一 独创经方 治愈功臣矢镞痼疾
唐永徽元年（650）秋月，孙思邈一百○九岁，意外遇上一奇特痼疾患者，且设法将其治愈，从而在临床生涯上又写下精彩一笔。此事得从孙思邈被押说起。
李世民远行之后，依朝中惯例，主治御医务必受惩。此则御医最大风险，不知有多少御医因之屈死。好在孙思邈忠诚如一，无懈可击，始终赢得李世民信任，故大行皇帝特留遗诏，嘱不得为难孙老先生。且李治对孙思邈亦有好感，不愿依从古制，委屈这位忠贞不贰的大师，乃象征性将孙思邈收押一月，然后放出，且特别降旨：不得透露孙思邈真名。
孙思邈就在受押期间，意外体验了另类生活，且结识了一位朝廷功臣。
孙思邈先被关进大理寺直属监所。监所狱正虽闻孙思邈大名，却不知皇上将对他如何施罚，故不敢特别优待，而将他与其他犯人关在一起。此为一间土屋，阴暗发潮，并排放着犯人们的被子。窗户只有箩筐大小，一半埋在土里，一半露出地面。粪便装满一只木桶，立于门口，木桶边沿爬着许多蛆虫。
孙思邈才被推进门时，犯人们一阵骚动，都投来仇视目光，还有人准备找碴儿。他们皆坐于地，整日闷得无聊。孙思邈曾听人说过监牢“行规”，后来者总会受先入者欺负，尤其要接受“牢头”教训。他手扶潮乎乎的墙壁，在门口稍立片刻，以适应牢房昏暗的光线。然后乐呵呵地对大家拱手：“抱歉抱歉，恕老朽打扰。”
“你这老东西，上这儿凑热闹？”一光头汉子向他走近，目光凶狠，嘴巴歪着，明显不怀好意。
“是啊是啊，这就叫缘分。否则相隔天南地北，怎会住到一个屋子？”孙思邈说时，低头在门口木桶边找睡处。
“呵，你这老东西还算识趣。”
“不敢不敢。一行有一行的规矩，所以还需各位包涵。”孙思邈想那光头汉子即是“牢头”，硬碰不得，便在臭烘烘的屎桶边席地坐下，语调仍那样平和。
光头汉子见他如此和蔼，便不好意思挑事。其余人见“牢头”如此，更不便起哄。其中一人见孙思邈年纪大了，提出让孙思邈睡靠窗的位子，孙思邈忙笑着谢绝。他就这样过了第一关。
孙思邈想，这回不知将关押到何时，没准儿三年五年。明天如何，不敢料想。可惜这儿人多拥挤，做不得他事。他便盘腿练功，以求心宁，强身健体，应对变数。
这举动使众犯人觉得新鲜，都询问究竟。孙思邈见被押者年轻人居多，来日方长，便给大家讲解练养生气功的好处，且提醒道：“你们年轻，总有一天要释放出去。身体若垮，损失就大了。”
“您愿意教吗？我们都拜您为师。”犯人们齐声道。
“没问题，只要你们肯学。”孙思邈说时，果然传授气功养生要领。
在孙思邈耐心指导下，犯人们跟着盘腿而坐，放松上半身，微闭双眼，舌尖抵住上颚，认真习练起来。监房里气氛开始改变，沉闷局面头一回被打破，空气流速也仿佛加快。孙思邈领着犯人们正练得起劲，监舍木门突然打开。一狱吏指着他道：“老者出来。转移监房。”
听说孙思邈要走，同监舍犯人一齐嚷嚷：“让他住这儿吧。”“我们都尊重他老人家。”不过这事由不得他们，孙思邈还是被提押出去。
孙思邈暗暗叫苦，不知又犯啥天条。他眼睛半睁半闭，决定听天由命，顺从地跟在狱吏后面。
狱吏押送孙思邈扛着枷锁，步行若干路程，来到城郊一座大院，再推进一间窗口窄小的土屋。原来他这回受到优待，被单独关押。孙思邈惯于满足现状，自是欢喜，忙朝向皇宫跪地谢恩。
小屋外面却是另一番情形。监房低矮破烂，苍蝇成群结队。这儿虽说对收押人员有些优待，允许在墙内空坪晒太阳，却全无健康体魄，皆有病痛在身。孙思邈从小窗口望去，见有的患者用手抓着饭菜往嘴里送，有的患者露着上身，还有一患者在玩弄****。他们一个个外表肮脏，让人望而生畏。地上满是乱扔之物。
孙思邈那日趁狱吏送饭机会，悄声询问：“此为何处？”
“大理寺收押所，专门收押患病囚犯。”
正说着，两狱吏用木板抬着一具囚犯尸体，从孙思邈监舍窗前经过。孙思邈指着院里犯人们道：“这些人既为病者，得设法诊治啊。”
狱吏摸着络腮胡须，哈哈大笑：“好人都管不了，谁还管得了他们？”
孙思邈却道：“他们虽为囚犯，却毕竟也是人啊。”
“人中渣滓，早晚归于死路。”
说话间，又有狱吏抬着一具尸体走出大门。
