讲到这里，当然会发生两个疑问：第一，那时候科学像有新兴的机运，为什么戛然中止？第二，那时候学派潮流很多，为什么后来只偏向考证学一路发展？我现请先解答第一个问题。
学术界最大的障碍物，自然是八股。八股和一切学问都不相容，而科学为尤甚。清初袭用明朝的八股取士，不管他是否有意借此愚民，抑或误认为一种良制度，总之当时功名富贵皆出于此途，有谁肯抛弃这种捷径而去学艰辛迂远的科学呢？我们最可惜的是，以当时康熙帝之热心西方文物，为何不开个学校造就些人才？就算他不是有心窒塞民智，也不能不算他失策。因为这种专门学问，非专门教授不可。他既已好这些学问，为什么不找些传人呢？所以科举制度，我认为是科学不兴的一个原因。
此外还有很重大的原因，是耶稣会内部的分裂。明末清初那一点点科学萌芽，都是从耶稣会教士手中稗贩进来，前文已经说过。该会初期的教士，传教方法很巧妙。他们对于中国人心理研究得极深透。他们知道中国人不喜欢极端迷信的宗教，所以专把中国人所最感缺乏的科学智识来做引线，表面上像把传教变成附属事业，所有信教的人仍许他们拜“中国的天”和祖宗。这种方法，行之数十年，卓著成效。无奈在欧洲的罗马教皇不懂情形，突然发出有名的“一七〇四年（康熙四十三年）教令”。该教令的内容，现在不必详述。总而言之，是谈此前传教方法之悖谬，勒令他们改变方针，最要的条件是禁拜祖宗。自该教令宣布后，从康熙帝起以至朝野人士都鼓噪愤怒，结果于康熙四十六年（一七〇七年）把教皇派来的公使送到澳门监禁。传教事业固然因此顿挫，并他们传来那些学问也被带累了。
还有一件附带原因，也是教会行动影响到学界。我们都知道康熙末年因各皇子争位闹得乌烟瘴气。这种宫闱私斗，论理该不至影响到学问，殊不知专制政体之宫廷，一举一动，都有牵一发动全身的力量。相传当时耶稣会教徒党于皇太子允礽，喇嘛寺僧党于雍正帝胤祯，双方暗斗，黑幕重重。后来雍正帝获胜，耶稣会势力遂一败涂地。这种史料，现时虽未得有充分证据，然而口碑相传，大致可信。雍正元年，浙闽总督满宝奏请，除在钦天监供职之西洋人外，其余皆驱往澳门看管，不许阑入内地，得旨施行。这件事是否于宫廷阴谋有关，姑且不论。总之，康熙五六十年间所延揽的许多欧洲学者，到雍正帝即位之第一年，忽然驱除净尽。中国学界接近欧化的机会从此错过，一搁便搁了二百年了。
其次，要解答“为什么古典考证学独盛”之问题。
明季道学反动，学风自然要由蹈空而变为核实——由主观的推想而变为客观的考察。客观的考察有两条路：一自然界现象方面；二社会文献方面。以康熙间学界形势论，本来有趋重自然科学的可能性，且当时实在也有点这种机兆。然而到底不成功者，其一，如前文所讲，因为种种事故把科学媒介人失掉了。其二，则因中国学者根本习气，看轻了“艺成而下”的学问，所以结果逼着专走文献这条路。但还有个问题，文献所包范围很广，为什么专向古典部分发展，其他多付阙如呢？问到这里，又须拿政治现象来说明。
