连宋竞选班底总干事
2000年大选失败后，宋楚瑜公开组党，原国民党阵营内部一大批拥护宋楚瑜的党员加入了亲民党。此事对于国民党来说，是又一次重大打击。而陈水扁掌握了台湾的最高权力，心里也清楚，他的获胜，完全是侥幸，在四年任期内，如果不彻底打垮国民党，那么，国民党必将卷土重来。因此，他抓住了“执政”的有利条件，主要精力不是放在理政以及发展台湾经济上面，而是放在打击国民党，制造族群对立方面。
陈水扁打击国民党最为重要的一件事，便是限制党产。
由于宋楚瑜所掌握的那笔政治资金的曝光，加上后来陆续公开的李登辉转往国外的大笔政治资金，引起了台湾民众的不满，陈水扁趁机要求登记党产，分清哪些财产可属于国民党，哪些应该属于“国家”。如此一来，原来属于国民党的大量党产被收回，国民党的经济来源从此断绝。由于经济上陷入困境，国民党内许多的党员自动脱党。而趁此机会，民进党则快速发展，几年间恶性膨胀，成为台湾第一大政党。
这种形势，无论对于国民党还是亲民党，都是异常严峻的，国民党和亲民党原本就是一家，此时，一些有识之士看到了危机，开始发出整合的声音。
2004年，又一届“大选”到来之时，国民党和亲民党两大党魁都意识到，两党合则有可能赢，分则必输无疑，因此，连战和宋楚瑜出现了联合，两人配对参加“大选”。马英九出任连宋竞选班底的总干事，成为这次选举的重要人物。形势一片大好。
第一次成为执政党的民进党在陈水扁上任后发现自己寸步难行，许多事件的处理方法备受争议。特别是在核四问题中，陈水扁政策的改变让大多数人措手不及，他被猛烈抨击是言而无信，甚至一度面临被国民党议员提案弹劾。在陈水扁作出让步，宣布将续建核四之后，危机才解除。
扁政府的“内阁”成员亦更动多次：“行政院院长”一职，陈水扁最早希望由在大选中助他一臂之力的“中央研究院”院长李远哲担任，但是在李远哲拒绝后提名国民党籍的前“国防部长”唐飞担任阁魁，唐飞在三个月后因核四的分歧辞职，最后由民进党籍的张俊雄接任；“教育部长”最早是由阳明大学校长曾志朗出任，但此人又因使用汉语拼音及教育改革的问题而在两年后辞职。
陈水扁上台之前，许多人认为应该让民进党人上台，以取代已经执政达50多年、腐败的国民党。但是在陈水扁上台之后饱受争议，主要是批评他言而无信、竞选期间许多承诺跳票等。而在所有攻击陈水扁的人士中，最严厉的却是早先出身民进党的人士，包括在党内初选时落败、之后退党的民进党前主席许信良以及陈文茜等人，他们对陈水扁批评的程度，可从他们在2004年台湾总统大选中挺身反扁的言论中得知。陈文茜表示，在有关两岸“三通”的问题上，陈水扁曾14次表示强烈地支持并承诺尽快处理，可又有7次表示强烈地反对，认为危及台湾国防安全。
在执政三年后，陈水扁执政引起很大争议，有人批评是“从当选的那一天起就为连任做准备”。陈水扁早前反对党政合一，上台后却又兼任民进党主席，而且压制党内反扁势力与声音，让一些曾经参与党外运动的人感到被欺骗。2002年9月，因军公教待遇改革问题，10万名教师在教师节发起游行；几个月以后，一直是民进党长期支持者的农民、渔民们，因不满陈水扁政府准备废除农渔会的政策，也曾上街抗议。
在两岸和外交政策方面，陈水扁一直是台独色彩浓厚的一名政治人物，在他的“5-20”就职演说中，陈水扁提出了“四不一没有”的承诺，在一定程度上缓和了两岸因他的当选而造成的紧张关系。一年之后，他又提出了“一边一国”，导致两岸形势紧张。他的反复使得中国大陆不愿与其对话。而在对美关系上的日益紧张，让台湾驻美代表程建人在2004年1月于“立法院”表示台湾和美国的关系目前是“史无前例的状况”。在公投法通过之后，美国、日本、欧盟等国对台湾问题表示关切，这些国家的政府不相信陈水扁的解释，并将他的行为解释为挑战台海现状。
在经济议题上，台湾民间企业界希望看到两岸三通，但是陈水扁政府以顾虑台湾安全为由，降低对大陆依赖，而不愿积极推动。在不愿三通的同时，扁批评商人不愿意留在台湾，“钱进大陆，债留台湾”。为取代西进大陆政策，陈水扁曾一度提出过“南下”政策，鼓励台商到东南亚投资，但最后成效不佳。
陈水扁在一些选民，特别是南部选民中间还是享有很高的支持度。陈水扁被认为是“台湾之子”，是真正的台湾人。在南部草根阶层中他被认为是“总统”的不二人选。许多陈水扁的支持者将陈执政中的失败大致归咎于在野党的不断杯葛、反对、阻挠扁的执政。扁的支持者主要是闽南籍本省选民和台独主义者。
“大选”辩论的焦点
2004年的大选，台湾朝野双方展开了激烈辩论，经济问题和两岸关系是重点议题。经济问题上，在野的国亲丽党指责陈水扁政府无能，搞垮了台湾的经济。在野党进一步比较民进党执政前与执政后的经济形式，试图证明民进党任内的台湾经济在下滑，失业人数上升，而大学新毕业生则越来越难找到工作。而民进党政府则称，经济问题是大环境所造成的，与其它一些地区如欧盟、新加坡、香港等比起来，台湾的失业问题并不太严重，经济表现也不算太糟。且在野党仗着其在立法院较多的席次，进行长期“非理性”政治杯葛，造成政治争端不断，也必须负起责任。
在两岸关系上，民进党指明国亲两党是亲中国的政党，甚至暗示两党“卖台”。民进党也批评国民党是“外来政权”，长期打压本土人士。国亲联盟则反过来批评民进党的两岸政策会为台湾带来灾难。在两岸直航的问题上，民进党持保留态度，原则上遵循李登辉主张的“戒急用忍”政策，而国亲两党则趋于赞同，认为有助经济发展。10月中旬，陈水扁在接受美国《华盛顿邮报》记者专访时称，国亲两党接受中国的“暗助”，却无法提出令人信服的证据。国亲两党对此强烈否认，并控告陈水扁，不过因陈水扁享有司法豁免权而未获受理。
