张居正死后虽然遭受迫害，但他的改革措施还是极大增强了明朝国力。就在这时，与中国一海之隔的日本也由内乱走向了统一。十六世纪末，一代枭雄丰臣秀吉结束了日本混战割据的战国时代。
明万历十三年（1585年），日本天皇任命丰臣秀吉为摄政，建立了统治全日本的中央集权。丰臣秀吉也野心勃勃，准备着向亚洲进行扩张。他首先把目标瞄准了朝鲜，继而再向中国进行扩张。
日本在短期内就储备了大量的军粮、战船和火器，在丰臣秀吉眼中朝鲜的三千里江山很快就会变为日本的一个行省，成为日本称霸亚洲的桥头堡。而当时朝鲜政权在很多地方都是效仿明朝。李氏王朝统治和明朝的体制基本一样，朝廷重文轻武。不过相比于明朝，朝鲜半岛自元末以来就少有的战事，军事更加松弛，虽然不时有倭寇捣乱，但总体还是平静。没人察觉日本的虎视眈眈和精心战备。
当时的明朝内政边防也是空前平稳。明神宗悠闲地做着皇帝，享受着张居正的改革成果。执政大臣如申时行等人吸取张居正生前权倾一时，死后即遭清算的教训，削弱并放弃了内阁的权力。虽然各地偶发小规模叛乱和农民起义，但总体上还是空前的稳定。太仓的粮食还很充足，库银充沛，军饷、火器也能及时供应。在所有人眼中，没有什么事情值得忧虑。大明和朝鲜一对友邦兄弟，在大战前的平静中享受着。
万历二十年（1592年），日本的战舰已建造完毕，粮草也准备充分。大军在整装待发。丰臣秀吉正式下达命令，以9个军共15万兵力。战船七百余艘，开始远征出征朝鲜。先头部队以迅雷不及掩耳之势攻克釜山。很快，朝鲜海防重镇东莱、梁山等地也相继陷落。日军后续主力8万多人和其余舰队相继入朝。日本倾举国之军力，目的是要在最短时间内控制朝鲜。
经过战国时代洗礼的日军斗志高昂。而朝鲜则文恬武嬉，军备松弛。日军使用了当时先进的火器，把以冷兵器为主的朝军面打得溃不成军。但就在朝鲜陆战全面败退的时候，一个将军却在海战中接连取得大胜。他就是朝鲜名将李舜臣，李舜臣发明了新式海战武器“龟甲船”。龟甲船船身的防护板由装有硬木制成，并且裹上鳞状铁叶，形似龟壳，故叫龟甲船。龟甲船火力强大，而且防御能力强，很快就扭转了朝鲜海战的不利局面，打得日军连连败退。
但在陆地上日军已经占领了朝鲜半岛绝大部分地区。朝鲜王子被俘，国王逃到了中国边境，李氏王朝政权遭受了灭顶之灾。国王李昖正式向神宗皇帝递交国书，并派人分头去收买众多大臣甚至宦官，希望他们能尽快说服皇帝作出出兵光复朝鲜的决定。
日本入侵朝鲜的举动，也让大明朝野上下震惊。沿海长达百年的倭患，自然是人人痛恨日本。只是明朝自庚子之变后的几十年，再无大规模的战争。能否战胜日军，明朝君臣感到没有把握。
此时丰臣秀吉下书要求琉球、菲律宾南洋国家臣服日本朝贡的消息传来，极大刺激了明朝君臣。大明早已习惯自己的天朝大国的地位。况且北京离辽东不远，如果日本一旦从朝鲜进兵，那么首先就会威胁到都城北京。朝廷上下基本达成了“迎敌于外，毋使入境”的共识。
开始由于不了解敌情，最初只派了一支两千余人的偏师前往朝鲜。很快遭遇日军连番伏击，几乎全军覆没，只有寥寥几人逃回。这下明廷像炸开了锅，大明的君臣被激怒，要求动用大军远征朝鲜。明神宗任命兵部侍郎宋应昌为经略，总领抗倭事宜；急调陕西总兵李如松（名将李成梁之子）入辽，为东征提督，统领全军。明朝在全国范围调集了4万精锐部队，在宋应昌和李如松的率领下，渡过鸭绿江，开始了光复朝鲜之战。
万万历二十一年（1593 年）一月，大军来到平壤城下。平壤之役打响了。明军作战勇猛顽强，又有先进的火炮。很快就从日军手中夺回了平壤。平壤的收复扭转了整个朝鲜半岛的战争局势，具有着相当大的战略意义。统帅李如松就凭此一战成名。可以说平壤大捷超过其父李成梁在辽东任何一次战役。
同年正月二十四日，明军的先头部队查大受部队在汉城郊区与日军加藤光泰部队展开了激战，日军败退诱敌。日军主帅小早川隆以2万人的兵力将明军查大受部队包围在碧蹄馆。明军仅有3千骑兵，依靠顽强的意志和火炮优势抵抗住了数倍于己的日军。在坚持了一天一夜之后，明将杨元连夜前来救援。日军以为明军主力部队赶到，变撤退回王京。碧蹄馆之战，明军精骑死伤过半，日军也付出了凄重代价。