康熙帝是比较有自由思想的人。他早年虽间兴文字之狱，大抵都是他未亲政以前的事，而且大半由奸民告诉官吏徼功，未必出自朝廷授意。他本身却是阔达大度的人，不独政治上常采宽仁之义，对于学问，亦有宏纳众流气象。试读他所著《庭训格言》，便可以窥见一斑了。所以康熙朝学者，没有什么顾忌，对于各种问题，可以自由研究。到雍正、乾隆两朝却不同了。雍正帝是个极猜忌刻薄的人，而又十分雄鸷。他的地位本从阴谋攘夺而来，不得不立威以自固，屠杀兄弟，诛戮大臣，四处密派侦探，闹得人人战栗。不但待官吏如此，其对于士大夫社会，也极威吓操纵之能事。汪景祺（雍正二年）、查嗣庭、吕留良（俱雍正十四年）之狱，都是雍正帝匠心独运罗织出来。尤当注意者，雍正帝学问虽远不及乃翁，他却最爱出风头和别人争辩。他生平有两部最得意的著作，一部是《拣魔辨异录》，专和佛教禅宗底下的一位和尚名弘忍者辩论。[6]一部是《大义觉迷录》，专与吕晚村（留良）的门生曾静辩论。[7]以一位帝王而亲著几十万字书和一位僧侣、一位儒生打笔墨官司，在中外历史上真算绝无仅有。从表面看，为研求真理而相辩论，虽帝王也该有这种自由。若仅读他这两部书，我们并不能说他态度不对，而且可以表相当的敬服。但仔细搜求他的行径，他著成《拣魔辨异录》以后，跟着把弘忍的著述尽行焚毁，把弘忍的门徒勒令还俗或改宗。他著成《大义觉迷录》以后，跟着把吕留良剖棺戮尸，全家杀尽，著作也都毁板。像这样子，那里算得讨论学问，简直是欧洲中世教皇的牌子。在这种主权者之下，学者的思想自由，是剥夺净尽了。他在位仅十三年，影响原可以不至甚大，无奈他的儿子乾隆帝，也不是好惹的人。他学问又在乃祖乃父之下，却偏要“附庸风雅”，恃强争胜。他发布禁书令，自乾隆三十九年至四十七年继续烧书二十四回，烧去的书一万三千八百六十二部。直至乾隆五十三年，还有严谕。他一面说提倡文化，一面又钞袭秦始皇的蓝本。所谓“黄金时代”的乾隆六十年，思想界如何的不自由，也可想而知了。
凡当主权者喜欢干涉人民思想的时代，学者的聪明才力，只有全部用去注释古典。欧洲罗马教皇权力最盛时，就是这种现象。我国雍乾间也是一个例证。记得某家笔记说：“内廷唱戏，无论何种剧本都会触犯忌讳，只得专搬演些‘封神’‘西游’之类，和现在社会情状丝毫无关，不至闹乱子。”雍乾学者专务注释古典，也许是被这种环境所构成。至于他们忠实研究的结果，在文献上有意外的收获和贡献，这是别的问题，后文再讲。自康雍以来，皇帝都提倡宋学——程朱学派，但民间——以江浙为中心，“反宋学”的气势日盛，标出“汉学”名目与之抵抗。到乾隆朝，汉学派殆占全胜。政府方面文化事有应该特笔大书的一件事，曰编纂《四库全书》。四库开馆，始自乾隆三十八年，至四十七年而告成，著录书三千四百五十七部，七万九千七十卷；存目书六千七百六十六部，九万三千五百五十六卷。编成缮写七本，颁贮各地：一、北京禁城之文渊阁本（今存）。二、西郊圆明园之文源阁本（咸丰间毁于英法联军）。三、奉天之文溯阁本（今移存北京）。四、热河之文津阁本（今移存北京）。五、扬州之文汇阁本。六、镇江之文宗阁本（并毁于洪杨之乱）。七、杭州之文澜阁本（洪杨之乱半毁，现已补钞，存浙江图书馆）。原来搜集图书制目录，本属历朝承平时代之常事，但这回和前代却有点不同，的确有他的特别意义和价值。著录的书，每种都替他作一篇提要。这种事业，从前只有私人撰述——如晁公武《郡斋读书志》，陈振孙《直斋书录解题》等，所有批评都不过私人意见。《四库提要》这部书，却是以公的形式表现时代思潮，为向来著述未曾有。当时四库馆中所网罗的学者三百多人，都是各门学问的专家。露骨的说，四库馆就是汉学家大本营，《四库提要》就是汉学思想的结晶体。就这一点论，也可以说是：康熙中叶以来汉宋之争，到开四库馆而汉学派全占胜利。也可以说是：朝廷所提倡的学风，被民间自然发展的学风压倒。当朱筠（汉学家）初奏请开四库馆时，刘统勋（宋学家）极力反对，结果还是朱说实行。此中消息，研究学术史者不可轻轻放过也。