孙思邈见此，顿生恻隐之心，恳切地道：“官人不瞒实说，我乃医者，有能力给他们看病。”
狱吏将孙思邈反复打量：“你真有这本事？”
“官长，此事不敢吹牛。”
“你多大岁数？”
“老朽八十有余。”孙思邈亦不敢实说，顿了顿才道。
只这年纪也足够使狱吏吃惊。那狱吏将孙思邈看了半晌，才道：“那就不妨先给狱吏们看看。”
孙思邈从医数十年来，有一习惯：遇有病者立于面前，若不给指出，心里便觉得歉疚，仿佛犯下一桩见死不救的大罪。因而每到一处，不由得给自己找些事做。
孙思邈才来收押所半天，便开始给狱吏看病。结果他悲伤地发现，狱吏中同样没几个身体硬朗者。难怪犯人们都成了这样。
孙思邈懂医的消息传出，狱吏们一个接一个请他诊断。这儿医疗条件之差，连狱吏病了都没人及时给治，病情稍轻者唯有硬挺，病情严重者才入城治疗。犯人一旦有疾，更是无人理睬，只能自生自灭。
孙思邈连着三天，给狱吏们看了个遍，狱正也在其列，且各给开了方子。狱正本欲保持威严，对孙思邈视而不见，其后克制不住，主动提出请求。狱吏们喜得如过节日一般，连赞孙思邈医术高明，且问他会在这儿住上多久。孙思邈笑道：“此事得问你们。”
“老先生您别走好了，我们给您另辟住处两间，一间住人，一间瞧病。”狱吏们恳求道。
孙思邈很是感动，满口答应。同时指着在院子里歪七歪八躺着的不幸者：“他们都病得不轻啊。”见狱正铁青着脸，不以为意，孙思邈再道：“他们也是人啊。”
狱正见孙思邈如此真诚，亦颇受感动，乃允许他与犯人接近。
而当孙思邈走近犯人时，他们却一个个表情奇怪，对他横眉竖眼，不让靠近，自称所患不是麻风，便是梅毒。
孙思邈银须拂胸，满脸笑容，仍步步走近，再经耐心解释，终赢得重症犯人信赖，彼此相处融洽。孙思邈坐在狱正特辟的小屋里一一接待，且加鼓励：“不用担心，我会治好你的。也包括你、你、你和你。”他一一指着各位犯人患者说。
犯人们对孙思邈所言惊喜有加，一齐呼道：“您真是大医？”
孙思邈却答：“不。现在我只是朝廷的一名囚犯。”犯人们乃齐跪于地，对孙思邈连连磕头，且请求皇上开恩，表示愿替孙思邈坐牢。
孙思邈忙道：“这可不行。一人犯罪一人当，岂可找人代为受过。你们都比我年轻，切莫自暴自弃。命无二度，重于千金啊。”众犯连连点头。
孙思邈给狱吏和犯人治病的消息传开，惊动大理寺。原是狱正受孙思邈大爱精神感动，主动向大理寺申请拨付专款，解决监所缺医少药问题。狱正还向大理寺吏员夸赞孙思邈医德医术，使众人皆为之叹服，方知孙思邈被押真相。其实吏员们对孙思邈皆有所闻，因李治有旨，须隐真名，故对不上号。现既传开，便有更多吏员请求就诊。其中一名功臣，系一狱吏亲戚，被痼疾折磨近二十年，现经引见，亦来到孙思邈面前。
该功臣负伤于贞观初年，远征时为敌矢所中，直入脊部，矢镞入肉深达四寸。曾访治疗金疮高手，皆不得出，由是绝望，遂留在体内近二十年。虽不妨碍起坐，却常流脓汁，痛苦不堪。
“可惜华佗不再。”该功臣摇头叹道。
“敢问将军，诸高手是否欲以刀锋剔之？”孙思邈礼貌地问。
“是啊。没有华佗的‘麻沸散汤’，实不敢忍受那等疼痛。”功臣无奈地笑笑。
孙思邈沉思片刻，认真地道：“依老朽之见，即便有华佗‘麻沸散汤’，以刀剔除亦非良策。因脊部为太阳神经穿越之处，一旦伤及，没准瘫痪。”
这话把功臣吓一大跳，庆幸此前未曾就医，忙向孙思邈拱手深谢。
孙思邈摆手笑道：“老朽啥事未干，岂可受敬。然请放心，老朽必以他法治之，替将军解除痛苦。”
他就这样主动接下这棘手活儿。
孙思邈深怀大爱之心，见不得别人病痛，那感受如同针刺扎在自身一般，非得设法拔除不可。故他总是先安慰患者，再绞尽脑汁寻求治法，尽量不让患者失望。因这一贯作风，孙思邈持续拓宽领域，不断迎接挑战。而每攻克一个疑难病症，医术便提高一步。此即孙思邈通晓二百三十多种疾病治法最大奥妙。
此事说说容易，做起来却难。既为疑难顽症，就得绕开此前同行们的处方思路，另辟蹊径，否则只是空想。故孙思邈每遇这类患者，总先问此前医家的治疗方式，以为借鉴。
