臣在前面的奏折中请求加重统领的职权，那是因为平日事权不统一，与敌人作战时便会指挥不动。臣在南方时，就曾经见到巡抚大帅率领多营，平时各营没有固定的统领，打仗的时候会临时选调几营，再派一个将领率领他们前去对敌，终究无法使士兵拼死效力。而湖南、湖北、安徽、江苏等省有幸能够平定匪患，基本上得益于军中有得力的统领，而他们的权力向来很大，在战场上来往指挥、发号施令的人，就是平时拨发粮饷、提拔任用、主持赏罚的人。士兵们很清楚应该听谁的号令，服从谁的指挥，因此能够一心建立功绩。臣所说的统领的事权应该集中，本意就在这里。然而我也有幸遇到塔齐布、罗泽南、李续宾、杨岳斌、多隆阿、鲍超、刘铭传、刘松山这些人，他们有的是我的部下，有的是别人的部下，但都是因为拥有重权而建立了大功。然而，如果不是他们这样的良将，大权也不能随便授予他人。各部大臣所议论的，认为遇到良将则能建立功勋，而遇到不贤不肖的人就会产生无穷的弊端。这个说法确实是非常恰当的。
但良将可遇而不可求。直隶练军后面的统领，我会尽力考察，遇到顶尖的人选就破格优待，充分发挥他的才干；遇到中等的人才随时约束引导，使他们安分守己，这或许是两全其美的办法。各部大臣再次讨论到士兵与将领应该相互熟悉，可以收到了解沟通的效果。又提到要想使军队由弱变强，不必到其他地方去借调人才等观点。以臣的愚见，就士兵而言，绝对没有让外省的勇丁补充到本省军队的道理，外地的勇丁也不愿意到太远的省份去服役。但就官员来说，武将从基层的官职一直到提督、总兵等，都可以到外省做官，何况直隶是国家中心之地，尤其是有志之士愿意为国效力的地方。因此各地将领有出色的，都可以考虑调来直隶，不能说是借用人才。
关于直隶练军，征询众人的意见，不外乎两种方法：一种是本地将领操练本任所的士兵；一种是调南方的战将来操练北方的新兵。臣查访得知，以前直隶六军练兵，用本地将领做统领，在情感上是容易沟通，但苦于全营军士都没有振作的气象；如果用南方的战将为统领，士气可能会稍微振作，但会苦于士兵与统领之间感情疏远。要想弥补这两方面的弊端，可分别解决。士气不振，可能是本地的将领不称职，应当考察他的懈怠松弛之处，另择合适的人选将其替换。感情不能沟通，可能是南方的战将体会不到当地士兵的艰难，应当给他们时间相处，时间久了，真诚能把士兵感动。
臣计划在先前所留的四千兵丁之外再增加三千人，逐渐恢复以前的规模。一在古北口暂时增加一千人，该处提督傅振邦熟悉军旅事务，性格稳健谨慎。一在正定镇暂时操练一千人，该处总兵谭胜达素来以勇敢著称，血气方刚。这两人都是直隶将领，都是以本地将领统帅本地的练军。一在保定暂时增加一千人，由南方将领、原琼州镇总兵彭楚汉统领。将中军冷庆统领的一千人暂且分为两队，等查明训练确实有效，再合并为一支。这是在议论士兵与将领是否相符所拟定出的目前增练士兵的计划。至于练兵的规模，臣仍然认为应该以四军为标准，两军驻守京城北面，两军驻守京城南面。每军三千人。统领功绩特别显著的，可以增加到四千至五千人。请皇上先将我的这些计划交给各衙门复议，可先试行，等试行有效果后，再上奏制定简明章程，让各处军队全部遵守。”奏折呈上后，被批准。后来因为直隶练兵卓有成效，其他省份也纷纷效仿，清朝军务为之一振，是从曾国藩开始的。
