普佑寺建于乾隆二十五年（1760年）。这一年适逢乾隆皇帝50寿辰，其母皇太后70寿辰的喜庆之时。又值清军出兵西北，平定了回部大小和卓木的叛乱，这是继平定准噶尔达瓦齐、阿睦尔撒纳叛乱后又一次取得平定叛乱的胜利，从而彻底结束了西北边疆地区90年割据的混乱局面，给各族人民带来了和平。为通过宗教渠道加强内地与蒙藏地区的联系，提高文化素质，清廷于乾隆二十五年（176o年）在普宁寺东建立了诵经的札仓（即寺院的附属经学院），此经院即成为后来的普佑寺。
普佑寺占地面积9000平方米，坐北面南，布局呈长方形。平面布局打破了传统的“伽蓝七堂”的汉式手法，天王殿居中，前建佛堂，后又增添了凹形经楼，使其前后形成二层院落，布局十分严谨。殿内供奉的佛像，也与其它寺庙不同，有汉式的，也有藏式的，是外八庙中别具一格的庙宇。
寺庙的建筑式样以汉族为主，但布局独特。普佑寺与普宁寺围培相连，东西59.3米，南北116米，占地面积0.68公顷。山门与普宁寺山门平行，面宽五楹，进深三间，两侧设腰门。山门正北是大方广殿，面阔七楹，进深五间，单檐庑殿顶。大方广殿前檐联“妙相现庄严仁敷华梵，慧因资福德喜洽人天”；殿内题额“大千功德”。殿前东西为配殿，各三楹，组成一进院落。院落前为天王殿，面阔三楹，进深一间，单檐歇山顶，二进院落前为天王殿，面阔三楹，进深一间，单檐歇山顶，两侧设腰墙、腰门。
天王殿北为寺内藏经楼。面阔、进深各七间，周设廊，方形重檐攒尖顶，黄琉漓瓦覆顶。下有须弥座台基，北各出三阶，东西各出一阶，三排列柱沿方台环布，老檐柱间装菱花隔扇。南北正中三间、东西正中一间设门，其它各间设槛窗。上檐施七踩单翘单昂斗拱，向内收进两步架；下檐施五踩单翘单昂斗拱。殿内施井口天花，四角用抹角梁，形成八角井口，中心起方形藻井。殿内供释迦牟尼鎏金铜佛。殿前有东西配殿各五楹。殿后为“n”形经楼，两层，面阔十三楹，硬山屋顶，前檐出廊，由廊庑与东西配殿相连，二层柱间设围栏，檐部额枋以雀替支撑，腰檐挂滴珠板。下层柱间倒挂楣子，两端装饰花牙。原内有造型各异的罗汉像500尊，现仅存170尊，为国家级文物。
2006年普佑寺作为清代的古建筑，被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。