黑龙江督军署是中国近代辛亥革命建立的中华民国在黑龙江省设立的最高政治统帅机关，是民国时期黑龙江的政治、经济、军事、文化中心。这一时期国人独立、进步、赶超世界的愿望，促进了对传统思想的反思、改造、更新，反映了中国人对现代思想的多方探求。这是一个特殊的历史时期，更是一个值得关注的历史时期。
黑龙江督军署位于齐齐哈尔建华区卜奎大街与中华路交汇处，市博物馆北侧。该址是在清嘉庆十一年建的齐齐哈尔副都统的私宅，又称为大人府。清朝末年，程德全署理黑龙江巡抚时，在大人府的宅址上开始营建，周树模接任巡抚后建成。先称都督府，后改为督军署。
督军署始建的具体时间虽无法确定，但如从周树模1908年署理黑龙江巡抚算起，也已历经了近百年的风风雨雨。督军署建筑群原有建筑面积为二万多平方米，现今仍保留的建筑达一万多平方米。
原督军署是一座典型的清式四合院，其主体为青砖结构，铁皮屋面。主楼两层，其周围三栋一层。它在中国民族建筑风格的基础上，吸收了部分西式建筑的造型，有着独具的特色。颜色幽幽淡淡，布局古朴典雅，美观而又实用。整个建筑群座北朝南分为三个院落。正房、厢房高大宏敞。南墙下为砖砌，上建木柵，正中设大门三楹，中间宽大，两边较小，四个青砖砌成的门柱上部用桥形铁柵连接。中间门额有“黑龙江督军署”六个大字。在大门东西两侧设有二个大门，每门由青砖砌成牌坊状的桥拱形门。东门门额镌刻“纬武”二字。
院子中间有一亭子，名曰“寄想园”。清末民初著名学者张朝墉在《寄想园雅集图记》中称“黑龙江都督后园有亭翼然，广檐长廊，虚其中而踞其上者，吉林宋铁梅督都额其额且‘寄想’，盖思归不得其请，书之以寄其遐想也”。对园址的构筑以及命名之意，叙述的比较清楚。十二年后他在给朋友的诗中还提到这个寄想园。诗中有“寄想园中客，豪情在昔多”、“名园寄想雪花侵，一卧龙沙岁月泽”。现此楼已不复存在，我们只能凭借这优美的文字去领略他当年的风采了。
辛亥革命虽然推翻了清王朝建立了民国，但政权被袁世凯0，清朝的官吏、军队摇身一变就成为民国的大员，1912年3月原清朝巡抚宋小濂一跃成为黑龙江都督兼民政长，集军、政大权于一身。
宋小濂虽然出身封建官吏，却有爱国之心，他对中俄边境情形非常熟悉，对沙俄的侵略扩张活动据约力争，因此沙俄对他恨之入骨。1913年6目25日沙俄以齐齐哈尔抓捕了以记者身份为掩护的俄国间谍为由，出兵3000占领了富拉尔基。给北京政府施加压力，无条件要求撤换宋小廉。北京政府屈服了沙俄的压力，以宋“不善应变”为由将其调离。
后任命了曾在中国驻俄使馆当过外交官的毕桂芳为黑龙江都督。同年10月都督府改为黑龙江护军使公署，朱庆澜为黑龙江护军使。1916年，朱庆澜奉调晋京，北洋政府任命毕桂芳署理黑龙江军务。黎元洪就任大总统，正式任命毕桂芳署理黑龙江督军。1917年9月，鲍桂卿接替毕桂芳为督军。1919年孙烈臣为黑龙江督军。
1921年吴俊升为督军，吴俊升，人称“吴大舌头”，早在奉系军阀中仅为第三号人物，有多种怪癖，荒谣王道。办公室里挂着“自古名将爱良马，从来美人属英雄”的条幅。他除爱美女、良马外，还喜欢猴。堂堂的督军署后院大半被马厩和猴舍所占，吴有良马千余匹，大小猴子成群，有专人饲养，公款开销，吴常观马玩猴，马厩猴舍也就成了求官引贿的场所，他大开烟禁，以至全省烟馆林立，他却大饱私囊。
1928年吴俊升在“皇姑屯”事件中被炸死。由其侄儿吴泰来暂时护理黑龙江军务督办。6月，万福麟为黑龙江督办，兼任黑龙江保安司令。1929年2月，万福麟任东北边防军驻江副司令长官，同时将督办公署改编为东北边防军驻江副司令长官公署，设在齐齐哈尔原督办公署旧址。“九一八”事变后，万福麟逃避抗战，滞留北京不归。马占山受命于危难之际，代理黑龙江省主席兼军事早指挥，统辖副司令长官公署。
民国三十八年间督军署内共有十二位督军在里这叱咤风云。但最值得一提的是马占山，他有军阀的经历又有爱国之心，江桥抗战打响了抗日战争第一枪，展现了中国人民抵御外来侵略的英雄气概。他的爱国精神、民族气节永远教育鼓舞着下一代。
督军署是沧桑鹤城一个见证，而今这百岁的“长者”正在欣然接受鹤城人的悉心呵护。
由于“老迈”的督军署年久失修，局部基础下沉导致墙体断裂，并随时有坍塌的危险。这引起了市委、市政府的高度重视，先后几次开会商讨修缮事宜。最终于2003年7月份开始，动迁40余住户，进行了大规模的重新修缮。使这座百年建筑重新焕发了青春。