尼山孔庙和书院位于山东省曲阜市东南约28公里处的尼山东麓。
尼山原名尼丘山，因孔子名丘，为避圣讳，故名尼山。其山并不高大，海拔约340米，风景秀丽。“山不在高，有仙则名。水不在深，有龙则灵”。因中国伟大的思想家、政治家、教育家孔子出生于此，所以尼山名扬海内外。
相传孔子的父亲叔梁纥和母亲颜征在登尼山祈祷而生孔子，后世以建庙奉祀。此庙初名为叔梁纥庙。唐《括地志》载：“叔梁纥庙亦名尼丘山祠，在兖州泗水县五十里尼丘山东址”。五代后周显德（公元954—960年）间，兖州太守赵侯于尼山再建庙奉祀，宋仁宗庆历三年（公元1043年），孔子四十六代孙、袭封文宣公孔宗愿“作新宫庙、有殿、有寝、有讲堂、有学舍（原在庙西侧，现已不存）、有祭田”，已成为主祀孔子的庙宇。金明昌五年（公元1194年），以维修孔庙羡钱四千余贯，兴工大修形制与今庙基本相同。元至顺三年（公元1332年）孔子五十四代孙、衍圣公孔思晦上疏奏请重修，元至元四年（公元1338年）三月以廉坊佥事杨讷等捐资兴工重建。元至正十四年（公元1348年）又增塑孔子及四配像。明洪武十年（公元1377年）重修。明永乐十五年（公元1417年），五十九代孙、衍圣公孔彦缙等“鼎新重建，正殿三间，高广如制。明弘治七年（公元1494年）、万历十七年（公元1589年）、清康熙十三年（公元1674年）、雍正二年（公元1724年）、乾隆二十年（公元1755年）多次维修，部分建筑进行重建等。清道光二十六年（公元1864年），孔子七十四代孙、衍圣公孔繁灏上疏奏请重修尼山孔庙，经皇帝同意，拨银三万一千五百余两重修。
尼山孔庙占地约1.6公顷，有殿、堂、祠、亭等大小建筑27座，81间，建筑面积1700平方米。整座建筑群横分三路，五进院落，殿堂共计80余间。前为石构棂星门，门前石桥旁建碑亭，立有《重修尼山孔子庙记》碑。门前东侧临崖处，相传孔子在此观五川汇流，有后人建木构“观川亭”。《论语》载：“子在川上曰，逝者如斯夫，不舍昼夜！”即是此地。观川亭东侧崖下有“坤灵洞”，因孔子在此降生，故称“夫子洞”。大成殿5间，单檐歇山，顶覆黄琉璃瓦，虽系清代重建，仍保留元代木结构风格。东西两庑各5间，寝殿5间，东路有讲堂、照壁，土地祠。西路有启圣殿，祀孔子父叔梁纥。后为寝殿，祀孔母颜氏。毓圣侯祠位于中路北部，奉祀尼山神。尼山书院在庙东北百余米处，周围恒墙，书院大门南向，院内有正房5间，五禀四柱前后廊式木架，灰瓦硬山顶，东西厢房各5间，是当年讲学授业和纪念孔子的处所。
尼山孔庙之后便是书院。尼山书院始建于宋庆历三年（公元1043年），原址在庙的西侧。金明昌五年（公元1194年）移于今处，后经多次重修，今存为明代建筑。明朝孔子六十孙孔承庆（早卒，明景泰六年，公元1455年追赠衍圣公）曾有诗曰：“盘石垂萝何处家，山深茅屋隔烟霞。幽人读罢无余事，纱帽笼头自煮茶”。似此幽雅清静的仙境，真是读书讲学难得的好地方。书院主持人称为洞主、山长、堂长、院长、教授等职名，各个朝代不同。尼山书院设学长管理，为正八品，书院以《四书》、《五经》为基本教材，为一地方的教育中心，为著名学者研讨学问的胜地。在尼山孔庙后设书院，因孔子是历代尊崇的文化圣人，以示在此设书院最有意义。尼山书院正房三间，前出廊，无斗拱，灰瓦悬山顶；东西各有厢房三间，东厢之南有茶房两间，均为灰瓦硬山顶；大门一间，灰瓦歇山顶。门前东侧有元代刻制的尼山书院石碑。
2006年尼山孔庙和书院作为明至清代的古建筑，被国务院列入第六批全国重点文物保护单位。