《大明会典》所载洪武二十六年定例之文字，与《诸司职掌》所定大理寺复审程序之文字，完全相同，兹不赘引。《诸司职掌》所定大理寺复审程序，基本上沿用至弘治末年。正德初年以后，京师人犯俱不到大理寺，言词审理变为书面审理，大理寺之复审变为复核。
依照《诸司职掌》之规定，大理寺左右寺复审都察院移送之京师刑名案件时，可以有下列三种处理方式：
（一）罪名合律者，准拟。
（二）如罪名不合律者，依律照驳，驳回原衙门再拟。（如二次改拟不当，则仍照驳，驳回再拟。如三次改拟不当，则行参驳。若人犯招情有未明者，则驳回原衙门再问。）
（三）若囚人告诉冤枉番异，且大理寺会审相同，将原案发回原问衙门，由大理寺行移隔别衙门再问。（如二次番异者，具奏后，会同各衙门堂上官会审，奏闻皇帝裁决。）
大理寺复审都察院移送之京师案件的三种处理方式（按适用期间自洪武二十六年至弘治十八年前后），其有关情形基本上与大理寺复审刑部移送之京师案件的三种处理方式相同，《诸司职掌》将两种情形一并规定于同一条文。其详细情形请参照本书第四章（第三节）之二，兹不赘述。惟为了解大理寺复审都察院移送之京师案件之大概情形，兹举例说明如后：
例一：洪武二十四年（１３９１）十二月甲寅，“青州益都县民以县官移失案牍连逮系都察院狱，皆诬服。大理审录其冤，诏释之，人给钞二锭遣还。”例二：宣德元年（１４２６）秋七月乙巳，溧阳县民史英父子恃富暴横，殴杀乡人，有司械送英父子等人至京。“上命都察院鞫之……御史鞫之，皆伏罪，应死。至大理寺审复，亦无异词，遂引奏。上召至前，亲问之。当英父子死，余罚输作，以无罪释者七人。”
例三：天顺六年（１４６２）五月乙巳，“礼部奏：‘先是，灵丘王逊烇擅令长子仕塝及仪宾张惠诣京，己执惠送锦衣卫镇抚司鞫罪，转送都察院拟律，大理寺审允，类奏系狱。今灵丘王奏女闻喜县主卒，因无丧主，岁久未葬，乞原惠罪，回还殡葬。‘上特宥之。’”
例四：成化四年（１４６８）四月甲寅，西宁侯家人陈刚等有罪案发，“为锦衣卫所执。下都察院鞫之，拟刚伤人，法当死，余悉杖徙，例充边军者十人，徙口外为民者二人。大理寺详审以闻。诏刚如律，斌等仍枷锁示众一月，然后遣之。”
关于大理寺复审都察院移送之京师案件，大理寺驳审，调隔别衙门问拟的情形颇为少见。兹举一类似案例说明如下：
案例：宣德六年（１４３１）冬十月丁亥，初，大理寺奏，“山东、江西二道御史所问强盗七人，皆是军匠，两经审录固称，盗发之日，皆在公执役，各有管领之人为证，实不为盗。命会官鞫之，至是，六部、都察院等官复奏，参验审复，七人实非盗。”上曰：“御史朝廷司直之臣，凡诸司行事有是非不辩，枉直倒置，皆当执奏，乃自诬枉平人，可乎？必正其故入之罪，以戒后来。”（本案于大理寺驳审后，皇帝命会多官会审）
三皇帝裁决大理寺复审或复核都察院移送之京师案件完结后，大理寺应将审理情形奏闻皇帝裁决。大理寺题本经朱批后，案件即为确定。其详细内容，请参阅本书第二章（第二节）（内阁）及（第三节）（司礼监），兹不赘述。
大理寺将题本奏闻皇帝后，经内阁票拟，送皇帝（或皇帝授权的司礼监太监）裁决。皇帝所为之裁决，主要有下列几种：１依都察院定拟判决之裁决；２命法司再拟或再问之裁决；３命多官会审之裁决；４另为处置之裁决。皇帝裁决之情形请参见本书第四章（第三节）之三，兹不赘述。
（第五节）三法司会审程序
一三法司会审的沿革
秦汉时代，我国中央政府只有二法司，即廷尉与御史台。东汉时期，皇帝设尚书台，夺三公九卿之权，尚书台取得参与司法审判的权力。隋唐时期，三省六部之制确立，尚书省之下设刑部，有审判权，且为最高司法审判机关。至此，三法司（三个司法审判机关）制度正式形成。
