庐山会议之后，毛泽东对林彪及“四大金刚”有所警觉，为了防止他们固守小圈子，毛泽东开始采取一些预防措施，给林彪以警告。他多次接见各大军区司令员、政委，省、市、自治区党政负责人和群众团体的领导，向他们分别打招呼，谨防林彪搞分裂，谨防某些紧跟副统帅的领导干部暗中活动，要进一步提高思想认识和识别真假革命者的能力。
毛泽东在一份谈话中强调：
我同林彪同志谈过，他有些话说得不妥嘛。比如他说，全世界几百年，中国几千年才出现一个天才，不符合事实嘛。马克思、恩格斯是同时代的人，到列宁、斯大林一百年都不到，怎么能说几百年才出一个呢？中国有陈胜、吴广，有洪秀全、孙中山，怎么能说几千年才出一个呢？什么顶峰啦，我讲了六次，一次就算讲一句吧，就是六万句，他们都不听嘛，半句也不顶，等于零。陈伯达的话对他们才是一句顶一万句。什么“大树特树”，名曰树我，不知树谁人，说穿了是树他自己。还有什么人民解放军是我缔造和领导的，林亲自指挥的，缔造就不能指挥呀？缔造的，也不是我一个人啦！
对路线问题，原则问题，我是抓住不放的。重大原则问题，我是不让步的。你们对庐山会议怎么看？比如华北组二号简报，究竟是革命的。半革命的，还是反革命的？我看是一个反革命的简报！
1970年庐山会议，他们搞突然袭击，搞地下活动，为什么不敢公开呢？可见心里有鬼。他们先搞隐瞒，后搞突然袭击，五个常委瞒了三个，也瞒着政治局的大多数同志，除了那几位大将以外。那些大将，包括黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作，还有李雪峰、郑维山。他们一点气都不透，来了个突然袭击。他们发难，不是一天半，而是8月23、24到25日中午，共两天半。他们这样搞，总有个目的嘛！
林彪同志那个讲话，没有同我商量，也没有给我看。他们有话，事先不拿出来，大概总认为有什么把握了，好像会成功了。可是一说不行，就又慌了手脚。起先那么大的勇气，大有炸平庐山，停止地球移动之势。可是，过了几天之后，又赶快收回记录。既然有理，为什么收回呢？说明他们空虚恐慌。
九届二中全会根据毛泽东的意见，决定对陈伯达进行审查并展开批判。林彪一伙心中明白，虽然这次没有对林彪进行批判，虽然毛泽东说了“对林还是要保”，但在毛泽东心中，他们已经“失宠”了。
九届二中全会后，叶群、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作等被迫作了检查。
1970年10月14日，毛泽东在吴法宪的书面检查上批道：“作为一个共产党人，为什么这样缺乏正大光明的气概，由几个人发难，企图欺骗二百多个中央委员，有党以来，没有见过。”“办事组各同志（除个别同志如李德生外）忘记了九大通过的党章”。“又找什么天才问题，不过是一个借口。”10月15日，毛泽东在叶群的书面检讨上批评叶群“爱吹不爱批，爱听小道消息，经不起风浪。”“九大胜利了，当上了中央委员，不得了了，要上天了，把九大精神抛到九霄云外”，“不提九大，不提党章，也不听我的话，陈伯达一吹就上劲了，军委办事组好些同志都是如此。”当时叶群虚伪地说她犯了“路线性”错误时，毛泽东指出：“思想上政治上的路线正确与否是决定一切的。”当叶群说到他们搞天才语录时，毛泽东指出：“多年来不赞成读马列的同志们，为何这时又向马列求救，题目又是所谓论天才，不是在‘九大’论过了吗，为何健忘若此”。当叶群谈到她与陈伯达“斗争不够有力”时，毛泽东在批示中质问道：“斗争过吗？在思想政治上听他的话，怎么会去同他斗争？”毛泽东对叶群写的检查很不满意。11月13日，毛泽东又对黄永胜进行了严肃的批评。