汉学家所乐道的是“乾嘉诸老”。因为乾隆、嘉庆两朝，汉学思想正达于最高潮，学术界全部几乎都被他占领。但汉学派中也可以分出两个支派：一曰吴派，二曰皖派。吴派以惠定宇（栋）为中心，以信古为标帜，我们叫他做“纯汉学”。皖派以戴东原（震）为中心，以求是为标帜，我们叫他做“考证学”。此外尚有扬州一派，领袖人物是焦里堂（循）、汪容甫（中），他们研究的范围，比较的广博。有浙东一派，领袖人物是全谢山（祖望）、章实斋（学诚），他们最大的贡献在史学。以上所举派别，不过从个人学风上，以地域略事区分。其实各派共同之点甚多，许多著名学者，也不能说他们专属那一派。总之，乾嘉间学者，实自成一种学风，和近世科学的研究法极相近，我们可以给他一个特别名称，叫做“科学的古典学派”。他们所做的工作，方面很多，举其重要者如下：
一、经书的笺释 几部经和传记，逐句逐字爬梳，引申或改正旧解者不少，大部分是用笔记或专篇体裁，为部分的细密研究。研究进步的结果，有人综合起来作全书的释例或新注新疏，差不多每部经传都有了。
二、史料之搜补鉴别 关于史籍之编著源流，各书中所记之异同真伪、遗文佚事之阙失或散见者，都分部搜集辨证。内中补订各史表志，为功尤多。
三、辨伪书 许多伪书或年代错误之书，都用严正态度辨证，大半成为信谳。
四、辑佚书 许多亡佚掉的书，都从几部大类书或较古的著述里头搜辑出来。
五、校勘 难读的古书，都根据善本，或厘审字句，或推比章节，还他本来面目。
六、文字训诂 此学本经学附庸——因注释经文而起，但后来特别发展，对于各个字意义的变迁及文法的应用，在“小学”的名称之下，别成为一种专门。
七、音韵 此学本“小学”附庸，后来亦变成独立，对于古音、方音、声母、韵母等，发明甚多。
八、算学 在科学中此学最为发达，经学大师，差不多人人都带着研究。
九、地理 有价值的著述不少，但多属于历史沿革方面。
十、金石 此学极发达，里头所属门类不少，近有移到古物学的方向。
十一、方志之编纂 各省府州县，皆有创编或续订之志书，多成于学者之手。
十二、类书之编纂 官私各方面，多努力于大类书之编纂，体裁多与前代不同，有价值的颇多。
十三、丛书之校刻 刻书之风大盛，单行善本固多，其最有文献者，尤在许多大部头的丛书。
以上所列十三项，不过举其大概，分类并不精确，且亦不能包举无遗，但乾嘉诸老的工作，可以略窥一斑了。至于他们的工作法及各项所已表见的成绩如何，下文再分别说明。
乾嘉诸老中有三两位——如戴东原、焦里堂、章实斋等，都有他们自己的哲学，超乎考证学以上，但在当时，不甚为学界所重视。这些内容，也待下文再讲。
乾嘉间之考证学，几乎独占学界势力，虽以素崇宋学之清室帝王，尚且从风而靡，其他更不必说了。所以稍为时髦一点的阔官乃至富商大贾，都要“附庸风雅”，跟着这些大学者学几句考证的内行话。这些学者得这种有力的外护，对于他们的工作进行，所得利便也不少。总而言之，乾嘉间考证学，可以说是，清代三百年文化的结晶体，合全国人的力量所构成。凡在社会秩序安宁、物力丰盛的时候，学问都从分析整理一路发展。乾嘉间考证学所以特别流行，也不外这种原则罢了。