2003年元月，经合肥市教育局批准，北大教育投资有限责任公司和中科院合肥研究院签定合作办学协议，原有的“科院附中”改制为国有民办全日制寄宿学校，签字仪式在固体所会议厅举行，省、市教育界领导都到现场。研究院将三幢单身宿舍楼和原招待所划归学校，校舍按统一风格装修，更新添置讲台、课桌椅等硬件，办学条件有所改善。同年暑期按新的收费政策运作，当年招生情况一般，在校学生人数基本持平。
鼠人这时仍当“合肥北大附属实验学校”副校长，分管教学工作，四月起兼任学校党支部书记。
那时学校主导权被控股的“北大教育投资公司”掌握，一下来了许多管理人员，公司总经理从开始联系合作办学的陈总陈巨中，到合作初期的朱总朱孟仪，再到后来的陈总陈世峰，三年三个“总”，如走马灯般不停地换。校办主任、学工处主任、财务主管等等都是北大教教育投资公司聘用来的，这些人都只是凭着说嘴卖瓢，曾经在哪些公司、某某民办学校干过什么什么，就被聘来掌管学校生死大权和要害部门，对学校管理并不内行，根本没有把学校当作自己安身立命之地、更没有为广大教职工利益作长远考虑的责任感、使命感，却往往自命不凡，颐指气使。鼠人与这样的人一起共事，实在不爽、窝火，有时也会争吵，甚至发脾气。
与此同时，学校教师、学生，岛上好议论的职工和家属，对好好的“科院附中”搞什么合作，校名改成什么“合肥北大附属实验学校”很反感，很不理解。有时谣言不断，说什么的都有，作为学校的主要教学负责人，对内要做老师同学们的说服劝导工作，对外还要对一些毫无根据的谣言澄清、作解释。面对这样内外交困的煎熬，一度时候，鼠人的心脏出现了早搏，24小时动态早搏达两万多次，医生诊断为心律失常、房颤，开住院单让住院治疗，承霞甚至办好了住院手续逼着他去医院。可那情况下，鼠人哪里静得下心来住到医院里呢，他的内心是激烈的、难耐的，他必须坚持，一定程度上说是坚持斗争。医生说他是“亢奋”，亢奋就亢奋吧，总之，他也感觉不出心脏真会出多大的问题，真会有什么生命危险。
2005年春天开学，北大教育投资公司新任命的董事长决意要大幅减少教职工并降低工资，学校掀起轩然大波，一批教职工难以适应，选择退出，学校工作一时陷入困境。于是临时招来许多老师来应急，勉强支撑。教职工的整体管理水平受到削弱，鼠人一上班，听到中学楼内学生闹哄哄的声音就感到心烦，就难以承受，他真的心力交瘁了，愤然提出辞去教学校长职务。时任研究院分管学校工作的Y副院长、学校执行校长王勇等都劝留，但鼠人态度坚决，写了辞职信，决意辞职。
由于研究院与北大教育投资公司在办学理念上不一致，双方合作出现问题，北大方面要求研究院承担办学亏空部分资金，要对研究院子弟的收费进行调整，没有得到研究院的同意，陈世峰竟然勒令把岛上子弟赶出校园。此事震动全岛，研究院主要领导召开了由学校负责人参加的紧急会议。鼠人以党支部书记身份参会，在谈及岛上子弟遭如此对待不可接受时，鼠人也由衷感言，学校老师这两年的遭遇也是屈辱的，那所谓“陈总”开教师大会，出口就是“我操”“我操”，我操什么啊，那是骂人的话，我们家乡有“操你M，操你NN，操你ZZBD”的，还讲什么“没有钱，活得没有尊严”等等，简直是流氓，污辱人嘛！鼠人讲到激愤时，情不自禁地当着院领导拍起了桌子，事后回想，失态了。院领导为此对老师们所受屈辱表示感同身受，同时冷静地分析了形势，深知这样的合作已经走到尽头了。
其后，北大方面以研究院子弟缴费低为理由起诉研究院，双方矛盾进一步激化，继而北大教育投资公司董事长由于经济问题被限制自由，05年底彼此合作暂停，财务冻结。