古时的日本称为倭奴国，所谓倭寇是指，由日本渔民、农民、商、武士、浪人等组成的海盗集团的泛称。他们从13世初到16世纪末在中国沿海地区，开始有组织有计划地对当地人民进行武装劫掠的。在这一过程，也有很多中国人与之相勾结。所以中国史书上将这些日本海盗以及后来与之勾结的内奸，统称为倭寇。从元末至明万历年三百年的时间内。倭寇不断侵扰中国沿海地区，极大地干扰了民生。
倭寇的活动自元朝末年就已经开始，当时日本进入分裂时期，内战不断。许多败将残兵、海盗商人及破产农民不得以流亡海外。而当时中国恰好也是即将朝代更迭，无暇巩固海防，倭寇屡次袭击滨海州县得手。洪武时，海防整饬，又下达了禁海令，基本控制了海防。经永乐十七年（1419）六月的望海埚一战，明辽东总兵刘江成功围剿了数千名来犯倭寇后，倭寇几乎销声匿迹。正统以后，因军事力量逐渐空虚，致倭患又起。这一时期的倭寇和内陆勾结比较严重，他们如果遇见官兵，谎称要去入贡；乘守备不注意就开始肆行杀掠。但总体说来，在嘉靖以前，倭寇做乱仅仅局限个别地区，持续时间也很短，尚未成为没有引起明朝的足够重视。
自嘉靖朝以后，倭寇活动猖獗到一发而不可收拾的地步。这其中的主要原因还与日本本土的局势变化密不可分。首先，日本内战加剧造成日本社会各阶层人士的大量破产和失业，在无奈的情况下他们大多成为寇盗；其次日本商业得到了发展，资产阶级萌芽开始产生。国内大小藩侯的奢侈欲望愈益增长，对中国物产和金银的需求增加；第三这一时期也有大量的中国商人、破产农民和失意知识分子等流落到了日本日本。其中有资本者开始进行走私贸易，无资本的者就联和日本海盗一切进行抢劫。这时这些流落在外的中国人也成为倭寇的重要组成部分之一。象侨居日本的倭寇首领汪直、徐海、毛烈、陈东、叶明（叶麻）、邓文俊、林碧川、沈南山等，都是此类汗奸中的代表人物。他们熟悉中国地理，在日本封建地主的支持下，袭用倭人服饰旗号，开始对中国东南沿海地区进行大肆掠夺。但此时的明世宗朱厚熜却无新过问这些事情，专心研究道教。朝廷之上严嵩一手遮天，贪污腐败之风横行。蒙古又不断骚扰边境，倭寇活动更加猖獗。公元1553年，汉奸汪直、徐海的内外勾结，倭寇聚集了几百艘海船，开始大肆想在浙江、江苏沿海一代进攻，他们细分成许多小队，分头进攻。很快就抢掠了几十个城市。沿海的官吏腐败和兵士没有战斗力，一看见了倭寇马上扭头就跑。
公元1553年，汉奸汪直、徐海的内外勾结，倭寇聚集了几百艘海船，开始大肆在浙江、江苏沿海一代进攻，他们细分成许多小队，分头进攻。很快就抢掠了几十个城市。沿海的官吏腐败和兵士没有战斗力，一看见了倭寇马上扭头就跑。
倭寇之患让躲在深宫里求仙问道的明世宗也无法回避，他只好叫来自己倚重的大臣严嵩来商量对策。严嵩的党羽赵文华抓住皇帝喜好求神信佛的心态，提出要解决倭寇侵犯问题，唯有虔诚地向东海祷告，有了神明保佑，不愁倭寇不除。明世宗果然相信了赵文华的鬼话，于是就派他到浙江去祷告。后来，倭寇横行越来越肆无忌惮。只好选派了熟悉沿海防务的老将俞大猷前去平定。俞大猷到了浙江，连续大胜，打击了倭寇的嚣张气焰。但很快，提拔俞大猷的浙江总督张经就被赵文华陷害，俞大猷也受到诛连而被丢了官职。沿海的防务再度陷入混乱，倭寇的猖獗活动又无法遏制。这种局面一直持续到朝廷把山东的将领戚继光调到浙江来才得到改善。
戚继光，山东蓬莱人。是我国历史上著名的民族英雄，他初到浙江，眼前的状况让他大吃一惊。军心涣散，纪律松散，根本没有任何战斗力。想要想打败倭寇就必须要有一支过硬的武装力量，于是他就决心招募新军。招兵命令一发出，马上许多饱受倭寇侵扰苦的农民马上自愿参军，很多当地的一些的地主武装力量也为了保护自己利益也表示愿意抗倭。新军很快发展壮大到四千多人。
戚继光是精通兵法，而且作战经验丰富。手下兵士都经过严格训练。并且他还发挥地理优势，又根据南方沼泽地区的特点，研究了阵法，让兵士使用各种长短武器，更好地发挥威力杀敌。横快在他的严格训练之下，这支新军的战斗力得到迅速提升。“戚家军”很快远近闻名。不久，倭寇集中又袭击台州（今浙江临海）一带，戚家军很快赶到台州。倭寇本来就是流寇式的作案，走到哪抢到哪。如今却被戚家军死死盯住。他们在哪里骚扰，戚家军就打到哪里。海盗队伍不过是群乌合之众，哪里是戚家军的对手，交锋几次，戚家军一次比一次胜得轻松。最后，倭寇在中国的土地上根本无法立足。只好再次逃回海船上，结果又被戚继光用大炮将倭寇的船击沉。大部分倭兵被炸死或掉到海里淹死，侥幸生还的也只能乖乖投降。
浙江有戚家军防镇守，倭寇已不敢再侵犯。第二年，他们流蹿到福建沿海骚扰。这次他们兵分两路，一路倭寇从温州登陆后南下，占据了宁德；另一路倭寇从广东北上，盘踞在牛田。两路敌人南北夹击，一时间让福州的守将无法抵挡。朝廷马上派戚继光前去援救。戚继光很快带了新军来到了离他比较近的宁德，打听原来敌人以宁德城十里外的横屿岛为老巢。横屿岛四面环水，易守难攻。倭寇在那儿盘踞，让当地的明军毫无办法。
戚继光并没有被眼前的局势吓倒，他马上亲自调查了横屿岛的地形，发现横屿岛与大陆之间水道既不宽，又不深。所以当即决定晚上潮落的时候进行抢渡，戚继光命令每个兵士随身带一捆干草，到了把干草扔横屿岛和大陆之间的水道，几千捆干草扔在一起，添平了水道。戚家军兵士踏着干草铺成的路，神不知鬼不袭击了倭寇大营。经过一场激烈战斗之后，岛上的二千多个倭寇全部被歼灭。
戚家军攻下横屿，马上急行军赶到了牛田。在快到牛田的时候，戚继光假意传出军令，让全体士兵原地休整，等养精蓄锐之后再发动进攻。
这些话很快被敌人的探子打听到了。牛田的倭寇以为戚家军暂时不会发动进攻，本来高度戒严的防备也随之松懈了。哪知戚继光是故意让敌人放松戒备，当晚他就下令向牛田发起总攻击。倭兵还在睡梦之中，匆促应战，很快就被戚家军打得四处逃散。
不久之后，倭寇再次又侵犯福建，攻下兴化。这时候，严嵩父子已经倒台。俞大猷官复原职。朝廷派任命俞大猷为福建总兵，戚继光为副将。两员抗倭大将一起，倭寇哪里还是对手，很快就收复了兴化此后俞、戚两军多次配合，大败倭寇，巩固了海防。此时，危害中国东南沿海几十年的倭寇终于被基本肃清了。