鉴于道光以来增设新科（包括在常科中加入新科和专设特科）之议屡次受挫，一些官员考虑先将科举考试程序稍微变通，待成效显著后再独立设科。1887年4月18日江南道监察御史陈琇莹奏：为避免因设科争论“交讥互病”，使留心西学者难获选拔机会，只要在岁科考试时报习算学卷面，于经古之外，加试算学，即使正场文字稍逊也宽予录取；乡会试在第三场仿照翻译乡试例，加策问五题，专试算学，另编字号，于原有定额外酌取数名。中式后请予京职，遇有游历官员缺，令赴外国书院学习，学成后在总理衙门及各海关、驻外使节任职。他强调“如此虽不必特设专科，其学则参究中西，实事求是；其职则多居清要，进非他途，不至为时论所轻”。“下届中式者，即源源继往”，待人才兴盛，再开设专科。
陈琇莹的主张，避开了既往纠缠不休的设科争议，仅将科举常规取士适当调整，放宽限制，使算学人才亦可通过一般科举考试而获得晋升之途，虽未立算学科之名，却有不废旧章而收纳新才之效，朝廷和考生双方各得其所，堪称务实。慈禧对此十分重视，颁布懿旨，将折交由都察院会同吏部礼部“妥议具奏”，醇亲王奕譞一并参加讨论。1887年5月20日，奕譞等奏：同治五、六年，总理衙门已奏准仿照同文馆定章，学习算学人员三年学成后准其参加乡试（八旗作为翻译生员，汉人以监生资格参加考试），“至乡会试场取士，向有成法，事关典礼，难于率议更张”。并历数既往请开特科的诸多建议，均“先后部议，皆以格于成例中止”的事实，强调“臣等就原奏所陈，公同商酌，试士之例，未可轻议变更，而求才之格，似可量为推广”，即在不增设科目的前提下，允许学习算学之人参加乡试。“如此则搜求绝艺之中，仍不改科举得人之法，似亦鼓励人才之一道。”懿旨“依议”。希望在不变旧制的前提下而得新机。
有人或认为该折标志着算学科的增设，庆幸西学内容已经纳于科举，其实不然。首先，陈琇莹原奏的前提是“不必特设专科”，而仅在考试程序中略予变通。其次，算学并非纯粹西学，中国古已有之，它虽在近代增加了西学的部分内容，但仍只是与文学相对的实学，同文馆设算学科的争论可资佐证。复次，会议的结果，并未正式将算学科目容纳于既定的科举程序，考试算学只是在岁科或乡试之前，而且在总理衙门进行。唯一的进展是报考算学者得以正式考生的身份参加科举乡试，且另编字号，可于既往定额外酌取数名。这样表面看似符合陈琇莹的初衷，“将明习算学之人归入正途考试，令由科甲出身”，可是条件过于严苛，未必能有实效。因未能单独设科，报考算学者所谓加试算学的前提，是岁科试中必须与其他应试者一道，在正场先考试四书经文诗策；乡试前则先到总理衙门考试算学、时务，经过筛选，再入乡试考场，“与通场士子一同试以诗、文、策问”，合格者才能录取。概言之，不单独设科，考试算学者非但没有任何优惠，反而比其他乡试士子加多了考试程序和内容，等于要求考生中西学俱佳。这样一来，自然使许多有心改弦更张的向学之人望而却步。
由于清廷始终不肯在科举的老树上嫁接新枝，对当时习新学者应试科举缺少实质性鼓励措施，故成效甚差。这次会议结束一年后，总理衙门将各省生监及同文馆学生试以算学题目，共录送32人，由顺天府统于卷面加印算学字样，按照20名以上取中1名的规定，当年乡试只取中1人。第二年，因投考者仅15人，与20名以上取1名的定规不合，总理衙门奏请“应与监生一并散归南北中皿字号，一体应试，以免向隅”。