孙思邈知其他医者皆从强制剔除着眼，且不得力，便决定试用全新方法，替功臣解除痛苦。他再次面诊患者，见患者体形稍胖，体质尚健，以笔杆搔着头皮，苦思多日，终悟出以“瞿麦丸方”瘦身治疗一法。
那“瞿麦丸方”是：
瞿麦二两 雄黄一两半，研 干地黄 王不留行各五分 麻黄去节 茅根 败酱 防风 雀李根皮 牛膝 大黄 蓝实 石龙芮 蔷薇根皮各一两半[125]
孙思邈所用治法是：
“上一十四味，捣筛为末，炼蜜和丸如梧子，酒服十丸，日二。稍稍加至二十丸，以知为度。忌猪、鱼、生冷等，可直断口味……”往下，孙思邈教授功臣：常“服此药与断肉，遂日日渐瘦。”因之由于瘦身，“其镞遂跳出一寸，戴衣不得行。因即错却，乃得行动，已觉四体大缓，不比寻常。”结果“终冬至春，其镞不拔，自然而落。取而量之，犹得三寸半。”[125]折磨该功臣十数年、“举天下名手出之不得”的顽疾，就此治愈。
通过这一病例，孙思邈得出结论：“凡箭镞及折刺入身中，四体皆急，当合此药服之，令四体皆缓，缓则其镞必自跳出……是以身必须断口味，令瘦，肉缓，刺则自出矣”。[125]孙思邈将此方载入专著时，特命名“凡刺在肉中不出方”，纯系个人独创。
遍览孙思邈两部医药专著，其享有独创权者，不在少数。除前述“葱管导尿法”外，要者还有：
一是发现“阿是穴”。孙思邈曾发明一种特殊取穴方法，书上从未有载，名“阿是穴”。其云：“有阿是之法，言人有病痛，即令捏其上，若里当其处，不问孔穴，即得便快成痛处，即云阿是。灸刺皆验，故曰阿是穴也。”[126]意思是哪有痛感，就定其穴。
二是发明大麻根及叶止痛方。孙思邈书载：“以大麻根及叶捣取汁，饮一升。无生麻，煮干麻汁服。亦主坠堕挝打瘀血，心腹满，短气。”[127]
三是撰写出第一部美容术文献。据专家考证：孙思邈关于“妇人面药”“令身香人”等文章，“堪称中国美容方面最早而又较为完整实用的第一部美容术文献。”孙思邈“包括‘面粉’在内的文章，是集古代化妆品之大成”，在历代方书中前无古人。[128]
四是发明烟熏疗法。孙思邈曾见患者耳内流脓，服药效果不著，乃以熏法治之。云：“作一坑，可容二升许，著炭火其中。坑似窖形，以砖覆口上，砖上作一小孔，容小指。砖孔上著地黄一升，以木盆覆之，以泥泥盆下，勿泄。盆底上钻一小孔，可容箸。其孔上著三重布，以耳孔当盆上熏。久若闷，去黄水，发裹盐塞之。不过二三度，神效。”[129]
五是发明****塞药栓。孙思邈书载一特殊妇人求子之法，前所未闻：“皂荚 山茱荑 当归 细辛……上十味，末之，以绢袋盛，大如指，长三寸，盛药令满。内妇人阴中，坐卧任意，勿行走急。小便时去之，更安新者。一日一度。”[130]
六是强调用毒药治病渐次加重。孙思邈有言：“若用毒药治病，先起如黍粟，病去即止，不去倍之，不去十之，取去为度。”[131]
孙思邈独创医术还不止这些。透过治功臣矢镞痼疾病例可知，他的每一发明后面，皆动过多少脑筋，有过多少艰辛。
孙思邈不仅自己独创，亦鼓励后学有独创精神。他在《千金翼方·药录纂要·用药处方》中，就此明言：“善用心者，所以触类长之。”且在《千金翼方·药录纂要·药名》中重申：“神农本草，举其大纲，未尽其理。亦犹咎繇创律，但述五刑，岂卒其事。且今后学者用事典法，触类长之无穷竭，则神农之意从可知矣。”
孙思邈因其创造精神，而在中国医药发展史上据有重要地位。清代医学家徐大椿称，孙思邈之医学理论与实践，乃“医道之一大变也”。
二 奋发著书 唯愿圣教人人自晓
唐永徽三年（652），孙思邈终于完成第一部巨著——《千金要方》。
孙思邈在《千金要方·风毒脚气》卷中，有“自圣唐开辟”之语，可知写作该著，不会在李唐王朝开国之前，而是在唐朝建立以后。他写作此书，有一连续积累过程。他与同行交流，除口授各种治法，还会赠予若干良方或偏方秘方，此皆亲手收集整理。这辑录择优过程，著作编选工作便已开始。他将各种药方分门别类，便于检索、运用与收藏。随着交流范围扩大，孙思邈对药方分类、整理的工作量也越发增多。如此日积月累，终成皇皇巨著。