因此在部署上拟不作更大变动”，对第一阶段作战部署提出如下建议：“（一）以三纵、广纵及冀独一、三两旅出击鱼台（可能逃跑），攻占丰县、敬安镇，前锋迫近徐州西北郊。另以一部佯攻砀山，钳制邱兵团一部。以七、十纵队攻占临（城）、韩（庄）、贾汪，控制利国驿后，迫近徐州东北。以十三纵一部包围台儿庄，其主力控制于宿羊山及其以南，并以有力一部进迫曹八集线，威胁李弥之左侧背。如七、十纵得手后，即以七纵担任贾汪钳制，迫近徐州，正面阻敌；十纵则东移，协同十三纵对运（河）西李弥部之作战。另以华中十一纵沿运河右岸（西岸）猫窝向运河站（河西）赵墩线攻击。江淮军区两个旅向赵墩、碾庄线攻击。造成我南北聚歼李兵团、攻略徐州之姿态，以便我运（河）东作战。以上各部均于虞（7日）晚发起战斗。（二）运东作战以歼灭黄百韬兵团为主。战斗第一步必须开辟战场，布置阻援阵地，分割敌人，使其不能集结，或靠近李兵团，或东窜新（浦）海（州），而便于第二步全歼黄兵团”。“第二步即以一、二、六、九、十一（王秉璋）、鲁中南纵共六个纵队，分割歼灭新安镇及阿湖之敌。四、八纵除以一个纵队正面阻敌，抽出一个纵队包围六十四军。特纵则依各纵任务配属运东各纵参战”。“如我军南下，黄兵团集结新安镇近郊时，即以一、六、鲁纵及二、九纵会攻新安镇，但还可实施战场分割、包围、攻击。我可力求秘匿，突然奔袭，达到使敌不能收缩避战。运东各纵统于齐（8日）晚发起战斗”。中共中央军委于10月30日寅时复电指示：“计划与部署甚好，请即照此施行。只有一点，分为虞齐两晚发起作战，是否有使黄兵团闻声警觉，于齐日白天你们尚未接近该敌时迅即收缩集结之虞，似不如同时于虞晚或齐晚各处一起动作，使各处之敌同时受攻，同时认为自己处于危险境地，互相不能照顾，要在两三天后才能查明我之主攻方向，但又因为我各部均已迫处他们面前，又无法互相增援，尤其使黄兵团各部丧失收缩集结之必要时间，极为重要。”同时指示：
“你们后方各事如尚有未处理完毕者，宜交与适当之同志去处理，以便粟谭专心指挥作战”。“望你们精心组织这一伟大的战役”。
10月29日与张震、钟期光由济南返回曲阜华野指挥机关。
同日中共中央军委致华野前委诸同志并告华东局、中原局、陈毅、邓小平电：“我们收到并阅悉了华野前委扩大会议关于加强纪律性、克服党内无纪律无政府状态的决议，认为这个决议是正确的。”
同日下午刘瑞龙到达华野指挥部驻地曲阜孔府，向粟裕转达了陈毅关于华野执行中共中央九月会议决定中应注意问题的意见。粟裕简要介绍了华野前委扩大会议的精神和决议。
同日国民党政府国防部部长何应钦在南京主持召开作战会议，决定采取“守江必守淮”的方案，集中所有可以集中的兵力于津浦路徐蚌段两侧作攻势防御，并提议由白崇禧担任国防部蚌埠指挥所主任，统一指挥中原地区作战。白先表示同意，后又拒绝。
