谱系学这种方法由于福柯而成为知名度很高的一种研究方法。什么是谱系学呢？福柯为谱系学所下的定义是这样的：“让我们用‘谱系’这个词来代表冷僻知识和局部记忆的结合，这种结合使我们能够在今天建立有关斗争的历史知识，并策略性地运用这一知识。这就是我在最近几年与你们一道建造的有关谱系的暂时的定义。”“这些谱系是冷僻学问和流行知识的结合的产物，只有废除总体性话语及其等级体系在理论上的特权地位，它们才能建立起来。”“注释1”
谱系学方法有以下几个特点：
首先，谱系学方法既不同于传统的理论抽象，也不同于经典的经验研究，而是同这二者相区别的一种研究方法。福柯解释说：“这种可以称为谱系学的研究活动完全独立于那种理论的抽象统一体与具体多样的事实之间的对立之外。它不是要取消以科学性和既有知识的名义反对它的理论范畴。所以谱系学的规划既不是提高经验主义，也不是通过普通意义上的实证主义来展开的。它真实的任务是要关注局部的、非连续性的、被取消资格的、非法的知识，以此对抗整体统一的理论，这种理论以真正的知识的名义和独断的态度对之进行筛选、划分等级和发号施令。谱系学因而不是要对更细致精确的科学进行实证主义的回归。它们其实是反科学的。这并不意味着它们要对愚昧或无知进行诗意的维护：并不是说它们致力于否定知识，或者说它们推崇直观的知识，把它们的实践建立在外在于知识的直接的经验之上。这不是我们所关心的。我们关心的是一些知识的叛乱，这些知识主要反对的并不是科学的内容、方法和概念，而是中心化的力量所导致的后果，这些力量与我们社会中有组织的科学话语的制度和功能密切相关……谱系学反对的是被看作科学话语的权力的效应。”“注释2”
谱系学方法并不是用一般的经验研究来取代理论研究，而是反对占据了科学话语霸权地位的那些理论和知识。它关注的是那些局部的、非连续性的、被取消资格的、非法的知识，是这些知识的反叛。那么，当福柯说“被压制的知识的叛乱”，他指的是哪些被压制的知识呢？他说：“我所说的被压制的知识有两个含义。一方面，我指的是被埋葬和伪装在完善统一的系统之下的历史内容……另一方面，我认为从被压制的知识中我们还应该理解更多的东西，即一系列被剥夺资格的知识，被认为是不充分或不精确的知识：素朴的知识，处在等级体系的下层，在被认可的知识和科学的层面之下……它是特殊的、局部的、区域性的知识，一种具有差异性的知识，不会导致普遍的同意，其力量来自它周围的一切对它的粗暴的反对……通过这种知识、这种局部流行的知识、这种被剥夺资格的知识的再度兴起，批评开始执行它的工作。”“注释3”
其次，谱系学方法质疑人们对科学权力的渴望，反对主流话语对局部话语的贬低。对此，福柯指出：“我认为，在我们知道马克思主义或精神分析学究竟在何种程度上能够与科学实践相类比之前，确实需要就我们自身对科学的权力的渴望进行质疑。确实需要提出下面的问题：在你提出‘这是科学吗’这样的问题时，你究竟想剥夺哪些种类的知识的资格。在你说‘我运用的话语是科学话语，我是一个科学家’的时候，你想‘贬低’哪一类说话和言谈的主体，哪一类经验和知识的主体……据我看来，当你努力确立马克思主义的科学性的时候，你并不是想一劳永逸地展示马克思主义具有理性的结构，因而它的命题是可以证实的程序的产物；你所做的其实大不一样，你是在授予马克思主义话语以及对它们的支持以权力的效应，在西方，从中世纪以来一直把这种权力的效应赋予科学以及从事科学话语的人。”“注释4”
话语的霸权在近几个世纪中最常运用的手段就是以科学的面貌出现。只要某种话语抢到了“科学”这顶桂冠，就可以畅行无阻，就可以贬低其他的话语。尽管那些冒充科学权威的宏大叙事已经被历史和现实一再证明是错误的，或者早已漏洞百出，它们还是以“百足之虫，死而不僵”的惯性占据着主流话语的地位，还是被用做打击和压制许多局部话语和对事物的更加中肯的分析的工具。
第三，谱系学方法反对将知识划分为高低不同的等级，而主张把被压制的知识解放出来。福柯指出：“与那种把知识纳入与科学相连的权力的等级秩序的规划形成对照，谱系学应该被看成是一种把历史知识从这种压制中解放出来的努力，谱系学让历史知识能够对抗理论的、统一的、形式的和科学的话语的威胁。它建立在局部知识的反抗之上——如德勒兹所说，是那种微小的知识——反抗科学的知识等级，以及知识权力的效应：这就是无秩序和片段性的谱系学的规划。”“注释5”
福柯将他的谱系学研究划分为三个领域，并以此为他的著作分类：“第一，有关我们自身与真理关系的历史本体论，通过它，我们把自己变成知识主体；第二，有关我们自身与权力领域关系的历史本体论，通过它，我们把自己变成作用于他人的主体。第三，有关伦理学的历史本体论，通过它，我们把自己变成道德代理人。所以，谱系学可能有三个轴心。在《疯癫与文明》中三个轴心并存，但有些混淆。《临床医学的诞生》和《词与物》研究的是真理轴心，《规训与惩罚》研究的是权力轴心，《性史》研究伦理轴心。”“注释6”
福柯谱系学的师承可以追溯到尼采。尼采在他之前就提出了的谱系学的方法。尼采认为，事物背后根本不存在超时间的本质，也不可能有起源的本体。历史中的各种力量并不听命于规则机制，而是对复杂的冲突作出反应。实际的历史只是机遇或偶然造成的。福柯主张，用尼采的三种谱系学策略来对付传统历史学。第一，用反讽来打破传统历史的怀旧主题。第二，用打碎同一性来打破历史连续性。第三，用“牺牲知识主体”来打破“历史真理”或“历史知识”。“注释7”
至于谈到考古学与谱系学的关系，福柯是这样说的：“如果我们再把它归纳成两个术语，那么，用‘考古学’来指局部言谈分析的方法学，用‘谱系学’来指建立在对局部言谈的描述基础之上的策略，通过这种策略，受压制的知识被释放出来进行活动。”“注释8”据此我们可以说，福柯的考古学方法和谱系学方法是同一种方法的两个组成部分，这种方法刻意与传统的看重连续性和总体性的研究方法相对立，致力于对断裂的、局部的经验的研究，最终将达到颠覆占据统治地位的中心话语和主流话语的目的。
“注释1”福柯，第219页。
“注释2”福柯，第219～220页。
“注释3”同上书，第217～218页。
“注释4”福柯，第220页。
“注释5”同上书，第220～221页。
“注释6”转引自刘北成，第308页。
“注释7”同上书，第198～200页。
“注释8”福柯，第220～221页。