1月7日与陈毅、陈士榘、唐亮联名发布命令，规定各部在鲁南战役中的缴获和俘虏上交统一处理，指出：“此种人员装具资材如能为我很好争取组织教育管理掌握，即可以组成我野战军快速纵队，成为我军现代化建设中技术上的基础，成为人民革命武装的优良资本与歼灭反动蒋军的有力工具，这对我军进入反攻及中国和平民主事业的保证是有极大意义。”
同日中共中央军委连发三电给陈毅、粟裕，指示：“尚须准备第三步作战，以期解决五十九师及五十一师，收复台、邳、峄、枣，创造战场，利于尔后向西南发展”。“如果冯部有较强战斗力，你们应集中兵力首先解决七十七师，然后再打他部，不宜分散兵力同时打几处”。“如你们感觉现在手中兵力不够，请考虑从震林那里抽调主力一部北上参战，以便集中最大兵力彻底解决问题，而沭阳则在不能保守时准备暂时放弃之”。
同日中共中央军委致陈毅、粟裕、刘伯承、邓小平、聂荣臻、萧克、陈赓、谢富治电，指示：利用俘虏建立炮兵。
同日午时，谭震林、刘先胜、张元寿连发两电给陈毅、粟裕并中共中央，报告苏北敌情和我军集结位置，决定集中主力于运动中歼灭欧震集团。中共中央军委于1月8日复电指示：打欧震时，要集中全力歼敌两个旅，打彻底的歼灭战。陈毅、粟裕于1月9日复电指出：敌分路北犯，应集中力量歼其一个旅。
1月9日陈毅、陈士榘致中共中央军委电，报告：冯治安部西撤，抢渡运河时机已过，决定集中主力首先歼灭峄县、枣庄之敌，粟已去前线指挥。
同日酉时，发出致中共中央军委、刘伯承、邓小平并张云逸、黎玉、谭震林、刘先胜电，报告：“我于昨晚与陈（毅）分开，到峄（县）枣（庄）前线”，部队“今晚开始攻峄县及枣庄外围之敌”。
同日发出致陈士榘、陈锐霆转陈毅、唐亮的信，报告峄枣作战部署，并说：“我们位于南鲍庄（大官庄东南三里）附近指挥，与叶（飞）纵、王（建安）纵、陶（勇）师分别沟通电话联络”。
1月10日未时，中共中央军委致陈毅、粟裕电：“（一）当面敌军分布及战况如何。（二）如你们能于数日内歼灭冯部并夺取峄枣，则可推迟十一师前进时间，以利部队获得休整，然后再打十一师。（三）李延年欧震两军相当强大，震林所部准备打欧震，此时是否合宜，是否暂时不打，待打冯结束后再行决定为宜”。
同日国民党军攻陷沭阳。
1月11日中共中央军委致陈毅、粟裕、谭震林、张元寿电，指示：“沭阳失守无关大局，且有利于引敌北上作战。但目前谭张所部似宜加紧补训，不必急于打仗，待峄枣战役结束（部队亦需短期休整），欧震等部超过沭阳、东海之线向北，那时可以考虑集中最大兵力歼灭欧震集团。”
同日晨，指挥第八师攻克峄县，全歼守敌。随即进城了解利用爆破技术攻城的经验，并向枣庄攻城部队第一师通报。率领指挥所冒雪前进至枣庄附近。
同日辰时，陈毅、陈士榘发出致中共中央军委电，报告已经攻克峄县，正围攻枣庄。
同日12时，中共中央军委电示陈毅、粟裕：攻克枣庄后，或即寻歼冯部，或全军转入休整。同日又电示：为准备举行新的大歼灭战，在峄枣战役结束后，全军休整两三星期。
1月12日发出致中共中央军委、陈毅、张云逸、黎玉并刘伯承、邓小平电，报告已停止攻击冯治安部，集中兵力歼灭枣庄之敌第五十一师。如枣庄顺利攻下，沭阳方面之敌又未继续北进，第七十四师果调徐州，则继续攻歼临城之敌第二十师两个团，并歼其援军。尔后休整，以便集中全力回击欧震集团或第十一师、第七十四师的联合进攻。已决定谭震林所部避免与欧震集团单独决战。