同治九年（1870）五月，北洋通商大臣崇厚上奏：“天津发生拐骗小孩事件，当地百姓听说拐骗小孩的匪徒与教堂有关联，便打死法国领事官，烧毁了教堂。”同治帝让曾国藩赶赴天津查办这件事。曾国藩上奏说：“各省攻击毁坏教堂的案件层出不穷，但打死领事官却是从来没有的。臣的意思是不要与洋人发生争端，依据实际情况斟酌处理，公平审理这件案子。这样既使法国有回旋的余地，而朝廷又不失安抚洋人的办法。”不久，曾国藩上奏处理结果，处斩了带头闹事的人，把办事不善的天津府、县官员革职治罪。并陈述“当前的时局虽极其艰难，但谋划必须果断坚决。臣发现自道光庚子年以后，朝廷与洋人交涉，不足在于早上打仗晚上言和，没有既定的原则和方法，由此导致外患越来越严重，以致无法收拾。皇上登基以来，坚持讲和的原则，不做变动，因此中外和平相处十多年。天津这件案子，是因为无知的百姓一时激愤，才酿成大祸，并非官员有意挑衅。朝廷向世人明确地显示大信大义，不挑起战端，这实在是天下百姓的福气。以后仍然应当坚定一心，委曲求全保持与洋人和好，才是保全百姓的策略。同时朝廷也要加强防务，作为立国的根本，这两方面不可偏废。”
同治九年（1870）八月，调任两江总督。曾国藩陈述自己的病情，恳请朝廷另选贤才，让他辞去两江总督的职务，从而安心调理身体。同治帝下诏说：“两江地区事务繁多，职责极重，曾国藩老练稳重，具有很高的威望，而且在江南多年，熟悉当地情况，办事都很妥帖。虽然眼病现在没有痊愈，但只要他坐镇两江，事情都能得到有序办理。他请求另择贤才的事不必再议。”十一月，任命他担任办理通商大臣。同治十年（1871），因为淮盐在楚岸的专卖区域被川盐侵占，曾国藩与湖广总督商议决定，让淮盐与川盐在楚地分岸销售，奏请朝廷允许武昌、汉阳、黄州、德安四府专销淮盐；安陆、襄阳、郧阳、荆州、宜昌、荆门五府一州暂时销售川盐。湖南巡抚请求在永州、宝应二府试行官运粤盐，曾国藩又上奏极力陈述这两个地方的盐不必改运，部议批准了曾国藩的请求。同治十一年（1872）二月，曾国藩去世，临终前的奏章送入朝廷。
同治帝下诏说：“大学士、两江总督曾国藩，学问精纯，器量见识深远开阔，品性忠诚，谨慎清正。在翰林院时受宣宗成皇帝特殊的器重，提拔他为朝中重臣。咸丰年间创立楚军，剿办粤匪，转战数省，屡次建立显赫的功勋。文宗显皇帝对他优待重用，补任他为两江总督，任命为钦差大臣，督办军务。朕即位后，选任他为内阁大臣，深深地器重依赖。在平定东南的匪乱中，他的功劳最大。江宁大捷后，特加封他为一等毅勇侯，世袭罔替，并赏他戴双眼花翎。曾国藩历任总督，对地方上的事务尽心谋划，实在是无可替代的心腹重臣。正希望他能享受高龄，长久蒙受朝廷恩泽，却突然听闻他去世的消息，顿时感到惊愕悲悼。现追赠曾国藩为太傅，按照大学士的规格加以抚恤，赏白银三千两办理丧事，由江宁的藩库拨发。赐祭一坛，派穆腾阿前往致祭。赐谥‘文正’，牌位入奉京城昭忠祠、贤良祠，并在他湖南老家、江宁省城建立专门的祠庙。他生平政绩交付史馆存档。任职期间的一切处分全部免除。应得的朝廷例行恩典，有关衙门查明后备文上奏。灵枢运回原籍时，沿途地方官员务必要妥善照料。他一等侯爵位由儿子曾纪泽继承，不必带领引见。其余几个子孙，命何璟调查清楚后备文上奏，等待下旨赏赐。”
不久，湖广总督李瀚章、安徽巡抚英翰、代两江总督何璟上奏折陈述曾国藩历年来的功绩。
李瀚章奏折大致如下：“曾国藩最开始进入翰林院时，便与故大学士倭仁、太常寺卿唐鉴、徽宁道何桂珍一起讲习程朱理学，他终身自我反省、自我克制，得益于此。遭逢时世艰难，毅然以拯救天下为己任，将生死祸福置之度外。他超出常人的见识，在于能够坚持既定的主张，不因为一些流言蜚语而动摇。在江苏、安徽剿匪时，他提出了四路进攻的策略。剿办捻匪时，提出四面围困贼兵的建议。后来之所以能够剿匪成功，都得益于曾国藩的这些建议。”
