机会再次垂青了李时珍，本来进入太医院几乎是没影子的事，没想到，嘉靖三十七年，朝廷命令地方举荐名医，入太医院补缺。
楚王看到儿子的病一直也没有再发，觉得不留李时珍也没有多少妨碍，就正好做个顺水人情，将李时珍打发走算了。
所以，楚王对李时珍说：“既然你执意要进太医院，我就叫人给你起个公事，等京里复文下来，你就走吧。”
李时珍听了楚王的话，心中十分高兴。
李时珍在楚王府呆了将近三年。在这三年中，他有机会出入楚王藏书丰富的书库，阅读了不少医药经史方面的书籍，为重修“本草”积累了不少的资料，有空闲时间时，他常去观音阁，给百姓看病，和观音阁的那位石识的老和尚互相切磋。
在那里，李时珍也没忘记向各地人们讨教方药，并从中受到不少的教益。
李时珍想，进入太医院后，可以有机会进入御药陈寿药房，见识许多珍贵的药物，对重修“本草”有利，再加上他对皇帝还抱有希望，进入太医院后有更多的机会上奏皇帝，请他下令重修“本草”。
于是，李时珍愉快地接受了楚王的举荐。楚王毕竟是王室，还是有一定影响力的，所以他的举荐很快得到了皇帝的批复，李时珍顺利拿到了皇帝的批文。
从武昌到北京，一路经过许多热闹的城市。李时珍平时最喜欢采风问俗，到一处地方总要流连一下。
这时候，李时珍却无心玩赏，除了途中换雇马车以外，沿路都不停留。他一心只想早点赶到北京，好把重修“本草”的事在太医院里干起来。
李时珍碰了楚王这个钉子，并没有灰心。他想，太医院里的官员都是同行，不比楚王，自然都懂得这件事的重要性，说动他们比说动楚王容易得多。
他在楚王府工作时，已经把历年搜集到的材料，写成一本一本的笔记，这次带到北京，打算献给大医院。
李时珍嫌坐在车厢里气闷，每天总有大半天的时间，跨坐在车沿，和赶车的聊天。
不聊天的时候，李时珍就一个人坐在那里沉思，有时想到“本草”编成，政府正在把它向全国推广，心里不禁有些激动。
李时珍这时只有30多岁，因为心地坦白，对世事常抱乐观态度，所以显得有些年轻。
赶车的起初以为他是一个进京赶考的举子，后来听说他是到太医院去当医生的，还打算编一部药书给天下医生用，觉得李时珍这个人很不凡。
李时珍告诉他这是对老百姓都有好处的事情，赶车的也点头说，编一部药书，让老百姓都能治好病，这事是个大好事。
一路上，李时珍同赶车的聊着天，也不感到多么寂寞。过黄河后，有时刮起大风，灰尘满天，几乎伸手不见五指。赶车的劝李时珍坐到车里去，把帘子放下来，他不肯。
风过后，两人满脸满头都是尘土，像一对泥人一样，赶车的瞅着他直笑，李时珍看看自己身上，也不禁笑了。
走了一段时间，他跟赶车的说：“我心里很着急，光想早点赶到北京。”赶车的回答说：“不用急。我们今天再多赶20里，到高桥再歇息就是了。”
就这样，他们每天一直赶着往前走。不到半月，他们来到了北京。赶车的送李时珍进城，找了一家客店住下。
李时珍留赶车的吃饭，赶车的说他还要赶到沙沟门的车行，去找回去的生意，不肯耽搁，告辞走了。
李时珍看看天色还早，也不想休息，想到太医院去投递到职的公文。于是，他向店家打听了一下路，就一个人走了出来。
走进正阳门，又向西走了不到半里路，李时珍果然看见一排一排坐东朝西的衙门。有一个衙门，门上挂着一块红匾，上面写着“太医院”三个黑字。
盼望了很长时间的太医院，今天终于到了，李时珍心里是多么快活。可是，他的快活并没有持续很久。
太医院的长官是一个院使和两个院判，他们都是靠来头吃饭的人，没有一点真实本领。他们接见了李时珍，分派了他一个普通的工作。李时珍也并不把这事放在心上。
不过，进院之后，李时珍看出这个衙门很腐败，长官们放着本院里的要紧公事不理，却忙着替皇宫里的道士，向全国各地征发炼丹用的东西。
雄黄一要就是500斤，水银一要就是200斤，也不管地方上老百姓是不是担得起。更加让李时珍气愤的是，这些长官竟把穷苦的百姓看作为小人，不屑一顾。
在医学上，他们对民问医生在实践中发展起来的医学理论，看作是无知妄说。
过了不久，李时珍上了两次说帖，请太医院向朝廷建议重修“本草”。可是，那些官员们嫌他多事，把说帖塞到公文堆里，连理也不理。
李时珍忍不下去了，有一次去回公事，恰好院使和院判都在那里，他就当面向他们问起这件事情。
李时珍对长官们是从来不奉承讨好的，所以他们对他很不满意。李时珍刚说完，一个院判就冷冷地说：“你怎么会想出这么一个馊主意，难道这些现成的‘本草’还不够你用吗？”
李时珍回答说：“我在说帖上说过了，正是因为老‘本草’已经不够用了，那上面有些差错，必须赶快改正。再说，几百年来我们又知道了许多新药，要编进去才是。”
院判怒气冲冲地站起来说：“我很感到奇怪，你怎么竟敢擅动古人的经典？你有多么大的本领？真是太胆大了！”
李时珍不慌不忙地说：“大人，你一点也用不着感到奇怪。什么学问都是一代接一代地干起来的。有些东西我们比古人知道得多一些，这不奇怪。要是古人都觉得有了老本草，就不许有新的，那本草就早绝迹了。”
“你这是狂妄！”院判怒道。
李时珍也忍不住有些愤怒，说：“说我狂妄，也许是吧。可是，大人，古代要是没有那么多狂妄的人，我们现在也不会有一千好几百种药物啦！”
那位院判气得大张着嘴，一句话也说不出来。这时，老院使忽然站了起来，指着李时珍说：“你愿意怎么说你就怎么说，太医院就是不修。告诉你吧，皇上根本不要修什么本草。你是什么人物，我们能凭你的一句话，就随便地轻举妄动吗？”
李时珍一听院使的话，和当初楚王说的当今皇上要的是仙丹，管什么本草不本草的话，一模一样，不由得倒抽了一口冷气，愤愤地退了出来。