在统独的问题上，国亲两党不愿公开承认、明确地支持统一并以此为选举的主要政见之一，以避免对于争取台湾本土意识选票造成不利。不过连战2003年10月在美国的一个智库会议上发表讲话时，却再次表示国民党的立场，即支持“一中各表”，还向在场的美国政策顾问们解释了“一中各表”的含义。但副手宋楚瑜所提出的“一中屋顶”主张，却被认为有着更为浓厚的，向中国靠拢的意味。
统独意识形态争议因台湾的省籍矛盾而更加复杂化。省籍问题是每次选举双方都会面对的敏感问题。台湾人口中，有85%为台湾本省人，15%左右是1949年随国民党撤抵台湾的“外省人”，其它还包括了少部分高山族原住民和客家人等。民进党多次指责国亲两党是外省人权贵（“复辟”旧势力）操纵的政党。而国亲两党又反过来批评民进党“玩弄”省籍问题，故意挑拨族群关系，是民粹主义。
2月28日是台湾二·二八事件纪念日。民进党利用这次机会举办史上规模最大的一次群众集会活动，“手护台湾”，参与的150万群众从南到北手牵手，喊出“支持公投”、“反对飞弹”、“中国N。”、“台湾YES”等口号。国亲两党也在高雄举行“心连心”纪念活动，也有数十万群众出席。对于双方阵营在2月28日以族群和解为名举行大型造势活动，多个团体和个人表示反对。由台湾社会知名人士组成的族群和解联盟就批评，两个阵营都假借族群融合制造族群仇恨，在2月28日之前多次倡议双方放弃在2、28当天举办任何活动。但这个联盟本身亦被怀疑偏袒泛蓝阵营，对其公平性表示质疑的声音也不少。
2003年9月末，陈水扁在民进党党庆上首次提出“新宪说”，称要在2006年“催生台湾的新宪法”，并在民进党内邀集学者专家，成立“九人制宪小组”，由台湾大学名誉教授李鸿禧担任召集人，初步研究新宪法的架构。
支持台湾主权独立的人士认为“新宪说”是与李登辉提出的“2008建国论”相呼应，而民进党人士则否认新“宪法”将涉及更改国号或变更领土范围等敏感议题，但双方皆同意：现在所施行的，1947年在中国制定的这部“宪法”，已经与台湾现状脱节。“新宪说”出台后成功地使民进党获得了支持改革的形象，而国民党迫于民意也在10月10日“双十节”时宣布要在当选后修改“宪法”，完善宪政体制，但否认是由于受到陈水扁的新宪说的压力，称很早就有意修改现行的“宪法”。
2003年10月25日，民进党发动20万人大游行，支持公投、制新宪法。
在这次游行中吕秀莲首次提出要开创台湾新时代，更改台湾的国号，使之成为一个“正常的国家”。民进党在选举中公开暴露其台独嘴脸，很多观察家认为是为了两点原因：1）巩固台独与本土人士选票；2）激起台湾民众的逆反心理，从而帮助提升民进党支持度。这在2000年时已有先例，当时在选举前几天，中国国务院总理朱镕基曾发表对台强硬谈话。但这次北京始终保持沉默，很少对台湾政局表示评论，而是通过美国对陈水扁施加压力，令华盛顿担心区域情势的平衡。
公投议题也相当突出。2003年6月陈水扁提出，将兑现2000年“总统”大选时的承诺，在任内推动政策咨询性公投，但将不涉及敏感的政治地位等公投。但是7月台湾“立法院”召开临时会议时，《公投法》并没有获得通过。不过陈水扁依然坚持公投，并说会以行政命令方式推动，在2004年总统大选前举行有关核四电厂的公民投票。国亲两党阵营指责陈水扁试图通过公投恶化两岸关系、挑拨台湾民意，从而操控选举。尽管如此，7月的立法院临时会议上由于两个阵营无法在公投法细节上达成协议而未能立法。之后在野党就宣布反对在无法可依的情况下强行进行公投。
到12月，情势发生转变，泛蓝宣布不再阻挡《公投法》，使得该法顺利通过，但是却运用议事规则，限制剥夺行政部门提出公投的权利。陈水扁称将使用《公投法》第17条所赋予总统的权力举行“防御性公投”，因而面对美国方面的强大压力。尽管如此，陈水扁还是在2004年1月公布了两个公投题目，并表明不受国际压力影响。针对陈水扁的动作，国亲两党表示反对，宣称陈水扁的行为违法，因为他在国家主权没有变更之虞的情况下就发动公投，而且两个公投题目（是否支持要求中国大陆撤除对台飞弹，和是否支持两岸和谈）本来就已经是台湾人民的共识，没有举行公投的必要。虽然在野党表示反对，却不愿意发动拒领公投票等行为来抵制，担心这样做会影响到目前对泛蓝有利的选情，且泛蓝阵营内部，对于公投的意见也不一致。
民进党方面，则继续宣传公投的必要性。他们认为：中国以将近500枚导弹瞄准台湾，随时有可能意图以强势武力，威胁台湾“主权独立”的现状，符合公投法第17条“国家主权有变更之虞”的意旨。且台湾人反对中国武力侵略的主流民意，必须透过公投，让国际上能够更明确地了解。“行政院新闻局”宣布，愿意就是否应该举行公投一事与在野或民间人士举行10场辩论会，但国亲两党因选举考虑表示不愿意参加。
不过到2月17日，公投辩论一事发生变化，政治评论家赵少康、无党籍立委陈文茜、作家李敖、民进党前主席许信良等5名倾泛蓝的民间“名嘴”宣布愿意与“行政院”就公投议题辩论。他们指称：公投虽然是人民的基本权力，但是这次民进党发动的公投既不合法、又没必要，人民无论投赞同或支持，实际都预设了这种他们所宣称的违法行为，唯一的抵制方法应该是拒绝领票，让公投无法达到50%投票率的门槛，而最终无效。
还有一个颇具争议性的问题是台湾教育改革。台湾教育改革1994年由中央研究院院长李远哲领导规划，但是在正式实施后暴露出许多问题。
其中最突出的包括：学费升高、学生压力不减反升、学生学习品质下降等。
