皇太极即帝位，必然要有一番作为。根据实力和条件，不时向明朝发动进攻和掠夺。
崇祯九年（1636年）五月，皇太极在分析了自己所处的环境，以及朝鲜的暧昧态度，决定再次出兵袭击和侵扰明朝，遂命英勇善战的阿济格担此重任。六月，阿济格奉命率领十万八旗兵马，分三路于同月二十六日入喜峰口。巡关御史王肇坤拒战失败，退保昌平。阿济格纵兵进击，七月初，三路兵马在延庆会集。
崇祯皇帝朱由检得知大清兵入边袭扰，十分忧虑，照例宣布京师戒严，将廷臣召到平台，询问应急之策。廷臣无良谋善策，只是应付而已。朱由检根据以往清兵入侵的路线，估计其从山西而来，就分别派遣内臣李国辅守紫荆关，许进忠守倒马关，张元亨守龙泉关，崔良用守固关。当得知大清兵马由延庆入居庸关，围攻昌平时，又任命张之佐为兵部右侍郎，镇守昌平；遣司礼太监魏国征守卫天寿山，魏国征领命立即前往。数日后，朱由检对阁臣说：“内臣即日就道，而侍郎三日未出，何怪朕之用内臣耶！”在军情紧急时刻，朱由检不忘褒扬内臣，轻诋武将，可见其依靠内臣之心何其牢固。武将听得此言，岂能有效忠之心！
阿济格率领清兵虽然在攻击居庸关昌平北路时，受到大同总兵官王朴率领的援军的阻击，死一千余人，失一百余人，但仍继续挺进。同时将俘虏的明军释放，令其返回昌平，王肇坤开门收留。七月初五日，阿济格逐步深入掠西山。两天之后，又间道白天寿山后抵达昌平，挥兵攻城，原二千降兵为内应，昌平城为之陷落。王肇坤身中四箭两刀而死，总兵官巢丕昌投降，户部主事王一桂、赵恍及摄知州事保定通判王佐禹、判官胡唯忠、守备咸贞吉等皆被杀。阿济格令清兵焚毁埋葬在天寿山的明熹宗陵墓。次日，阿济格率清兵进逼西山，攻巩华城。守将姜碹以火炮轰击，清兵退却。阿济格见明军攻势甚猛，城守坚固，难于很快取胜，便计划南下，但又不甘心轻易退去，便学皇太极曾经施行过的反间计，给曾经投降而又逃回的明副总兵黑云龙写信，约为内应。目的在于借明朝之手杀死黑云龙。这次，崇祯皇帝朱由检似乎变得聪明了一些，看出了阿济格的真实用心，便召谕黑云龙说：“尔第安之，朕悉虏计，对群臣焚之矣，尔且诱之入，亦一机也。”黑云龙奉命而出，在西山北隅设伏引诱清兵，斩获了许多清兵。阿济格反间不成，反中其计，就率兵向南侵扰良乡。
七月初十日，昌平的叛兵进逼西直门，清屯住清河沙河的清兵也随之出动，攻克宝坻。崇祯皇帝朱由检十分震惊，命文武大臣分守京师各城门。并令“兵部传檄征山西总兵刘泽清五千人，山西总兵王忠、猛如虎四千人，大同总兵王朴、保定总兵董文用各五千人，山永总兵祖大寿五千人，关宁蓟密各总兵祖大乐、李重镇、马如龙共一万七千人支援。”征兵之檄已经发出，朱由检再次在平台召廷臣商议，询问防御之策。可是听到的仅仅是“破格用人”“列营城外、方可防御”的老生常谈。另如“禁市法”“收养京民细弱”的议论，也无法解决朱由检“时斗米三百钱”的忧虑。唯一的办法是令廷臣捐俸助饷。在大敌当前，曾被孙承宗斥为“才鄙而怯，识暗而狡，工于趋利，巧于避患”，又屡受弹劾，坐视不救的兵部尚书张凤翼，不得不自请总督各镇援兵出师，请与宣大总督梁廷栋相犄角。朱由检批准，赐尚方剑，给万金、赏功牌五百；令监视关宁太监高起潜为总监，总兵祖大寿为提督，同山海总兵张时杰属高起潜，张第之监军；辽东巡抚方一藻守山海关。七月二十三日，朱由检得知阿济格攻克昌平，进击巩华城，似有归意后，即命兵部联络京军合剿。又突发奇想，对兵部王业浩等官员说：“敌至城只树旗一，薄城则二之，攀成则三之，攻急则四之。见旗二，游兵集守，即他虞不得四顾。”真不知此举何为？既集兵合剿，当鼓励将士奋勇向前；若为防御，岂可调京军出城？事实上，两天之后，已集五万京军驻扎琉璃河，王威率领的辽东兵及三屯营兵调往涿州，起用都督王承胤为总兵官镇守居庸关。