碧蹄馆之战后李如松不敢孤军深入，而日军在汉城及周边地区集结了5万多人，在兵力上取得了绝对的优势，李如松便率领明军二月十六日退回了平壤。
后来明军探知日军把大部分军粮存放在龙山大仓后，李如松立即派遣查大受和李如梅率领敢死队深夜偷袭了龙山大仓。龙山大仓原来是朝鲜的国仓，积贮了朝鲜几十年的粮食，汉城被日军占领后，日军就把龙山大仓作为军粮库，后来日军囤积的军粮都存于此。明军敢死队潜如龙山后，用火箭射向粮仓，十三座大仓，数十万石粮食瞬间起火，一夜间被烧了个干净。李如松夜袭龙山成功，可与官渡之战中曹操的夜袭乌巢相比。日军军粮没了全线被动，很快陷入被动。
日军战斗减员严重，现在加上粮仓被焚，军心涣散。而明军也不愿长时间在外做战，本身兵力也少于日军，无法将日军彻底歼灭。既然双方都无心再战，准备开始进行和谈。当时明朝禁海已久，和日本少有往来。一时间竟找不到精通日语的翻译。明朝方面为次事为难了很久，最后派出的谈代表是浙江人沈惟敬。这也算世界外交的史一则奇闻，沈惟敬并非明朝官员，也没有外交谈判才能。仅仅由于他海外经商多年，会说一口流利的日语而被兵部尚书石星赏识，临时被封为游击将军。后来的事实证明此人完全是个无赖。
万历二十一年（1593年），以石星为首的主和派派遣沈惟敬至汉城与小西行长谈判，双方达成了协议：明朝派使节前往名古屋会见丰臣秀吉。明军撤出朝鲜，同时日军从汉城撤军，并且交还二王子及其他被俘官吏。由沈惟敬等人组成明朝使团与日军前往日本。
同年四月十八日，日军全部撤离汉城，李如松于十九日率明军及朝鲜军进入汉城。局势稳定后，李如松便返带兵回京城。至此，朝鲜除少数沿海地区外，其余各地全部收复。
五月八日丰臣秀吉在名古屋会见了明朝使团。由于语言上的障碍，双方的会谈实际上还是在沈惟敬和小西行长之间进行。丰臣秀吉提出了“大明、日本和平条件”七条：要求迎明帝公主为日本天皇后；双方发展海上贸易；朝鲜割让土地，扣留朝王子为人质等。沈惟敬马上答应了这丧权辱国的条件，但对随行的大臣们谎称丰臣秀吉已同意向明朝称臣，请求封贡，并且答应日军马上从朝鲜撤退。而日本方面则以为，明朝使者已经同意了丰臣秀吉的要求，只需派使者与明使一道去北京拿回大明皇帝的批复即可。
在沈惟敬欺上瞒下的斡旋后，中日双方即将要达成世界外交史上最为荒唐的协议。很快日本派小西如安随明朝使团去往北京。小西如安与沈惟敬相互勾结。来到了北京后，他马上答应了明朝提出的三项条款：1、日军在受封后迅速撤离朝鲜；2、只册封而不准求贡；3、与朝鲜修好不得侵犯。虽然兵部还和小西如安对细节进行了详谈，但小西如安欺明朝无人不懂日语就随口胡说。这时沈惟敬将早已伪造好的的日本降表递交。明朝君臣也很满意。明神宗立即册封丰臣秀吉为日本国王。
万历二十四年（公元1596年）九月三日，明朝使团再次来到日本。丰臣秀吉穿上了明朝使者送来的册封衣冠，接受了明朝册封。沈惟敬献上了明帝诏书和赠与的金印，丰臣秀吉以为明朝已经臣服，十分高兴，并设宴款待明使。不久之后丰臣秀吉让等懂汉语的僧人为其用日语宣读明朝的册封诏书，才发现。空吻不对，勃然大怒。接着马上将小西行长治罪，然后把明朝使团驱逐出境。就这样，这场和闹剧终于露出了马脚。
沈惟敬不敢回国，滞留朝鲜。同时他假造了一道日方的谢恩表派人递交朝廷。结果假冒的谢恩表被很快识破，朝鲜方面传来日本备战准备再度出兵的消息，明神宗方知上当受骗，大怒，立即把兵部尚书石星打入大牢，并命驻朝明军将拿沈惟敬，就地正法。沈惟敬以一小小使臣身份，激怒了中日双方。一场比上次跟猛烈的战争爆发了。
日军吸取了上次海军惨败的教训。使用反间计，让朝鲜王廷解除了大将李舜臣的军权。并在战术上采用不告而战、突然袭击的办法，准备一举击垮了防备不足的朝鲜海军。
万历二十五年（1595年）七月十五日，装备精良的日本舰队，偷袭了停泊在漆川岛的朝鲜海军得手。壬辰之役中日本的安宅船不是朝鲜龟甲船的对手，此次日本海军该用了改良过的巨型铁甲船。当时是双方协议停战期间，朝鲜海军以为日本的舰队运船，结果突然遭受袭击。朝鲜海军猝不及防，结果战船几乎全部日本舰队击沉击毁，海军统帅元均中炮击中身亡。
