忽必烈作为一位文化发展较晚民族的领袖，一进入中原，接触到丰富多彩的汉文化和西域地区的色目文化，感到十分新鲜，遂敞开胸怀，尽情吸收。忽必烈在大量吸收汉文化的同时，也保留一些蒙古族的原有文化，也吸收色目文化。其实，忽必烈这样做是正确的，学习外来文化时，不应该全盘而应该有选择地吸收。在学习外来文化时，也不应该把本民族的文化全部抛弃，而应该抛弃那些落后的东西，保留本民族优秀的部分。在学习外来文化时，也不应该只学习一家文化，而应该对各家文化中的精华兼容并蓄，也就是说，不应该仅仅学习汉文化，对色目文化优秀的东西也应该吸收。忽必烈就是想要学习各家的优秀文化，使其变成自己的新文化，为巩固元朝的统治，发展元朝的政治、经济和文化服务。
然而，他哪里想到，各种文化都有其内在的稳固性和排它性，当各种文化发生碰撞时，既有互相吸收的一面，又有互相排斥的一面，当互相排斥的一面向前发展时，就会出现矛盾和斗争。
元初的历史正是这样。当忽必烈敞开胸怀吸收各种文化时，各种文化的矛盾和斗争便接踵而来。那些抱着蒙古族原有文化不放的人，极力反对汉文化；而那些死守着汉文化不让人们加以改变的人，也极力反对蒙古民族保留自己民族中的部分优秀文化；那些痴情于色目文化的人，有时也瞧不起汉文化；而自认为汉文化高人一等的人，也鄙视色目文化，如此等等，不一而足。因此，围绕着各种文化的不同认识、不同的统治方法和政策，矛盾和斗争便逐步展开了。
在不断的矛盾和斗争中，那些死死抱着蒙古旧习不放、反对学习外来文化的人逐渐败下阵来。而其他文化中，想完整地保留自己的文化并使之一成不变的人，也慢慢地没了市场。如此碰撞交融，各种文化开始出现交汇，完全彻底地反对某一种文化的人也渐渐减少了。旧的矛盾似乎有所解决，而新的矛盾又出现了。那就是，相对地以某一种文化为主、吸收其他文化中的部分势力而形成的一种新势力，与另一种文化为主的势力开始出现矛盾并展开斗争。在元朝初年的表现，就是以汉法派中的义理派为主，吸收其他各族倾向于义理派的人员而形成的“义理派”势力，开始同以色目法派中的“功利派”为主，吸收其他各族具有功利思想的人员而形成的“功利派”势力进行斗争。当时，这种斗争愈演愈烈，成为朝野议论的主要话题，严重地影响了治国和理财（前面已有所讲述）。
在“义理派”和“功利派”两种思想中，到底应该选择哪一种呢？经过反复考虑，忽必烈还是选择了“义理派”思想。
他认为，“功利派”思想有他的优越之处，但是，不择手段地聚敛搜刮，会招致人们的普遍反对。本来，人就是自私的，如果不用仁义道德等思想加以限制的话，为官者就会以为国理财为借口，大肆敛钱，贪污受贿就会成风。为民者也以敛钱为务，什么诈骗、抢夺在所难免。发展下去，国将不国，民将不民，政权是没有办法巩固的。
而“义理派”的仁义思想则劝人为善，少私寡欲。如果正确引导的话，通过正常手段和正确的途径去理财，仍不失为一种治国的好思想和好方法。
基于上述认识，忽必烈在桑哥理财失败以后，决心不再去找那些善于经商的色目人帮他治国，而想找一些具有“义理”思想的人来帮他理政。忽必烈倾向于“义理派”并不奇怪，因为他早年就接受了儒家义理思想。在“义理派”与“功利派”斗争期间，很少完全听从阿台马、卢世荣和桑哥的意见，去惩治义理派官员，而对阿合马、卢世荣和桑哥则常加限制，以至决定了这些人的最后失败。所以，当忽必烈进行反思以后，很自然地选择了义理思想治理国家。经过一系列变动，忽必烈的统治思想和政策又恢复到中统年间的统治思想和政策中来，这形成了忽必烈晚年政治的一大特色。
忽必烈想重新确立以儒家仁义道德思想治国的方针，开始寻找这方面的人才帮助他治国。经过认真思考，忽必烈决定起用不忽木。