陈水扁政府被指责应该为教改失败负责，特别是在学费调涨方面。在野党批评出生“三级贫户”的陈水扁在当选后脱离了底层中低收入阶层，学费负担过重令许多学生无法进入大学。民进党则反驳，教改是在国民党政府时期就已经开始推动，因此国民党才因负全部责任，且就学费涨幅而言。
在公投议题炒作不顺利后，民进党又转而展开另一波攻势，指责连战的家产取得不当。民进党称，连战祖上是台湾名门望族，但是家产都在日据期间被日本政府没收，连战现在的财产是从其祖父继承而来。但是连战的祖父、父亲与连战自己都是国民党公务员，怎么可能在三代之内积累财富200亿台币？民进党又在连战矢口否认在国外拥有房产后，挖出连战在美国有三栋房产。国民党则先是否认连战200亿财富的说法，后又指责陈水扁当总统的3年内，股票市值增长140%。而同时期全台湾人民股票市值平均减少20%；国民党还称，陈水扁的儿子在服兵役期间就可以开跑车，置疑陈水扁的财产来源。
“黑金”是执政党利用行政优势，从财团或个人取得非法或不当利益。
在过去，“黑金”一词始终于国民党联系在一起，国民党被认为是黑金政党。
在2000年的选举中，民进党的许多支持者，特别是在教育程度较高的支持者中，大多数都是为了“终结黑金”，才投票给民进党的。但是在这一次的选举中，民进党政府，甚至陈水扁本人的清廉作风遭到在野党置疑，最主要的批评就是陈水扁当选前一直攻击国民党黑金，当选后却立即与李登辉结盟，两人关系形同父子。
在选举之前30多天，正遭到台湾政府通缉的某集团前总裁陈由豪在香港表示，曾经以政治献金方式资助国、民两党。民进党指责陈是因为被通缉，所以才怀狠报复。3月1日，陈由豪又公开指控，宣称他曾经亲自到陈水扁家中，送给陈水扁妻子吴淑珍600万现金。但是诸多指控，都未能提出更为明确的证据。而台湾的检调机关也持续要求陈由豪回国说明，但陈由豪却一直避不响应。由于陈由豪只透过媒体提出指控，因此也受到泛绿阵营普遍指控：泛蓝阵营在背后操纵的可能性。
3月15日，陈由豪再度在美国召开记者会，公布了之前一直被广泛揣测的那位随陈由豪到陈水扁家的“大老”就是民进党立法委员沈富雄。对此沈富雄在3天后出面说明：“可能”有此事，但不排除他自己或吴淑珍记错了，他还表示自己有相关的证据，但是一定要到法庭上才会公布。但是吴淑珍之后又表示自己不会记错：并无此事。
虽然民进党清廉形象因普遍亲泛蓝阵营，媒体的密集质疑报导多少遭到损害，但大多数台湾民众对国民党已经彻底洗心革面表示怀疑。国民党多处在独裁时代不当取得的资产，至今没有归还，且有透过所谓“信托化”的手段，藉以脱产的嫌疑。对于此一议题，除了泛绿阵营“立法委员”要求“政府”追讨外，“行政院”也提出“不当取得党产处理条例”。但在“立法院”遭到泛蓝阵营“立法委员”联手，在“程序委员会”封杀。
蓝绿双方的选举策略
泛绿民进党的选举主轴很早已经定下，即以公投为选举的主轴，转移选民对经济状况的转移力，而更关心台湾的政治地位问题。此外民进党也口出2006年新“宪法”，却故意模糊2006年新“宪法”的内容，在巩固自己的基本盘的情况下，也同时拉拢一些支持改革的中间选民。
另外泛绿也意识到必须团结、巩固自己的基本选民，为此他们动员20万人发动“10-25”公投大游行，再次展示自己在南部的实力。同时他们也通过“负面文宣”，批评对手的参选人，甚至不惜对对方进行人身攻击，如发布批泛蓝的光盘、指控宋楚瑜有小老婆、为马英九扣“红帽子”等，虽然有可能丧失一些中间选民的选票，却有利于巩固传统的亲泛绿选票。
民进党的策略在很大程度上是十分成功的，再加上陈水扁2003年10月过境美国出席多个公开场合，宣扬其在外交上的成就，使陈吕与连宋的民调差距从2003年3月最高时的15%左右已经缩小到3%的误差范围以内，“总统府”秘书长丘义仁形容这次选举将会是“割喉战”，绿军仅差40万票。不过也有人评论，民调数字拉近主要并不是由于民进党的支持度上升（泛绿的支持度始终维持在30%到40%之间），而是由于泛蓝的支持度不断T滑，很多选民从原先的支持泛蓝改为不表态。
选战开始时，民进党的主要策略就是攻击2000年大选时声望较高的宋楚瑜，其中之一就是指责宋楚瑜是“散财童子”，在担任台湾“省主席”期间利用经济资源巩固自己在地方的影响，“要5毛给1块”，挥霍公款以突现自己的政绩。宋楚瑜在担任“省主席”期间以亲民的形象获得很高的民意支持，民进党希望通过打压宋楚瑜来打击连宋的高支持度，分化蓝营的团结。而具讽刺的是，“散财童子”的“封号”正是2000年“总统”大选时国民党批评宋楚瑜的主要宣传手段，民进党在2004年选举中故意将2000年时连宋的矛盾暴露出来，希望能造成连宋是为利益结合的印象。对此亲民党表示现届政府也同样花费上百亿元用于高雄铁路的建设，也是一种巩固选票的行为，但不同的是民进党政府用掉大笔资金，却依然无法改善台湾经济。
国亲两党也将2000年大选时的分裂归罪于当时的国民党主席李登辉。
2003年10月22日，李登辉首次就“兴票案”亲自到台北地方检察署作证。“兴票案”最早是2000年台湾“总统”大选时国民党指责宋楚瑜在任国民党秘书长期间不当侵占党产，并曾在2000年2月提出告诉。但地检署在2001年作出不起诉处分决定，而在国亲两党公开联合后，国民党也表示放弃民事追诉权。但这次地检署以发现新证据为由，重新开始调查，并派出5名检察官进行侦查，被亲民党指责是政治迫害。