同日午时，陈毅、陈士榘致中共中央军委电，报告：现计划继续留在临枣线作战，以调动薛岳在徐州集结兵力。打下枣庄之后，相机打击临城川军三个团。如整编第十一师、冯治安部、整编第六十四师来增援，则就地歼灭之；不来增援，则就地整训，准备大战。
同日华东野战军第一师部队向枣庄之敌发起总攻。
1月14日亥时，中共中央军委致陈毅、陈士榘、粟裕电，指示：“文（12日）电悉。计划甚好。鲁南胜利，局面打开，我已争取主动，敌已陷于被动。数部敌军正向徐州附近调动，如我攻占临城，还可能有几部敌军被调北上，利于我以鲁南为基础各个歼灭之。你们攻临城时仍须集中优势兵力，准备歼灭六十四师之增援队。临城作战完毕，如南面敌军未动，全军休整两三星期，极为必要。”
同日在枣庄前线召集攻城部队指挥员开会，研究攻坚战斗失利的原因，决定改进攻坚战术，采取连续爆破的办法，突破敌人的防御工事。
1月15日发出致陈毅、张云逸、黎玉、张鼎丞、邓子恢、谭震林并报中共中央电，申述攻占枣庄的决心和理由：“（一）打开枣庄后，减少今后西南顾虑，且可开辟西南战场和鲁南粮道；（二）如不攻占枣庄，将增敌守备信心，增加我军攻坚困难，于士气、民气也不利；（三）打开枣庄，威胁临韩、运河线，对徐州威胁甚大，对刘邓配合较好。”
1月16日晨，发出致陈毅、张云逸、黎玉、张鼎丞、邓子恢、谭震林并报中共中央电，报告：已全歼齐村之敌，继续攻歼枣庄之敌。攻枣庄拟只使用四个团，其余部队抓紧时间休整，以便应付新的战役。
同日陈毅、陈士榘致中共中央军委并刘伯承、邓小平电，报告：“张（云逸）黎（玉）张（鼎丞）邓（子恢）正在山东商讨华东部队整编及行动问题。
饶（漱石）已到泰安，日内可到临沂，并来前方”。“粟（裕）在枣庄附近指挥”。昨已攻克齐村，数日内可完成歼击五十一师的任务。“我华东军于打枣庄后急需略事休整，尔后拟南下打欧震及七十四师。对王耀武在北面的侵犯，只能派四、九师回援，并由我胶济线部队出动牵制之”。
同日国民党军欧震集团分路向淮北新安镇、阿湖等地进犯。
同日陈毅、粟裕、谭震林、陈士榘电示华野南线部队，以积极防御阻止敌军北进，并以一部兵力坚守新安。1月17日、18日又连发四电，指示第七师、第九纵队以及第六分区部队以积极的运动防御阻敌北进，第二纵队抓紧整训。打下枣庄后布置新的会战。
1月17日中共中央军委复陈毅、陈士榘、粟裕1月6日电并告华东局：
“攻克齐村，甚慰。再以数天时间攻克枣庄甚为必要”。“除攻枣庄之四个团外，其余休整已一星期，震林指挥各部则已休整近一个月，大约再有一星期至十天左右时间，即可开始打欧战役”。“你们应以歼灭欧震六个旅至八个旅为目标，集中四十五个团左右，事先开一干部大会（半天至一天开完），准备以连续多日之战斗，打更大之歼灭战”。同日又电示陈毅、粟裕：“如果你们感觉打欧震需要集中更大兵力，则四、九两师可否留一个师，打完欧震再回鲁中”。
1月18日国民党军第七十四师攻占新安镇、阿湖。
同日中共中央军委致陈毅、陈士榘、粟裕、谭震林电，指示：“毫无疑义，薛岳必和我军争夺陇海台枣两线，你们必须准备在这两线打几个大歼灭战，开辟向南进攻的道路。目前除以一部打枣庄外，主力立即准备打欧震，以歼灭欧部八个旅为目标，务于一星期内准备完毕。”1月19日又电示：“欧震集团北进甚速，数日内即将占领陇海线。如果各部准备不及，不能歼敌于立足未稳之时，则率性推迟至两星期以后发起歼击，以期准备充分，一举解决欧军大部至全部似较有利”。
