一
南方陷于四分五裂的状态，陈霸先的梁朝朝廷政令只能传达到建康及其周边地区。北齐占领了淮南，西魏占领了巴蜀和汉水流域；长江中游存在江陵的后梁、湘州的王琳两大政权。其中王琳被中游诸将推为盟主，集结军队，对陈霸先非常不友好。不过最先对陈霸先发动进攻的是江东各郡。
王僧辩的弟弟吴郡太守王僧智得知哥哥的死讯，联合吴兴太守杜龛、义兴太守韦载反抗陈霸先。陈霸先派遣周文育东征，进展很不顺利，在义兴和叛军僵持了起来。陈霸先留下侯安都守建康，亲自领兵去江东镇压叛乱。他劝降了韦载，又击退了王僧智，形势一片大好。不想，真正的危险在后方！陈霸先亲自东征后，谯秦二州刺史徐嗣徽和南豫州刺史任约看到建康空虚，合兵偷袭建康，迅速占领了石头城。侯安都退守台城，向陈霸先告急。
当时，江东还有吴兴郡没有收复。不过，陈霸先顾不上了，昼夜行军，赶回建康。
建康的情况还在恶化。徐嗣徽、任约的叛乱不是单独事件，事先勾结了北齐。北齐早就对陈霸先攻杀王僧辩拥立萧方智不满，对虚弱的江南虎视眈眈，如今得到叛军相助，岂能错失良机？齐军迅速在绍泰元年（555年）十一月渡江占领姑孰，与石头城的徐嗣徽、任约相呼应。叛军仗着齐军的支持，猛攻台城。陈霸先及时赶到，亲自带兵上阵，打败了叛军。
徐嗣徽、任约大概是怕了陈霸先，留齐军江陵柳达摩守石头城，二人前往采石迎接北齐援军。他们打算联合齐军，再杀回建康。
陈霸先抓住这个难得的空隙，一边组织反攻石头城，一边派遣侯安都偷袭徐嗣徽的老巢秦郡。侯安都一举得手，将在秦郡缴获的战利品，包括徐嗣徽的生活用品，派人送往徐嗣徽。徐嗣徽大为震惊，已经在心理上输了一阵。在建康城中，陈霸先猛攻留守的柳达摩部队，连赢了几场。徐嗣徽、任约引导齐兵一万多人返回建康，增援石头城，被侯安都的水军击败。陈霸先再次猛攻石头城，柳达摩心惊胆战，主动求和。陈霸先虽然赢了几场，但都是战术上的胜利，并没有扭转战场局势。齐军已经登陆江南，又有叛军相助，占据战场优势。因此，陈霸先同意与柳达摩和谈，达成协议：齐军撤出石头城，双方停战；南梁向北齐遣送人质。陈霸先派遣了侄子陈昙朗和梁元帝萧绎的孙子、世子萧方等的长子萧庄两个人渡江北上，作为人质。建康军民屡遭战火，迫切希望和平。陈霸先此举，赢得了建康内外的一片赞扬声。
可是，这只是暂时的休战而已。柳达摩率军撤回后，被高洋处死。在高洋看来，战场优势在自己手里，柳达摩自作主张，放弃了石头城这个重要据点，该杀！不过，高洋也没有立即重启战火，而是利用休战，调兵遣将，以大将萧轨为大都督，会合徐嗣徽、任约等部叛军，准备发起新一轮的猛攻。陈霸先也没闲着，抓紧时间处理江东乱局。幸运的是，侄子陈蒨、大将周文育成功攻杀杜龛，收复吴兴郡，又在第二年初攻破会稽郡，杀死不听命的东扬州刺史张彪。至此，江东地区全部被陈霸先占领，成了他稳固的后方。
北齐的大都督萧轨陆续集合了十万大军，待第二年（太平元年、556年）春寒刚过，就杀向梁山（今当涂附近长江南岸）。陈霸先派侯安都在此驻军，阻击齐军。期间，陈霸先还亲临前线犒军。相持到五月中旬，齐军舍弃梁山，从芜湖出发，走旱路向建康推进，月底即推进到建康城下。台城城墙下都出现了零星的齐军侦察兵。大战的阴霾再次笼罩建康。陈霸先紧密命令梁山的侯安都等军撤回建康，收缩兵力，准备迎接空前激烈的决战。