宋楚瑜随后在25日召开记者会，表示愿意与李登辉当面对质。亲民党也发现在一张据称是李登辉在庭上所写的发言要点中，字迹并不是李登辉的，但却用李登辉的口吻写成，因此怀疑是检察当局与李登辉串供。对此地检署否认，说只是在场的一名检察官记下的发言要点。亲民党也批评，民进党政府上台后并没有认真对多起涉及李登辉本人的案件进行侦查，却在选举时刻开始侦办“兴票案”，是有政治动机。
泛蓝在选举初期表现不理想，由于未能主导议题，而且也没有进行任何大规模的造势活动，令连宋的支持度从刚刚宣布联合时的超过50%一路下滑，甚至在一些民调中已经落后民进党1%。对此，很多人认为主要是由于泛蓝没有意识到选举已经接近，而是依然认为自己遥遥领先，能够依靠基本盘获胜。有人警告，台湾选民的基本结构已经从2000年时的60比40改为55比45.很多人建议，国亲两党应该立即合并，以更有利于统一选举步调。此外也有人提议将“中国国民党”改名为“国民党”或“台湾国民党”，以突现本土化成分。此外，有人也批评连战所谓选举是“中华民国”对“台湾共和国”的说法，认为国亲两党应该将选举焦点带到经济方面，而不是在政治定位上与泛绿较量。
随着民调的不断下滑，国亲两党也有一些选举策略上的调整。11月8日泛蓝在台中举行首场造势晚会，试图拉抬选举气氛，凝聚选票。11月底国亲两党又在公投议题上重拳出击，国亲两党提出的公投版本大获全胜，令民进党的选举策略受到重大影响。之后泛蓝决定由王金平出任连宋竞选总部主委，马英九为总干事。王金平在泛蓝较弱的南部有很大影响力，而马英九则是国民党的政治明星，两人在选举中担任要角，无疑帮连宋加分不少。
泛蓝另一个需要面对的问题是“宋强连弱”。宋楚瑜一直以来就十分善于选举造势，而连战却一直被认为没有领袖魅力。在这种情况下，泛蓝的候选人时常给人造成“宋强连弱”的印象，使得一些国民党的支持者担心，如果连宋当选，宋楚瑜有可能掌控实权。对此宋楚瑜不得不减少发言次数，让连战担当主角。到2003年12月时，大多数关于“宋强连弱”的担忧已经消失。
在整场选举中，泛蓝始终没有能够主导选举主轴，将焦点转移到民生经济议题上来。他们猛烈批评执政党没有执政能力，而突显自己拥有专业的行政团队，丰富的行政经验，还拉来5名诺贝尔经济学奖得主，为他们的经济政策背书。但是尽管如此，泛蓝的这些动作都没有被媒体广泛报导，因为相较之下显然泛绿提出的“公投制宪”等议题更为吸引人。不过一些专家则认为，媒体所没有兴趣的并不等于公众就一定没有兴趣，事实上大多数人对于公投的两个题目都不清楚，他们更关注跟自己生活周遭的事情。
群众动员台湾选举的一个大特色就是动员群众举行“造势”活动。许多人相信，大型“造势”活动对于拉抬选情有很大帮助，这在大型造势活动后的民调中也有反映。但是还有一些人则认为，“造势”活动对于改变选民意愿没有任何帮助，而台湾真正的“中间选民”人数很少，所以此类活动并没有实际效果。不过两边阵营却都认为，“造势”虽然不会改变选民投票意向，但是有利于凝固自己的基本盘，并且鼓励那些倾向自己，却并不坚定或不愿意投票的选民最终出来投票。
泛绿阵营最大规模的一场“造势”活动是2月28日所举行的“手护台湾”活动，有意仿照1990年，波罗的海三小国为争取脱离前苏联统治，达成主权独立而组成的“人间之链”。当天下午2点28分，泛绿的支持者们手牵手，沿着台1线道路，从台湾北端的基隆和平岛，一直牵到台湾南端的屏东长治乡昌隆村（取其“和平昌隆”之意），形成一条300多公里的人龙，不少地区还出现了两、三排的人龙。参与者各出花招突显自己，仿佛一场嘉年华会。活动通过纪念二·二八事件，终结悲情，赋予新意义。与支持公投，反对中国以导弹瞄准台湾，意图武力侵略等诉求，凝结支持民进党的力量。陈水扁、李登辉等人在苗栗的主会场发表讲话，再次重申反对飞弹、支持公投、维护台湾主权独立，并且鼓励民众投票支持陈水扁。主办者宣称共有220万人参加活动，不过一般媒体估计参与人数在150-200万之间。
“2、28活动”的成功不仅表现在参与的人数，更反应在此后的民意调查之中。原先绿营一直落后蓝营7到5个百分点，但在“2、28活动”之后，绿营只差蓝营3个百分点，一些民调甚至显示绿营有超过蓝营的现象。
民进党“2、28活动”令国亲两党不得不举行另一场活动来抗衡。他们在3月13日同样发动百万支持者的造势活动，原先的主题是“反黑金”，后又改为反扁“跄声”（闽南语，意为“耀武扬威”或“叫阵”）大游行，主要是担心绿营讽刺国民党是“黑金反黑金”。
支持者在3月13日当天下午3时20分喊出“换总统”的口号。当天，连宋王马四人分别在台北、台中、高雄和桃园四个主会场。2时20分，现场群众高喊“换总统”、“3、20，连宋赢”等口号。第二个高潮则是在10多分钟后，宋楚瑜夫妇在台中率先跪下亲吻台湾土地，10分钟后在台北，连战夫妇更以五体投地的方式亲吻土地，显示自己热爱台湾。泛蓝的动员超出预期，他们宣称有300万人参加，但是大多数媒体认为参加人数在100万人左右。
电视辩论在经过民进党和国民党多次的磋商之后，连战、陈水扁终于达成协议，在2月14日、2月20日举行两场电视辩论会，这也是台湾历史上首次举行总统候选人电视辩论会。但是2月14日首场辩论结束后，却令很多政治评论家和普通选民感到失望。双方在议题方面的辩论都避重就轻，两人却有多次针对对方的人身攻击。但是总体而言，大多数人认为陈水扁表现较好，但是连战的支持度依旧领先。
各方面对于台湾选举的公正性一直有很多怀疑，在这一次的选举中，蓝绿双方都指责对方非法操控选举。首先是蓝军称，发现由民进党执政的台北县近日销毁了56袋印错的选票，而台北县根本就不需要那么多选票，置疑当局故意多印选票，然后发给民进党支持者，以增加陈水扁的选票。民进党对此否认，称只印错了600多张选票，其余只是裁剪选票后遗留下来的纸张。但是泛蓝仍然表示担心，称会在各投票站部署人员，现场监看投票过程。