10月30日亥时，中共中央军委致饶漱石电：“漱石同志：自中央子虞（1月7日）电至今已九个月，未寒（8月14日）电至今亦已两个半月，华野前委书记对于执行中央请示报告制度及在军队中开展反对无纪律无政府状态反对事前不请示事后不报告经验主义与游击主义的恶劣作风，至今没有表示态度，亦未申明理由，在此问题上失去主动性，落在一切兵团之后，实属不合。你是华东军区及华野全军的政治委员，现责成你传达中央意旨，处理此项问题，并以结果电告为盼。”饶漱石建议粟裕向毛泽东主席写一个检讨报告。当时军情紧急，刻不容缓，粟裕没有写这个检讨报告。11月9日，在紧张的战役指挥中，粟裕完成了《关于华野前委扩大会议检讨无纪律无政府现象的报告》，上报中共中央主席和中央军委，“作为向中央主席补作的九月份综合报告”，同时请求将11月份综合报告推迟到此次战役告一段落后再作。
同日中共中央军委致陈毅、邓小平电：请陈邓部进至萧县地区。
10月31日晨，发出致中共中央军委、陈毅、邓小平、华东局、中原局电，报告：“职已返抵前方”，“淮海战役，当遵令于齐晚同时发起战斗”。建议：
“此次战役规模很大，请陈军长、邓政委统一指挥”。中共中央军委于11月1日17时半复电指示：“整个战役统一受陈邓指挥”。陈毅、邓小平于11月2日午时复电说：“本次作战我们当负责指挥，唯因通信工具太弱，故请军委对粟谭方面多直接指挥。”
同日华野司令部通知各纵队：仍按预备命令于黄昏后开始行动，任务不变。
同日刘伯承、邓子恢、李达致中共中央军委并陈毅、邓小平、粟裕、谭震林电：为继续吸引白崇禧部向南，已令王宏坤指挥二纵及桐柏、江汉两军区部队主力，对平汉路信阳至孝感段连续破击。
同日亥时，陈毅、邓小平致中共中央军委、饶漱石、粟裕、谭震林等电，决定中野第一、第三、第四等三个纵队于11月6日集结永城地区，11月8日晚与华野同时开始战斗，并提出三个作战方案。中共中央军委于11月1日复电：
“同意陈邓世亥电，徐州西南方面我军之动作，依情况在三个方案中选择一个，由陈邓临机决定。”
同日国民党军华中“剿总”电令黄维兵团东移，于11月10日到太和、阜阳集中，准备参加徐蚌会战。
11月1日2时，中共中央军委致粟裕电，指出黄百韬兵团的部署“有利于你们分割包围”，“你们似宜首先歼灭黄百韬指挥所”。粟裕于同日酉时复电，报告黄百韬兵团指挥所正西移新安镇，其所属各师亦多向西移。“因此，我们仍按原计划开进，并仍准备于敌情变化随情况之需要而略为调整，但运西各纵任务不变，对截断黄、李兵团联系，亦为战役开始后首先应达到的要求”。
同日刘伯承、邓子恢、李达致中共中央军委、陈毅、邓小平、粟裕电：已令第六纵队并指挥豫西六分区主力钳制黄维兵团，以配合东路作战。
同日中共中央军委致陈毅、邓小平并告刘伯承、邓子恢、李达、粟裕、谭震林、陈士榘电，指出：“我华野戌齐（11月8日）发起战斗后，估计戌齐（11月8日）至戌巧（11月18日）十天内战况最为紧张，务须保障在此十天内邱兵团不能东援。但你们除对付邱孙两兵团外，还要对付黄维兵团（四个军），你们对黄维进程之估计及对策盼告。我们认为，除六纵必须立即尾黄维东进外，十纵如在南阳附近，亦宜协同二纵尾黄维东进。”
同日中共中央军委发出《关于统一解放军全军组织和部队番号的规定》，决定自1949年1月起，全军团和分区以上部队均冠以“中国人民解放军”名称。
中国人民解放军分为野战部队、地方部队和游击部队。野战部队的纵队改称军，军以上设兵团、野战军两级。全军设西北、中原、华东、东北四个野战军，西北、中原、华东、东北、华北五个一级军区。
11月2日率领华野指挥机关由曲阜向淮海前线开进。