英翰奏折大致如下：“自从安庆被收复后，曾国藩便率军在那里驻扎。他整顿吏治，安抚百姓，培养元气，训诫下属就像对待自家的子弟，将百姓视为自己的家人。因而，百姓得以休养生息，各项事业都得以振兴。至今安徽百姓安居乐业，都是曾国藩留下的恩德。一听到曾国藩去世的消息，士子百姓奔走相告，妇女孩子痛哭流涕。以去世后仍被追怀的官员来说，自前封疆大吏汤斌、于成龙之后，再没有像曾国藩这样感人至深的了。”
何璟奏折大致如下：“咸丰十年（1860），曾国藩驻军祁门，当时安徽南北十室九空。从南京到徽州八百多里的地方，到处是贼兵，没有一天不打仗的。徽州刚刚沦陷，休宁、祁门一片惊恐，有人劝曾国藩转移营地，曾国藩说：‘我第一次进军，遇到危险就后退，后面的仗还怎么打？我们离开这里一步，便会死无葬身之地。’贼军围攻祁门，曾国藩亲手写下遗嘱，军帐内悬挂佩刀，从容部署，不改常态，死守二十多天，后来命令鲍超击敌，一战就把贼兵赶到羊栈岭外。肆虐了十多年的贼寇，曾国藩带兵四年，一一将其平定，这都得益于祁门初次出战毫不怯弱，使叛贼胆寒，而振奋了士气。我曾听说曾国藩在京城做官时，就已经留心观察人才，后来外出带兵打仗，更加勤于寻访人才。只要有一点才能技艺的，没有不选拔任用的，同时又用多种方法培养造就人才。安庆收复，曾国藩归功于胡林翼的筹划、多隆阿的苦战。南京收复，又将功劳归于其他将领，没有一句提到他的弟弟曾国荃。谈到僧格林沁亲王及李鸿章、左宗棠等人时，都说自己的才能不如他们的十分之一。曾国藩清廉节俭如同贫寒之家，俸银和养廉银全都拿出来充为公用，自己不曾置办一处住所、一块田地。他吃饭不超过四个菜，男女婚嫁的费用不超过二百金，并定为家训。曾国藩的清廉有唐代杨绾、宋代李沆的遗风。他严格遵守并且能持之以恒的，是不说假话、不贪睡晚起。此前任两江总督时，他研讨公文，条理缜密，所有章程都亲自制定，所有公文都亲自批改。前年再次回到两江总督任上时，感激皇上的大恩，委任他继续坐镇东南的重任，他常说自己稍有懈怠，内心就会感到愧疚。在公事之余接见所有的宾客，接见时必定详细询问、仔细考察，很关切地教诲勉励他们。至于下属是否贤明，各样事情的来龙去脉等事项，无不默默记在心里。曾国藩之所以患病不起，实在是因为平时事无巨细都一一过问、殚精竭虑造成的。”
同治帝下诏：“何璟、英翰、李瀚章逐一陈奏曾国藩历年的功绩，英翰、李瀚章都请求在安徽、湖北省城为曾国藩建立专祠。另外，何璟已遵旨查明曾国藩子孙详情，现已详细呈奏上来。翻阅这些奏折，更增添哀伤惋惜之情。曾国藩的器量和见识超出常人，鞠躬尽瘁报效国家。当湖南、湖北、江苏、安徽军情棘手的时候，他率先操练水师，下定决心剿灭贼寇。虽然屡次遭受危难困苦，仍能坚忍不拔，没有任何动摇，最终使军队团结一心，削平贼寇。大功告成后，依旧恭敬谨慎，始终不敢有一丝懈怠。他举荐选拔人才唯恐不妥，完全履行了臣子侍奉君主的大义。他忠诚尽力，功德施于百姓。应当给他更进一步的恩泽，以表彰他的忠心。准许在安徽、湖北省城为曾国藩建立专祠。其他立下战功的省份也准许一起建立专祠。他的次子附贡生曾纪鸿、孙曾广钧都赏赐举人功名，准许一体参加会试。孙曾广镕赏赐员外郎之职，孙曾广铨赏主事之职，等他们到了年龄，分配到相关部门学习锻炼。何璟、英翰、李瀚章三份奏折都交付史馆留存，借此宣示朝廷对功臣的眷念之情不断增加，永远也不会停止。钦此！”