看皇长子朱由校已很长大，光宗也知道自己病入膏盲，于是下谕立皇子朱由校为太子，即日正位东宫；命礼部侍郎何宗彦、刘一燝、韩爌及南京礼部尚书朱国祚并为礼部尚书，兼东阁大学士，入参机务；又遣使召用叶向高。
那天各大臣鱼贯进去，光宗亲御暖阁召见，他凭几斜坐，皇长子朱由校侍立座侧，当下循例叩安，由光宗面谕道：“朕迭见卿等，心中甚慰。”说毕他的喘息无法克制地加重了，方从哲叩首道：“圣躬不豫，还须慎服医药。”光宗点头道：“朕不服药，已十多日。现朕有一事命卿：选侍李氏飞仙，侍朕有年，皇长子生母薨逝，也有赖选侍抚养，勤劳得很，现拟加封为皇贵妃。”
他的话还没说完，忽然屏后环珮声铿锵入耳，各大臣向内窃窥，只见屏帏半启，微露红颜，接着有就女子的娇声，在呼皇长子入内；然后隐约数语，又推他出去。
憨憨的皇长子朱由校一从屏后出来，马上就启奏道：“选侍李飞仙娘娘乞封皇后，恳父皇传旨。”光宗尴尬得默然难以回答，而众大臣见皇长子侍立帝侧，李选侍得随意驱使，是真视光宗如傀儡者；不觉相率惊诧，于是方从哲奏请道：“殿下年渐长成，应请立为太子，移居别宫。”光宗道：“他起居服食，尚靠别人调护，别处如何去得？卿等且退，缓一二天，再当召见。”
这时口才颇佳的鸿胪寺丞李可灼进红丸一枚，说能治不起的绝症。光宗巴不得病愈，马上就吞下了这个致命的红丸，第一次果然略有起色，于是他一边夸奖李大忠臣时，一边就把第二丸也吃了下去。光宗做梦也不想当夜他就觉头昏眼花，不到一夜，三十六岁的他就走到了生命的尽头。
红丸是以红铅为君、参茸等物为副而制成的，开始一服下，人会觉得精神一振，颇有效验。但光宗已是精力衰惫，不堪再提，况又连服了两颗红丸，把元气一概提出，自然就成了脱症。
感觉垂末之日将至时，光宗忙召左柱国方从哲、大学士杨涟、御史左光斗等吩咐后事。到方从哲等进宫，光宗帝已言语含糊，只用手拍着太子朱由校，连说几个“唉！唉！”就此气绝驾崩。
当光宗登极时大革弊政，百姓都称赞他的英明，怎奈在位不久。在位凡四十八年的万历皇帝苛刑暴敛，百姓又嫌他在位太久，不临朝政者二十五年，内外蒙蔽，百姓尤其怨恨之。而英明神武的光宗临国并在位时间不满四个月，百姓却深为悼惜，光宗灵车所经的地方，百姓都香花灯烛地迎祭，而对于神宗，却连神位也不供设。
好皇帝寿不永，这也是明朝的气数将尽的缘故。正因为这个可惜的天不永寿的原因，光宗不少的好措施还未来得及实施，他就撒手尘寰了。但他掌国柄的时日虽短促，但施惠政让万历后期社会衰败的局面有所扭转，因此时人称赞这个短命的仁君是“一月太平天子，万年有道圣人”。
移宫案
哭临礼毕，方从哲等正要扶太子正位，却找不见了太子朱由校。“皇长子何在？！”连问了数声，没人回答。方从哲吃了一惊，急同杨涟、左光斗等去寻那皇太子时，却被太妃郑氏拦住了。
原来新天子已被李康妃叫去交给郑贵妃了，她现在的条件是，要大臣拟遗诏时，谕令尊郑贵妃为太皇太后，这样她才肯放太子朱由校出来。方从哲等又不好进宫去搜，又不敢擅自专主，正急得走投无路，御史左光斗笑着对郑贵妃道：“太妃的要求廷臣自当照办，但不见太子怎可定得遗诏？必得太子出来亲自署名，这诏书方得有效，然后颁发出去，天下应无异议。”