另一方面，民进党也在3月18日指责，泛蓝在绿军领先的南台湾展开扣压身份证的行动，他们收购一些选民的身份证，在3月20日选举结束后才归还，以降低泛绿票仓的投票率，依此达到做票的效果。对此蓝营表示自己从未采取这类行动，是地方人士自发行为，而且根本没有卷入金钱交易。
在选举进入白热化的最后阶段，台湾各界的人士都纷纷公开了自己的投票意向。中央研究院院长、诺贝尔化学奖得主李远哲在3月18日正式宣布，支持陈水扁。李远哲在4年前的2000年总统大选中就已经挺扁，这次再度挺扁，而且与陈水扁一起召开记者会。他表示，陈水扁团队虽然执政经验不足，但是“有理想性，可塑性高”，因此继续支持。但是台湾评论普遍认为，李远哲这次的挺扁效力远不如四年前高，有些评论家甚至称他已经“信用破产”。台湾学术界很多人也批评李远哲，再度破坏学术中立的原则。
台湾商界的两名重要人物，台塑董事长王永庆和长荣董事长张荣发虽然没有公开支持连宋，却批评政府迟迟不开放三通。其中张荣发一直是陈水扁的长期支持者，但是陈水扁上台后因三通问题两人关系破裂。台商的回台投票率是历次选举中最高的，他们中的大多数人都支持连宋。台商投票主要是因为民进党政府长期指责台商“不爱台湾”，而且迟迟不开放三通。
台商会长估计，大约会有15万台商返台投票，可以影响30到45万张选票。很多台商早在2004年1月就在大陆台商中为所支持的候选人拉票，甚至传出在大陆举行竞选造势活动的消息，后因国台办介入，才被取缔。他们中的许多人在大陆、香港的机场中就已经举出“中华民国国旗”和连宋的竞选旗帜，公开挺连。除此之外，居住在其它国家的台湾侨民也纷纷返台。
一般认为，越多台商和侨民返台投票，对泛蓝就越有利。
3·19枪击案引发的抗议
在2004年的“总统”大选中，陈水扁以不到3万票极微差距击败对手连战，但其对手连战提出选举无效之诉；大选之前的3月19日，陈水扁与其竞选搭档吕秀莲被人枪伤，此事引起争议，包括支持陈水扁的泛绿人士当中，都有很多人认为是陈水扁高明的苦肉计。台湾旅美刑事鉴定专家李昌钰则指出，陈的伤口是枪伤造成，并且非近距离射击。但李昌钰认为由于案方现场未能及时封锁保全证据，现有证据难以进一步详细调查射击者的动机与身份。台湾刑事局专家令曾指出，从“中华民国”选举赌盘中获取暴利的作庄者（组头）为了左右情势，也有可能涉案。
3月19日下午1点45分，正在民进党票仓台南市扫街拜票的陈水扁、吕秀莲据称遭到枪击，吕秀莲膝盖受伤，陈水扁腹部轻微擦伤。根据吕秀莲本人的说法，子弹可能是先击中她的膝盖后，再弹到陈水扁腹部，两人后被送往奇美医院治疗，两人都意识清醒，没有大碍，医院外已经聚集大批民进党支持者。
“总统府”秘书长丘义仁在3点30分证实，陈吕两人遭到枪击，并表示已经找到子弹，但是没有说明一共开了几枪、找到几粒子弹，以及是否已经逮捕凶嫌。“总统府”也表示已经激活国安机制，并表示不会推迟第二天的选举投票。连战也在得知消息后表示“希望他们尽早康复”。
针对这次事件，一些人已经表示有所怀疑，因为根据电视画面所见，子弹在汽车挡风玻璃右侧撞击，留下一个弹孔，但是当时陈水扁站在汽车的右侧，吕秀莲在左侧，因此子弹应该是先打倒陈水扁，再击中吕秀莲。有舆论认为，选情在枪击事件之前泛蓝声势高涨，连宋当选在望，因此认为泛蓝支持者没有理由与动机去枪杀一个即将下台的总统，而相反民进党则有可能为了选举而上演“苦肉计”。但另一方面，有人也认为，吕秀莲在上星期13日已经弄伤了脚踝，所以没有需要再为拉票而上演苦肉计。尚有舆论揣测，此为“总统”选举地下赌盘负责人差遣杀手前往狙击。
事件发生后，民进党立即宣布停止当天下午和晚上的一切竞选活动。
连宋阵营也表示立即停止竞选活动，并由马英九和连战夫人连方踽到医院探望陈水扁。此外，枪击事件发生后，台湾实时激活国安机制。
3月20日，台湾第十一任“中华民国总统”“副总统”选举举行。由寻求连任的陈水扁与吕秀莲以不到3万票的微弱多数当选。这次的选举结果中，两组候选人的得票率是历年来最接近的，而且废票高达33万票，约为上一次“总统大选”选举3倍，因此引起了泛蓝支持者的抗议。另一“总统。”
候选人连战称这次选举“疑点重重”，是一场“不公平的选举”，称要提出“选举无效之诉”，并要求中选会立即查封所有票箱，进行验票。台北市高等法院在3月21日早晨7点做出裁决，要求立即查封所有票箱。
在选举结果揭晓后，大批泛蓝支持者聚集在连宋竞选总部前，不愿散去，要求重点选票。在连宋离开后，群众持续聚集通晓，在高雄和台中也有群众聚集，抗议选举结果，甚至爆发警民冲突。在台中，泛蓝群众聚集在台中地检署前，要求立即查封票箱，台中“市长”、国民党中常委胡志强在凌晨3点30分到达现场，与群众一起静坐抗议。
在台北，新党主席郁慕明、国亲多位立法委员也来到连宋竞选总部，支持连宋关于要求验票的要求。凌晨4时，连宋律师团将25份已经签字的诉状分别递往全台25个县市的高等法院，同时开始有群众在“总统府”前聚集。2月21日上午10时，国民党“立法委员”章孝严来到“总统府”，称美国政府已经延后向陈水扁发贺电，表明美国方面也置疑选举结果。台北“市长”马英九、“行政院长”游锡坤也先后来到现场，要求群众保持理性，主动离开，但是没有效果。
泛蓝支持者宣布，他们将一直在“总统府”前广场静坐，直到全面验票。
