其实朱由检对于天命降临早有准备。虽然父亲生有五子，但长大成人的只有朱由检和朱由检一双兄弟。熹宗朱由校虽然嫔妃成群，但因年纪较小还没有子嗣。天启七年（公元1627年）八月熹宗驾崩，客氏和魏忠贤一伙也在紧锣密鼓地逆谋篡位，但由于名不正言不顺，他们始终不敢轻举妄动。皇位的惟一继承人就是朱由检顺利登基，改年号崇祯，谥思宗（南明谥思宗，后改毅宗）。他哥哥临死还没有意识到自己用人不当的过失。嘱咐朱由检要重用魏忠贤、王体乾等人。
崇祯刚刚即位，人心不稳。但他早已决心要铲除客氏和魏忠贤这些祸国殃民的害人精，只是目前还不能表露出来。魏忠贤的爪牙，江西巡抚杨邦再次上疏请求为魏忠贤等建祠颂德，其目的也是在试探新君。祟祯帝阅读奏疏并没有立即表态，只是随手将奏折放在一旁，一笑而过。皇帝的一举一动都在魏忠贤掌握之中。他看崇祯对自己态度冷漠，马上假惺惺地上书，请求免建生祠。-崇祯顺水推舟地说道：“建不建祠颂德，舆论自然会去评说。魏爱卿不居功自傲，果然大有谦逊勤勉的美德。朕也不好违背魏卿家的心意，建祠的事暂且缓上一缓吧！”为防止魏忠贤狗急跳墙，崇桢只是顺水推舟避免了与他正面冲突，不但对魏忠贤重用如旧，而且赏赐更是接连不断。
崇祯的继位后，魏忠贤始终紧张万分，他无时无刻都不在窥测崇祯的举动，随时准备根据崇祯的态度决定进退。但是崇祯继位后微波不兴，声色皆无，一切按部就班。这就让魏忠贤无法揣测崇祯内心的真实想法。开始有些放松了警惕，觉得崇祯只是一个软弱的年轻人。
但为摸清新皇帝对自己的真实看法如何，魏忠贤决定开始投石问路。不久他向崇祯提出辞呈，要皇帝批准他辞去东厂厂主，请求告老还乡。崇祯知道，这是魏忠贤欲擒故纵的伎俩，一旦自己答应了他的请求，皇宫之中将会血雨腥风。国家社稷很可能因此毁于一旦。因此，崇祯决定继续让魏忠贤对自己感觉莫测高深。他不但驳回了魏忠贤的请求，反而更加优待，给魏忠贤的亲戚魏良卿和魏翼鹏颁发铁券证书。
过了一段时间朝中局面渐渐稳定，和魏忠贤一起狼狈为奸的客氏提出要离开皇宫，毕竟当初客氏留在皇宫中是因为她做过先帝的乳母，现在朱由校已死，她没有理由再住下去。崇祯马上批准她的请求。而且客氏要求出宫之事，正是剪除魏忠贤党羽的千载难逢之机。这样顺水推舟，一定不露痕迹。
在客氏出宫不久，人们发现客氏管理的后宫中，竟然有八名宫女怀孕。一下子人们议论纷纷，有的说这是客氏一家在皇宫如履平地，出现了这样的丑闻。也有人说这是魏忠贤精心策划的。虽然他自己想做皇帝，但中国历史上，从没有一个宦官当皇帝的先例。所以他不敢公然冒天下之大不韪。想用李代桃僵之计，像秦国相父吕不韦一样，有计划地悄然让魏氏子孙取代朱家后裔。不管哪种说法，都犯下了大逆不道的死罪。崇祯下令将客氏、客光光（客氏的弟兄）、侯国兴（客氏的儿子）一并处死。又解散了魏忠贤在后宫建立起来的上万人的太监军队，这样魏忠贤的羽翼铲除，再也没有对皇家的构成威慑的武装力量。
崇祯看似理所当然的行动的这一系列，让朝廷内外的正与邪的力量对比发生根本性的变化。魏忠贤的死对头东林党人信心更足，他们在崇祯的雷霆手段中看到了中兴的希望，原来进退两难的人停止了向魏党靠拢，趋炎附势的小人们也开始转为讨好皇帝。宦官集团也发生了分化，原来属于外围的人开始从魏党中退了出来，崇祯也乘机在里面安插了自己的力量。
这时魏党的核心人物又惊又怒。但是崇祯的这一系列行动都是水到渠成的结果，自然而然。从行动本身根本是形势所驱，事先并无征兆。原来处于孤家寡人境地的崇祯有着无比强大的力量，有整顿朝纲的壮志雄心，他的可怕之处在于老谋深算，谋定而后动。魏忠贤一党为了留实力，他们采用了丢卒保车的策略，让手下崔呈秀当替罪羊，以图蒙混过关。但崇祯不为所动，隐而不发，继续等待机会。
到了十月下旬，久被宦官集团压制的下层官员知道皇帝正在搜罗魏党的罪状。纷纷行动起来，工部主事陆澄源上疏揭发崔呈秀，连带出魏忠贤建造生祠扰民的问题。后来，大家开始直接弹劾魏忠贤，贡生钱嘉征上疏将魏忠贤罪行列成十条，即：擅自拟定圣旨，迫害皇后，暗中招兵买马，目无君主，诬蔑圣人，私自侵吞藩封，滥封爵位，扰乱百姓，将守卫边关将士的功劳掩饰不肯上报，控制国家各级官员等。并要求将魏忠贤正法。
崇祯看了奏折，深合心意。就命人念给魏忠贤听，魏忠贤一边听，一边从心里冒凉气。他知道崇祯就要对他下手了，现在他已经没有力量和皇帝对抗。他深深感到崇祯城府极深。于是，他向崇祯告病还乡，希望能安度晚年算了。这次崇祯没有再客气，立即答应了他的请求，让他马上离开皇宫，魏忠贤刚刚离开北京，崇祯跟着开始就铲除魏忠贤在京城的残余势力。
自崇祯登基开始，就感到这股力量一直威胁着自己的皇权。现在把他们瓦解之后，崇祯感到无比轻松。他对根除宦官势力已经胸有成竹了。他亲自点了魏忠贤死党的主要人物，令吏部进行追查，随即将魏忠贤的罪行公布天下，废除了魏忠贤安排到全国各地的监军太监，废除了一切魏党集团冒封的官职，没收了魏家的全部财产。十一月六日，魏忠贤在穷途末路的情况下自杀。然后，崇祯御笔判处了二百四十四名罪大恶极的魏党分子的死刑。同时当初受魏忠贤迫害的人平反昭雪，威胁大明江山的祸害终于被彻底铲除。
崇祯八月中旬登基，到十一月中旬肃清阉党，仅仅用了三个月。在这不到百天的时间里，崇祯孤军奋战，大获全胜。显示卓越的政治手腕势。因此，很多人把崇祯看成是大有作为的中兴之主。
然而，崇祯个人已经无法挽救糟踏的千疮百孔的大明江山。尽管他在即位之初就表现出一往无前、超群拔俗的才干。但是他也无力回天，统治了二百多年的明王朝已气数将尽了。