近几年热播的宫廷题材电视剧中，皇帝总是处于至高无上，唯我独尊的地位。其实则不然，在中国封建君主专制统治的几千年里，大多数时间内都处在一种相权与君权均势，相互制约的状态之下。“丞相”是辅佐君王，处理日常政务的最高官职。西汉一代名相陈平曾说，丞相与上帮助天子天子调理内外，顺应四时。于下要安抚百姓，了解民间。协调好在外的镇侯和少数与朝廷的关系，监督其他大臣完成好自己的本职工作。
明初设立的中书省机构庞大，位高权重，实行自秦始皇开创的宰相（丞相）制度，又沿袭了元朝中书省“录军国重事”体制，立左丞相李善长和右丞相徐达。六部仅仅为中书省下属的机构，领导六部的长官尚书、侍郎等成为是丞相的属员。中书省有“综理机务”的最高权力，全国地给皇帝上的奏报，要经“中书省”才能送到给皇帝面前，以皇帝之名下发的诏令谕旨，要先下达的中书省，而后才能昭告天下。
以宰相为代表的官僚阶层是封建社会中很有组织性的力量，也就是人们经常所提到的士大夫阶层。官僚体系本身就是一个庞大而严密的整体，内部还因科举制度、地缘因素而形成官员之间的师生关系、乡籍关系，产生错综复杂的联系。而中国数千年封建社会政治制度，为了保障君权，经常会采取一定的手段的来压抑相权。而且明朝已近封建社会之末，更需要君主独裁来压制种种危机，加之明太祖朱元璋全力独揽大权的个性。都注定了在明初的政治舞台上，将有君权利与相权之间将有一场激烈的冲突爆发。
太祖朱元璋最初设立的两个丞相，即左丞相李善长和右丞相徐达。徐达多年领兵在外虽有重兵在握，但朝中的权臣还属李善长。史书上称李善长“少读书，有智计，习法家言，策事多中”，随朱元璋西征北伐，是大明社稷的栋梁之臣。朱元璋与李善长同乡，意气相投。朱元璋把李善长看作是萧何式的人物，从行军作战到日常政务，李善长事无巨细都一一参议。明朝建立后，法规、制度、礼节和仪制都需重新制定，这些都是由李善长组织修订完成的。所以，李善长是所有公臣中最早被封公的一个，被封为韩国公，而同样功勋卓著的刘基仅仅被封为了诚意伯，由此可见朱元璋对他的器重。明朝江山稳固后，居功至伟的淮西集团权力开始膨胀，朱元璋也对淮西集团的代表人物李善长愈发不满。洪武四年（1371年），李善长以年老力衰，体弱多病请求辞去丞相之位。他这样做，是想投石问路，试探皇帝心思的目的。朱元璋没有过多挽留他，答应了这个请求，让他告老还乡了。李善长退休后，当时大明局面还没有完全稳定，中书省还在发挥着它的职能。而徐达在外领兵打仗，中书省无人主持，积压了许多政务。朱元璋于是任命自己的心腹汪广洋做了丞相。汪广洋为人小心谨慎，对朱元璋更是忠心耿耿。
可惜他才智平庸，优柔寡断，事事请示，又把工作弄得一团糟。李善长借机将有推荐了淮西集团领一领军人物胡惟庸进入中书省主持工作。胡惟庸精明强干，得到李善长的指点和淮西集团旧部大力支持，深得朱元璋的欢心，洪武十年（1377年），朱元璋提拔胡惟庸为左相，而汪广洋降为右相。不久，汪广洋被朱元璋随便找个理由贬到了广东，不久后又把他杀了。胡惟庸平步青云，如今位于“一人之下，万人之上”的高位。大权独掌，不免飞扬跋扈，专擅朝政，独断专行，又走上了李善长的老路。官员呈给皇帝的奏折，须经他审阅，同时他还大肆受贿、卖官鬻爵。大将军徐达深恶其奸上奏弹劾。胡惟庸得知后，就要加害徐达。而朱元璋的重臣刘基患了病，服用了胡惟庸赠予的药物后，不几日就病发身亡了。这更加激怒了朱元璋。不久，有人上告胡惟庸结党谋反，朱元璋立即下令追查，当时说胡惟庸通谋日本和蒙古叛乱，缺乏确凿证据。但在洪武十三年（1380年），朱元璋还是以“擅权植党”之罪处死了胡惟庸。胡惟庸恃功骄纵，跋扈揽权，终于把长久累积的矛盾进一步激化，结果满门抄斩。后来，朱元璋又以李善长身为元勋国戚，知道胡惟庸逆谋造反而不告发，将他论以“大逆不道”的罪名，处死了开国元勋李善长及其全家，肃清党羽，前后受到牵连被杀的人多达三万，淮西集团终于被一网打尽。