1970年11月，党中央批发了毛泽东在九届二中会上发表的《我的一点意见》，供党内讨论用。同日发出了《关于陈伯达反党问题的指示》。毛泽东指出，陈伯达是个“可疑分子”。“我在政治局会议上揭发过，又同个别同志打过招呼。”“个别同志”就是指林彪，毛泽东在这时批评了林彪不听招呼。12月18日，毛泽东在会见美国友好人士斯诺时说：“什么‘四个伟大’，讨嫌！”从一个侧面道出了毛泽东对林彪的态度已经变化。
毛泽东在周恩来的帮助下，采取了从舆论到实权逐步削弱以至于瓦解的策略。毛泽东批评黄、吴、叶、李、邱，其矛头所向，林彪心里清楚。
1970年12月22日到1971年1月下旬，根据毛泽东的提议，党中央召开了华北会议，会议由周恩来主持。会上，对陈伯达进行了无情的揭发批判。1971年4月24日，周恩来就陈伯达的问题作了长篇报告，并宣布党中央对北京军区进行改组。免去李雪峰、郑维山北京军区的领导职务，任命李德生为北京军区司令，谢富治为北京军区第一政委，纪登奎任第二政委。“九·一三”事件之后一份中共中央通知中说：“这就捣烂了林陈反党集团经营多年的那个山头主义的窝子，挖了他们的墙角。”
会议决定，从1月下旬起，党的各级领导机构逐步开始“批陈整风”运动，毛泽东以批文件、加按语的方式，关注和领导着这一运动。
1971年1月9日，中央军委召开了一百多人参加的座谈会。在这次会议上，黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作既没有批判陈伯达，也没有检讨自己的错误。毛泽东为此对军委座谈会进行了批评。2月20日，军委办事组不得不写了一个检讨报告，毛泽东在报告上批示：“你们几个同志，在批陈问题上为什么老是被动，不推一下，就动不起来。这个问题应该好好想一想，采取步骤，变被动为主动。”3月24日，毛泽东在黄永胜等人的检讨上批示：“以后是实践这些申明的问题。”接着，毛泽东又在他们的检讨上加写了一段批判陈伯达的话：“陈伯达早期就是一个国民党反共分子，混入党内以后，又在1931年被捕叛变，成了特务，一贯追随王明、刘少奇反共。他的根本问题在此，所以他反党乱军、挑动武斗，挑动军委办事组干部反华北军区干部，都是由此而来。”3月20日，毛泽东在×××3月19日在河北省批陈整风会议上的检查作了批示：“此件留待军委办事组各同志一阅，上了陈伯达贼船，年深日久，虽有庐山以来半年的时间，经过各种批判会议，到3月19日才讲出几句真话，真是上贼船容易下贼船难。人一输了理（就是走错了路线），就怕揭，庐山会议上的那种猖狂进攻的勇气，不知跑到哪里去了。”
1971年4月7日，毛泽东、党中央派纪登奎、张才千参加军委办事组，对黄永胜、吴法宪把持的军委办事组“掺沙子”。
4月15日至29日，中共中央召开批陈整风汇报会。周恩来代表党中央作了总结讲话。他在讲话中指出，黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作犯了方向路线错误，组织上犯了宗派主义的错误，站到反九大的陈伯达分裂路线上去了，希望他们按照主席的教导，切实改正错误。
1971年7月1日，为纪念中国共产党成立50周年，《人民日报》、《解放军报》、《红旗》杂志编辑部发表文章，回顾中共成立50年来的历程，在谈及“文化大革命”和与刘少奇斗争时，引用了《五一六通知》中的话“号召全党要警惕‘现在正睡在我们身旁’的‘赫鲁晓夫那样的人物’”，文章并以与刘少奇斗争为例子，强调党内斗争仍在进行，“坏人总是伪装自己，搞阴谋，耍两面派。但是他们既然要干坏事，就不能不暴露。”说者有心，听者当然有意。林彪联想到陈伯达被称为“刘少奇一类的假马克思主义的政治骗子”，其性质和下场可想而知。事实也是，九届二中全会以后对黄、吴、叶、李、邱的批评都与陈伯达联系在一起，批陈整风汇报会后，林彪手下的几员大将虽仍公开露面，参加需要他们参加的各种活动，但实际权力正在受到削弱，不由得做贼心虚，深感前途莫测。