湄洲妈祖祖庙最早建于宋雍熙四年(987)。后世经过不断扩建修茸，至天圣年间(1023—1032)，已初具规模。1966年，湄洲妈祖祖庙陆续遭到破坏，只剩下圣父母祠（佑德祠）和中军殿。1978年，林聪治等人率领众乡亲进行大规模的妈祖祖庙重修工作。湄洲妈祖祖庙是世界所有妈祖庙之祖，妈祖原名林默（公元960－987年），因生前出海救助过不少渔民和商船，死后遂被尊为海神。历代朝廷还敕封她“天妃”、“天后”、“天上圣母”等尊号。湄洲岛是妈祖的故乡，这里的妈祖庙尊称为“天后宫湄洲祖庙”。此庙创建于宋雍熙四年（公元987年），即林默逝世的同年，初仅数椽；后经历代扩建，日臻雄伟。明代著名航海家郑和七下西洋，回来奏称：“神显圣海上”，于第七次下西洋之前奉旨来到湄洲岛主持御祭，扩建庙宇。清康熙统一台湾，将军施琅奏称：“海上获神助”，又奉旨大加扩建。目前，妈祖庙已修葺一新，雕梁画栋，金碧辉煌，成为全世界华籍海员顶礼膜拜和海内外同胞神往的圣地。
2006年05月25日，妈祖庙作为清代古建筑，被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。