农业环境资源管理和保护法律涉及问题主要有土地环境资源、水环境资源及水土保持和水污染防治、森林环境资源、草原环境资源、水产环境资源等方面的法律、行政法规、规章和地方性法规，这些法律法规具有宏观性、综合性、科学技术性和国际共同性等特点。
一、水环境资源、水土保持与水污染防治的法律制度
（一）水环境资源管理与保护法律制度
水是地球环境资源的基本组成，是一切生命的源泉，是人类生存和发展并在一定经济技术条件下可以被人类直接利用，且能逐年恢复的不可或缺的自然资源。根据其在地球上存在的位置不同，可分为地表水资源、地下水资源和土壤水资源。我国法律所调整的水环境资源仅指地表水和地下水资源。
1、水资源权属问题
我国《水法》规定：“水资源属于国家所有，即全民所有；农村集体经济组织所有的水塘、水库中的水，属于集体所有。国家保护依法开发利用水资源的单位和个人的合法权益”。水资源所有权代表应该是水行政主管部门。
2、水资源合理开发利用原则的规定
开发利用水资源应当遵循的原则：（1）统筹兼顾，不损害公共利益和他人利益的原则；（2）开发利用与保护生态环境相结合的原则，即要利益兼顾与兴利除害相结合；（3）生活用水优先原则，统筹兼顾农业、工业用水和航运需要；（4）计划用水、节约用水原则，即充分合理地利用有限的水资源。
3、水资源管理和保护的主要制度
为了确保水资源的合理开发利用，国家对水资源实行统一管理与分级、分部门管理相结合的制度，在具体操作上规定了几项措施。（1）水资源开发利用实行统一规划制度，是保证水资源合理开发利用、发挥其功能效益、兴利除害的宏观管理手段之一。（2）取水许可证制度。
它是我国用水管理的一项基本制度，是指国家要求直接从地下或者江河、湖泊取水的单位或个人办理准许取水的证明文件的一整套管理措施和方法，但它不适用于农业上的畜禽饮用取水，在江河、湖泊中养鱼的用水等。（3）征收水资源费制度。水资源费是开发利用水资源的单位和个人依法向国家缴纳的费用，其征收范围和对象只限于城市中从地下取水单位，其他如农业方面用水不征收水资源管理费。
（二）水土保持管理与保护的法律制度
国家对水土保持工作实行预防为主、全面规划、综合防治、因地制宜、加强管理、注重效益的方针。水土保持工作的主管部门是各级人民政府的水行政主管部门。
水土保持管理与保护水资源的利用法律制度，主要通过建立水土保持水资源的利用规划制度，划定水土流失重点防治区制度，水土流失监测和公告制度，水土保持方案和“三同时”制度，水土流失治理的行政代执行制度等相关制度，建立预防体系保护和改善植被、限制坡地垦荒，加强林业管理，加强工程建设项目管理，同时对已经造成的水土流失区域加强治理，依据因地制宜，综合治理，鼓励和支持农民治理的原则，明确治理责任。进行水土保持、防治水土流失，是环境资源管理与保护的一项重要内容。
（三）水污染防治管理与保护法律制度
水污染给人类社会带来的危害十分严重，其对农业生产的危害主要表现在：用有毒污水灌溉农田，可造成农作物产量降低，质量下降，影响人类健康，同时可使土地荒废，严重的废水污染会使农作物枯萎、腐烂、死亡等。因此国家制定防止水污染的相关的法律法规，农业方面，制定了农药和化肥的管理制度，比较全面地规定了使用农药化肥应当符合国家有关规定，对运输、存贮农药化肥和处置过期失效的农药化肥，对科学、合理地使用化肥和农药，控制化肥和农药的过量使用都作了具体规定，从而全面防止水污染对农业生产造成的损害。
二、森林资源管理和保护的法律制度
森林资源是指一个国家或地区林地面积、树种及木材蓄积量等的总称。森林资源是一种重要的自然资源，它包括正在生长着的森林、林木、林地以及依托森林、林木、林地生存的野生动物、植物和微生物。
（一）森林资源管理和保护法律规定概述