到底妇人之见的郑贵妃，完全没有识破那是男人最惯用的哄骗人手段，于是就把太子朱由校领出来了。左光斗一眼瞧见，乘郑贵妃不防一把拖了太子便走，口里大叫道：“方太师！杨尚书！速即太子登位，早定大事要紧。”杨涟、方从哲等应声出宫，拥着太子就出宫去了。
郑贵妃这才知道受欺，忙叫魏朝、魏忠贤、李进忠、王进等一班阉竖上前来夺。抚远侯朱靖攘臂大喝道：“谁敢夺太子，俺就请他尝尝铁拳的滋味！”话犹未了，王进一个上前，就让朱靖飞起一脚，直踢到了丹墀下面。李进忠继上，也被朱靖打倒。魏朝和魏忠贤乖觉，一见是武将出身的朱靖，谅是争不过的，就忙各自缩回去了。那些附和的小太监一见魏朝、魏忠贤退下，也就一哄逃散了。朱靖一见，不由得哈哈大笑道：“我在战场上千万军马都也不曾怕过，何况你们几个阉人小丑。”说罢就大踏步地跟上了方从哲、杨涟、左光斗等一班大臣，共扶太子朱由校正位。
十五岁的朱由校在公元1620年9月，即他短命的父皇即位的一个多月后，成为了熹宗皇帝。尊谥郭皇后为孝元皇太后，郑太妃为太皇太妃，李康妃、李庄妃、刘贵妃一例尊为太妃，册立张氏为皇后。又封方从哲为上柱国，晋太师太傅兼武英殿大学士，加伯爵。左光斗为吏部尚书，加少师衔。杨涟为礼部尚书，随同首辅入阁办事。以朱靖为成国公，赵世卿、赵嘉善均授为供奉大臣，赐紫金玉带，得封章白事。又以史继阶为吏部侍郎，沈灌为右都御史，贾继春为左都御史。同时大赦天下，免各郡厘税。
但在年号一事上，明廷的朝臣们颇费心机，因为神宗于是年的七月崩逝，光宗又于是的九月朔日再崩，彼时曾有旨于次年改元泰昌。可光宗在位不过一个多月，根本没有等到明年使用他的年号泰昌。如今新君登极，竟然又要改元。于是大臣们或者认为当削去泰昌年号，勿纪于明史；或者也有坚持当去万历四十八年，即以本年为泰昌；当然也有大臣建议以明年为泰昌，后年再为天启元年。
就在大臣们争议未决时，还是御史左光斗，请就本年八月以前为万历四十八年，八月以后为泰昌元年，而明年则为天启元年，最是协情合理。于是众人也都赞成，本是一顽童毫无主见的熹宗当然也听从了这个大家都认为合理的建议。
熹宗登位正在大封功臣颁发遗诏的时候，忽然内监来禀道：“郑太皇太妃自缢了。”众大臣都吃了一惊，熹宗尤其不悦，为他第一天登基就闹出这样的事来太不吉利。
原来郑贵妃这一辈子皇后做不成，太后梦又成了画饼，所以气得自缢了。于是熹宗下谕，令将他一向讨厌的郑贵妃照平常妃子例安葬，并颁旨合葬神宗帝后于定陵，光宗帝后合葬于庆陵。梓宫起行时直出中门，绕东安门，过西直门，再出德胜门达于陵寝。当时熹宗亲自扶了梓宫，遍体缟素，步行相送。朝中王公以下的文武辅臣，一例青衣素冠，执绋随驾。
富丽堂皇的乾清宫是内廷宫中最大殿宇，照明例，这是应该是皇帝所居之处。神宗死后，光宗即位时，郑贵妃就据此不走而逼邀皇太后之封，虽然她后来被迫移居慈宁宫。