到六月，建康被数万齐军合围，梁军逐处应战。齐军牢牢掌握着战场主动权，之所以没有发动猛烈的攻城战，主要是因为天气不佳。江南的雨季来了，连日大雨倾盆，平地积水丈余。齐军官兵都是北方人，显然不适应这样的天气，加上守卫在城墙外的营房里，士兵们日夜站在烂泥里，很多人脚趾都泡烂了。饮食也有问题，北方人很难在大雨瓢泼的环境中生火做饭，就算做出了东西也吃得很艰难。台城里面梁军的情况虽然也不乐观，但比齐军要好多了。毕竟梁军都是南方人，没有水土不服的问题。况且台城中建筑完好，排水设施也齐全，梁军官兵可以避雨休息，一场暴雨，使得实力的天平开始出现倾斜。
六月十一日，天气转晴，意味着决战的时刻来了。陈霸先决定让将士们饱餐一顿。城中缺粮，只剩可怜巴巴的一点麦饭。怎么办？总不能让将士们饿着肚子决战。幸而陈蒨从江东运往建康的二千斛米、一千只鸭及时到达。陈霸先大喜，把大米和鸭子都给煮了，又割了许多荷叶，每张荷叶里裹上满满的饭、配上几块香喷喷的鸭肉，发给每位将士饱餐一顿。梁军官兵士气大振。第二天拂晓，陈霸先赤膊上阵，带领官兵们向齐军发动全面反击。小将萧摩诃隶属侯安都麾下，侯安都激他说：“卿骁勇有名，但是千闻不如一见……”萧摩诃不等他说完，朗声说道：“今日让明公一见！”梁军以空前的勇猛，杀向齐军营寨。又累又病的齐军硬着头皮迎战。激战中，侯安都落马，萧摩诃大喝着冲杀过去，救下侯安都。侯安都脱险后，率部绕到敌后包抄齐军。齐军官兵前后受敌，四散溃逃。陈霸先指挥大军大举追击，齐军死伤惨重。数以万计的败军蜂拥到江边，可怜后有追兵、前有天堑，争相逃命，船少人多，因为互相践踏而死或者被江水吞噬的人不计其数。造反的徐嗣徽及其兄弟徐嗣宗被俘，包括大都督萧轨在内的四十六名齐军将领也成了俘虏，只有任约等少数将领侥幸逃脱。逃到长江北岸，清点人数，十万北齐大军只剩下两三万人。齐军伤了元气，丧失了南侵的实力。陈霸先取得了决定性的胜利。
高洋希望赎回俘虏，陈霸先不同意，将被俘的萧轨、徐嗣徽等人斩首号令。十三日，梁军又烧毁齐军遗留的舰船，烈焰冲天。之前的几十年，南梁官民屡次遭北方欺负，只有挨打的份儿，太需要如此辉煌的胜利来振奋人心了。陈霸先威望大涨，高洋恼羞成怒，杀害了充当人质的陈昙朗。
二
南梁最大的危险解除了，原先的内部结构就需要相应调整了。
在此过程中，陈霸先发挥了主要作用，整个朝廷政令覆盖地区都是他用长矛和鲜血重新打拼下来的。萧方智则更多是起到与北方入侵者抵抗时证明南方政权存在的象征性意义。陈霸先在起兵早期地位低微，需要扶持一个皇室成员号召南方军民与外敌作战。但是现在，陈霸先觉得没有必要保持一位虚君了，他是亲自打江山，也要亲自坐江山。于是，陈霸先选择了禅让这一通行的做法。
太平二年（557年）十月，陈霸先晋爵为陈王，以扬州的会稽、临海、永嘉、建安，南徐州的晋陵、信义，江州的寻阳、豫章、安成、庐陵等20个郡建立陈国。萧方智允许陈王陪12旒王冕，建天子旌旗，出警入跸，乘金根车，驾六马，备五时副车，置旄头云罕。三天后，萧方智就禅位于陈。陈霸先没有做什么退让，就大方地接受了。大臣们也免去了反复敦请的手续烦恼。陈霸先创下了封王之后三天就受禅为帝的纪录。新王朝国号“陈”，继续定都建康。陈霸先就是陈武帝。中国历史上朝代名和皇帝的姓氏重合的，仅此一家。
陈霸先封萧方智为江阴王，在江阴郡建国，全食一郡，行梁正朔，车旗服色，一如既往逊帝的待遇。也和往常一样，陈霸先没有让萧方智继续存活多久。558年，陈霸先派亲信刘师知去杀萧方智。萧方智躲避士兵的屠杀，绕床而跑。他边跑边哭喊：“我本不愿当皇帝。陈霸先非要我即位，现在又要杀我，这是为什么啊？”这位16岁的逊帝最后还是被士兵们乱刀砍死。陈霸先的行事没有丝毫的掩盖，倒也显得干脆利落。萧方智死后，被追谥为“梁敬帝”。萧季卿袭爵江阴王。江阴国传国至陈末。
