标本兼治、纠建并举
1997年10月，******纠风办第一次明确提出“标本兼治、纠建并举”和加强行风建设，创建文明行业活动的要求，把行风建设作为一项重大任务放在了更加重要的位置。这标志着纠风工作进入一个新的阶段。这一阶段的纠风工作在不放松刹风整纪和大力开展纠风专项治理的同时，从过去的侧重于“纠”发展到“纠”、“建”并举，从过去的侧重于治标发展到在不放松治标的同时，逐步加大治本力度，从体制、机制、制度上抓源头治理。这一工作思路的转变，体现在工作措施上，就是在全国普遍开展了行业树新风活动和民主评议行风活动。
1997年以来，******纠风办多次下发有关抓好文明窗口示范单位和积极开展创建文明行业活动的通知，要求行风建设的重点部门和行业，把部门纠风和行业作风建设放在重要位置，加强对基层窗口单位的行业作风整顿，并结合实际开展了“优质规范化服务、让人民群众满意”的活动，切实改进服务措施，努力使职业道德和作风建设得到进一步加强。******纠风办与中央文明办先后推出两批共419个创建文明行业活动示范点，带动和促进了创建文明行业活动的深入开展。一些部门和行业以“为人民服务、树行业新风”为主题，积极推行政务公开和社会服务承诺制，主动接受人民群众的监督；一些部门和行业针对人民群众反映强烈的“门难进、脸难看、事难办”等热点问题，在基层窗口单位开展行业作风整顿，促进了办事效率不断提高，服务质量明显改善。
为进一步加强行业作风建设，促进部门和行业作风的好转，全国深入开展了民主评议行风活动，形成了纠、评、建相互促进的有效机制。各地参加民主评议的群众代表越来越广泛，涉及被评议的部门和行业越来越多。据统计，2002年社会各界参加行风评议的群众已经达到2500多万人，绝大多数市（地）、县（市）参评的部门已分别达到100%和80%，被评议的部门和行业涉及50多个，参评的乡镇（社区）基层站所数量达到了60%以上，有力地促进了部门和行业作风建设。各部门各行业以民主评议为契机，找问题、找差距，大力加强自身整改，以“服务人民、奉献社会”为宗旨，积极开展创建文明行业活动。民主评议行风已经成为纠风工作的一个重要手段，推动纠风专项治理工作向广度和深度发展。
一是减轻农民负担工作逐步深入。1998年，围绕全国粮食流通体制改革，加强了对粮食收购环节代扣代缴各种款项的监控；清理涉及农民负担的不合理项目8994个。自1999年开始，在全国普遍实行农民合理负担定项限额、“一定三不变”、村级订阅报刊“限额制”等制度和“八个禁止”政策，面向农民的乱收费、乱罚款和各种集资、摊派行为逐步得到纠正。20个省（区、市）普遍开展了农村税费改革试点，每年减轻农民负担300多亿元。各地通过开展对农村用电、用水、农民建房乱收费和报刊征订摊派以及全面清理要农民出钱出物出工各类达标升级活动的专项治理，共计减轻农民负担约800亿元，查处案件3万余起，13000余人受到党纪政纪处分。
二是纠正医药购销中不正之风工作取得较好进展。在1996年对药品回扣进行专项整治的基础上，1999年开展此项工作。全国取缔关闭113个非法药品集贸市场，取缔无证照药品生产、经营户4万余家，捣毁制假窝点2200余个，查处医药购销中违法违纪案件近7万件，通过降低药品价格，可为患者节省近200亿元。2000年全国药品零售价格首次出现负增长。药品集中招标采购制度逐步推行，由市（地）一级延伸到全国县级以上公立医疗机构，仅2002年招标采购金额就达300亿元，对降低药品虚高价格、减少不正之风的发生起到了积极作用。卫生系统行业作风建设不断加强，逐步实行了“病人选医生”、服务承诺、“住院费用一日清单”、“医疗服务价格清单”等制度。
三是减轻企业负担工作不断深化。在坚持全面清理面向企业收费项目的基础上，坚决禁止出台新的涉企收费项目，逐步推行收费许可证、收费员证、企业交费登记卡和同意票据制度。五年来共取消不合理收费6.4万多项，涉及金额2000多亿元，不少企业因此转亏为盈，为当时实现国有企业“三年脱困”的目标创造了条件。在重点治理减轻国有企业负担的同时，普遍开展了以查基层单位、查薄弱环节、查突出问题为主要内容的治理面向乡镇企业的乱收费和各种摊派问题的“三查”活动，减少了针对乡镇企业的不合理收费项目。各地区各部门还结合实际，编制了涉企收费目录，企业治乱减负工作逐步走上了制度化、规范化轨道。
四是治理公路“三乱”工作的成果进一步扩大。在保持对国道、省道基本无“三乱”的基础上，加强对县乡道路和内河航运水路进行治理，全国共有17个省（区、市）实现了所有公路基本无“三乱”的目标。新开通了海南至上海、山东寿光至哈尔滨两条“绿色通道”，从而使反季节蔬菜瓜果的运输纵贯我国南北，被人民群众称作是“办了一件利国利民的好事。”五年来，共查处公路“三乱”案件2万余起，受党纪政纪处分近万人，全国共撤除违规设置的公（水）路站（卡）4546个。
五是治理中小学乱收费工作不断取得新成效。在绝大多数贫困县的农村中小学实行了“一费制”收费办法，减轻了学生家长的经济负担。直辖市和省会城市义务教育阶段公办学校招收“择校生”的数量有所减少，非义务教育阶段普通高中招收择校生“三限”政策在大多数地区得到落实，高校收费“双轨制”问题逐步得到解决。通过综合治理，共减轻学生家长负担近30亿元。