自祁贡倡开五科至潘衍桐奏开艺学科，历经四朝，时间延绵42年之久，各种意见方案屡屡由部院大臣会议讨论。认真审视礼部及总理衙门议复的内容，以下问题始终没有解决：首先，观念上对西学仍存怀疑鄙视，认为雕虫小技，既是末艺，便不能列于科举正途，更不能因此而让科举改制。因此，考试取才的标准不能改变，但在实际使用中，有实学才能或西学特长者，可以得到任用。所谓“试士之例，未可轻议变更”，“求才之格，似可量为推广”是也。其次，科举重在检测文字文法，其既定程式难以反映实学的多样性。无论建议者还是决策者，受限于知识积累和阅历，无法找到一种较好的兼容形式，以适应社会变化所产生的现实需要。一些方案的主要内容，集中于论证另设科目的必要性，而对具体操作的设计，过于简单粗略，缺乏切实可行的步骤。因此，“求才之格”与“试士之例”难以统一。
甲午战前的议改科举，基本以增设算学或艺科为基本取向，相关议论与决策，多从洋务的角度，围绕及配合洋务活动的人才需求标准，提出调整改革方案。其时清廷内部缺乏紧迫感，对西学与西制的认识相当肤浅，对西学人才仅作器用，缺乏应有的重视，不予认真提倡。算学和洋学等新科，本应增设科目，正式列入科举考试，从而广开中学西才并进之途，但礼部对于求变心存抗拒，总理衙门则畏惧非议，其结果，导致即使在同治中兴与光绪初年洋务大行其道之时，通过增加科目来充实和改造科举，以纳实学和西学于科目的努力仍终归无望。
三、经济特科
甲午战败的刺激，令朝野上下震惊之余，也多了几分清醒，向清廷提出变革科举以抵御外侮的建言渐多。新疆巡抚陶模于1895年6月3日上《培养人才疏》，强调人才是国家强弱的重要标志，并提出：“可否专设算、艺二科，钦派大臣特试，仿照翻译举人进士之例，不必兼试诗文，庶专门各家，各得自见”。这一方案最具实质性的进展，是继1884年潘衍桐奏请特开艺学科遭罢议11年后，再度提出增加实学科目，以改革既有科举程式，促使急需人才应世而出。尽管洋务时期习算学者亦许参加乡试，但须与其他考生一道“同试诗文”，还要考试各种内容繁杂的西学课程，“安有此奇才，一人而兼众长乎？”这不仅对考生不公平，更无益于新学的提倡与推广。陶模所提增加算学、艺学两科，其考生“不必兼试诗文”的建议，虽然仍沿袭道光以来通过增加科目使科举包容新学的思路，可是考试内容已中西分途并行，标志着甲午战后议改科举进入新阶段。
清廷因甲午战败的压力，不得不作出一些顺应民意的改革姿态。1895年7月5日上谕，要求京官与外官举荐通达时务、精于各种专门实学的人才。而危难之世，去奢华之风，倡实用之学，逐渐成为先进国人的共识。1895年7月，文廷式与皮锡瑞商议在江西倡开格致书院，“课以有用之学”，分设文学、政事、言语、艺学、格致、杂学、陆军、海军等科。按照学堂方式教授新学内容的新式书院，向民间扩展了西式教育。胡燏棻建议裁改书院，设立学堂，虽未触及科举制度的变革，却是提倡实学的有力措施。1896年7月，山西巡抚胡聘之、学政钱骏祥奏请变通书院章程，希望在书院增加天算、格致等课程。不久，刑部左侍郎李端棻又上折奏请推广学校。学堂的设置及书院课程的变化，使得修习新学之人日渐增多，为开辟科举新科目提供了相应的社会条件及迫切的现实要求。在此背景下，1896年7月，四川总督鹿传霖奏请给予其他省份西学堂学生参加乡试的资格，对未参加乡试而学业出众之人，则给予实官奖励。
