李时珍经过大半生努力，收集了几个屋子的丰富资料，其中有从八百多部书籍中摘录下来的文字，有成千上万份植物、动物、矿物标本和绘图。
现在等待李时珍去做的，是如何将这些文字和实物，有条理有系统地写进他重修的《本草》中去。
李时珍仔细地研究过前人所编《本草》成功的经验与失败的教训。从《神农本草经》到唐慎微的《证类本草》，诸多版本的主要成就在四个方面：
一是概述了本草理论与载录药物相结合，二是描述了药物形态与绘制药图相结合，三是引证了前人论述强调注明出处，四是在药物之后汇集了单方验方。
虽然如此，李时珍深感各种《本草》有一个通病，就是在进行药物的分类的时候，全采用《神农本草经》的方法，把药物分为三类，上品、中品、下品。
上药“主养命以应天，无毒，多服久服不伤人”，中药“主养性以应人，无毒，有毒，斟酌其宜”，下药“主治病以应地，多毒，不可久服”。
李时珍在钻研典籍，实地考察中，痛感这种分类方法弊端极多。用这种分类方法，草石不分，虫兽无辨，杂乱无章。
“或一药而分数条，或两物而同居一处，或木居草部，或虫入木部；水土共居，虫鱼杂处；玉石不分；名已难寻，实何由觅。”
究竟用什么方法来重修《本草》呢？李时珍为此已研究了十多年，而且已经理出头绪来了。
李时珍35岁时，在阅读朱熹的《通鉴纲目》中，发现《通鉴纲目》的分类方法很科学，朱熹和其弟子们在编撰中建立的“纲目”体例，以纲带目的分类法很有参考价值。
那么，何不以纲目体系来重修《本草》呢？
李时珍经过反复研究后，认为这个体系很好，干脆把书名也叫做《本草纲目》。
于是，李时珍重修的《本草》建立了崭新的分类体系。
李时珍把从典籍中抄录的资料，考察中采集的标本、绘制的图样，都按自己拟定的纲目体系分门别类保存。
经过十多年来的探索，几经调整，新的本草逐渐定型下来，李时珍建成一套查找、保存都十分方便的科学分类方法。
李时珍把近两千种药物，按照自己建立起来的科学体系，设立了三个纲目系统，要检索某一味药，了解它的产地、性状、主治、修治方法，就如同从《辞源》中查找一个词条，非常简单方便。
李时珍建立的系统，一是以部为纲，以类为目；二是以类为纲，以药为目；三是药为纲，以八项分析为目。
《本草纲目》还编写了《百病主治药》的纲目系统。
李时珍以病名为纲，以辨证用药为目，将药物按其性能和主治进行分类，组成了《百病主治药》的纲目系统。
《本草纲目》共立113项病症，包括内科、外科、儿科、妇科、五官科等。每项病症下列举主治药物，供医家临床选用，按病查药，一目了然。
《百病主治药》实际上是一部独立的医学著作，这一部分编在《本草纲目》正文前面，主要是为了促进医药结合。
这部明代中叶的巨著《本草纲目》，在李时珍一家四代辛勤努力下，进入真正操作阶段。
李时珍任主编，长子建中和次子建元帮助校正书稿，三子建方和四子建木进行重订，孙子树宗、树勋、树声等进行分类分项类编，树木帮助誊写，书中一千多幅精美的插图，是次子建元亲手绘成。
另外，李时珍的两个弟子，庞宪和瞿九思，则是从头到尾得力的助手。
《本草纲目》在李时珍的奋力拼搏下，从搜集资料开始，整整经历了27个春秋，三易其稿，于明万历六年秋，脱稿完成。
这一年，李时珍60岁，人们永远也忘不了这一年。