森林资源管理和保护的法律规范主要有：《中华人民共和国森林法》、《中华人民共和国森林法实施细则》、《森林病虫害防治条例》、《森林防火条例》、《野生动物保护法》、《防沙治沙法》、《种子法》，这些法律规范对林业建设方针、森林经营管理、林地使用权、林木的流转、征用和占用林地管理、国家对森林的特殊保护措施、国有重点林区的林权证的核发、森林的保护、植树造林、森林采伐、森林生态效率的补偿以及法律责任等作了规定。
（二）森林资源所有权和使用权的规定
森林资源的所有权有两种：一种是森林资源属于国家所有，这是最主要的所有制形式；另一种是由法律规定属于集体所有。国家所有和集体所有的森林资源同属社会主义公有财产范畴。我国法律对森林资源所有权的保护主要采取确认权属，任何个人不能拥有森林资源的所有权。《宪法》规定，任何单位和个人都不得侵占、哄抢、破坏、私分或变相划分国有或集体所有的森林。《森林法》明确规定了私人拥有森林、林木的范围包括：（1）农村居民在房前屋后、自留地、自留山种植的林木；（2）城镇居民和职工在房屋庭院内种植的林木；（3）个人承包国有或集体所有的荒山荒地造林所种植的林木；（4）个人与集体经济组织或其他单位合作投资造林，按合同约定分成的林木。
我国森林资源的使用权形式多种多样，具体包括以下几种形式：（1）国有森林、林木和林地的使用权由国有单位使用，该单位不拥有森林、林木和林地的所有权。（2）国有森林、林木和林地由集体以合法形式取得使用权，如采取联营、承包、租赁等形式获得森林、林木和林地的使用权。（3）集体的林地，由国有林业单位使用，经营林业的国有单位没有所有权，但依法拥有使用权。（4）公民、法人或其他经济组织依法获得的林地的使用权。
（三）森林资源管理与保护的基本法律制度
为充分发挥森林蓄水保土、调节气候、改善环境和提供林产品的作用，国家对森林资源管理与保护制定了一系列制度，主要有：
1、森林、林木、林地登记发证和变更登记制度
制定这一安全、稳定的产权制度，目的是保护森林资源的所有权和使用权，其对林业的发展至关重要。《森林法》规定，国家所有的和集体所有的森林、林木和林地，个人所有的林木和使用的林地，由县级以上人民政府登记造册，发放证书，确认所有权或者使用权。******授权******林业主管部门，对******确定的国家所有的重点林区的森林、林木和林地登记造册，发放证书，并通知有关地方人民政府。森林资源的所有者和使用者的合法权益，受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
除此而外，《森林法实施细则》还就权属证书式样、权属证书核发程序、登记造册制度、森林资源使用权以及由使用者所有的林木所有权确认方式等作了进一步明确的规定。
2、限量采伐、采伐更新和采伐许可证制度
森林资源是关系国民经济和社会可持续发展的重要的可再生资源。用材林森林的采伐是否合理，直接关系到森林的更新、生长和森林的演替，也直接关系到森林的三大效益的发挥。为确保森林资源永续利用，《森林法》规定了森林限量采伐、采伐更新和采伐许可证制度。
《森林法》规定，国家对森林资源根据用材林的消耗量低于生长量的原则，严格控制森林年采伐量。国家制定统一的年度木材生产计划。 年度木材生产计划不得超过批准的年采伐限额。
采伐、更新森林和林木应依照下列规定进行。（1）成熟的用材林应当根据不同情况，分别采取择伐、皆伐和渐伐方式，皆伐木应当严格控制，并在采伐的当年或者次年内完成更新造林；（2）防护林和特种用途中的国防林、母树林、环境保护林、风景林，只准进行抚育和更新性质的采伐；（3）特种用途林中的名胜古迹和革命纪念地的林木、自然保护区的森林，严禁采伐；（4）采伐森林、林木作为商品销售的，必须纳入国家年度木材生产计划，但是农民居民采伐自留山上个人所有的薪炭林和自留地，房前屋后个人所有的零星林木不在此类；（5）利用外资营造的用材林达到一定规模需要采伐的，应当在******批准的年森林采伐限额内，由省、自治区、直辖市人民政府林业主管部门批准，实行采伐限额单列。
