如前所述，尹昌衡与哥老会关系密切，担任四川军政府都督后，即挂出一个“大汉公”的招牌，自封为总舵把子。哥老会，四川又称袍哥，分为仁、义、礼、智、信五堂，各堂口之下，又设无数公口，合称“码头”。办公地点一般开设有茶馆，会员平时各踞一方，各行其事，有事聚拢，听命于总舵把子。尹昌衡挂牌子后，并不急于处理堆积如山的公牍，而是成天到各街公口码头去拜客，签字画押经常找不到他的人。各公口码头自然隆重接待，为他挂红进酒，阿谀奉承，尹都督有上等好酒量，每次出去，必喝得大醉而归，在光线幽暗的都督府里，他披一身红绸，显得光彩夺目，威风凛然。
官场上的规矩，从来都是上行下效，有尹都督带头，属下也不甘落后。军政部长周骏挂牌“大陆公”，巡警总监杨维挂牌“汉兴会”，新成立的公口还有“汉军公”、“福汉公”、“共和公”、“云龙公”、“同庆公”等，街道变成了戏台，到处是头顶英雄结、脚登线耳草鞋、腰缠湖绉飘带的人物，成群结队，招摇过市，此时的四川，俨然成了哥老会的天下。时人讥之为“哥老会政府”。
尹昌衡听到这些议论后，心头飘过一丝懊恼，他忽然来了个大变脸，下令取缔哥老会，全成都200多个公口的招牌一律没收，劈作了柴火。政客毕竟是政客，为了利益的最大化，什么样的牺牲都在所不惜。经过一番改造，四川军政府成为一个由军人实力派、同盟会和立宪派组成的联合政府，印把子牢牢掌握在尹都督的手里。
接下来，尹昌衡主持的军政府，做了这么几件事情。
第一件事是杀赵尔丰。
赵尔丰自交出政权后，仍留置在总督院内，有巡防军三千人，充作警卫，且掌握金库六百万两。赵尔丰以“老妻病了，不能走”为由，拒绝离开成都，对于辛亥年间的革命，缺乏足够清醒的认识。有人向尹昌衡报告：赵尔丰密召旧部傅华封带兵回省护驾，信件被半路搜获。此时，又有消息传来，重庆蜀军政府已派兵西征伐赵。庆父不除，鲁难未已，尹昌衡遂决定采取断然措施。
12月22日，农历冬月初三晨，尹昌衡单身一人来到总督府。他递上一份手本（名片），谦恭地自称为“世再晚”（晚辈），一番亲热的攀谈后，尹昌衡说出了他的忧虑：“现在大帅身边还有三千巡防军，川民士绅为之不安，多次投书军政府告状。依愚之见，不如将巡防军交军政府接管，尹昌衡负责保证大帅的安全。”听尹昌衡像拉家常似的说话，失势的赵尔丰心里禁不住泛起了一丝感动。
一笔交易达成后，尹昌衡立刻谋划下一步行动。他集合了刚刚接手的巡防军，当众宣布：“发清欠饷，放假半天，让兄弟们快活快活。”当巡防军猜拳行令、掷骰饮酒时，尹昌衡通知亲信部队下手，警卫标统陶泽焜率兵勇数百人，提着大刀冲进总督府，抓获了尚在床上抽烟的赵尔丰，绑赴皇成明远楼侧进行公审。
绑赴刑场杀头那天，平素脸上一团和气、满口四川话的赵尔丰，怒目圆睁，冲着宣布他死罪的尹昌衡大声骂道：“尹娃娃，你装了老子的统子！”尹昌衡脸上毫无表情，对陶标统点了点头，陶标统操起马刀，用力往下一劈，赵尔丰头颅落地。事毕，陶标统捧起这颗头颅，绕场一周，让围观的群众看了一遍，然后挂在一株梅花树上，示众三天。
和蜀军政府谈判，是尹昌衡要做的第二件事。
成都的大汉四川军政府，和重庆的蜀军政府，都在四川。一下子冒出两个“政府”，让许多人感到头痛。俗话说：一山难容二虎。比如云南都督蔡锷，就只承认蜀军政府，认为大汉四川军政府是哥老会政府，应该打击取缔，并咨请湘军都督派兵声援，西征成都。后因蜀军政府都督张培爵等人极力阻止，强调应以大局为重，不可轻启兵端，此事才作罢。在蜀军政府张培爵、杨庶堪、熊克武、谢持、朱之洪等人看来，请客容易送客难，蔡锷的滇军也并非善类。反复商议斟酌，取得了一致的意见：两个军政府合并是必然趋势，如长期对峙，川人势必受外省欺凌。至于合并的方式，蜀军政府这方面很清楚，成都是省会，是长期以来形成的政治中心，“脚杆硬不过大腿”，谈合并，自然重庆应听命于成都。
在这样一种背景下，双方书电、专使往来频繁。重庆派朱之洪，成都派张治祥，皆为全权代表，相晤于荣昌之烧酒坊，随后又到重庆，议定协议11条，各自签署上报。此后，两军政府各自召集特别会议，审议协议，俱同意合并，成立统一的政府。
张培爵自行电请：“正都督一职，非雄才大略者，莫能胜任。”他要让位于尹昌衡，甘当配角副都督。合并后的四川政府，同时还任命了其他人员：罗纶任军事参议院院长，夏之时任镇抚府总长。
几位清廷官吏的结局
秦枬是当时在四川总督府任职的一名官员，据他在《蜀辛》一书中记叙：四川同志军兴起后，总督府里的气氛十分紧张，内外分驻防军，大堂设机关炮二尊，士兵日夜守护，连吃饭、睡觉都不离机关炮左右。道府州县各个官厅，也布满了持枪的士兵，官吏们人心惶惶，皆有戒心。提法司周善培尤其谨慎，将老太夫人、妻妾等家眷分头送到朋友处避难，自己居住也不固定，出行则常坐民间滑杆，保持着一种“神龙见首不见尾”的神秘感。