1896年，大学士孙家鼐总结此前兴办西式学堂的教训，看到了问题的症结，即“求才”与“试士”不能割裂，因而特别强调：“中国素重科目，不宽予以出身之路，终不能鼓舞人才”。其解决办法，一为增加科举应试科目，立时务科，包含算学在内，使学堂学生可以获得参加科考的资格和机会。二为派差，对学生应试不中者，重其所长，直接录用。三为遣送新学师资，“大学堂学生如不能应举为官者，考验后仿泰西例奖给牌凭，任为教习”，为各省新设学堂提供师资。孙家鼐借鉴洋务时期学堂教育的得失，强调专门学问的重要性，并且从学堂教育与国家经济振兴的角度，试图解决新式学堂学生毕业的出身和出路问题，以科举与学堂并行不悖的思路，打破了科举取士独尊的局面，选才标准上承认二元并存甚至并重。同年盛宣怀上《条陈自强大计折》，秉承前人思路，指出：“今不能尽改科举之制，似宜专设一科，裁天下之广额，为新学之进阶，明定功令，使文武学堂卒业者，皆有出身之正徒齐仕，进于科第，则闻风兴起，学校如林，人才自不可胜用。”也要求科举为新学和学堂开辟专门通道。
与此同时，以改科举为变法嚆矢的设想，也在维新人物的言论中表露出来。1896年10月，梁启超提出了科举变革三策，“其上策即取法三代和泰西，“合科举于学校”，以学校考试代替科举；中、下策分别为多设诸科和考试实学，并且声称：“由上策者强，由中策者安，由下策者存”。梁氏的主张，实际是将纳洋学于科举以及中西分途视为较低层次的权宜之计，而以合科举于学校为最高标的，就中西学以及科举与学堂的地位而言，可谓对前此所有改科举方案的乾坤颠倒。作为中西学地位根本变化的反映，所谓合科举于学校，只是以科举考试形式作为检验学习效果的手段，不仅学习和考试内容决非只有八股词章，更不以八股词章为选才标准。在新学仍为旧学补充的实情下，甲午战后改革科举的诸多建议，已不约而同地思考学校与科举的关系，或承袭前人增设实学科目的主张，设专科为新学进阶，或要求归并科举于学校，以学校兼容科举。尤其是后一主张，与以前截然不同，在促使人才培养及选拔方式多样化的同时，指示了在科举与学校之间权衡取舍的趋向，预示着科举存亡与新学进退密切相关。
恰在此时，贵州学政严修的《奏请设专科以收实用折》于1897年10月呈递朝廷，给科举改革带来一次新的契机。历时已久的科考增加实科的方案，终于被清廷采纳，总理各国事务衙门会同礼部奏《遵议贵州学政严修请设专科折》，同意严修所提新增经济科于科举考试的建议。1898年1月27日，上谕开设经济科目，分为常科与特科两种形式，内容由内政、外交、理财、经武、格物、考工六部分组成。其中常科的岁举，考生主要来自书院和学堂，每届乡试年份，各省学政调取新增算学艺学各书院学堂高等生监，录送乡试。“初场试专门题，次场试时务题，三场试四书文。中式名曰经济科举人。与文闱举人同场复试。会试中式经济科贡士者，亦一体复试殿试朝考”。上谕要求督抚与学政认真监督各学堂书院的教学，“该生监等亦当思经济一科，与制艺取士并重，争自濯磨，力图上进”。
新增经济科目的特科部分，应考者主要由三品以上京堂及督抚学政推荐，以其专长登记并咨送总理衙门，由总署与礼部奏请在保和殿试以策论，“复试后带领引见，听候擢用，此为经济特科”。特科每届时间不确定，或十年或二十年。“俟咨送人数汇齐至百人以上，即可奏请定期举行特科。”
按照该上谕的精神，通过新科目的设置，使学校与科举衔接，承认西学享有和中学相似的正式地位，不但以学习西学为主的书院与学堂学生可以通过乡会试取得科举功名，已经入仕为官者也可通过特科的途径，在保和殿一展才学而成为天子门生。经济常科与特科互为补充，相得益彰，广搜人才，以免遗珠之憾。