正当朱由检召集廷臣商议攻防策略，调兵遣将之际，阿济格率领的清兵，仍然采用避实就虚的战术，下定兴、房山，克安肃，攻大城，占安州。八月，又克文安、永清，分兵攻漷县、遂安、雄县。不久，又从雄县奔赴鄚州口，刘泽清阻击，而转攻香河，进河西务还涿州，克顺义。再绕到京东北，抵达怀柔、大安，攻陷西和，分兵屯密云、平谷，又返回雄县，向北侵掠袭扰。“遍蹂赤县，攻陷城堡。”九月初一日，从冷口出塞，“掠我子女，俱艳饰乘骑，奏乐凯归。斫塞上柏而书曰：‘各官免送’。凡四日乃尽。侦骑拾其遗牌，亦书‘各官免送’。”清兵经此大战之后，仍然怡然自得，走得从容，潇洒。
而朱由检苦心调兵遣将，一会儿命令防御，一会儿命令合剿，可是结果令人大失所望。兵部尚书张凤翼自请出京，宣大总督梁廷栋自南而至，都恐惧万分，仅能尾随大清兵马之后，不敢挥兵与战，住在五重安，“经旬不出。”阿济格率兵出建昌，冷口守将崔秉德竭力固守关口，以堵截清兵归路，而总监高起潜则下令待清兵一半出关后再予攻击。此举实际上是放纵清兵从容出关。估计清兵已经全部退尽，才进石门山，“报斩三级。”与阿济格及清兵的东冲西突，骁勇善战，形成极为鲜明的对比。谈迁对此有极其深刻的评论，他说：“张凤翼自请出师，盖惧为丁汝夔之续耳。以枢臣之重提衡诸将，何所不得志！而参以总阉，分其节制，权且掣矣！然枢臣所统率度不下一二万，足当一面，纵敌饱飏，则又不当委罪总阉也。建虏善用兵，分掠则未知其众寡，且隅出莫测。及出塞，则大部俱返，虽捆载而行，必精兵殿后。然雏视我兵，恋辎重，有生之志，无死之心，其便可击，而甘受巾帼之名，失此良会，若辈真有胸无心者矣。高起潜云半渡而击，欲纵虏自免。猾阉之习，其后而三尺法尝行于制阉，终不及总阉，亦何以令蠲外作其气哉！夫建虏日强，昨岁全收掉部，更无西顾之虞；且资其众，日见雄长。闻掉部全收；建虏大悦，置酒高会，语其下曰：南朝君骄而臣谄，兵弱而民穷，亡无日矣！堂堂中国，为建虏所窃料如此！”
这次明朝受到清兵的袭扰，连陷十二城，先后五十六战，明军虽有些抵抗，但还是以失败而告终。衷于重罚的朱由检，一反常态，没有像以前那样对统兵将领或贬或戮，却表现出了少有的宽容。越是如此，张凤翼、梁廷栋越感到自己的罪过深重，便先后饮药而死。后来，言官弹劾，刑部论罪，罢张凤翼官，处梁廷栋辟，因其已死，免于实施。与此同时，又大肆为宦官高起潜等叙守京功。计六奇为之叹息说：“朝廷虽乏人，奈何与刀锯之余共天下事哉！吾知忠臣良将之心，于是乎灰矣！”
朱由检升迁卢象升为兵部左侍郎，总督各路援兵，赐上方剑。同时告谕兵部：清兵“今年饱飚，计来年复逞。练兵买马，制器修边，刻不容缓。连年多故，帑匮民穷。令兵部司官借武清侯李诚铭四十万金，发关宁治备；借驸马都尉五、万炜、冉兴让各十万金，发大同、西宁。令工部借太监田诏金十万，置甲胄；借魏学颜金五万，置营。俟事平帑裕偿之。如尚义乐助，从优奖叙。”民穷财尽，生出借赀之举。不从整饬吏治着力，不激励将士效忠朝廷，不抚恤穷苦百姓，而空谈“练兵买马，制器修边”。真可谓“纸上谈兵”的真实写照。