同日未时，与谭震林、张震联名发出致第三纵队、两广纵队并报陈毅、邓小平、中共中央军委电，同意他们11月1日电所报作战方案，指出：“因丰、鱼地区水大，不便攻击，可首先集中主力攻歼砀山守敌（六十八师等部），尔后继续沿铁路两侧由西向东威迫徐州，拖住邱兵团，不敢大胆东援，借以配合主力作战”。中共中央军委于11月3日亥时电示陈毅、邓小平：“因邱兵团已缩至徐州附近，丰、鱼有水不利攻击，粟谭已同意三纵攻砀山刘部，如孙元良部在永城一带，你们似以先打孙再打邱为宜”。“攻击时间似与华野同时或早一天为好”。
同日历时52天的辽沈战役胜利结束，歼灭国民党军47万余人。
11月3日酉时，刘伯承、邓子恢、李达致中共中央军委、陈毅、邓小平电，建议陈邓主力截断徐州至宿县间津浦铁路。电报说：“只要不是重大不利之变化，陈邓主力似应力求首先截断徐宿间铁路，造成隔断孙兵团、会攻徐州之形势，亦即从我军会战重心淮海之南线斩断敌人中枢方法，收效极大”。
同日蒋介石派国防部第三厅副厅长许朗轩携蒋的亲笔信及“放弃徐州，固守淮河”的方案到葫芦岛，征求杜聿明意见，并请他到蚌埠指挥。杜表示同意，但要待葫芦岛部队撤退完毕后才能赴蚌埠。
同日晚，发出淮海战役预先号令。
11月4日2时，中共中央军委电示粟裕、陈士榘、张震：“苏北十一纵宜速开宿迁以北，并派部早日向碾庄、大庙线扰击，吸引八军向南应付。”同日9时，粟裕、陈士榘、张震致韦国清、吉洛电，对苏北兵团执行中共中央军委指示作出布置，指出：“总之，十一纵（胡炳云、张藩）作战任务应使用于运西战场，以便与七、十、十三、江淮部队造成围歼李弥兵团及攻击徐州之态势，坚决阻击李邱兵团之东援，使我取得时间，全歼黄兵团。”
同日辰时，发出《华东野战军淮海战役攻击命令》，命令各部于11月6日夜由集结地出击，于8日晚统一发起战斗。
同日巳时，与谭震林发出致第三、两广纵队并报陈毅、邓小平、中共中央军委电：决定于11月8日晚按原计划发起战斗，并于7日晚分别袭歼郯城、马头、邳县、岔河、峄县守敌，以扫开前进道路，控制渡口架桥，并二路开进投入战斗。三、广两纵并冀鲁豫军区武装亦应于6日晚同时向砀山外围之敌发起战斗，以免暴露我主力企图。
同日蒋介石派参谋总长顾祝同到徐州布置“徐蚌会战”。11月5日，顾祝同在徐州“剿总”召开军事会议，传达蒋介石的意图，决定将部队集结于津浦路两侧地区，放弃海州、连云港，黄百韬兵团向徐州撤退。
11月5日4时，中共中央军委致陈毅、邓小平电，询问：“在黄维大约十七日左右可到蒙城的条件下，你们与三纵协同攻刘汝明有利，还是以三纵钳制刘汝明，你们单独攻蒙城有利，还是直接打宿县有利？”同日23时，陈毅、邓小平复电：“我们决心先打刘汝明”。11月6日2时，中共中央军委复陈毅、邓小平并告粟裕、陈士榘、张震电：“同意你们三五天内首先解决刘汝明的方针”。
同日16时，发出致季平信，谈华野随营学校领导问题。
同日徐州“剿总”司令官刘峙令李延年所部四十四军撤出海州、连云港，归第七兵团司令官黄百韬指挥；令黄百韬掩护四十四军西撤。
