由蒙古人建立的元朝统治在中国前后只有89年的时间，虽然蒙古的铁蹄盛极一时，但“只识弯弓射大雕”的蒙古族在他们的统治中存在很多弊端，其中严重的民族歧视导致他们末期的统治动荡不安，同时宫廷内部的斗争也愈演愈烈，很多地方的人民都难以维持生计。特别是末代皇帝元顺帝（史称元惠宗）妥懽帖睦尔即位后，更是荒淫残暴，国库空虚，物价飞涨，导致官僚们也对农民残酷剥削，阶级矛盾与民族矛盾在他统治的时候达到了白热化的程度。多种问题归结在一起，最终引发连年战乱。加之水灾、旱灾、蝗灾、瘟疫等天灾不断，使河南、山东、河北、皖北等中原地区民不聊生，一时间田地荒芜，人民痛苦不堪。在这样地不利、人不和的诸多条件下，走想了灭亡的道路。
像其他朝代一样，严重的自然灾害成了农民起义的导火线。
自元章宗明昌五年（1194年）黄河决口之后，自然灾害成了元朝统治最大的困扰。在史书上有记载的决口就达到两百多次，给中央财政收入也造成了沉重的负担。也严重影响了人民日常生活。河南一段的黄河几乎是年年决口。元朝政府被迫年年征集民夫堵塞决口，加固河堤。由于连年来水患不断，元廷在泰定二年（1325年）二月成立了都水监。这本来是一件利国利民的好事，但由于当时元朝政治腐败，各级官吏营私舞弊，中饱私囊，用征役之名大肆掠夺民财，暗中克扣朝廷下拨的银两，导致矛盾激化，最终引发了元朝末年著名的红巾军大起义。
红巾军领军领袖韩山童出身平平，他的祖父是河北栾城一个教书先生，创立了白莲教（一种秘密的宗教组织），以传教为名，暗地组织农民反抗元朝，后来事情败露，被充军发配到永年（今河北邯郸东北）。
韩山童长大后将白莲会进一步发展壮大，聚集了不少受苦受难的农民，烧香拜佛。后来一传十，十传百许多受苦受难，生活没有保障的农民都开始将希望寄托在神灵身上，加入了白莲教，每天烧香拜佛，乞求安宁。韩山童经常对这些教友灌输一种思想，说：天下大乱，佛祖将要派弥勒下生、明王出世，下凡拯拯救苍生。这更让这个组织蒙上一层神秘的色彩，白莲教借着当时老百姓对朝廷的不满，大做宣传。当时怨声最强烈的要属黄河沿岸的百姓，他们不但受天灾，还得忍人祸。这个传说很快在河南、江淮一带深入人心。饥寒交迫中的百姓们期待真的会有神仙下凡，普渡众生。在黄河治理的工程一开始，韩山童就意识到元朝统治已经丧失民心，发动起义的时机已经成熟。经过周密的部署之后，为了更加迷惑百姓，让人们都觉得他代表的是上天的意志，也就是大家常说的要出师有名。于是，他暗中选拔了几百个会徒，混入了挑河民工之中，在工地上暗中宣传一支民谣：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”
民工们不懂这歌谣是什么意思，但是听到里面有“天下反”三个字，就觉得世道要变了，好日子快要到来了。当开河的工程进行到黄陵冈的时候，有几个民工真的挖出一座石人。大家好奇地聚拢来一瞧，只见石人脸上正是一只眼，河工们惊诧不已。这件新鲜事又很快地在十几万民工中传开来，大家心里都想，民谣说的真的应验了，既然石人出来，天下造反的日子自然该到来了。其实哪里有这么神奇的事情啊，这个石人只不过是韩山童事先偷偷地埋好的，但这样的招数在当时确实很奏效。
韩山童身边有个人叫刘福通，他对当时的局势看的很透彻，他建议韩山童说，现在元朝对百姓的压迫已经到了难以忍受的地步，另外蒙古也是外夷小族，老百姓都不服他们的统治，对宋朝还念念不忘，如果我们打起恢复宋朝的旗帜，拥护的人就会更多。韩山童接受了这个主张，十一年（1351年）五月初，韩山童、刘福通、杜遵道、罗文素、盛文郁、韩咬儿等人，聚众教众三千在颍州颍上（今安徽颍上），杀黑牛白马祭天拜地，准备起义。为了更加让老百姓信服，刘福通等人宣称韩山童其实是宋徽宗的后代，是他的八世孙，应当为天下的君主。刘福通本是南宋名将刘光世的后代，应当辅佐韩山童。这样他们就完成了起义前所有的准备工作，就等选择日子揭竿而起了。
