万州慈云寺位于重庆市万州西部，原名慈云庵，长江三峡风景区上游，毗邻太白岩，南邻乌龙池，依山傍水，绿树成荫，风景优美宜人。该寺始建于清咸丰元年（1851年），迄今150多年历史，创寺尼师释崇莲曾受清帝咸丰御赐表彰，成为一代名师。慈云寺是万州有名的佛教胜地，有悠久而古老的文化历史，是理想的宗教活动场所和旅游观光休闲地。
由于历史原因，加之年久失修，原有大雄宝殿已焚毁，仅存古山门及部分用房，随着党的宗教政策的落实和佛教文化的发扬光大，重建于1989年，现占地面积近十亩，寺庙坐西朝东，南北宽约45米，东西长为90米，北高南低，自然起伏大，高差为30多米，现在的慈云寺，殿宇轩昂、佛像庄严、梵音悠扬、鸟语花香，香火日益旺盛，四面八方的信众、游人接踵而至，络绎不绝。
现在寺院主要布置有前后山门、大雄宝殿、圆通宝殿、三圣殿、伽蓝殿、燃灯殿、弥勒殿、韦驮殿等寺庙建筑群。大山门为寺院的主要出口，为二重檐仿古建筑，山门横额书“慈云寺”三个大字，系赵朴初的手笔。
大雄宝殿供奉的有：释迦牟尼佛、药师佛、观音菩萨、地藏王菩萨；圆通宝殿正中供奉的是观世音菩萨的金塑法身，天冠中有阿弥陀佛圣像，是人们心目中最具有慈悲心的一种观音圣像，背面供奉的是一尊二十四臂缅甸玉观音，两边供奉的是观音菩萨现身十方诸佛国土度脱重生的三十二应身像；三圣殿供奉的是西方三圣像；伽蓝殿供奉的是伽蓝菩萨；燃灯殿供奉的是燃灯古佛；弥勒殿供奉的是弥勒菩萨；韦驮殿供奉的是韦驮菩萨。
另外寺院还新建了素香斋，为广大香客、游人提供素食和休闲之地。