3月22日是大选后的第一个工作日，广场上聚集的群众有所减少，但是还是有很多人不愿离开，在下午下班时间，广场上的人群又开始增多。3月24日，前民进党主席许信良加入到抗议行列中，并以绝食表达不满。3月27日，蓝军在“总统府”前组织了大规模的游行示威。大量的国亲两党支持者聚集在凯达格兰大道，抗议选举不公，并要求重新点票。
据台北市政当局估计，参与游行的民众大约有32万人，不过主办单位则称有47万人参加。根据一些报纸进行的调查显示，59%的民众反对抗争，而66%的民众赞成验票。与此同时，数百名在纽约的泛蓝支持者也举行了“纽约华人爱台湾”的集会，表示声援“3、27”大游行。此外在华盛顿等地也举行了类似的游行活动。
3月27日当晚9点，陈水扁亲自主持国际记者会，对示威事件发表强硬谈话，称“总统府”广场必须在3月29日之前完全净空，称自己不是“软脚蟹”。不过他也表示愿意立即与连宋会面。
在“3、27”游行结束后，身为台北市“市长”的马英九负责清场。在他的劝说下，大多数支持者离开了广场，只剩下上千名民众继续抗争，这些人在凌晨也陆续离开，到3月28日清晨只剩下零星的数百人。3月28日清晨5点一刻，警方开始劝谕在凯达格兰大道上剩余的抗争民众离去，在此期间，民警发生了零星冲突。在早上7点左右，清场工作已基本完成。而部分民众则转移到中正纪念堂继续静坐抗争。
马英九柔性清场成功，赢得台湾各界赞赏。连民进党也认为马英九尽责有功，知识分子也认为，马英九不姑息“暴乱分子”、呼吁群众守法的声明，值得肯定。民进党副秘书长李进勇说，持续七天在“总统府”前的国亲两党抗争行动，前晚终于和平结束，民进党表示欣慰和欢迎。在整个事件的最后关头，负责台北市治安的马英九也尽到台北“市长”的责任，国亲两党“总统府”前抗争活动得以圆满落幕，马英九也有功劳。不过，李进勇指出，整个活动过程仍有地方值得检讨。国亲两党府前抗争原是违法集会，但身为国民党高层的马英九，却以“市长”权力批准集会，令集会从非法变成合法。民进党认为，这点值得检讨。
马英九敲定以柔性方式驱散示威者后，一千名防暴警察既没用上四年前驱散国民党总部示威者的水炮，也表现得很克制，尽力避免使用警棍，徒手将人群或拉或抬。“总统府”前示威和平落幕后，马英九出席公开活动时，神情轻松，眉头不再深锁，俊脸笑容再现。他评论清场行动时指出，这是一场没警民冲突及成功的清场行动，是一次从来没有过的柔性驱离行动，透过警员、女警及国亲两党党工、各级“议员”的劝说，民众都自行回家或移往中正纪念堂。他说，只有极少数人擦伤，他对台北市民高水准的表现给予肯定。
马英九打完一场漂亮的“清场仗”后，立即前往中正纪念堂，以蓝营干部身份向现场群众喊话，成为首名到中正纪念堂打气的蓝营重量级人物。
马英九十分肯定前日50万人集会的成效，认为陈水扁是在50万群众的压力下才回应国亲两党的诉求，虽然晚了点，仍值得肯定。他呼吁群众和平理性，“手段一定要正当，这样才能获得舆论与国际的同情。”
从3月29日开始，陈文茜每晚在中正纪念堂现场主持政论节目“文茜小妹大”，使得每天晚上参加静坐的群众人数又有增加。
4月2日，台湾“高等法院”首次就国亲提出的选举无效之诉开庭审理，由一名主审法官和两名陪审法官负责，原定应在当天就可做出是否验票的判决，但是因正反双方无法就如何验票以及验票费用问题达成协议，法庭决定两方应先沟通，延期判决。泛蓝后做出让步，表示同意全面验票，而放弃之前所坚持的只验陈水扁的票，但是有关费用问题却依然存在分歧。
4月2日，7名台湾大学生开始绝食抗议选举不公，要求真相。他们自称无党派色彩，但忧心台湾选举的不公正，因此以30多名学生接力绝食至5月20日的方式表达抗议。宋楚瑜的夫人陈万水到场慰问学生。4月4日晚，在中正纪念堂前静坐的8名学生被警政署人员强行驱离，遭到泛蓝人士的强烈抗议，他们称学生们只是静坐表达意愿，并没有妨害公共治安，警方没有权力使用强制驱逐的方式。学生们在次日再度回到中正纪念堂继续绝食静坐。马英九随后也到现场向学生致意，并称他也反对警政署强制驱逐的做法，事前只是同意警方以柔性劝导的方式规劝学生停止绝食。
到4月7日，民进党“立法委员”罗文嘉到达绝食现场，转达陈水扁的决定：将在4月12日接见学生。但是学生们认为陈水扁诚意不够，因为此前已经表明希望陈水扁在4月9日之前到绝食现场探望学生。他们决定将不会与陈水扁会面，并在4月9日结束了第一轮绝食活动，将发动第二轮的运动，他们称之为“四月学运”。
4月3日，国亲两党再度在中正纪念堂举办5万人的大型游行抗议活动，批评选举不公正。由于国亲的合法集会时间到4月4日即将结束，而且之后所有的游行集会申请全部被驳回，大部分泛蓝支持者在游行活动后响应连战号召，结束了街头抗争，但是还是有数百人来到“总统府”前广场抗议，他们高唱“中华民国国歌”，要求验票，在警方举牌警告集会非法后，依然不愿意离去，在4月4日凌晨爆发了新一轮的警民冲突。
到4月3日的游行后，国民党内部出现了不同的声音。国民党本土派成员认为应该结束抗争活动，准备年底的“立法院”改选。但是亲民党和国民党其它一些人则认为应该继续抗争。最终的决定是在4月10日举行最后一场20万人的游行后不再举行游行活动，但是会继续通过司法途径来解决选举争议。他们同时也决定要发动连署发动公民投票，以成立3·19枪击案独立调查委员会，他们希望这个委员会能够由“立法院”的朝野“立委”、“监察院”以及检调单位三方组成，以确保调查的公正公开。不过这个提案在“立法院”已经遭到台联“立委”拦阻，只能通过公民连署然后举行公投的形式实现。