清除了朝鲜海军之后，丰臣秀吉正式下令进攻朝鲜。日军共14万人（其中海军约3万余人）兵分两路，开始在朝境内侵略。这时明军马上参战，第一批到达朝鲜战场的明军约3万余人。主要是负责帮助朝鲜军队进行防御。等待总督邢玠率领的4万大军一到，明军和朝鲜军再由战略防御转入战略反攻。上次在援朝战争中立下赫赫战功的李如松任。此时正与辽东鞑靼作战，无暇分身。不久李如松误中土蛮人的伏击战死。
开始日军的攻势十分顺利的。连续攻克了泗川、南海、光州等地。明军副总兵杨元率领3千明军和3千朝鲜军虽死守南原，但最终还是被日军攻破，杨元英勇阵亡。这时全州的守将陈愚忠，因南原失陷自己也是独木难支，这样就让日军兵不血刃地攻克了全州。随后日军气焰更加嚣张，连续攻陷黄石山、金州、公州等地，很快兵临汉城城下，朝鲜局势再度危急。
幸好此时明军的后续部队军及时赶到，大败日本战国名将黑田长政。同时时攻打青山的日军，也陷入了参将彭友德率领的中朝联军的包围之中，死伤惨重。这时从海上也是捷报频传，重新启用大将的李舜臣，李舜臣临危受命，重整水师。他团结抗日将士，惩办怕死官员，又吸收忠勇的农民参加水师，在不到一个月的时间内，在残余的12只战船和一百多名水兵的基础上，又重新组建了一支骁勇善战的强大水师。他率领这支水师利用天时地利，巧布铁索阵，在鸣梁海峡诱敌深入，以12艘龟甲船击沉30多艘日船，击毙击伤日军4千多人，致使丰臣秀吉的如意算盘又落空了。
日军开始退守，建筑营垒工事，待机反扑。战争局势一时进入胶着状态。
明军在外作战胶着状态对其不利，于是计划实施蔚山战役。万历二十五年（1597年）十一月，明军分兵三路，总计三万余人，进攻蔚山。而日本加藤清正率部6千人在蔚山城和蔚山南部的岛山据险扎营，严阵以待。
开始进攻十分顺利，但很快进入僵持状态。随后几日，明军久攻不下减员非常严重，而战况没有任何进展。这时日本援军五万陆续赶到。战场形势立刻发生变化，明军被迫由攻势转为守势。在种种不利的情况下，明军统帅部决定撤军。在日本援军的追击下，明朝军队撤军失控，阵营大乱。结果导致明军、朝鲜军一路死伤无数，血流成河。不过日军也元气大伤，双方暂时都无力再战。
日军虽然解除了蔚山之围，但却无力恢复早期的进攻态势，而日军内部军心开始浮动主张撤退的呼声日渐高涨。而且日军在海上的优势已经消失，虽占据着一些海上据点，但从长期来看，日军无法守住这些沿海要塞。
蔚山之战虽让明军遭受重创，但主力部队并没有伤筋动骨，很快恢复了元气。对蔚山之败负有责任的指挥官均遭到了应有的处分。现在由兵部侍郎邢玠掌握明军的军事指挥大权。在蔚山兵败八个月之后，邢玠计划对日军发起第二次攻击。
万历二十六年九月，邢玠开始实施第二次攻击计。水陆协同作战，同时对沿海日军各处要塞施加压力压力，促使敌各处守军以及海路不敢贸然出击，不能互相支援，而后各个击破，避免蔚山兵败的教训。此次联军总兵力空前壮大，达到8万人左右。
这场战斗中，明朝军队虽然没没有取得决定性战役的胜利。却成功扭转了形式。此时的战况对日军十分不利。日军盘踞在几处的据点全被孤立，互相不能支援。而面对联军八万以上的兵力也丝毫没有办法，只好苦寻求转机。海，李舜臣的海军力量也得以恢复了。大明水师也出动了数百搜战船，1万3千余水军，上的军事力量对比也开始倾向于联。
前方战事不利，让远在日本的丰臣秀吉日夜忧叹。内外交困的丰臣秀吉在万历二十七年八月十八日郁郁而终，结束了他那波澜壮阔的一生，一代霸主终于离开了人世。九月五日，五大老以丰臣秀吉名义，指示在朝各军，“争取最体面的议和”。
其实日本军队早已无心再战，丰臣秀吉的死，彻底打消了日本军队的斗志。提实际上日军当时已经完全无力再次占领朝鲜，自保都成了问题。退中斩敌2千余。日军驻顺天之小西行长部第二军于万历二十六年（1598年）十一月十一日起开始撤退。然后驻泗川、南海、固城之日军，依次到巨济岛集结，候船回国。而中朝连军则在海上展开围剿，日军死伤以万计。而联军也付出了相当大的代价。李舜臣、邓子龙皆战死。此后，日军退回日本，朝鲜半岛残余日军也基本都被消灭。不久，明军全部撤出朝鲜。