唐代三法司制度形成之初，刑部、御史台及大理寺各有其职掌，各自行使职权，并不会同审判案件。唐高宗龙朔三年（６６３）右丞相李义府一案始由三法司会同审判案件，当时谓之“三司推事”。
所谓“三司推事”是指刑部、御史台及大理寺三机关会同审判案件。《通典》曰：“（侍御史）与给事中、中书舍人，同受表里冤讼，送知一日，谓之三司受事。其事有大者，则诏下尚书刑部、御史台、大理寺同案之，亦谓此为三司推事。”
“三司受事”是由御史台、门下省与中书省的官1共同接受官民人等的讼状，与“三司推事”不同。龙朔三年以后，“三司推事”制度逐渐形成。开始之初，除三法司外，中书省及门下省官1，也有参与审判的。“三司推事”所审判的案件绝大部分都是宗室、官1犯罪的重大案件，一般人民犯罪的案件并不适用“三司推事”。
宋代熙宁以前，于中央三法司之外另有审刑院及纠察在京刑狱司，叠床架屋，运作并非良好。这段期间，未见“三司推事”事例。元丰改制后，取消了审刑院及纠察刑狱司，简化了中央司法审判的程序，三法司也恢复了它原有的职权，惟这段期间，亦未见“三司推事”事例。元代仅设置刑部及御史台等二法司，不设大理寺，自无所谓“三司推事”。
明代恢复唐宋旧制，设大理寺，惟明代大理寺的职掌与唐宋大理寺不同。唐宋两代京师案件，由大理寺初审，再由刑部复审。明代京师案件，则由刑部（或都察院）初审，再由大理寺复审。
明代中央司法审判制度，原以“平行的两组司法审判系统”为主。如遇京师重大案件时，皇帝方命三法司会审，换言之，皇帝命三法会审京师重大案件，是极少数的特殊情形，并非常态。
《诸司职掌》并无三法司会审有关规定，惟永乐以后，即有三法司会审事例。据笔者考察，永乐至成化年间，三法司会审均系出于皇帝之谕旨，律例或典制上均无有关三法司会审之规定。弘治十三年《问刑条例》始首度明文规定三法司会审。（详后）《大明会典》则定曰：“凡发审罪囚，有事情重大，执词称冤，不肯服辩者，（大理寺）具由奏请，会同刑部、都察院或锦衣卫堂上官，于京畿道问理。”
《大明会典》所规定的上述三法司会审，只是明代三法司会审的一种形式而已。《大明会典》所规定的三法司会审是指，由刑部或都察院初审，再由大理寺奏请会同二法司及锦衣卫审理的形式，这种形式的三法司会审仍然是第二审。但三法司会审有时为第一审，有时为第三审，这说明了三法司会审制度，在明代并未完全定型，它以多种形式出现。明代的三法司会审制度为清代所承袭，且其会审方式在清初定型，成为京师死罪案件的第二审，经皇帝裁决后，即可定案。
二三法司会审的形式与程序关于三法司会审的形式，弘治十三年《问刑条例》定曰：“法司遇有重囚称冤，原问官1辄难辩理者，许该衙门移文，会同三法司、锦衣卫堂上官，就于京畿道会同辩理。果有冤枉，及情可矜疑者，奏请定夺。”弘治十三年《问刑条例》所定的三法司会审，系第一审的三法司会审，与《大明会典》所定的第二审的三法司会审不同。《问刑条例》与《大明会典》所规定的三法司会审，只是明代三法司会审的两种形式而已。其他形式的三法司会审，无法从《问刑条例》与《大明会典》上找到，而必须从《明实录》等书发现。
明代的三法司会审，或为第一审，或为第二审，或为第三审，并无一定。
兹分别举例说明如下：
（一）第一审的三法司会审例一：宣德三年（１４２８）七月戊辰，“福建行都司械送谋反罪人楼濂等至京师……上命三法司讯之，皆引伏。上曰：‘小人无知，不可不治，令锦衣卫械系其词，所连者悉捕之。’”（本案系谋反案件）