朱元璋如此血腥镇压有功之臣的目的只有一个，就是要多对对中央朝廷的官制作大幅度的改变。洪武十三年实行的官制改革，主要有以下几方面：
撤中书省，永久废除丞相一职。朱元璋诏书中特别强调指出了丞相制度的弊端“自秦始制丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋虽有贤相，然其中多少人专权乱政”。在废除丞相后，“事权归于朝廷”，还规定后世君主不得恢复丞相这一职位，臣子中如有敢上奏要求恢复的，将处重刑。
同时加强了吏、户、礼、兵、刑、工六部的部门职能，并且由皇帝统一领导指挥。将统领军权的大都督府分解为中、左、右、前、后五军都督府。这样皇帝就彻底把政权，军权都掌握在自己手中。中央集权统治得到了空前的加强。
为加强中央集权统治，充分掌握情报。洪武十五年，朱元璋开改革禁卫军，建立了十二个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。其职能是：“掌直驾侍卫、巡查缉捕”。这中间的一个顿号，把锦衣卫的职能划分为截然不同的两个方面。一种就是侍卫的工作，殿中侍立，传递皇帝的命令，兼做保卫工作。而另一种就是秘密警察的工作，这也。是锦衣卫有别于其历朝禁军的独特之处。在朱元璋设立锦衣卫之初，也仅仅是用来充当侍卫，负责仪仗而已。但当他开始对功臣进行大清洗的时候，就感觉一般的司法机构如刑部、大理寺、都察院进展缓慢，不能得心应手地达自己铲除异己的目的。于是皇帝身边的锦衣卫的功能就加强了，成为皇帝的私人密探。主要负责钦定的案件，他们拥有自己的监，可自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构和程序。
吏制改革以后，朱元璋希望通过科举考试公正全面地选拔到合适的人才，以改变元末政治腐败，官员素质低下的局面。在总结前朝得失的时候，朱元璋发现元代不重视科举，有许多像刘基这样的知识分子，得不到朝廷的重用。始终郁郁不得志。最后他们中间的很多人反而成为了元末反元的风云人物。朱元璋充分意识到他必须将天下人才都为自己所用，才能完全巩固大明江山。
洪武三年，全国各省举行乡试，洪武四年二月，在南京举行会试，录取进士120人。所有录取的进士和举人全部授予了官职。洪武十五年，朱元璋把科举制度作为永久制度确立下来，并颁布了具体的科举考试规则。希望通过科举考试，公正而全面地选拔到合适的人才，使明朝统治得以巩固。
明代科举开始采用了八股文取士的方式。使得科举考试更为规范化，它便于阅卷操作，能够使得取士的标准更为统一。但是八股文过于讲形式、没有内容，文章的每个段落死守在固定的格式里面，连字数都有一定的限制，人们只是按照题目的字义敷衍成文。分为破题、承题、起讲、入手、起股、中股、后股、束股、落下等组成部分，其弊端也是显而易见的。八股文取士制度形成之后，许多人穷尽一生之力学习“八股文”，形成一种极不正常的社会心态，一直延续到中国近代。清代吴敬梓所著《儒林外史》对八股文，以及八股文取士的众生百态进行辛辣的讽刺。当然八股文考试弊病，不仅仅是文体形式的死板。科举的考查内容仅限于是四书经学，局限性的考试内容也是束缚人思想的主要原因。