吃。国王也喜欢格利佛，空闲时总喜欢和格利佛一起谈话，让格利佛给他讲述有趣的事情。
王后身边有一个矮子，只有其他巨人一半那样高，但还是比格利佛高许多倍，就常常欺侮格利佛。巨人国里的苍蝇，有老鹰那样大，常常飞到格利佛的脸上捉弄他。一次，格利佛在王宫里看花，一条像大象一样高大的狗，把格利佛当成小兔子咬在嘴里。格利佛吓得昏了过去，幸亏狗没有咬伤他的身体。
格利佛在王宫里虽然受到国王和王后的喜爱，但他总盼望着有一天能回到自己的祖国去。
一晃两年已经过去了。一天，国王和王后要到外地去旅行，把格利佛一起带去。到达目的地以后，一个仆人拎着格利佛居住的木箱子，到海边去让他呼吸些新鲜空气。
木箱子放在海边，被一只老鹰发现了。老鹰想把箱子里的格利佛吃掉，就把箱子叼走了。刚飞到半空中，便遭到其他老鹰的抢夺，箱子掉到了海里。
格利佛在箱子里拼命喊救命，还把手绢系在木棒上，伸出窗口挥舞，盼望有人来救他。大约过了一个小时，一艘客轮驶经这里，船上的人惊奇地发现了箱子里的格利佛，把他救了出来。格利佛再次回到了家乡。
由于格利佛在巨人国住了两年，已经看惯了那里的一切，回家后，看到的房屋、树木、牛羊都非常矮小，觉得很不适应，甚至以为自己又回到了利立浦特小人国。过了很久以后，他才慢慢地习惯了。
博士遇难
在遥远的未来，罪恶的黑星和他的军队为了控制地球而发动了战争。以查喀尔博士为首的麦克瑞小组，为了维护正义奋起反击，成了黑星的唯一对手。双方几次交战，黑星屡屡遭到失败。他召集几位忠实干将，一起策划新的阴谋。
佛雷兹博士首先出谋划策：“陛下，威廉·布里杰博士研究的流星动力已经获得成功，它肯定能帮助我们征服地球。”
“谁去拿呢？”黑星问。
“我手下的间谍一定能办到。”独眼龙布莱特上尉接受了任务。
这时候，在瑞典皇家科学院大会上，科学家们正在为布里杰博士荣获这一年诺贝尔物理奖而热烈鼓掌。忽然，后排几个座位上出现了几位行踪可疑的人，虽然他们也在鼓掌，可是眼睛却紧盯着布里杰博士身边的那只公文箱。他们就是布莱特上尉派来的骷髅间谍。会场上他们无法下手，就在去机场的途中，把布里杰博士绑架到了一幢房子的地下室里。
“快把那只文件箱交给我们！”骷髅们喊道。博士看了他们一眼，平静地说：“现在我没有什么好选择的，你们把它拿去吧。”说罢，博士把箱子提了起来。就在骷髅们冲上前来抢的时候，博士按动箱子上的一个红色按钮，“轰隆”一声巨响，箱子里的高效炸弹爆炸了，布里杰博士和他的公文箱，连同黑星的喽啰们都同归于尽了。
布里杰博士的儿子内森得到这个消息，悲痛万分。去年，妈妈因为意外事故离开了人世，如今，爸爸又被害死，只剩下他一个人，今后该怎么办呢？
忽然，一把雨伞遮在了他的头上。内森扭头一看，原来是一位老人。老人说：“我是你爸爸的同事查喀尔博士。你爸爸曾委托我做你的保护人。现在，快跟我走吧。”
这时，从远处传来了一阵怪叫声。“这是什么声音？”内森奇怪地问。“孩子，黑星没能从你爸爸那里拿到他想要的东西，所以派骷髅来抓你了。快走吧！”查喀尔博士催促道。
博士带着内森奋力冲出骷髅的包围圈，来到了麦克瑞基地。内森的机器人“保姆”安迪已经等候在门口：“早上好，内森。今后这里就是我们的新家了。”
查喀尔博士说：“是啊，今后我们就是一家人了。我来介绍一下，这是凯茜，我们的行动总管；这两位是加森和斯科特，出色的战斗机飞行员……”博士的话还没有说完，一个响亮的声音从头上传来：“查喀尔博士，怎么不向内森介绍我呢？”
“咦，这是谁呀？”内森好奇地抬头望去，除去一大片闪烁发光的指示灯以外，什么也没有。
“我来介绍，这是雨果，我们基地的电脑中心。”
突然，基地控制室的红灯一闪一闪，同时传来雨果的声音：“战斗警报。黑星派来大量飞机正向麦克瑞基地飞来。”博士立即发布命令：“麦克瑞小组做好战斗准备。”加森、斯科特、凯茜迅速带上头盔，坐上了各自的驾驶座椅。博士一声令下，三个驾驶座椅进入了三架飞行器里，迎着黑星的飞机高速飞去，一阵炮火，打得骷髅驾驶员哇哇直叫，黑星的进攻被粉碎了。
查喀尔博士告诉大家，今后麦克瑞将以一艘大型飞船为基地，驱动飞船的能量就是布里杰博士研究的成果——流星动力，由电脑中心雨果指挥。飞船起飞了，它不断升高，当高度达到纽约摩天大楼的最高层时，忽然火光一闪，飞船融化在耀眼的亮光里，变成了一束旋转的光线，消失在茫茫天际。
黑星从显示屏中看到了麦克瑞飞船起飞的情况，怒气冲冲地对部下说：“麦克瑞飞船已经发射了，你们说怎么办？”
