南普陀寺是中国古代建筑物之一，大雄宝殿石柱上有副对联：“经始溯唐朝与开元而并古，普光被夏岛对太武以增辉。“这副对联将寺庙开基的年代和地理位置说得清清楚楚，那就是说寺庙在唐朝就有了，距今也有1200多年；寺庙对着南太武山，真是风水宝地。据说该寺是唐代首先到岛上开发的陈氏族人所建，五代时，称泗洲院，宋初叫无尽岩，后该名叫普照寺.普照院，元代至正年被毁，明洪武时重建，明末又毁于兵火，清康熙二十三年公元1684年，由统一台湾的施琅将军重建。因与浙江普陀山普济寺同观音菩萨，又地处普陀山之南，故称南普陀寺，是目前国内僧人较多的寺庙。南普陀寺坐子向午，依山面海，呈中轴线递次向上，主体建筑有天王殿，钟鼓楼，大雄宝殿，大悲殿，藏经阁，向左右对称展开，依次层层升高，层次分明，俯仰相应。东西二侧依次升高的庑廊，回护着三殿，形成一个整体，雄伟壮观。南普陀寺原为“临济宗“一派世袭主持，1924年起，该为十方丛林选贤制，选拨贤者为方丈。自那时到至今已选任了11任方丈。
南普陀寺改革开放后增加了活力，得到了政府的扶持，也得到了十方信善的捐赠。80年代以来，所有堂院都翻修一新，还新建了一批设施，主要有：海会楼.普照楼.方丈楼.太虚图书馆，两座山门以及闽南佛学院的教学楼.僧舍楼，还有佛教协会的办公室.上客堂，会客楼。1992年在般若池畔，新建了一座气势宏伟的大禅堂，堂高三层，八角重檐飞脊，围以白石雕栏，精巧严密，富贵堂皇。现在的南普陀寺是建寺以来最为昌盛的时期，是闽南乃至福建最为流光溢彩，金碧辉煌的寺院！南普陀寺院内以及后山五老峰前，都留下历代许多摩崖石刻和多块碑记，主要有明太常寺卿林宗载的“飞泉“，清施琅将军的“为善最乐“，以及抗荷将军沈有容等的题刻和光绪三十四年美国舰队访问厦门的刻石，都提供了历史的见证。