例二：宣德五年（１４３０）九月庚戌，右都御史顾佐劾监察御史严皑等十数人。“俱谪为吏于辽东各卫。皑不受役，潜逃至，仍造词胁取财物，上命之法司鞫之，奏皑所犯应死。……上命戮于市。”（本案系职官犯罪案件）
例三：宣德九年（１４３４）二月乙亥，妖僧李皋纠集山西汾州僧了真等二十四人谋反，“事觉，有司捕得之，械送至京。上命三法司讯之有验，悉弃市。”（本案系谋反案件）
例四：正统元年（１４３６）二月丁未，给事中、御史劾应城伯孙杰“诱取良家子妾，上令戴头巾于国子监读书学礼，杰惭，不谢恩，为鸿胪寺所奏，下三法司廷鞫，论以大不敬斩，上命锢禁之。”（本案系职官犯罪案件）
（二）第二审的三法司会审例一：宣德十年（１４３５）十一月乙未，“四川按察使刘洵以修葺公宇，索蜀府砖瓦兽头，又挟私捶死弓兵五人。长史善士仪奏之，下都察院狱，论斩罪，洵称冤，命三法司辩，言其罪实当。上从之。”（本案系职官犯罪案件）
例二：景泰六年（１４５５）十一月癸未，“巡抚广东兵部右侍郎揭稽下都察院狱。以故勘死平人，论当死。稽数从狱中上疏，……诏曰：‘稽坐罪不引伏，乃数连及他人，其令三法司会鞫之。’”（本案系职官犯罪案件）
（三）第三审的三法司会审例一：宣德三年（１４２８）八月癸未，行在都察院及行在大理寺等官1审理千户刘广等人监守自盗罪，先论罪应死，后改论杖罪。“上谓三法司臣曰：
‘广等从重入轻，若今所拟是，则前之所拟非，亦不得无罪。尔等再推究其实以闻。’”（本案系职官犯罪案件）
例二：嘉靖二十六年（１５４７）闰九月丁亥，先是，羽林卫指挥应袭柴镇同千户徐太纠合凶徒图财谋杀七命。“法司问，坐镇首谋，凌迟，仍流其妻、子；太等为从，各斩。下大理寺评，不服，请再行勘。上曰：‘兹重大惨恶狱情，已经司部该道往复勘核成招，如何又行在外勘结？令三法司尽心推鞫，务得真情，早正国法。’”（本案系职官犯罪案件）
据笔者考察，自永乐年间有三法司会审事例起，皇帝即乐于采行第一审的三法司会审。弘治以后定制，大理寺得具由奏请三法司会审，此种形式的三法司会审是第二审的三法司会审。又弘治七年定制，京师强盗重案，皇帝得命采行三法司会审，此种形式的三法司会审是第一审的三法司会审。
弘治以后，皇帝于京师情节重大案件仍乐于采行第一审的三法司会审。
这是因为三法司可以集中一起审理案件，使得京师案件得以速审速决，提高司法审判的效率。依笔者考察，弘治以后，第一审的三法司会审及第二审的三法司会审均被采行。
《大明会典》规定：“发审罪囚，遇有重大事情，大理寺得具由奏请，会同刑部、都察院或锦衣卫堂上官，于京畿道问理。”由这项规定可以得知，三法司会审有１单纯由三法司会审者；２除三法司外，锦衣卫亦参与会审者。
大多数的三法司会审案件，采取第一种组成方式。少数情节极为重大的三法司会审案件，采取第二种组成方式。
锦衣卫是侦缉衙门，明初以来原以侦缉京师重大案件及审讯（即今之侦讯）重大案件人犯为其主要职责。锦衣卫审讯人犯完结后，应移送三法司拟罪，即将人犯及供招移送三法司拟罪，并不能附加参语（参酌之语，意即拟罪意见）。但成化元年（１４６５）以后，锦衣卫移送三法司拟罪时得附加参语。
《大明会典》曰：“凡（锦衣卫镇抚司）鞫问奸恶重情，得实，具奏请旨发落。内外官1有犯送问，亦如之。旧制俱不用参语，成化元年，始令复奏用参语。”锦衣卫的附加参语之权等于准拟罪权，有准拟罪权的机关应视为准司法审判机关，或称为广义的司法审判机关。