不忽木虽然是西域康里人，属于色目，但他早年给事太子真金之东宫，从学于太子赞善王恂，又从学于理学大师许衡。从政以后，经常为忽必烈讲解四书五经等“古今成败之理”，忽必烈曾高兴地说：“仲平（许衡）不及汝远甚”，认为不忽木所讲的道理比许衡讲的还要深刻。可见，不忽木早就成了儒家思想的忠实信徒，成了真金、许衡等“义理派”的代表人物之一。
阿合马理财失败以后，忽必烈急于寻找理财之人，卢世荣“言能用己，则国赋可十倍于旧”。那时，不忽木就反对通过聚敛的方式增加国家收入。他认为，不择手段地聚敛搜刮，开始时的确可以使国家收入增加。但这种唯利是图的做法，违背儒家“仁义”思想，最终必然导致“国与民俱困”的结局，从而引起社会动荡，导致国家衰弱。所以，他建议忽必烈不要相信卢世荣的话。忽必烈不听，仍然提拔卢世荣为右丞，令其主持理财事务。不忽木因此辞去参议之职。卢世荣理财不到四个月，就在“义理派”的反对下失败了，忽必烈曾对不忽木说：“朕甚负愧于卿”，遂提拔不忽木为吏部尚书。
后来，桑哥理财，不忽木仍然极力反对。所以，当桑哥理财失败以后，忽必烈自然想到了不忽木。忽必烈诛杀桑哥以后，罢去尚书省，重新以六部归属于中书省，准备起用不忽木为中书右丞相，赋予皇帝之下的最高权力。不忽木非常谦逊，坚辞不就，并推荐完泽为右丞相，自己则为平章政事。
完泽也是很早充任真金燕王府的幕僚，后任太子詹事，受儒家思想熏陶很深，也是属于真金“义理派”的人物。此外，麦术丁也被任为中书平章政事，何荣祖为中书右丞，马绍为中书左丞，贺胜、高翥为参知政事，彻里为御史中丞。从这时的中央政权的主要领导人来看，以汉儒和真金为代表的“义理派”官员明显压倒以色目官僚为主的“功利派”。
这时，不忽木虽然未任最高官职，但是忽必烈的心腹，忽必烈“以天下事属之于公”，不忽木实际上掌握了朝中主要大权。忽必烈对不忽木十分信任，他曾对不忽木说：“太祖有言，人生理天下，如右手持物，必资左手承之，然后能固”，今我为右手，“卿实朕之左手也”。又曾拍着大腿叹曰：“天既生汝为吾辅佐之臣，何不前三二十年，及吾未衰而用之也”。接着又说，“此吾子孙之福也”。
不忽木和完泽同心辅助忽必烈，支撑起忽必烈晚年政局。他们决心革除桑哥弊政，重新整顿朝纲。具体措施如下：
首先，注重选拔人才，“闻人有善，汲汲然求之，唯恐不及”，要求各地“互相荐举，虽毫发之善亦无所遗”。在用人方面，不忽木等人不囿成见，不仅召用了被桑哥所斥逐的旧臣，也擢用了桑哥之党首恶分子以外的才能之士，“待之无间”。不仅选拔了大量的才能之士（成宗朝和武宗朝的知名人士，多为这时选拔上来的），也调解了统治阶级内部的矛盾，“由是人情翕然悦服”，朝廷很快安定下来。
其次，禁止随意搜刮，不断减免赋税。桑哥增加税收，引起民愤。不忽木和完泽改变增加税收的办法，重新实行轻徭薄赋政策。这一时期，有关减免赋税之事，史书记载颇多。比如：至元二十八年（1291年）九月，“景州、河间等县霖雨害稼，免田租五万六千五百九十五石”。“以岁荒，免平滦屯田二十七年田租三万六千石有奇”。“免大都今岁田租。”“保定、河间、平滦三路大水，被灾者全免”。至元二十九年（1292年）三月，中书省官员上言：“京畿荐饥，宜免今岁田租。上都、隆兴、平滦、河间、保定五路供億视他路为甚，宜免今岁公赋”，忽必烈允准施行。“免宝庆路邵阳县田租万三千七百九十三斛”。六月，“平江、湖州、常州、镇江、嘉兴、松江、绍兴等路水，免至元二十八年田租十八万四千九百二十八石”。闰六月，“辽阳、沈州、广宁、开元等路雹害稼，免田租七万七千九百八十八石。岳州华容县水，免田租四万九百六十二石。”八月，“以广济署屯田既蝗复水，免今年田租九千二百十八石。”至元三十年（1293年）十月，“平滦水，免田租万一千九百七十七石。广济署水，损屯田百六十五顷，免田租六千二百一十三石”等等。多次减免赋税，虽然减少了政府的财政收入，却收买了人心，增强了人们对政府的信任感。
