据《后汉书》载：“笮融在下邳（今睢宁县）大起浮屠寺，上累金盘，下为重楼，又堂阁周回，可容三千许人。作黄金涂像，衣以锦彩。每浴佛，辄多设饮饭，布席于路，其有就食及观者，且万余人”。上海同济大学提供资料考证：笮融所建之塔，是中国历史上有文字记载和形象描述的“天下第一塔”。在黄忏华所著的《中国佛教史》中，视之为“此佛教流布于民间也”。可见，睢宁是佛教在中国从“官方”走向“民间”的肇始之地，也是佛教标志性建筑“浮屠”在中国的首建之地。在宋金时代，浮屠寺毁于战乱。
斗转星移，成住坏空。复建承载着悠久历史的浮屠寺一直是睢宁佛教四众弟子的夙愿。经过申请，通过省、市民宗部门批准，浮屠寺得以复建。同时，因江苏世纪天虹纺织集团厂区扩建二期，坐落在睢宁县睢城镇境内地藏寺需要迁建，地藏寺距今已有600多年历史，始建于明朝永乐年间，不幸毁于日寇侵华战争，几成一片废墟。改革开放后，地藏寺由于历年来当地党委及政府部门大力落实宗教政策，附近佛教徒及广大群众大力维护，又恢复旧貌。经讨论决定，将浮屠寺复建和地藏寺迁建选址在白塘河省级湿地公园内，建设一座现代化、规模化的寺院。因寺院周边临水，又因佛学所称因、果、圆、缺的信仰似月亮，且寺庙突出是水月观音文化，故寺院命名为“水月禅寺”。
水月禅寺坐落于静谧秀美、曲径幽深的白塘河湿地公园中心区域，是寺院建设的绝佳圣地。禅寺建设突破了传统规制，一改中国寺院建筑风格，在遵循佛教殿堂布局制式的前提下，采用现代建筑元素，与佛教的启迪心智、荡污涤垢、祈福纳祥巧妙结合，诠释了大道至简的人文理念。水月禅寺建设以“得风润水，古典布局；简约建筑，禅意空间”的规划理念为核心，建筑格调独具匠心，颠覆了人们对于佛教建筑固定的思维模式，设计将佛教元素与建筑艺术达到了完美结合，表现手法较为独特，功能和布局更为合理，实现了佛教元素与现代建筑艺术的完美结合，创造出国内独具匠心的佛教活动场所。
禅寺建筑规模宏大，于2013年10竣工。2013年11月又在禅寺前增建了占地面积约8000平方米的水月广场，于2014年3月竣工。广场中间请入一尊水月观音，高9.8米，观音矗立更加增强了广场的灵性和气势，更利于佛法的弘扬。