泛蓝选民对投票结果不满，称陈水扁有舞弊嫌疑，主要争议的疑点包括：
一、“3-19”枪击事件：国亲两党支持者认为，在3月19日之前的所有民调（无论是选前10天之前所公布的还是在选前10天所做的内部民调）
都显示，连宋领先对手6到7个百分点，但是在3月19日枪击事件之后只领先1个百分点，认为枪击事件疑点重重，可能是绿军自导自演，但是民进党否认，称警方已经将事件定性为纯粹的刑事案件；
二、点票过程和废票：泛蓝支持者认为是民进党在点票过程中做了手脚，但是民进党称对方始终没有证据；另一方面，最后公布的废票高达33万张，占总投票数的2.5%，是上次选举的几乎3倍，但是民进党称选举前有人发动“百万废票运动”，因此废票有增加不为奇怪。
三、军队投票：由于“3-19”事件，军队进入一级战备状态，蓝军质疑有至少20万军人因而无法投票，而军队一向是偏泛蓝的。“国防部”否认该项指控，指当天因战备状态而无法投票之军人仅约三万多人。
四、废票认定：泛蓝指责一些地区对废票认定的标准不一，使得很多原本是投向泛蓝的票都被认定废票，不过民进党也响应称没有发现认定标准不一的情况，而且提高废票标准是泛蓝自己在“立法院”提出并修法的。在3月21日清晨六时许，台湾高等法院裁定查封全国票柜。
与国民党高层的分歧
2004年的“总统”选举可以算是历年来最激烈的一次，选举的结果表明，台湾社会已经高度分裂，无论最终谁上台，都无法得到另外一半选民的支持和认同，许多人担心，未来的“总统”将很难推行任何重大改革计划。有人认为，无论陈水扁的中枪是真是假，全台湾已经有一半的人对此表示怀疑，即使“3·19”枪击事件是真的暗杀企图，那么多人的质疑也表明，“总统”的诚信已经荡然无存。
唯一可以确定的是，台湾的民众经过这次的大选，已经发生严重分裂。
有一些人强烈支持陈水扁和台独主张，另一些却强烈地反对陈水扁，而台湾民主的体制也已经面对了新一轮的危机。
包括泛绿阵营的人在内，都承认“3-19”的两颗子弹，彻底改变了选举的结果。而这两颗子弹究竟是谁发出的，似乎成了永久的历史之谜。国亲联盟为此组织了声势浩大的游行抗争，自3月20日开始，天天游行不断，最多的一天，竟然有100万人上街抗争。
这些抗争发起之时，马英九的态度和国民党高层出现了很大的分歧，他支持通过法律途径解决，虽然国亲联盟高层告诉他，这件事整个就是一个阴谋，既然是阴谋，根本就不可能通过法律方式解决。马英九本人也认同这一点，但他仍然不同意以非法律的方式抗争，因此，当李昌钰博士做出某种勘测结论，而法院又受理了国亲联盟的诉讼之后，马英九的态度非常明确，游行应该终止，人民应该重新回到安定的生活轨道上来。
为了使社会尽快恢复稳定，4月10日，马英九不得不向台北警察下令，对不愿意离开的示威者，以高压水枪强行驱散，双方因此发生冲突，警民双方受伤者近百人。接下来，国亲联盟向当局提出申请，每个周六均举行集会，要求“拼真相”，一直到5月20日止。但这些申请，均被马英九打了板子，没有批准。如果是陈水扁的“政府”没有批准，事情可能是另一种结果。
恰恰是马英九所领导的台北市“政府”没有批准这些“拼真相”的活动，国民党高层和亲民党因此对马英九大为恼火。
对此，马英九的态度十分明确，他也认为，枪击案的原因值得玩味，当局应该成立更高级别的调查机构对此案进行调查。6月24日，马英九说，枪击案案发现场没有管制，检警人员到达时，现场已经被破坏，能够取得的物证有限，等于是一个“残缺不全”的案子。现在最重要的是找出作案动机，既然此案不是政治谋杀，也不可能是意外或打错人，其中原因“非常值得玩味”。他表示，以目前的调查团队而言，案情要向上发展，非常困难，他认为应提高调查层次，让“监察院”等更高层级的单位介入，成立枪击事件“真相调查委员会”，才可能查出真相。
针对吕秀莲提出的如果“百日”到后，台“检警”不能提出合理交代，不排除行政处分的话。马英九表示惩处检警人员并不公平，陈水扁喊出的“百日破案”也没有意义，因为枪击案现场早因“延迟封锁五小时”被破坏，目前已经无法突破真相，只有尽速成立“枪击案真相调查委员会”和由“监察院。”
介入调查，才能真相大白。
马英九说，“枪击案的真相”要问枪击的“动机”何在？马英九表示目前民进党对“立法院”成立“真相调查委员会”的过程百般阻挠。国民党成立“真相调查小组”企图调阅相关文件时，也都被“国安”单位拒绝。
7月9日，台“监察院”发现台“总统府”侍卫长陈再福在“3·19枪击案”发生前15分钟手机内有查不出联系对象的通话纪录。国民党方面的“真相调查小组”召集人马英九表示，这只是检警没有触及的“冰山一角”。马英九再次呼吁，由于台“监察院”没有调查权，只有“立法”成立“真相调查委员会”，才能还人民真相。马英九强调，调查结果不见得会对哪一方有利，“立法成立真相调查委员会”也不是为哪一方的利益，而是要让人民知道真相。
同时，他也表示，他是国民党的副主席，同时更是台北市“市长”。作为国民党副主席甚至只是一名普通国民党党员，他能够理解大家的愤怒，甚至支持抗争行动。但作为“市长”，他必须将事件牢牢地控制在法律许可的范围之内，他不能容忍任何超越法律的行为。
有一种分析认为，2004年，连宋之所以败选，除了陈水扁那两颗子弹瞬间改变了结果，还有一个非常潜在的原因，那就是马英九。在选举之前，无论是国民党还是亲民党内部，都曾有人无数次试探连战和宋楚瑜：如果你们当选，是否仅仅只任一届？
