妙因寺亦称“大通寺”，藏语称“大通多吉强”，清光绪年间改称今名。始建于一七四一年（清乾隆六年），是吉林省著名藏传佛教古刹之一。一九五四年和一九六六年先后两次遭破坏。二OOO年，经吉林省人民政府批准恢复重建，于二OO二年七月竣工。妙因，绝妙之行因，菩萨三大行也，即大慈、大悲、菩提心。位于今天祝县城西50公里的大通河东岸连城鲁土司衙门附近，背靠石屏山，右临大通河，山水相映，环境幽雅，是甘肃著名的风景游览区。
妙因，取自佛家“绝妙之行因，菩萨之大行也”。佛经云，“妙因斯满，极果顿圆”，这是菩萨修行的最高果位。妙因寺建成于1755年（清乾隆二十年），是郭尔罗斯前旗“沙卜隆”云丹扎木苏活佛为祝贺乾隆皇帝寿辰而建。当时报请清朝理藩院，赏赐满、蒙、藏、汉四种文字匾额——妙因寺。后几经修建，到清朝末年福兴寺因年久失修迁来之后，这里形成有佛堂、经堂、活佛斋院、北仓、东仓、西仓等建筑群体，共计房屋五百余间。佛堂和经堂都是九九八十一间的大殿，共三层。一为平顶，属藏式建筑，为妙因寺-所用；一为大屋顶，是汉藏结合式建筑，为福兴寺-所用。两殿各为一院相隔，院外有高墙相围，前有山门殿，门前有红、黄二匹泥塑骏马，殿内供有关帝伽蓝，左关平，右周仓，威严而立。活佛斋院在佛堂经堂的后院，是二层平顶小楼，内有小佛堂和活佛起居室，二楼藏经。北仓为总管-，负责活佛斋院和全寺经济管理，收地租，收布施，管理寺庙佃户，车马，畜群以及两寺支出等。西仓、东仓则由二寺“扎甫”大-住持，分别主持妙因寺、福兴寺宗教活动、法会、日常管理等事宜。
据清宣统年间所编《郭尔罗斯前旗报告书》记载，“妙因寺内住扎甫一人，度牒二十四人，庙地六百零五垧，由公爷府岁给香资钱一百吊。附近的福兴寺，因庙宇倒塌，无力重建，所有移于妙因寺。并有扎甫一人，度牒十四人，庙地三百三十垧，由公爷府岁给香资钱一百吊。”这样，两寺合起来共有近百人，庙地近千垧。
该寺初建于明正德六年（1441），是元末平章政事脱欢后裔鲁土司管辖区内的主寺它与东大寺、西大寺、古城寺、嘎达寺、宣化寺、塔尔寺、宗家寺、显教寺等8座寺院组成了一个庞大的寺院群。经清代三次扩建，成为青海、甘肃藏区和内蒙古一带颇负盛名的藏传佛教格鲁派寺院。主殿是多吉强殿（金刚持之意），其次是格尔衮殿（多吉强）、嘛尼殿、却典拉章（塔尔殿）、德松桑吉殿（万岁殿）、措钦堆康（大经堂）、池康（禅僧殿）、琼拉昂（鸾王殿）等，均规模宏大、富丽堂皇。此还建有外地活佛昂欠多处。据藏文史籍记载，清康熙时，六世被统治西藏的蒙古和硕特首领拉藏汗废黜后，在云游途中曾于妙因寺后的宣化寺下榻，得到当地鲁土司的热情相待，他在这里宏扬佛法，被称为达宝佛。寺内原设扎仓（学院）两处，分别研习佛教哲学和密宗学科，培养了一批高僧，还曾邀请松巴佛、土观佛、华锐饶布萨等著名学者来此寺讲学，使妙因寺成为连结西藏、内蒙古两地纽带上的一颗明珠。该寺原为永登县所属寺院，1956年连同赛什斯等地划归天祝县。