明末清初的思想家王夫之研究君权的禅代问题。他的一个观察角度就是从政治道德上分析开国君主的人格品性。对于陈霸先，王夫之认为他的政治道德要高于魏、晋、齐、梁等朝开国君主：“陈高非忠于萧氏，而保中国之遗民，延数十年以待隋之一统，则功亦伟矣哉！”我们不能排除当时陈霸先完全没有私心，但他以敢死之心，东征西讨，客观上使南方免于战火。他的征战基本上是符合南方百姓的愿望的。陈霸先虽然篡夺了梁朝，但是梁朝的最后阶段完全是陈霸先自己打拼出来的。他的处境就类似于曹操，天下明明是我的天下，却要树原先主人的旗号。陈霸先与曹操不同的是，他扯下了这面旗帜，自己光明正大地做起了皇帝。从这一点上来说，陈霸先可谓是南朝各代开国君主中最伟岸正大的。
之前的几朝，开国皇帝篡位后，都可以安心地享受皇帝的尊荣、从容施政。但是，陈霸先当了皇帝，只是奋斗的一个中点，远不是终点。陈朝建立之初，只能算是南方地区比较大的割据势力而已。陈霸先的皇帝生涯几乎就是一部征战史。他后来又花了两年时间和南方的王琳、后梁等势力争斗，结果出师未捷身先死。永定三年（559年），陈霸先去世，葬于万安陵，年57岁。
陈霸先辛苦一生，身后遭遇却是南朝各代中最悲惨的。他建立的陈朝是南朝四代中疆土最小，实力最弱的，只能在北方的军事高压下偏安于江南一隅，毫无作为。王僧辨的儿子王颁入隋后为隋朝大将，参加了统一南方的战争。陈霸先亡后，王颁纠集父亲旧部，夜掘陈霸先坟墓，破棺焚尸，并将陈霸先的骨灰倒于池塘之中。死后惨遭掘墓焚尸在古代中国人看来，是最大的不幸了。
万安陵现在位于南京市江宁区上坊镇西北面。整个陵墓毁坏严重，只留下两只瑞兽（东面为“天禄”，西面为“麒麟”）忠诚地守护在荒野中，经历着风吹日晒，慢慢风化。“天禄”旁边有一个面积在20平方米左右的小池塘，有村姑在一旁悠闲地洗衣洗菜……
三
陈霸先死时，敌对势力环绕，内忧外患丛生，皇位的传承就成了一个敏感的难题。
陈霸先的皇后和大臣们商量后，认为国家危难，迫切需要一个有能力、有经验的长君继位，而不应该固守父死子继的老传统。他们从大局出发，封锁了陈霸先的死讯，秘不发丧，招陈霸先的侄子陈蒨还朝。陈蒨算得上跟着陈霸先创业的元老，之前和周文育在江东平定杜龛的叛乱、消灭张彪的割据，功劳不小。他还担任过会稽太守等实职，陈霸先死时正率军驻在南皖。得到召唤后，陈蒨迅速赶回建康，被拥立为新帝，他就是陈文帝。
陈霸先的死讯传开后，王琳集结军队，想趁乱推翻陈朝。陈霸先废萧方智即位后，王琳集团就要求北齐送还人质萧庄，要拥戴他为新皇帝。北齐爽快地送还了萧庄，王琳在郢州拥戴他为皇帝。此时，王琳引兵东下，陈蒨应战。天嘉元年（560年），当王琳与陈朝将军侯瑱在芜湖交战时，北周偷袭郢州。王琳腹背受敌，大败，带着萧庄逃亡北齐。北周将势力拓展到了长江中游南岸。
萧庄投奔北齐后，北齐封他为梁王，试图扶持他复辟梁朝。但不久，北齐被北周灭亡了。北周手里已经有一个傀儡了（后梁），就不需要第二个傀儡，派人暗杀了萧庄。
陈蒨继续向中游进军。侯瑱、侯安都等人力战南下的北周，在当年年底收复了湘州等地。岭南的广州刺史萧勃，是陈霸先的老上级，见陈霸先发达了，心里很不舒服。听到陈霸先死讯后，萧勃举兵不从。陈军挟得胜之威，南下讨伐岭南。萧勃兵败而亡。陈朝至此保有长江中下游的南岸全部，是南朝时期辖境最小的一个朝代。陈朝有条件安心施政了。陈蒨励精图治，整顿吏治，注重农桑，兴修水利，是南朝历代皇帝中少见的有为之君。期间，陈朝政治清明，社会经济得到了一定的恢复，国势比较强盛。