如果当选，他们自然不会只任一届。换个新人上来竞选，把握性要小得多，说不准又输给民进党了。所以，这一问题，一直没有得到肯定答复。于是，分析者认为，那些提这一问题的人，其实是在考虑一件事，他们希望马英九在2008年站出来竞选，担心连宋这一届当选后，到了2008不肯给马英九让路，所以，有许多准备在2008年投给马英九的选票，不是投给了陈水扁，就是投了弃权票或者废票。
仅以台北市为例，2000年，连战和宋楚瑜分别竞选，两人总计得到1264528票，可这次他们在台北只得到897870票，流失了366658票。这些流失的票中，大多便有一个“马英九情结”。如果从这种分析上说，因为“马英九情结”而导致连宋败选，似乎不是完全没有道理。但究竟是真是假，谁都无法确定。
“大选”结束后，国民党党主席的竞选又将拉开帷幕。这次传出了令人振奋的消息，马英九将竞选国民党党主席。
最早透出马英九将参加党主席竞选消息是在2004年8月。当时，马英九的父亲马鹤凌作为台湾马氏宗亲会理事长，率领20人的代表团参加马来西亚的第三届世界马氏宗亲恳亲大会。与会期间，他接受了《南洋商报》记者的采访。随后，该报发表了一篇专访文章，借马父之口说，马英九自从出生时起，父亲为他确立的人生目标便是将来当“总统”。同时，他又非常担心儿子面对许多来自党内外的阻力，“各方面对他都不友善，连宋不想放手。”
这席话出来，矛头直接指向了连战和宋楚瑜，一时间，舆论大哗，无论是台湾、香港还是大陆，各大媒体均转载了这篇文章。
这件事闹得沸沸扬扬时，马英九正在美国旧金山为台北市招商，记者们自然不肯放过他，或者打电话，或者通过美国的华文媒体采访他。马英九没料到会闹出这么大一件事来，尤其是枪击案余波未尽，国民党内部许多人对马英九误会甚深，此时又冒出这么件新闻，尤其是文中指责连战宋楚瑜恋栈不肯放手的话，会令很多人反感。
得知此讯后，他立即透过自己在台北的新闻发言人，向社会公开了一份新闻发言稿，表示目前最重要的工作便是将“市政”做好，别的暂时不会考虑。美国的媒体自然不肯放过当面采访他的机会，面对这一问题时，他仍然肯定地说，因为父亲不在台湾，而他又在美国，父子间还未能联系上，具体情况，他不十分清楚。至于他个人的态度，在新闻稿中已经言明，暂时没有这样的考虑。
至于选举方面，他表示最重要的是年底的“立法委员”选战，这关系到泛蓝阵营是否能继续扮演忠诚的反对力量，充分发挥制衡效果，否则台湾的民主将成为“跛脚民主”，这对台湾的前途比个人的进退问题更为重要。
因此，他会在这方面有所侧重。
马英九的此次美国之行，主要是吸引美商来台北投资，他马不停蹄地走了很多地方，比如前往好莱坞的派拉蒙电影公司邀请他们访问台湾洽谈双方在电影、媒体等产业合作的可能性等。
8月10日，也就是马英九在美国接受记者采访的同一天，马鹤凌从马来西亚返回台湾刚下飞机，就被早已经等候在此的记者围住了。采访的焦点，自然是他那次和记者的谈话，关键点，一是“希望儿子选总统”以及“连宋不肯放手”。
马鹤凌在机场向记者表示，这完全是一场误会，除非他自己糊涂到“莫名其妙”、“狂妄无知”才会说出那种话。其实，他是说过与连宋放手有关的话题，但意思与报纸刊登的完全不同，他说：“连宋不能放手”，因为此时还在打选举官司，如果这场官司打赢了，连宋还必须参加重选，根本不存在愿不愿放手的问题，而是能不能放手的问题。可是，报纸出来的时候，却变成了“连宋不愿放手”，一字之差，意思全变了。由于这一失误，他当时便致电《南洋商报》，要求他们立即调出当时的采访录音核对，但对方说，录音已经毁了。当他准备登机返回台湾时，报社的总编辑带着那位记者，专程赶来向他道歉。
即使如此，事情仍然没有过去，媒体还在大肆炒作此事，民进党团也趁机打击马英九，大做文章。在此情况下，马鹤凌不得不再一次站出来，就此进行“澄清”。他表示，他去参加马来西亚的这次马氏宗亲会活动之前，和儿子有过一番谈话，马英九很清楚，这几年，各地媒体都十分关心他是否竞选“总统”一事，他和父亲说好，如果有人问起此事，一律不谈。
到了马来西亚，有一位《南洋商报》的记者采访他，这位记者也是政大毕业的，和他算是校友，而且，看上去很亲善，彼此谈得很轻松恳切。马鹤凌一时放松了警惕，便和他开诚布公地交谈起来，有些相对敏感一些的问题，他也作了回应。
这位记者自然不放过有关竞选“总统”一事，马鹤凌只是回答了四个字“乐观其成”，但从未说过所谓“从马英九出生那一刻起，就已定下要儿子当总统的终极目标”等内容。他强调“自己过去从来没有讲过，以后也不会讲。”他说，连蒋中正“总统”栽培经国先生、老布什栽培小布什，李光耀栽培李显龙都不敢说“一定要我的儿子当总统”，他又怎么会如此表示，除非他是“糊涂、狂妄、无知”的人。其次，所谓“从小便定下当总统的目标”与事实也相差太远。
事情发生后，家人希望他在国外多玩一段时日，以免回到台湾受媒体围攻，马老先生当即向家人表示：“你是对我没信心？”“你的父亲不会说这种话”，他说，他一生坦坦荡荡，无不可对人言，这次他没说错话，何必躲躲藏藏授人以柄？所以，他按照原定行程，准时返回台北，并且直接面对记者的采访。
马英九的发言人也立即就此表态，在马英九出生的年代，根本就没有所谓选“总统”的事。言下之意，当时是蒋介石掌权。“总统”一职，他抓得牢牢的，别人岂能问津？在那种形势下，其父又怎么可能以此督促教育儿子？
由此可见，所谓“从马英九出生那一刻起，就已定下要儿子当总统的终极目标”等语，绝对不可能是马鹤凌所说。
此事涉及到连战和宋楚瑜，有关媒体，自然会要求他们表态，连战的表态十分有趣，他仅仅只是给了媒体四个字：“风平浪静”，既公开了国民党内部对此事的态度，同时也暗示，他本人以及国亲联盟高层，根本就不相信这一切是真的。