布莱特上尉说：“陛下，您别着急。我派去的骷髅兵已进入飞船。”显示屏上，一群骷髅兵正在飞船里四处搜索着。
雨果也发现了飞船里的骷髅，他及时将情况报告给查喀尔博士。
“立即干掉他！”博士斩钉截铁地说。没多大功夫，骷髅兵已片甲不留，完全被解决了。
内森加入了麦克瑞小组后，常常思念起去世的爸爸。有一天，他终于梦见了爸爸。爸爸对他说：“我在发明雨果的时候，就将我的脑纹输入它的线路，雨果就是根据我的意志在指挥麦克瑞的。今后，我们可以通过计算机交谈。内森，我有许多东西要教给你，再见了，我的孩子。”内森醒后，把梦中的情况告诉了查喀尔博士。博士相信布里杰的遗传因子，一定会在内森的身上发生作用的，使内森去完成布里杰尚未完成的伟大事业。
就在这时，雨果的声音又传来了：“黑星知道布里杰博士的思维已经灌进内森的潜意识中，因此，黑星将竭尽全力抓获内森。”
决战时刻
内森来到麦克瑞基地已经3年了。3年来，他常常通过计算机与父亲布里杰博士对话，学到了许多深奥的核物理知识，特别是布里杰通过感应带着内森在宇宙中遨游。使他渐渐掌握了流星动力，在这方面，任何人都比不上他。
雨果及时把内森的情况报告给了查喀尔博士。查喀尔博士听了非常激动，他把内森叫到身边，语重心长地说：“内森，布里杰博士已经把一切都传授给你了，今后就要靠你去拯救地球了。”
黑星和他的干将们又在策划一个更大的阴谋。满脸横肉的加洛旦向黑星报告：“陛下，部队已经做好了战斗准备。”
“很好，各就各位，等待命令。一定要记住，我们的主要对手是那个内森！”
“放心吧，陛下，我们会毫不留情地消灭他们的。”布莱特上尉和阿亨王子的部队都做好了准备，他们想一举消灭麦克瑞基地，抓获内森。
这时，麦克瑞飞船在靠近纽约的大西洋里露了出来。海岸上聚集着成千上万的群众，以各种方式来表达对麦克瑞这个和平使者的欢迎。
突然，在欢迎群众的背后，出现了黑星的坦克和大批全副武装的骷髅；接着，黑星的飞机也出现在天空。人群顿时混乱起来。
“查喀尔博士，我已测出大批黑星军队正在骚扰群众，但他们真正的目的是向我们进攻。”雨果报告说。
“我知道了。请你把飞船导航到安全地区。”
博士非常镇定，命令麦克瑞小组的三架飞行器出发，和麦克瑞机器人拼接成英勇无比的麦克瑞号，向黑星的军队冲去。
接着，博士又命令雨果把飞船开到黑星的老窝，然后突然出现在黑星的面前。
见到查喀尔博士，黑星假惺惺地说：“我一直在恭候您啊，博士！”
“黑星，少说废话。我专门为你设计了这个小玩艺儿。”说着，博士举起了手中的中子炮，把炮口对准了黑星的胸膛。
黑星并不惊慌，反而冷笑着说：“嘿嘿！看您背后！”
博士扭头一看，不禁大吃一惊。原来，他背后的显示屏上竟是大批已经竖立在发射架上的导弹。黑星得意地说：“你看到的这些导弹是我为你们准备的。虽然它们被安置在世界上不同的区域，但它们全部指向你的麦克瑞。”
博士镇定地说：“我们有足够的时间保证我们的行动。”
“哈哈！别那么自信，博士，可能你会在我下达命令之前开火，那又有什么关系呢？那些导弹的程序已经编好了，它们一定能摧毁麦克瑞基地的！”
“只要能够最后消灭你，摧毁一个麦克瑞基地又有什么了不起的呢？”博士坚决地说。
“那个男孩呢，难道也一起被毁掉吗？博士，我们还是讲价钱吧，”黑星恶狠狠地说，“我要的就是那个男孩的流星动力。”
“黑星，这是妄想！”博士又大叫一声，随后扣动扳机，一连串中子炮弹射向黑星。炮弹在黑星身上爆炸了，就成了一团熊熊烈火。可是黑星晃了晃身体，火势就很快消失了，一点儿也没有受伤。
这一下，黑星恼羞成怒：“哼哼，现在该我进攻啦！”
黑星命令整个黑星部队开始大规模进攻。
这时，麦克瑞基地只剩下内森和安迪两个人。内森凭感觉知道情况的严重性，他对安迪说：“我已经完全掌握了流星动力，可以控制黑星的所有武器和部队，再见，安迪。”话音刚落，内森全身光芒四射，很快就消失在太空中。
说来也怪，战场上的战斗一下子平息了，黑星的飞机一架架着陆，坦克的炮口全部向下，骷髅兵们纷纷放下手中的武器，连阿亨王子、布莱特、加洛旦等干将也都走出控制室，宣布不再参战。只有黑星还不肯认输。查喀尔博士发出警告：“黑星，快投降吧！”“不，决不！”黑星声嘶力竭地叫着。查喀尔博士又一次开炮了。黑星突然变成一个火球，飞上了天空，缠住麦克瑞号，和它对打起来。
麦克瑞号眼看就招架不住了。“内森，你在哪儿，快来帮助我们！”查喀尔博士呼唤着。