正在他们准备歃血立誓的时候，想不到教中有人贪图荣华富贵，走漏了风声。地方军迅速赶来镇压，给他们来了个措手不及，官府派兵士把韩山童抓去，押到县衙门杀了。他的妻子杨氏和儿子韩林儿也只好逃到武安（今河北武安）躲了起来，刘福通逃出去之后，聚集其余教众，在仓促之间起兵造反。
开始起义军人数上并不占优，也不懂打仗，但是人心所向，不久队伍就壮大起来了，攻占了颍州等一些元军据点。后来，其它地方的人见有人先反了，很快都起来响应，都纷纷来投奔到起义军的队伍中。因为起义兵士头上都裹着红巾，历史上把这支队伍称为红巾军。由于队伍中有很多人是白莲教教徒，经常举行烧香祈祷的活动，当时的老百姓也把他们称作“香军”。但是无论叫什么军，能在短短十几天的工夫，发展到十多万人，就是最得人心的军队，这也从另一个侧面说明了当时元朝的统治腐朽到什么程度。元朝政府听到这个消息，立刻派他们最精良的部队前来镇压，但是这些士兵已经今非昔比了，主将也贪生怕死，没有了当年蒙古铁骑的威风。红巾军一路势如破竹，所向披靡，击败各路朝廷派来的镇压军队。接着占领亳州（今安徽亳州）、项城（今河南项城南）、朱皋（今河南息县）、光州（今河南潢川），很快人数就多达10万。
江淮一带的农民早就受到白莲会的影响，听说刘福通起义，纷纷响应，同年夏，南方白莲教僧人彭莹王及其门徒赵普胜等在巢湖起兵，响应红巾军。蕲水（今湖北浠水）的徐寿辉，濠州（今安徽凤阳）的郭子兴，也纷纷起义，他们本来不是白莲教的人，和红巾军也没有关系，但是他们也打起红巾军的旗号。其中也有不打红巾军旗号而独树一帜的，像江苏北部的张士诚等。各地起义的消息传到朝廷，让他们惊慌失措。
在不以红巾之名起义的义军中，数张士诚和方国珍两股势力最为强大。他们都是靠贩运私盐起家的盐犯，属于社会上的草寇之流，他们经常聚众闹事，元廷为了息事宁人，派人招降安抚，张士诚是个见风使舵的人，朝廷逼的紧了，他就降，管的送他就又反，这样反反复复好多次。听说红巾军起义之后，他与其弟张士义、张士德、张士信及李伯升等18人，利用其当地的势力，招集盐丁，起兵反元，连克兴化、高邮。元朝对他也是忍无可忍，决定彻底消灭他。公元1354年，元顺帝派人集中了诸王和各省人马，动用了西域、西番的兵力，号称百万，围攻占领高邮的张士诚起义军。张士诚本没有领兵打仗的经验，加上又不肯放弃城池，很快被元军围了个水泄不通。正在他们危在旦夕的时候，元朝内部发生变故。元顺帝下令撤掉当时的统帅。百万元军失去了统帅，顿时乱成一团，被起义军一击就崩溃。
此时，刘福通的北方起义军趁着元军新败后方空虚的机会，大破元军。第二年二月，刘福通把韩山童的儿子韩林儿接到亳州（今安徽亳县）正式称帝，国号叫宋。韩林儿被称为小明王。他们在亳州整顿之后，把所有起义军分成三路，开始北伐，准备一举推翻元朝的统治。东路由毛贵率领，进军山东、河北；西路由李武、崔德率领，自湖北进军陕西；中路由关先生（即关锋）、破头潘（即潘成）、冯长舅、沙刘二等人率领，到了第二年九月，翻过太行山，进入山西。三路北伐军都取得很大的进展。毛贵的东路军一直打到元大都城下。刘福通亲自率领大军攻占了汴梁，把小明王韩林儿接到汴梁，定为都城。
但是他们还是犯了农民起义军的通病，缺乏统一指挥，在战斗中没有合理分布兵力和相互协调，凭借主帅个人意志，各行其事，导致兵力分散，而且作战的时候过于孤军深入，攻下的城池不懂得如何保护，一路下来，打下一个城池，然后接着打另一个，但之前打的很快又被元军占领，反而使自己陷入不断的消耗之中，最终被官军各个击破。
随着三路大军北伐先后失利，汴梁再次落在元军包围之中，形势急转直下。察罕帖木儿和勃罗帖木儿率领的两支官军对红巾军的宋政权收缩包围。至正十九年八月，汴梁城被攻破，刘福通保护韩林儿杀出重围。这时候元王朝已用高官厚禄买通了本就不讲信用的张士诚，当刘福通保护小明王逃到安丰（今安徽寿县）后，不料突然遭受了张士诚的袭击，刘福通在战斗中牺牲，小明王韩林儿侥幸逃脱。这样历经十二年的红巾军起义战争，最终还是以失败告终。
虽然红巾军势力已消亡，但风雨飘摇的元朝统治已是穷途末路。逐渐崛起的朱元璋起义军将在以后十年间从江南卷土重来。