古日格斯台国家级自然保护区地处大兴安岭南部山地余脉的西麓，位于锡林郭勒盟西乌珠穆沁旗巴拉嘎尔高勒镇东南部55公里处。自然保护区的南部与赤峰市的塞罕乌拉国家级自然保护区、乌拉坝---石鹏沟自治区级自然保护区相邻，西、东北部分别于西乌旗其他乡镇为界。保护区总面积为98931公顷，其中核心区面积43919公顷，占保护区总面积44.4%；缓冲区面积15883公顷，占保护区总面积16.1%；实验区面积39129公顷，占保护区总面积39.5%。保护区内有林地面积为60078.7公顷，占保护区总面积的60.7%；草原35091.8公顷，占保护区总面积的35.5%；湿地3760.5公顷，占保护区总面积的3.8%。
古日格斯台国家级自然保护区是以该自然保护区内的“古日格斯台山”蒙语命名，汉译为“有狍子的山”的意思，该山海拔为1957米，是锡林郭勒盟最高的山。古日格斯台国家级自然保护区成立于1998年，2008年5月，被评为盟级环境教育基地，2012年1月，经国务院办公厅审定为国家级自然保护区，成为锡林郭勒盟境内第一个森林生态系统类国家级自然保护区。
古日格斯台自然保护区是大兴安岭南部山地最典型、最完整森林、草原生态系统，处于东亚阔叶林与大兴安岭北部寒温带针叶林、草原与森林双重交汇过渡的典型地带，是连接各大植物系的纽带和桥梁。自然保护区生物类型多样，动植物物种丰富，被称为“植物的王国，动物的乐园”。有森林、沙地伏沙地复合群落、灌丛、草原、草甸、湿地6大植被类型，包括了10个植被亚型、47个群系组、80个群系。
区内有苔藓植物22科75种，大型真菌植物16科52种，其中可食用真菌有蒙古口蘑、野蘑菇、金针磨、木耳、毛木耳等30余种，药用真菌有大马勃、小马勃、紫马勃、灵芝等10余种；维管植物94科330属654种6变种，有野大豆、草苁蓉、沙芦草、内蒙古大麦草等国家二级保护植物4种；有山丹、芍药、龙胆、沙参等内蒙古自治区重点保护植物20种；有甘草、秦艽、达乌里龙胆、防风、黄芩、远志国家重点保护野生药用植物6种；有猪毛菜、蕨菜、黄花菜、山葱、龙须菜、野韭菜等野菜100余种。
由于古日格斯台自然保护区特殊的地理位置和多样丰富的自然资源，为野生动物提供了良好的隐蔽、觅食、栖息和繁殖条件，成为野生动物活动场和避难所，每到繁殖期，有大量的黑鹳、大鸨等珍稀濒危鸟类来这里繁衍生息。经调查确定，保护区内现有脊椎动物66科223种，其中鸟类有165种，兽类有44种，爬行类有5种，两栖类有3种，鱼类6种。其中有国家一级保护动物黑鹤、大鸨、金雕、丹顶鹤4种，有国家二级重点保护动物黑琴鸡、鸿雁、大天鹅、灰鹤、大雁、燕隼、青羊、马鹿、雪兔、狼、草原雕、猞猁等29种，有《国家重点保护脊椎动物名录》中记载的33种，被列为《中国濒危动物红皮书》的有21种，被列为《世界受胁鸟类》的有5种。
自然保护区有丰富的水资源，流径7万多平方公里乌珠穆沁盆地的9条河流，其中有5条主要河流发源于古日格斯台自然保护区。属乌拉盖水系，河流总长度为1123公里，流域面积16396平方公里，年径流量1.1亿立方米。保护区不到1000平方公里的面积涵养着乌珠穆沁盆地70%的河流量，是乌珠穆沁草原人民生产生活的生命线与经济线。