1月20日指挥第一师等部对枣庄之敌发起总攻，全歼守敌整编第五十一师，生俘中将师长周毓英以下13万余人，枣庄战斗胜利结束。鲁南战役第二阶段，包括峄县战斗和枣庄战斗，共歼敌53万余人。1月21日辰时，发出致陈毅、饶漱石、张云逸、黎玉并报中共中央军委、刘伯承、邓小平并告谭震林、刘先胜、张元寿电，报告枣庄战斗战果。
1月21日中共中央军委致陈毅、粟裕、谭震林电：“（一）枣庄攻克，五十一师全歼，甚好甚慰。望对有功将士予以嘉奖。（二）从攻克枣庄翌日起，全军整训两星期，集中一切力量歼灭欧震。（三）三十五天内你们歼灭第六十九、第二十六、第五十一等三个整师，取得空前大捷。主要缺点是未能于宿北、鲁南两役中集中山野、华野全力于一个战役，而被欧震、李延年牵制了我军二十个团以上，否则胡琏冯治安两部已被歼灭。今后打欧震务必集中五十个团于一个战场上作战。对台徐临方面仅用地方游击队监视即可。”
1月23日由枣庄前线返回郯城以北的前海营华东野战军指挥部。
同日与陈毅、陈士榘发出致中共中央军委、刘伯承、邓小平电，报告：
“我们集议后，饶（漱石）、张（云逸）诸同志昨回临沂部署苏鲁地方机关的合并，我们在前线部署整编部队，成立华东野战军，并准备休整两星期打欧震部。
蒋（介石）、薛（岳）可能调集大兵向我组织新攻势。我在其新攻势前先打欧震或待其新攻势组成再打，当依据本身休整准备及当时具体情况决定之。”同日制订《华东野战军整军计划方案》。
1月24日中共中央致陈毅、饶漱石及华东局并告刘伯承、邓小平电：“我们已令刘邓缩短内线作战时间至四月底为止，准备五月开始（包括休整时间在内）向中原出动转变为外线作战。华东方面亦请按此计划办理，努力争取于五一以前在内线解决蒋军主力，并完成外线作战的一切准备条件”。
1月25日以华野指挥部为基础，加上山野指挥部一部，组建华东野战军指挥部。1月26日，与陈毅、谭震林报告中共中央军委并刘伯承、邓小平：“我们今后均同住华野”。27日再报：“山野、华野已统一指挥”。
1月26日与陈毅、谭震林发出致中共中央军委并刘伯承、邓小平电，报告：国民党军有“集结更大优势兵力与我在鲁南会战”企图，现集结于陇海新安镇一线者十七个旅，集结在临城至台儿庄一线者八个旅。“我们可以集结五十个团在鲁南进行决战”，拟先打右翼之敌第二十五、第六十五两师，再引诱第七十四师、第十一师北进予以歼击。中共中央军委于1月27日复电指示：“先打右翼较弱之敌很好”。“总以多打弱敌孤立强敌为原则”。1月28日又电示：“如果陈诚之进攻确将于二月上旬或中旬举行，我军似以待其进攻时再打为有利”。1月31日再次电示：“我军方针似宜诱敌深入，不但不先打陇海路，即敌至郯马地区是否就打亦值得考虑，似宜待其进至郯马以北发起全力歼击，可连续打数个大歼灭战，使自己处于完全主动地位，丝毫不陷于被动”。“此次蒋军孤注一掷，我军必须有全盘计划，准备以连续作战歼灭其十个旅左右，便可彻底打破其进攻，而这是完全有把握的”。
1月27日中共中央通报：“蒋国防部计划进犯鲁南进行一会战。陈诚已于十七日令湖北、贵州调七个师，苏北胡琏之十一师，将为进攻主力。闻现位于大名之王敬久部所率三个师，将东开出击我刘邓部。”1月下旬，蒋介石派参谋总长陈诚到徐州主持召开军事会议，制定“鲁南会战”计划，决定集中30余万兵力，从陇海线东段和胶济线西段南北分进合击，企图在鲁南消灭华东野战军主力。1月31日，南线国民党军9个师分三路开始向北进攻，北线国民党军3个军南下莱芜、新泰地区。