周善培此时的小心谨慎，实际上是在寻求保命。
随着保路运动的渐次深入，官与民的矛盾也逐步升级，至同志军围攻成都前后，响彻四川全省的有一句口号：“只拿周赵，不问他人！”赵是指赵尔丰，周即为周善培，这句口号不仅让众多不知内情者感到疑惑不解，也让周善培本人大费思量，四川清朝官吏无数，惟独周、赵二人成为四川民众的公敌，且位居提法司的周善培竟然排名在总督赵尔丰之前，这实在太令人费解。
周善培是清末知名的能员，在四川省推行的新政改革中，他施展拳脚，政绩显著，一度闻名于海内外。在他署理巡警道期间，曾因带头剪掉辫子，被人讥讽为“周秃子”，他并不以为悖，反而对同事开玩笑道：“我就当一回秃子又怎么了！和尚打伞，无法无天，办新政就是要胆子大。”中国官场中，做实事多的人并不一定有好结果，有时候甚至得到坏结果。按周善培自己的说法，是因为他在负责法官养成所期间，定期出题考试甄别法官，淘汰了不少士绅，因此也得罪了不少士绅，这些士绅以及背后的利益集团，一旦遇到机会便对周善培施以杀手。实际上的原因其实要比这个说法更复杂，因为新政变革，周善培成了各种复杂矛盾所聚焦的焦点人物。
保路运动之初，周善培与立宪派的关系是默契的，他的立场站在保路同志会一边，深得蒲殿俊等人信赖。后来被四川民众视为众矢之的，与官场内部的明争暗斗关系极大，加之革命党推波助澜，一个理应是四川新政功臣的人，转瞬间成为四川民众的公敌，也成了晚清政权的殉葬品。为了澄清这段历史，新中国成立后周善培写下了《辛亥四川争路记》，此时周已是80岁高龄，在书的《自序》中表明其人生戒条：对事必求件件真实，对人必求死者有知，生者有愧。然而就是这么一本力求真实的小册子，依然被革命家吴玉章指责为“企图分享胜利果实的卑鄙行径”。周善培满肚子的冤屈，不知道要到什么时候才能得以申诉？
赵尔丰逮捕蒲殿俊、罗纶等九人后，周善培被诬指为幕后主谋，他有口难辩。无奈之下，只好将家眷悄悄藏于友人家中，自己绝望地东躲西藏。赵尔丰被杀头后，周善培成了重点捕杀的对象，保路同志军多次到其寓所搜捕，并在全省张贴通缉令，要将周置于死地。周善培侥幸逃脱，在乡间密友处躲过了这场大劫难。直到成都、重庆两地军政府合并，由民政长张培爵出头，才商请同志军郭书池部护送他离川。到达上海后，身无长物，幸得旧友张謇等人接济照顾，方始在梵皇渡路一带安顿下来。
周善培的后半生，对民国政府始终没有好感，曾有人拉他加入“民革”，周当即答道：“我不是孙中山那一家人。”建国后，定居在上海的周善培仍然爱穿蓝色长衫，可是新社会里裁缝店都不做那种旧式衣服，周善培逛遍上海城，终于找到一家老裁缝店，做了一套蓝布长衫穿在身上，再也舍不得脱下了。1952年，周善培出任了民生公司董事长，此后还担任过华东军政委员会委员，1958年秋病逝于上海华东医院，葬于万国公墓，享年83岁。
保路运动中清方阵营其他官员的命运，并不比周善培强多少。
布政使尹良，字莘吾，北京旗籍，由盐茶道改任盐运道，后擢升布政使，是位置仅次于赵尔丰的二把手。保路运动之初，此人对四川绅商就没有好感，始终采取的是不合作的态度，极力怂恿赵尔丰打压保路同志会。赵尔丰从边地回川后，尹良每每参与议事，总是爱与赵尔丰耳语，故作神秘状，招致他人非议，赵尔丰当面申斥多次，尹良仍不改旧习。端方奉命赴川督察路事，尹良又以与端方有姻亲关系之故，立场迅速倒向端方一边。曾多次秘密写信，向端方举报赵尔丰的错误，端方向朝廷弹劾赵尔丰的材料，多半来源于尹良的揭发。此事被赵尔丰侦知，大骂尹良无良，但此时赵尔丰已失宠于清廷，也拿尹良毫无办法。民国成立后，尹良侥幸保住了一颗脑袋，曾参与《清史稿》的编纂，后行踪不详。
路广钟，字子善，安徽人，原为一名普通警察，后因有功被提升为警务公所提调，兼巡警教练所所长。赵尔丰逮捕蒲、罗等九人后，路广钟连连制造假案，企图栽赃陷害保路运动首领。成都发生血案之际，路广钟积极配合，在成都联升巷以及四个城门处到处纵火，同时在总督府也点火响应，以制造混乱，趁机烧死蒲、罗等立宪派首领，毁灭人证，了结此案。四川独立后，路广钟也顺势变脸，日日来往于都督府，向新都督蒲殿俊表示友善，两边讨好。成都东较场发生兵变时，路广钟率其所属教练所巡警两千余人，手持快枪，高呼“此时不变，更待何时”，煽动兵警附和叛乱。尹昌衡率兵平息叛乱后，在处决赵尔丰的同时，也将路广钟押至刑场枪毙，路中三枪未死，后被砍头。