11月6日晨，率领华野指挥机关进至山东临沂。各纵队已全部展开，进入攻击准备位置。获悉敌第四十四军有向西撤退到新安镇可能，潜伏于冯治安部的共产党员何基沣、张克侠在发动起义上更趋积极等情况，决定提前两天发起攻击。当天戌时，将作战部署上报中共中央军委、陈毅、邓小平等。电报说：“淮海战役决仍按已定方针执行”，今晚即以鲁中南、第六、第七、第十纵队扫除前进方向之敌，以第三、两广纵队及冀鲁豫独立旅向丰县、砀山线前进，扫清外围之敌。令淮海、滨海地方武装配合苏北兵团一部接收新海，控制连云港，使第四十四军不能迅速与黄百韬兵团配合作战。对黄百韬兵团，11月8日晚“完成分割包围，展开攻击”。中共中央军委于11月7日20时复电：“完全同意鱼戌（6日戌时）电所述攻击部署，望你们坚决执行。非有特别重大变化，不要改变计划，愈坚决愈能胜利。在此方针下，由你们机断专行，不要事事请示，但将战况及意见每日或每两日或每三日报告一次。”
同日寅时，中共中央军委致粟裕、陈士榘、张震并陈毅、邓小平电，指示：“你们对冯治安部之抵抗者及游移不决者，应取坚决歼灭手段，以便迅速夺取临（城）、韩（庄）、峄（县）、台（儿庄）、贾（汪）、柳（泉）地区，威胁徐州。仅对其决心起义者，则取超越前进方法，将其留在后面。”
同日4时，中共中央军委致刘伯承、陈毅、邓小平、粟裕、谭震林、陈士榘、张震电，指示：“从八日起，望你们每日或每两日或每三日报告战况一次。
我们将根据你们的报告酌量发布新闻，以励士气。”
同日华东局致中共徐州市委并粟裕、唐亮、谭震林、王建安电：在淮海战役作战期间，徐州市委直接受华野前委领导。
同日下午，国民党军第七兵团司令官黄百韬召开紧急军事会议，布置于11月7日向西撤退。
11月7日得知国民党第四十四军确已撤离新浦、海州、连云港，隐蔽在冯治安部的共产党员何基沣、张克侠即将率部起义，又得到徐州敌军正布置南撤的情报，联系辽沈战役胜利后的全国战局，分析战争发展趋势，认为淮海战役发展为南线战略决战的时机已经成熟，不论战局如何发展，孤立徐州、截断徐州之敌陆上退路甚为必要，这样更有利于今后的渡江作战。从9时到13时，与陈士榘、张震连发三电：一电给陈毅、邓小平并报中共中央军委、告谭震林，建议陈、邓令豫皖苏军区部队破击津浦路徐蚌段，力求控制一段或游击控制。二电给华东局并报中共中央军委，建议由华东局派人统一组织领导接收新浦、海州、连云港工作。三电给谭震林、王建安并报陈毅、邓小平、中共中央军委、华东局、中原局，判断淮海战役发起后，“有提前夺取徐州或孤立徐州，使敌不能南撤可能”，认为“目前主要关键为能否全歼黄（百韬）兵团，同时作下一步准备”，指令第七、第十、第十三纵队乘冯治安部起义迅即直出陇海线，会合苏北第十一纵队及江淮军区两个独立旅，由谭震林、王建安统一指挥，分割包围李弥兵团，截断其向徐州退路，并逐次歼灭之；建议中原野战军主力在歼灭刘汝明部后，直出津浦路徐蚌段，截断徐州之敌退路，使李弥、邱清泉两兵团不能南撤；“我运东部队解决黄兵团后，即以一部加入运西，歼灭李（弥）兵团，主力则协同中原军攻击徐蚌段，孤立徐州。尔后，或继续歼灭黄维兵团（可能回撤）或歼灭蚌埠之孙元良兵团（可能收缩蚌埠），或者夺取徐州，当依实况再定”。中共中央军委于11月8日7时复电指出：“估计及部署均很好。”陈毅、邓小平、陈赓于11月8日10时复电：豫皖苏三个团原定七日夜开始破击宿县南北铁路，尚未得报告。我主力即出宿县及其以北。