《森林法》规定：采伐林木必须申请采伐许可证，按许可证的规定进行采伐；农村居民自留地和房前屋后个人的零星林木除外。
3、森林病虫害防治预测预报及森林植物检疫制度
森林病虫害是破坏森林资源的重要因素之一。随着改革开放的不断深入和林业生产的不断发展，各国和各个地区的林业资源相互交流不断扩大，调运种子、苗木、林产品种类和数量与日俱增，很容易引起森林病虫害的传播，特别是一些危险性的森林病虫害对我国的森林资源已形成威胁。因此，《森林法》、《森林病虫害防治条例》、《森林法实施细则》、《植物检疫条例》等规定了各级林业主管部门负责组织森林病虫害的防治工作，并定期分别发布全国和本行政区域的森林病虫害预测预报工作，同时规定林木种苗的检疫对象、划定疫区和保护区、对林木种苗进行检疫、对国内检疫证书、进出境检疫、科研实验、检疫报告制度与检疫事业费安排、收缴与管理，涉及检疫方面的违法犯罪行为应承担的法律责任等作了具体规定。
4、征占用林地补偿制度和森林植被恢复费征收制度
我国每年因工程建设、开采矿藏等占用林地达几百公顷，是造成现有林地减少的重要原因之一。为了确保我国的森林覆盖率不因工程建设等占用林地而下降，国家确立了征占用林地补偿制度和森林植被恢复费征收制度，以此来控制工程建设等对林地的征用，恢复森林植被。
按照法律规定，勘查、开采矿藏和修建道路、水利、电力、通讯等工程，需要占用或征用林地的，用地单位应当向县级以上人民政府林业主管部门提出用地申请，经审核同意后，按照国家规定的标准预交森林植被恢复费，领取使用林地审核同意书。用地单位凭使用林地审核同意书依法办理建设用地审批手续。
5、森林生态效益补偿费制度
国家设立生态效益补偿基金，主要是为了解决防护林和特种用途林的持续投入问题，用于提供生态效益的防护林和特种用途林的森林资源、林木的营造、抚育、保护和管理，防护林和特种用途林的经营者，有获得森林生态效益补偿的权利。
6、森林、林木、林地经营和承包造林者合法权益保护制度
随着农村经济体制改革的深入，农村集体经济组织通过大力推进林业承包经营责任制，调动了广大农民的造林积极性。国家提倡在荒山、荒地、荒滩比较集中的地方，建立集体林场，鼓励群众集资，联合大面积承包，联合采伐，联合更新造林。随着我国改革开放的不断深入，市场进程加快，城乡居民、外商等投资开发山地，开展植树造林的越来越多，为了适应形势发展的需要，国家以法律的形式确立了森林、林木、林地经营者和承包造林者合法权益保护制度。这一制度规定，国家保护林农的合法权益，依法减轻林农的负担，禁止向林农违法收费、罚款，禁止向林农进行摊派和强制集资；国家保护承包造林的集体和个人的合法权益，任何单位和个人不得侵犯承包造林的集体和个人依法享有的林木所有权和其他合法权益；国家所有和集体所有的宜林荒山荒地可以由集体或者个人财产承包造林；农村居民的房前屋后、自留地、自留山种植的林木，归个人所有；集体或者个人承包国家所有和集体所有的宜林荒山、荒地造林的，承包后种植的林木归承包的集体或者个人所有，承包合同另有规定的，按照承包合同的规定执行；国家依法保护森林、林木和林地经营者的合法权益，任何单位和个人不得侵占经营者依法所有的林木和使用的林地；用材林、经济林和薪炭林的经营者，依法享有经营权、收益权和其他合法权益等。
除此而外，国家还建立了造林承包责任制度，全民义务植树制度，临时使用林地审批制度，森林防火期内野外用火管理制度，森林火灾报告制度，木材运输监督检查制度，木材经营加工许可证制度，珍贵木材出境禁限制度，珍贵濒危野生动物重点保护制度，野生动物特许捕猎制度和狩猎制度，野生动物驯养繁殖许可证制度，出售、收购、利用野生动物和运输、携带重点保护野生动物审批制度，野生动物允许进出境证明书制度等。