青浦博物馆自成立以来已有50年的历史了。解放初期，青浦县的文物及博物事业由青浦县文化馆管理。1958年10月1日，青浦县博物馆正式成立开馆。从此。青浦县有了专门的文物、博物机构。1959年初，在上海博物馆和上海市文物管理委员会的支持下，展出了青浦县的革命历史文物，作为博物馆的历史之部。1960年，又在上海自然博物馆的指导下，开辟了自然之部，展出了青浦县自然、地理、物产的各种模型和标本。1960年，青浦县博物馆被评为上海市文教战线先进集体。
博物馆成立以后，同时担当起了全县文物古迹的调查、保护、陈列展示的重任。先后多次对全县的文物古迹进行了普查。1959年至1961年，青浦县人民政府先后公布了3批32个文物保护单位。1960年至1961年，青浦会同上海市文物管理委员会，对崧泽古文化遗址进行第一次发掘，出土了大批文物，对研究、探寻太湖地区的原始文化、上海地区史前人类文明的起源具有重大的意义和价值。至2004年，先后有54处文物古迹被评为各级文物保护单位，其中福泉山遗址被评为国家级文物保护单位，其它8处为市级文物保护单位，45处为区级文物保护单位。
改革开放以后，青浦县博物馆于1978年11月单独建制，并且恢复了正常的工作，1980年，迁入青浦县城隍庙旧址办公。1982年，会同上海市文管会对重固福泉山古文化遗址进行了考古发掘，取得了重大的收获，发现了大量新石器时代崧泽文化、良渚文化以及战国至汉代的墓葬，出土了大批精美文物，在考古学上有非常重要的价值，为上海史的研究提供了丰富翔实的资料。1984年，陈云同志为青浦县博物馆亲笔题写了馆名。1985年1月21日，青浦县博物馆隆重举行揭匾仪式，同时举办了福泉山出土文物展。1986年，县博物馆拆除了原展览厅以及城隍庙后院的危房，新建了一座两层的仿古建筑，陈列厅面积达1000多平方米。改造后的博物馆已拥有馆藏文物近万件。不但陈列了崧泽、福泉山两个古文化遗址出土的典型文物，还有介绍古代青龙镇、青浦建县、青浦教案、周立春起义等地志性的陈列，并且介绍了任仁发、管道升、王圻、王昶、何书田、夏瑞芳等历代青浦名人。尤其青浦古文化的陈列颇具特色，在全国文博界产生了良好的影响。
青浦县博物馆在做好文物保护工作的同时，还注意运用文物、方史资源，先后举办了“可爱的家乡“、“青浦人民抗日斗争史“、“青浦青年运动史“、“革命烈士生平事迹“、“香港回归展“、“澳门回归展“、“青浦辉煌五十年“等各种专题性的小型展览，宣传爱国主义和社会主义。1990年，青浦县博物馆就被命名为“青少年教育基地“和“爱国主义教育基地“。自开馆以来，共接待中外观众达百万多人。
青浦博物馆注重精神文明的建设，多年来，在本区的文化事业单位里树立了良好的形象。
青浦博物馆作为展示地方历史和文化的窗口单位，在青浦的文化事业的建设中有着极为重要的地位。老馆虽然有着丰富的馆藏、多年来一直向世人开放，但是，随着新世纪的到来，随着上海日新月异的发展变化，老馆陈列面积小、库房条件差，安全设施落后，已经落后于时代的步伐，远远不能满足文物安全存放、充分展示的需要，更不能满足广大群众对于博物馆参观环境现代、优雅、庄重、人性化的需求。近些年来，博物馆一直在等待机遇，准备改造、翻新，改善条件，提高档次，重塑形象。
1999年11月，经国务院批准青浦县改为青浦区。青浦县博物馆易为青浦区博物馆。
随着上海市成为国际化大都市，青浦区作为上海市的郊区也加快了城市化进程的步伐。青浦区委、区政府与时俱进，抓住上海城市建设重点由中心城区转向市郊的机遇，充分挖掘和利用全区文化资源优势，拓展具有水乡特色的文化产业，建造一座全新的博物馆，被纳入到我区国民经济和社会发展的第十个五年计划，我区全力打造以崧泽广场博物馆为文化标志性建筑的现代化、高品位的新区文化中心。青浦区博物馆新馆在这种前提下应运而生，顺利落成开馆。
新馆座落在青浦区崧泽广场，建筑面积约8800平方米，由著名建筑设计大师邢同和设计。建筑主体材料为五个相交的椭圆体，其外形犹如一只展翅欲飞的蝴蝶，采用了先进的建筑装饰材料，玲珑剔透，熠熠生辉。
整座大楼因五个椭圆而分为五个主要区域。中间部分为大堂，以8米高的大型石材浅浮雕《青龙赋》为主题背景，庄重而典雅，是为观众提供服务和休息的公共场地。
东、南两翼是陈列区域，陈列面积3600平方米，陈列展出千余件文物精品。新馆打破了传统的文物陈列模式，以现代博物馆传播学的新理念为宗旨，采用声、光、电等高科技手段，将文物陈列与场景复原、精美资料图片、多媒体辅助等手段相结合，使观众能够轻松明了、愉快的认知青浦历史，解读古代上海。
“上海古文明之源”是南翼展示主题。这里从上海成陆开始，通过介绍青浦崧泽和福泉山等古文化遗址出土的精美文物，讲述了古代上海从马家浜、崧泽、良渚、马桥文化到春秋两汉那悠远而多彩的历史，告诉观众青浦是上海古文明的发源地。
“申城水文化之魅”为东翼的展示主题。观众通过“沧海桑田”来了解历史上青浦的水系变迁、建置沿革。青龙镇港湾实景复原区气势恢弘，再现了宋代海外贸易港口青龙镇的市井风情和繁华景象。“桥文化”、“水乡风情”等板块则通过介绍明清时期青浦的民风、民俗，展示了水乡动人的风情、旖旎的风光。“人杰地灵”让观众领略到青浦自古钟灵毓秀，人才辈出。
西北两翼共3600平方米，分别为办公、接待及临时展览区域。新馆将以全新的面貌向世人开放，为青浦文化事业贡献一份力量。