六是清理预算外资金工作成效明显。将清理工作与公、检、法和工商四部门落实“收支两条线”的规定结合起来，通过查账户、查账目、查票据，取消了一批不符合规定的预算外资金银行账户，进一步加强了财政专户的管理。
七是治理公费出国（境）旅游工作成果得到巩固。压缩和制止公费出国（境）人员23301人，节约出国经费5.3亿元。对违纪行为的查处力度加大，仅1998年就查处837人公费出国（境）旅游问题，收缴违纪金额790万元。
此外，对违规制售、购买和使用各种代币券（卡）不正之风的集中整治取得阶段性成果，全国共清理代币券（卡）187亿元。
纠正损害群众利益的不正之风是一项长期工作。上述治理工作直到今天仍然在进行，不断取得阶段性成果。
五、治本抓源头
我国正处于并将长期处于社会主义初级阶段，腐败现象滋生的土壤和条件在短期内难以消除。通过深化改革，形成有效防范腐败的体制机制制度，加大从源头上治理腐败的力度，是加强党风廉政建设和******工作的重要任务。
十五大以后，党中央决心从执法、司法和军队等要害部门着手，抓住导致腐败滋生的源头问题进一步治理腐败。
（一）贯彻落实“收支两条线”规定
1993年，中央纪委二次全会提出了落实“收支两条线”的规定。1998年5月，中央纪委、监察部召开了公安部等六部门落实“收支两条线”规定全国电视电话会议。会议要求：公检法和工商部门要坚决执行中央关于“收支两条线”的规定，所有的行政事业性收费、罚没收入都必须按规定及时足额缴入国库或财政预算外资金专户，任何单位或个人都不得截留或者挪用；严格执行行政事业性收费的立项审批，收费项目要向社会公布；加强对行政事业性收费、罚没收入的支出管理，制止各种奢侈浪费行为；把落实“收支两条线”规定列为司法队伍教育整顿的重要内容等。“收支两条线”规定的贯彻落实，对于从根源上预防和杜绝腐败的发生，维护执法部门和司法部门的公正性，都具有重要意义。
（二）整顿建筑市场秩序，建立有形建筑市场
建筑业是国民经济的重要支柱产业。在建筑业快速发展过程中，建筑领域出现了不少问题，突出的是建筑市场秩序混乱，权钱交易等违法犯罪和腐败现象严重，大案要案居高不下。这些问题不仅造成重大经济损失，而且严重危害了国家和人民的生命财产安全。为推广有形建筑市场的经验和作法，1998年7月初，中央纪委书记尉健行在江苏考察时代表中央纪委提出四方面具体要求：第一，要坚持一定范围的工程发包承包必须实行招标投标，特别是实行公开招标投标的制度。第二，要积极推行建立有形建筑市场的经验和做法。第三，所有工程都必须按照法定程序进行建设，一律不得转包和违法分包。第四，任何单位和个人包括各级领导干部都不准利用职权或影响，以任何方式干预和插手工程发包承包活动的正常进行，确保招标投标活动按照公开、公正、平等竞争的原则进行。这些具体要求，有力地促进了有形建筑市场的建立和推广，对于有效预防和治理建筑领域的腐败现象发挥了积极作用。
（三）军队、武警部队、政法机关不再从事经商活动
改革开放以后，军队、武警部队、政法机关为了克服经费不足、有关福利待遇偏低等问题，开办各种经营性公司，从事各种经商活动。这些活动不仅助长了消极腐败现象，而且在经济生活中产生了大量矛盾和问题。1998年7月，党中央审时度势，作出军队、武警部队和政法机关一律不再从事经商活动的重大决策。为了加强领导，中央成立了军队武警部队政法机关不再从事经商活动工作领导小组，由胡****任组长。7月28日，中央纪委、中央政法委召开电视电话会议宣布：军队、武警部队和政法机关不再从事经商活动，它们及其所属单位办的各种经营性公司，要认真进行清理，这些公司与军队、武警部队、政法机关要尽快脱钩。在对公司企业进行登记和清理期间，各相关单位要严格遵守和执行以下纪律：（1）严禁隐匿、转移、转让、变卖企业资产；（2）严禁以任何名义私分企业财物；（3）严禁弄虚作假，涂改、转移或者销毁账目；（4）在清理期间停止调动和提拔企业人员，严防有违法违纪嫌疑的人员出国（境）；（5）不准设置障碍，干扰中央决定的贯彻实施。
在中央领导小组办公室、全国交接工作办公室和军队武警部队领导小组办公室的共同努力下，经过深入调研和科学论证，形成了《军队武警部队不再从事经商活动的实施方案》、《政法机关不再从事经商活动的实施方案》，以及与之配套的10多个政策性文件，对工作中涉及的一系列具体问题作出了规定，为开展工作提供了比较完备的政策法规依据。
1999年初，军委常务会议分析研究了全军不再从事经商活动工作的进展情况，下发了《关于坚决巩固不经商工作成果严肃认真地解决存在问题的通知》，对继续做好企业移交、撤销的后续工作提出要求。各地区、各部门认真组织撤销企业按照法定程序搞好清产核资，积极清偿债务、追收债权，努力补交欠税，妥善安置企业人员，并在此基础上抓紧办理注销手续；依法办理解除挂靠关系企业的相关手续，彻底切断其与政法机关的联系。按照有关政策规定，对保留企业的名称、经营范围、财务管理等予以严格的界定和规范，加强管理和监督，防止违反规定再从事经商活动。