1930年，国民革命军第21军军长刘湘通令全川各县，限3个月内筹款派僧入藏，向喇嘛学法，以作沟通汉藏的桥梁。他在宴请太虚时，为表明自己重视佛教，向太虚大谈其派僧入藏之举。太虚表示很感兴趣，建议:“派僧入藏留学，不如在四川办一所藏文学院，培训汉僧学藏文，作入藏留学之准备。”刘湘很高兴地采纳了这个建议，当场商定取名“世界佛学苑汉藏教理院”。
1932年8月21日，世界佛学苑汉藏教理院开学仪式正式举行。这天，缙云古寺甚是热闹，巴县县长冯均逸、重庆高等法院院长费孟与、嘉陵江三峡峡防团务局局长卢作孚等官员、乡绅数百人纷纷前来捧场。至此，四川第一所高等佛学教育学府在缙云寺中建成。
据了解，教理院设专修科和普通科，教程以藏文、佛学为主，兼授历史、地理、法律等学科。而学生们要学习的还不仅是书本上的知识。
1937年秋，因“国难严重，外患日亟”，太虚决定组织僧伽军事训练班。这个在佛学界颇有名气的军训班分为救护班和防守班。军训班不仅由教理院师生全部参加，太虚还专门通知附近县市佛教会，抽派少壮僧伽到教理院来受军训。
学院还有一件不得不提的大事:开设佛教文物陈列室。
1939年底太虚法师组织佛教访问团，赴缅、印、锡、泰诸国访问。1940年5月回国，带回各国政府、法团、佛教信徒所赠送的各种物品，包括佛像、经典，以及所摄的各地风景照片等数百种，均属名贵稀有。当年6月，学院在在图书馆楼下开设了佛教文物陈列室，将这些珍贵物品集中展出，轰动一时，吸引了田汉、郭沫若等众多名人前来参观。
由于汉藏教理院特殊的重要地位，当时中国的军政要人和文化名人来此演讲、参观，成为文化重地。1950年，世界佛学苑汉藏教理院停办，在近20年的春秋里，共招生七届，为中国佛学界培养了数百名专业人才，发表的学术论著至今仍具有世界影响。