中华农业文明博物馆是中国第一个系统收藏、研究和展示中国农业历史与文化的专题博物馆，由南京农业大学与南京博物馆合作共建，下设办公室、文物征集部、规划展示部、研究部、宣传推广部等。坐落于南京农业大学农博路1号。现有建筑面积2000平方米，其中陈列面积1500平方米。
基本陈列由六个部分组成：第一部分介绍中华农业文明的起源；第二部分展示传统农业技术体系的创立与发展；第三部分为中国农业制度的历史演变；第四部分为中国传统农业在世界农业发展中的地位和影响；第五部分为丰富多彩的乡村生活与农业文化；第六部分为南京农业大学校史陈列，以实物、图片和文字展示南农人传承薪火、继往开来的奋斗精神。
中华农业文明博物馆主要藏品有古代农业生产工具1000余件、原版古农书346部3000余册、古代农业生活和文化用品、古代农业作物和动物标本，以及国内和国外各类土壤标本等等。其中明代嘉靖马直卿刻本《齐民要术》、崇祯平露堂刻本《农政全书》、明刻本《唐宋白孔六帖》、明刻本《花史左编》等15种被国务院古籍整理小组列为善本古籍。
为使展品丰富，博物馆自2003年9月就开始向全国进行文物征集，征集地区主要集中在黄河文明发源地的陕西、山西、山东和长江文明发源地的江苏、浙江等地，现已征集到文物数百件。其中包括6000多年前的石器、石刀、石斧，7000多年前碳化的种子，8000多年前驯养家禽的骨骼等实物展品。此外，还有大量的模型、丰富多彩的实景图片和众多反映农田耕作、民风民俗的名家作品展出。有趣的文物有很多：有一件国家一级文物东汉陶水田，除了形象地显示出种着庄稼的田块被分割成不同形状，还能看到田里有一只乌龟和一条黄蟮。而一个汉代陶灶台上不仅有水瓢、刷子、烧火钩、鱼、鸡，还有一只鬼鬼祟祟的偷油老鼠。一只釉陶樽罕见地用了博山炉式的盖子，崇山峻岭中有熊、虎、狼等古代的吉祥兽，樽脚则是三只憨态可掬的小熊。而清代苏州土地庙中的一对木质彩绘土地公公、土地婆婆看起来慈眉善目，土地公公戴着圆形的员外帽，留着白胡子，右手还拿着一只元宝，胖乎乎的土地婆婆身着彩衣，双手笼在宽大的袖子里。此外还有些劳动工具和生活用品，反映我国古代农业科技和文化的发展。
据南农大人文社会科学院院长、农博馆馆长王思明介绍，农博馆的镇馆之宝有三样，一是春秋战国时期的鸡蛋，这恐怕是全世界“年龄”最大的鸡蛋了。出土时它们装在一个陶坛里，因为历经2000多年的时光，变得非常脆弱，博物馆只去除了陶坛内很浅的一层土，露出六七只鸡蛋，其它的仍土封存在陶坛的泥土中，因此坛子里到底有几只鸡蛋，他们也不知道。另一样则是一套8本的明嘉靖刻本《齐民要术》，距今已有480年历史，这是我国现存最早、最完整的一部农书，全国只有两套，另一套存放在上海博物馆。第三样是我国最早的一支青霉素，是由樊庆笙先生在上世纪40年代从国外带回菌种、并研制成功的，一经投产立即运用到抗日战争中，救治了无数中国军民。