慧聚寺原位于昆山马鞍山南，始于梁代，历史上颇具影响力的佛教丛林，始建于梁代天监十年（公元511年），经梁武帝恩准，由吴兴沙门慧向大师所建（慧向大师为梁武帝之师）。历史上为江南颇具影响的佛教丛林，该寺香火旺盛信徒众多，是一座人文历史悠久、艺术文化灿烂的千年名刹。“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”，其中就有慧聚寺。
康熙皇帝曾四次巡幸昆山慧聚寺，并作诗留题，诗云：“万里人烟春雨浓，菜花麦秀滋丰茸，登高欲识江湖性，染瀚留题文笔峰。”“画龙点睛”成语典故也出自此处。南唐后主李煜曾为大殿前的经台、钟台题写匾额。唐代诗人孟郊、张祜所作的慧聚寺题咏，以及宋代王安石的和诗曾被世人尊为“山中四绝”。
1400多年来不仅是江南清净的佛门圣地，也流传着灿烂的佛法、文化、艺术、说不尽的历史佳话；惜清朝咸丰年间，该寺多次遭受雷火和兵劫，“八一三事变”爆发，又遭日机轰炸，目前仅存马鞍山西山之巅的至尊宝塔。
2005年起在政府支持、广大台商发愿、本地企业及地方人士共襄胜举、各界信士大力协助，于年底通过筹备修复批覆，于昆山开发区太仓塘南岸得风水吉地于洞庭湖路西侧重建。重建后的慧聚寺集慈善、文化、寺庙、小区福利、旅游……等功能于一体，是华东地区首创以“闽台”风格、鹿港特色规划的寺庙建筑群，慧聚两岸宗教、艺术、人文、历史、建筑…菁华集大成，并计划渡海从鹿港龙山寺、天后宫引进两岸香火。
全寺规划以鹿港龙山寺建筑为方案设计基础、并参酌艋舺龙山寺配置，由修复鹿港龙山寺复建主案符宏仁建筑师跨海在台北、昆山、泉州主导两岸设计团队的图纸设计，并多次取法鹿港龙山寺、泉州开元寺、承天禅寺、天后宫……闽南两岸各大名山古寺院建筑、艺术特色，筹建处以二年的时间精心规划，面对江南与闽南文化及建筑形式的差异，几经波折后并在机缘下巧遇获泉州百年工艺技术、工匠支持，以闽南风格鹿港特色的建筑条件始成熟，重建工作展开，全寺融合闽南古建筑及台湾龙山寺、天后宫妈祖庙之美，并结合苏州园林的典雅，还有鹿港小镇古商业街；让旅人在江南水乡也能漫步于洋溢着满缅怀旧时光的鹿港古街、红砖厝，红墙燕尾脊，体会人情味浓厚的家乡气息也安慰异乡游子的思乡忧愁。