第三，注意发展农业生产。桑哥理财时，把眼光主要放在经商方面。不忽木和完泽执政则把眼光主要放在农业生产方面。由于朝廷几经折腾，社会有所动荡，开始出现流民。忽必烈为了发展生产，曾令地方官将汴梁等地逃人“男女配偶成家”，由政府发给农具，让他们附在土地上耕种。又曾“敕畸零拔都儿三百四十七户佃益都闲田，给牛种农具，官为屋居之”。“命赵德泽、吴荣领逃奴无主者二百四十户，淘银耕田于广宁、沈州”。这样做，既可以解决那些流入和佃户的温饱问题，又可以为农业生产的发展作出贡献。忽必烈还大力发展屯田事业，“设安西、延安、风翔三路屯田总官府”，令延安、凤翔、京兆三路被桑哥罢免为民的军士，重新“屯田六盘”。令一般军队，一卫万人中，调二千人屯田。曾于和林汉军四百人当中，“留百人，余令耕屯杭海”，又因“木八剌沙上都屯田二年有成”，“增军千人”。又“括所在荒田无主名者，令放良、漏籍等户屯田。”生活在边疆地区的捏怯烈女真，这时仍以渔猎经济为主，忽必烈下令说：“与其渔于水，曷若力田，其给牛价、农具，使之耕”。同时，忽必烈又下令廉访司，让他们“巡行劝课农桑州”，督促发展农业生产。这些政策的施行，又使忽必烈晚年的政策重新回归到中统、至元初年的重农轨道上来。
第四，取消理算，坚持设立肃政廉访司，加强对地方官吏的监察与考核。从阿合马到桑哥，都把理算（或称钩考）作为检查各级机构贪污、积欠，以增加国家财政收入的一项重要措施，他们可以利用理算，打击异己，因此，导致社会动荡不安，官员们纷纷表示反对。至元二十八年（1291年）十二月，御史台臣上奏忽必烈说：“钩考钱谷，自中统初至今余三十年，更阿合马、桑哥当国，设法已极，而其余党公取贿赂，民不堪命，不如罢之。”忽必烈令官员们讨论。大概是因为官员们都反对理算吧，忽必烈随即下诏：“罢钩考钱谷，应昔年逋负钱谷文卷，聚置一室，非朕命而视之者有罪”。
忽必烈在禁止大规模理算以后，并非对各级官吏放任不管，而是加强御史台、行台和肃政廉访司的职能，让他们加强对各级官员的监察和考核，为了让这些监察官员各尽其职，忽必烈采纳燕公楠的建议，每年岁终，各行省官员赴京汇报一年政绩时，也“令行台臣赴阙，奏一岁举剌之数”，如果这些监察官员没有举剌，那就是不称职的监察官员。为了防止监察官员滥行举劾之权，忽必烈又在真定路达鲁花赤合散的建议下，不仅让廉访司的官员检查民官，也允许“民官复检责廉访司文卷”。这种互相检责、互相牵制的做法，既控制了各级地方官员，又限制了监察官员的胡作非为，对于政府机构的正常运转大有好处。
第五，颁行《至元新格》。忽必烈建立政权以后，即着手进行立法工作，但一直未能制订出比较系统的成文法典。至元二十八年（1291年），忽必烈又令何荣祖编定法律。“何荣祖以公规、治民、御盗、理财等十事缉为一书，名曰《至元新格》”，忽必烈“命刻版颁行，使百司遵守”。这是元朝建立以来颁行的第一部成文法典，使元朝统治正式走上法制管理轨道。
在不忽木和完泽的帮助下，忽必烈实行了以上一系列措施，虽然政府入不敷出的问题没有得到解决，却使桑哥主政时动荡不安的社会迅速稳定下来，经济重新走上正常发展的轨道。一史书记载，“当是时，百官得其人，万事得其理，阴阳调和，年谷屡登，庶民乐业，海内大治”，“以为复见中统、至元初治”。这种评价可能有溢美之处，但也能反映出忽必烈晚年的社会稳定情况。