现在光宗死了，西李康妃就强挟小皇帝熹宗合住于此。李康妃一看前计不成，非常愤懑，于是就以抚养的名义，一定要据住乾清宫，与新君小皇帝同居。她也是要封皇后，她也是居于乾清宫，这些都与郑贵妃如出一辙；但她更大的真实意图是要一揽大权，所以凡廷臣奏章，都让先呈送到乾清宫，然后再达皇长子的慈庆宫，并且严格控制同时也操纵着太子的行动，一如当日在屏后的作法；还派宫眷王寿花等人监督熹宗的言行，其“武氏之心”已昭然若揭。
本来因为母亲的早逝，熹宗就对西李康妃怀恨在心，现在处处受她的钳制，更是对她恨之入骨。
廷臣等都不赞同西李康妃据住乾清宫的作法，其中御史左光斗最为激烈，他慨然上疏抨击，其中有几句直接就是这样说的：如今不早断决，将借抚养之名，行专制之实，窃恐武氏之祸，再见于今，此正臣所不忍言也。左大人一向说话做事都是这个样子，未免太激烈，以至于后来终为自己招来了杀身之祸。
李康妃让这道疏气得柳眉倒竖，杏靥改容，还是杨涟机智，他圆滑地晓以利害说：“李娘娘若移宫，他日自有封号。否则后悔晚矣。”可李康妃就是迟迟没有行动，到底群臣逼得紧，她才不得不已移居仁寿殿，改日当再徙往哕鸾宫，东李庄妃也受牵累而一并迁入；同时那些助李康妃行事的太监则被以私盗宝藏之名收进了大狱。
哕鸾宫是最冷僻的，庄妃和康妃两人孤帏寂处，自然悲感欲绝，于是不久就在这里，酿出了极大的一段明廷的宫闱秽史。
熹宗登位最受实惠的就是他的乳母客氏，这个让自小没了母爱的小皇帝深得母爱的柔情和抚慰的女人，得到了十六岁的熹宗亲书铁券，并欣膺荣封，进禄为奉圣夫人。当然以客氏的美貌和手腕，她还是第一个让熹宗成为男人的女人，虽然在宫廷中，有很多皇子的第一个女子都是他们的乳母，但熹宗是个恋母情结非常重的人，所以客氏的命运就与那些乳母截然不同。魏朝也因为客氏在熹宗跟前说了好话，而得到了司礼监的美差。魏朝又带引魏忠贤觐见，熹宗不问是非，不管好歹，就留他在宫中侍候。
明朝宦官中的巨憝元恶魏忠贤本来姓刘，他虽然生性聪黠，却目不识丁。以后在专政的时候，奏牍须请人读给他听，再讲解一番才能明白那一个个黑块块字都说了什么。而读奏牍的人把紧要事都抹去，弄成以奸蒙奸，因此断送了大明天下。
魏忠贤又好嗜酒、精骑射，也很有胆力。二十多岁时和人赌博，亏负得太多，索债的人把他的户槛都踏穿了，被众债主逼急的魏忠贤竟然一手持刀，一手解衣，一咬牙就把肾囊割了去，掷众人的面前：“要钱没有，要命一条！”吓得那些债主一个个抱头逃走。一看没了肾囊，他索性想办法进宫当了太监；而他走的门路恰好就是正有大权的魏朝。
这时的魏朝与客氏仗着皇帝宠信，公然双双飞宿，日子久了，魏朝看到底出入不便，于是就让客氏到熹宗跟前，乞赐他们对食。
什么叫对食呢？从来太监净身，虽已不能行鱼水之欢，但其心尚未死，喜欢接近女子，因此得宠的太监就能得主上特赐而成家授室。因为不能生育子女，只不过相与同牢合卺，因此叫作对食。自汉朝以后，就有这么个说法，或亦称为伴食、菜户。
熹宗果然允从，于是钦赐客氏和魏朝成婚。廷臣都骇诧万分嗟叹不已，又不敢上疏阻谏。