同日由起义伪军改编的华中民主联军总司令郝鹏举率部叛变，被国民党军改编为第四十二集团军，位于连云港以西之白塔埠地区，担任进攻鲁南临沂的侧翼掩护任务。2月4日，与陈毅、谭震林致中共中央军委电，报告拟于郝鹏举叛军北进时予以歼灭，但不因之妨害歼灭陈诚、薛岳部队的主要任务。2月6日，指令第二纵队发起讨郝战斗。此战于2月7日胜利结束，全歼郝鹏举总部及第二、第四两师，生擒郝鹏举。
1月下旬参加中共华东野战军前敌委员会在临沂附近召开的扩大会议。
1月下旬陈毅、粟裕召见特种兵纵队司令员陈锐霆，谈特种兵纵队建设的方针问题。
2月1日中共中央发出《迎接中国革命的新高潮》的指示，指出：“为着彻底粉碎蒋军的进攻，必须在今后几个月内再歼蒋军四十至五十个旅，这是决定一切的关键。为达此目的，必须充分地实行去年十月一日中央关于三个月总结的指示和去年九月十六日关于集中兵力各个歼敌的指示。”要求各地加强军队建设、土地改革和生产等项工作，以争取革命高潮的迅速到来。
同日与陈毅、谭震林、陈士榘发出致中共中央军委并刘伯承、邓小平、张云逸、饶漱石、黎玉电，报告华东野战军编制方案，提出：“拟将原山野、华野主力统一组成华东野战军，并以华野指挥部为基础，加上山野指挥部一部，组成华东野战军指挥部”，所属部队分别编为第一、第二、第三、第四、第六、第七、第八、第九、第十、特种兵共十个纵队。中共中央军委于2月3日复电：“同意丑东电十个纵队的编制”。同日，华东野战军发布命令，宣布新四军兼山东军区与华中军区合编为华东军区，山东野战军、华中野战军及山东军区主力部队合编为华东野战军，新四军、山东军区、华中军区、山东野战军、华中野战军番号撤销。
同日亥时，与陈毅、谭震林、陈士榘发出致中共中央军委并刘伯承、邓小平电，报告：南线国民党军分三路向鲁南进攻，中路已进占郯城、马头，我华东野战军主力50个团集结在临沂东南及西南地区待机，“待情况继续变化后，再决定先歼灭二十五师（右路）或再歼整十一师（左路），此以便于达我歼灭为定”。
“已令胶东许世友部、渤海七师准备及时转至路南参战”。中共中央军委于2月3日复电指示：“你们准备先打敌右路，再打敌左路是适当的”。同日又电示陈毅、饶漱石、张云逸、黎玉、粟裕、谭震林，提出鲁南作战应注意的五点：（一）集中绝对优势兵力；（二）休整部队；（三）诱敌深入；（四）先打弱者，后打强者；（五）每次歼敌不要超过四个旅，最好是三个旅。“以上各点，当作建议，究应如何办理最为妥善，请按实情决定”。
2月3日发出华东野战军鲁南会战作战预备命令和政治动员令。预备命令说：“为造成敌之错觉，便于我各个歼灭进犯敌人起见，决以正面（郯临路）阻击部队，用大力及各种方法抗击敌中路兵团，务使该路进展迟滞，而迫使敌左右两路军急进，相机歼击［其中一路］”。
同日中共中央华东局发出全面动员争取鲁南决战胜利的指示。
2月4日南线国民党军队采取“稳扎稳打，齐头并进”的方针，并未出现一路急进的态势，而且三路敌军有互相靠拢之势。同时，北线李仙洲集团乘虚南下，企图南北夹击华东野战军，其第四十六军及第七十三军、第十二军各一部已进至莱芜、新泰地区。
同日辰时，与陈毅、谭震林致中共中央军委并刘伯承、邓小平电，报告：
南线之敌前进甚稳重，有待第五军到达后再作第二步进攻态势。已部署在其第二步进攻时各个击破。但可虑者，如第五军与第十一师、第七十四师齐头并进，则难以达成各个歼灭的任务。中共中央军委当天复电指示：“不管邱军到鲁南否，敌愈深进愈好，我愈打得迟愈好；只要你们不求急效，并准备于必要时放弃临沂，则此次我必能胜利”。