东林禅寺乃历史名迹，原名观音堂。元至大初年（1308年），由僧人妙因所建。元皇庆二年（1313年），西林寺智僧来开山，改额为东林禅寺。至正年见（1341～1367年）毁于兵。明初僧至益重建，后因年久失修而倾毁。清乾隆年间陈克已等再次建造新寺。嘉庆十年（1805)年，僧漪云重修，并建莲月轩。道光五年（1825年），大殿毁于火灾。九年（1829年），僧念怀募款重建。道光十八年（1838年），山门又毁于火燹。抗日战争期间，寺内有和尚11人。20世纪50年代初，有和尚6人，寺内尚存大殿一座。
1987年，东林禅寺尚存的一座大殿被上海市人民政府被列为上海市文物保护单位。1998年5月，由金山区人民政府与上海市文物管理委员会共同出资修缮，同年11月竣工。对该寺院维修加固后，大殿恢复清代建筑特色－－重檐歇山式屋顶，小青瓦一字脊，垂脊与角脊处置兽吻。朝南，面阔五间带轩廊，建筑面积348平方米。抬梁式构架，榫卯组合，砖木结构，外貌雄伟庄严。
1998年5月由上海市文物管理委员会出资予以修缮，大殿整体顶升60公分，同年12月竣工。此殿座北朝南，砖木结构，重檐歇山顶，通高15.2米，面阔5间带轩廊，进深6间，建筑面积351平方米。脊饰华美，每只戗脊有3只蹲兽，木内柱和梁架粗大，斗拱密布有序，上下檐的外檐斗拱均是一斗六升大斗拱，殿前后共12根檐柱。现为上海地区佛教建筑中单体体量最大的古建筑。1987年公布为市级文物保护单位。2002年11月，经金山区宗教事务管理部门批准，正式登记为佛教活动场所，东林禅寺才以佛教形象接纳刚大香客和游人。
2004年金山区政府贯彻落实党的宗教政策，无偿划拨原金山县政府大院20.5亩作为东林寺和西林寺两寺合并的扩建用地，并于2007年9月以重现元代古刹特点的雄姿展现在广大香客和游人面前。如今的东林寺是一座耀眼的山体奇观：佛是一座山、山卧一座佛。寺内的12大亮点更是集合了佛教界和建筑界的精粹。其中最具代表的是中国佛教第一铜“千佛门”，目前亚洲最高、容纳信众最多的“观音阁”，稀世镇寺之宝“圆通宝殿”、“五佛冠”等。