靖江历史上办了不少书院，其中创办最早、历史最长、影响最大的是马洲书院。现今的马洲书院坐落在靖江市第一中学内。
南宋建炎四年(1130年)，即靖江建县前300多年，马洲书院即已诞生，那是孔子51世孙孔元虔所建。孔元虔原住泰兴，后迁居靖江西沙。他见那里没有习读场所，便自己出资在西沙孔家祖师堂附近建了一所书院，并以马驮沙的别称“马洲”命名。后来，马洲书院湮没，为何湮没，无史料可考。明代崇帧九年(1636年)，陈函辉任靖江知县。上任两年后，他对靖江迎恩亭大加扩建，先在篱笆南面建一道牌坊，遁道而入，一边栽梧桐，一边种竹子，中间设栅门。进入门内，有桥、有井；桥下是放生池。池东有石闸一座，启动闸门可引进长江的潮水。石闸之南建有一洞，桥的北面有屋5间。偏东有一阁，名“大士阁”。大士阁临池而建，高20多公尺。登阁远眺，城野山川，尽收眼底。循阁向西又有多幢建筑，包括一幢楼在内，计20余间，且皆以回廊相通。房屋四周，砌了围墙，粉白的墙身配以黑色小瓦，庄重而又典雅。这是一所标准的书院。因为前人建过马洲书院，为表示对前人的怀念和敬仰，陈函辉将此书院仍命名为“马洲书院”。
未隔几年，清兵入关，陈函辉苦心营建的马洲书院在战火中化为废墟。清代嘉庆十八年(1813年)江坍，陈函辉所建马洲书院遗址全部坍入江中。此间，孔子后裔又在西沙流泅港永宁桥边建了一所书院，也叫马洲书院，不久亦毁。这样，马洲书院便三建三废，成为历史的遗憾。
清道光三十年(1850年)，贾益谦任靖江知县，他得知马洲书院的遭遇，不由感慨万端。怀着对马洲书院创建者的崇敬，他向上级呈文，要求将正谊书院改名为马洲书院。正谊书院坐落南门城内(今靖城中学)，为清乾隆十年(1745年)知县杨逢泰所建。共有房屋17间，其中5间前厅、5间讲堂、5间后厅、2间侧厢。论其规模，自然不能与陈函辉所建的马洲书院相比。清光绪三十一年(1905年)，政府明令废科举、办学堂，这时由正谊书院改名的马洲书院已不存在，县府便在其旧址之上，创建了靖江县高等小学堂。
靖江县高等小学堂的主体建筑是一幢“口”字形的两层楼房，式样非常别致：：中间是正方形的天井，植以梧桐，又称梧桐庐。底层和上层皆以走廊环绕，穿堂入室，不必遭受雨淋日晒。因其与马洲书院有着一定的联系，1983年被公布为县级文物保护单位。1984年，楼房因年久失修，逐渐倾圮，靖城中学便报请县政府同意，将其拆除，新建了一座水泥结构的仿宫殿式建筑，仍叫“马洲书院”。它虽不是当年马洲书院的修复，也不像“口”字形楼房具有古建筑特点和文物价值，但毕竟与马洲书院的历史有关，同样值得珍视。