天康元年（566年），陈蒨病逝，长子陈伯宗即位，史称废帝。
陈伯宗年轻，国事都委托给叔叔安成王陈顼。陈顼掌握大权，都督中外诸军事，国家大事都决于他手。尚书仆射列仲举、中书舍人刘师知等人发觉陈顼有野心，图谋夺取陈顼大权，失败后遭到屠杀。陈顼进一步专权，在光大二年（568年）以皇太后的名义废陈伯宗为临海王，自立为帝。陈顼就是陈宣帝。他宣称这是陈霸先的“遗志”。
陈顼是陈蒨的弟弟，颇有哥哥的遗风。他兴修水利，开垦荒地，鼓励生产，社会经济得到了一定的恢复与发展。他是陈朝在位最长的皇帝，在位十四年，期间国家比较安定，政治较为清明。
陈顼时期最大的事件，无疑是太建五年（573年）开始的北伐。经过几十年的演变，北齐国势大减，陈顼起了收复淮南的雄心。他命令吴明彻为都督，领兵十万征讨北齐。齐军应战。陈朝猛将萧摩诃一马当先，击斩齐军善射者和大力士十余人，齐军大败。陈军收复历阳、合肥、秦州等地，从长江逼近淮河。北齐派南梁降将王琳镇守寿阳，抵抗陈朝。吴明彻采取梁武帝萧衍的方法，拦河筑坝，引水灌城。北齐派出数十万军队援救寿阳，距寿阳三十里扎营，不敢与陈军接战。吴明彻猛攻寿阳，俘虏王琳，送到建康斩首。淮河以南的北齐政权或逃或降，陈朝顺利收复数十城。南北边界恢复到了梁朝初期的情况，隔淮河对峙。没几年，北齐亡于北周，华北地区剧烈动荡。陈顼进一步萌生了收复淮河以北领土，饮马黄河的雄心。他没有在北周进攻北齐之时“趁火打劫”，却在北周统一北方后才出兵淮北。结果，陈军败于周军，非但饮马黄河的宏伟蓝图没有实现，还招惹周军渡过淮河南下，占领了淮南地区。北伐的成果丧失，陈朝国势也遭受重创。长江以北再度沦落敌手。
太建十四年（582年）陈顼病逝，传位太子陈叔宝。陈叔宝就是陈后主。
陈叔宝的弟弟、始兴王陈叔陵是个粗鲁残暴的家伙。他除了贪恋女色，最大的爱好就是盗墓，尤其是盗挖名人墓葬，窃取不义之财。就连东晋名臣谢安的墓地也惨遭陈叔陵的毒手，陈叔陵还将谢安的棺柩抛弃，霸占土地来安葬自己的母亲。（也可见当时谢家已经败落。）陈叔陵一直有篡位之心，计划在父亲的葬礼上杀了陈叔宝，自立为帝。
陈宣帝的灵柩停在宫中，陈叔宝在灵前大哭。陈叔陵突然拔出刀来砍向哥哥，一刀砍中陈叔宝的脖子。异常幸运的是，不知道是陈叔陵力气太小，还是那把刀太钝，竟然没有深入脖子内部。陈叔宝扑倒在地，陈叔陵正要补上一刀，陈叔宝的生母柳后救子心切，冲上来阻止。陈叔陵又砍倒柳后。陈叔宝的乳母吴氏抱住陈叔陵胳膊，陈叔宝慌忙爬起来逃出殿堂去。四弟、长沙王陈叔坚将陈叔陵擒住。陈叔陵奋力挣脱，逃出宫门。
陈叔陵一不做，二不休，赦免囚犯，武装起来，又召诸王和诸将，要和陈叔宝拼个你死我活。可惜无人响应。陈叔宝命大将萧摩诃率步骑数百人去讨伐。陈叔陵企图招降萧摩诃，遭到拒绝后知道大势已去，先逼迫妃子张氏及宠妾七人跳井自杀，自己带上步骑百人想突围投降隋朝，中途被萧摩诃截获。陈叔陵被斩首，诸子赐死，亲信一并伏诛。陈叔宝在平定内乱后，安全继位。他将陈叔陵的王府改成猪圈，下令将谢安的墓地归还给谢家。
登基后，陈叔宝因为脖颈被砍受伤，在殿中养病，屏去诸姬，只留贵妃张丽华随侍。这段病中经历，让陈叔宝非常宠信张贵妃。陈朝自陈霸先开国以来，很少关心宫廷生活，内廷陈设很简陋。陈叔宝认为后宫过于朴素，开始大兴土木，采选江南美女。在一片热热闹闹的安乐气象中，陈朝迈向了衰落。