明代的三法司会审如有锦衣卫参与，则人犯审讯工作多由锦衣卫担任。
这类情节极为重大案件，锦衣卫与三法司的职权相同，就这类案件而言，锦衣卫是司法审判机关。明代的三法司制度几乎可称为“四法司制度”。这类案件的事例亦多，兹举例说明如下：
例一：天顺三年（１４５９）冬十月癸丑，定6侯石彪有罪案发，“上命佥都御史王佥、锦衣卫指挥佥事逯杲往核，具实。三法司，锦衣卫会鞫，论彪强奸及故禁平人致死，罪皆应死。命仍锢禁之。”
例二：成化十三年（１４７７）六月甲辰，提督东厂太监汪直衔兵部尚书项忠，汪直嗾东厂官校发项忠违法事，“上命三法司、锦衣卫会问于廷，忠抗辩不服，然众知出直意，无敢违者。狱成，左都御史李宾等具奏，忠竟黜为民”。
例三：弘治十五年（１５０２）十二月辛酉，巡抚辽东都御史韩重与镇守太监梁相争，“事下，刑部请逮系、重，会都察院、大理寺、锦衣卫杂治之。”
三法司会审的地点主要有二，一为午门，一为京畿道。兹各举一例说明如下：
例一：天顺七年（１４６３）十一月丁卯，掌锦衣卫事都指挥佥事门达恶大学士李贤，得李贤一小事，“奏请三法司会鞫于午门外，上遣中官裴当监鞫。”
例二：嘉靖六年（１５２７）九月壬午，妖贼李福达案发，“命锦衣卫差官校械系各犯来京，集三法司于京畿道会审。”
明代三法司会审是明代“平行的两组司法审判系统”的例外，弘治以后，三法司会审逐渐成为明代中央司法审判制度的第三组司法审判系统，审理情节重京师案件。三法司会审制度并未见于《诸司职掌》，虽然从永乐年间开始，即有三法司会审事例，但在弘治年间《大明会典》正式明文规定三法司会审制度以前，三法司会审实系典制外的产物。弘治以后，三法司会审成为制度。
对于三法司会审，永乐、宣德年间担任吏部尚书的蹇义曾直言其弊曰：
旧制，刑部、都察院罪囚皆送大理寺审录，无冤，然后发落；有异词者，驳正之。法得其平，罪得其当。今大理寺乃同原问官会审，设有究（冤）抑，囚何敢辩？宜令如旧制。敢再紊成法者，罪之。
自永乐年间三法司会审事例发生后，刑部即成为三法司会审案件的主要承审机关。汇整三法司及锦衣卫的判决意见以及领衔具题奏闻皇帝裁决，都是刑部的工作。正德初年凡奉旨“送刑部拟罪”者，刑部得径题，奏闻皇帝裁决。刑部之权特重，即由此而来。三法司会审案件亦系如此，刑部之权大于都察院及大理寺。明代刑部之权特重的情形，嘉靖四十二年（１５６３）四月，刑科都给事中李瑜纠大理失平反职，言：“国家设大理寺以审谳，盖付之以天下之平也。近闻该寺谳囚，非不间有参驳，苟见该部执拗，即以无词复之。甚至狱词已付廷评，而该部意有出入，辄复追取，寺臣亦径从之。此于政体果安在哉？”
明代三法司会审的爰书（判决书）现存于世的不多。明代邓士龙所辑《国朝典故》录有正德年间刘瑾、朱宸濠谋反案件的爰书及相关史科，惟该批爰书书首文字的体例格式，与三法司题本的正本略有不同。而明代朱长祚所撰《玉镜新谭》所录有关魏忠贤谋逆案件爰书的题本，其体例格式均符合明代典制，是极为难得的史料。兹抄录全文，以供参考：
爰书魏中贤客氏崔呈秀刑部等衙门题为遵旨会议事：“河南清吏司案呈奉本部送刑科抄出本部等衙门题前事，抄部送司。该本司署司事主事杨凤翥，同本司主事袁文新、王汝受，会同湖广道监察御史曹谷、山东道监察御史吴尚默、大理寺左寺正何京、右寺副喻思、贵州清吏司署司事福建清吏司1外郎康承祖，会议得犯人三名口：魏忠贤，年六十岁，系直隶河间府肃宁县人，系净身男子，于万历年间选入皇城，历转司礼监太监，总督东厂官旗办事。客氏，年四十八岁，系定兴县人侯二妻。选乳进内，封奉圣夫人。