崇明东滩鸟类国家级自然保护区是以迁徙鸟类为主要保护对象的湿地类型自然保护区，位于长江入海口，在中国第三大岛崇明岛的最东端，它是由长江携带大量的泥沙沉积而成，是长江口地区规模最大、发育最完善的河口型潮汐滩涂湿地，其南北狭，东西宽，区内潮沟密布，高、中、低潮滩分带十分明显，是亚太地区迁徙水鸟的重要通道。
保护区区域面积为241.55平方公里，约占上海市湿地总面积的7.8%，分为核心区、缓冲区、试验区三个部分。崇明东滩属亚热带气候，是东亚季风盛行地区，年平均温度15.3℃，冬季因三面受水面热效应的影响，气温要比崇明岛的西部高出1℃，水域不冻结，非常有利于水禽越冬，所以它成为亚太地区候鸟迁徙路线上的重要“驿站”和水禽重要的繁殖地、越冬地，也是备受国内外关注的研究河口科学问题的理想场所。
保护区处于海洋，河流，陆地，岛屿的交汇地带，生物多样性极为复杂与独特，尽管滩涂植被比较简单，主要有芦苇，藨草和海三菱藨草组成，但由于生产量大，在滩涂淤积中起着举足轻重的作用，并为其他生物创造了良好的生存环境，同时养育着上海地区70％－80％的物种。目前，崇明东滩已记录到的鸟类有17目50科290种。列入《中国濒危动物红皮书》的鸟类20种；列入中日、中澳政府间候鸟及其栖息地保护协定的鸟类分别为156种和54种；超过世界种群数量1％的涉禽种类至少有12种。每年在崇明东滩过境中转和越冬的水鸟总量逾百万只，其中国家一级保护的鸟类有东方白鹳、黑鹳、白头鹤、白尾海雕4种；国家二级保护动物35种，如黑脸琵鹭，小天鹅，灰鹤，鸳鸯，小杓鹬，小青脚鹬等。在崇明东滩主要有四种类型的鸟群，它们分别是鸻鹬类，雁鸭类，鹤类群和鸥类群。
根据10余年的调查，尤其是1996－1998年连续三年北迁涉禽和越冬水禽调查表明，崇明东滩是候鸟迁徙路线上的重要驿站，同时崇明东滩又是白头鹤，小天鹅等珍稀水禽的重要越冬地，其中国家一级保护鸟类白头鹤已连续十余年选择崇明东滩作为越冬地，数量达到130余只。
崇明东滩还是多种生物周年性溯河和降河洄游的必经通道，在现有的10种兽类、73种鱼类和31种甲壳类当中，许多重要种类，如：国家一级保护野生动物白暨豚和中华鲟、经济特产种类大闸蟹和素有“软黄金”之称的鳗苗等，还有如泥螺，日本沼虾，海瓜子，等种类繁多，资源丰富的经济动物，它们的重要生活史，如觅食、繁殖、幼体育肥等都依赖这一特殊水域。崇明东滩现已查明的物种还包括两栖爬行动物16种、软体动物21种、环节动物13种、昆虫73种。