二、“品种权保护范围”的概念澄清
保护范围，大多见诸于专利法，本义是指权利的效力范围。从经济分析角度出发，财产权必须具有排他性，才能得以实现有效率的资源利用以及发挥最大效益的资源分配。这一目的无论对于有形财产还是知识产权来说，都是一致的。然而，有形财产权的权利客体是实实在在的物体，其范围是确定的，而知识产权的客体是无形的智力成果，需要对其权利边界进行界定，这在专利权领域体现得尤为明显。专利权的保护范围以权利要求书为准，说明书和附图用于解释。权利要求书应当包含对发明、制造使用的方法及程序的书面描述，其用词应当完整、清楚、简要、精确。而这一要求对于植物品种来说几乎是无法实现的。因为对于花的颜色或者香味、果实的形状或者味道等性状特征，仅以文字或者图片很难将不同的植物品种完全清楚地区分开来。因此，专利法意义上的“保护范围”不便适用于品种权制度。我国植物新品种保护条例并没有提及“品种权的保护范围”，只有UPOV1978第五条使用了“受保护的权利：保护的范围”的标题。不难看出，这里的“保护的范围”是指品种权的权能内容，即生产权、销售权等，而不是品种权本身的效力范围，更不是可授予品种权的客体范围。
在将保护范围界定为效力范围的前提下，关于保护范围的具体指向，存在有不同看法。有的文章提出，品种权的保护范围应当是授权品种的特异性。一致性和稳定性是种子纯度的范畴，当事人就一致性和稳定性发生的纠纷属于种子质量纠纷，品种权的保护范围是特异性。本文认为，不能根据品种权授权机关审查文档记载的特异性来确定品种权的保护范围。因为植物品种是活体，品种的全部遗传特性都包含在品种的繁殖材料中，也是衡量品种是否具备新颖性、特异性、一致性和稳定性的载体，用繁殖材料确定品种权的保护范围最为完整和准确。
三、侵犯品种权的认定思路
现阶段，我国植物新品种纠纷案件的审判经验比较有限。在2007年植物新品种司法解释的起草过程中，关于品种权侵权的认定思路，经历了一个逐步认识的过程。初稿曾经基于专利权与品种权最为接近考虑，拟借鉴专利侵权的认定方法，即先确定权利的保护范围和被控侵权物的特征，后经两者对比判定是否落入权利保护范围。后来考虑到，专利法的制定背景是工业时代，以工业产品为载体的技术方案可以用文字准确地表达，而植物新品种权与工业产权的最大不同是，植物品种是活体，以繁殖材料为载体的生物遗传特性难以用文字全面、准确地进行描述，无法清楚地划定品种权的效力范围。因此，无法采用专利侵权判定的“三步走”方法。
从目前的司法实践看，在绝大多数品种权侵权案件中，法院都将有关鉴定机构的鉴定结论作为侵权认定的主要依据。所以，在目前条件不成熟的情况下，司法解释暂不涉及品种权保护范围如何确定的问题，而是直接对植物新品种保护条例第六条“该授权品种的繁殖材料”和“将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料”的规定进行解释，以便于审判中对侵权行为的认定，通过基本认可目前实践中的普遍做法，来达到解决审判实际问题的目的。
理论上，被控侵权的品种的性状特征必须与授予品种权的性状特征相同，才能构成侵权。被控侵权的植物新品种性状特征多于或者少于该品种权的植物新品种的性状特征，都不构成侵权。由于专利法意义上的保护范围在品种权制度中不适用，所以，也不存在将专利侵权认定中的等同原则、禁反悔原则适用到品种权侵权认定的必要。但是，实际育种的过程容易受外来因素的干扰，不像专利产品可以在人为控制的恒定的生产条件下生产。即使被控侵权的品种确实使用了授权品种的繁殖材料，但由于生长过程中外来花粉等非遗传变异因素的介入，导致被控侵权品种的特征特性与授权品种的特征特性出现不同，仍然可以判定侵权行为成立。
这里的“遗传变异因素”，是指通过人工杂交、自然杂交、突变、诱变、转基因等方式，使植物的遗传基因发生改变，从而造成植物特征或者特性的变异，这种变异是可以遗传的。“非遗传变异因素”，是指因土壤、气候、肥料、管理水平或者其他环境因素的影响，导致植物的特征或者特性发生差异，这种差异是不能遗传的。根据生物遗传原理，即使没有外来因素的干扰，品种上下代之间的遗传性状也可能发生一些变化，育种学上使用“最小差异度”的概念来界定可以被接受的遗传变异，而且“最小差异度”因品种不同而不同。如果遗传变异超出了“最小差异度”，则认为不是同一品种。本文认为，“最小差异度”问题，仍属于品种性状特征的范畴，是事实认定问题。
关于狭义侵权行为样态的理解，因品种类型不同而有所区别。当授权品种是纯合种（常规种）或者无性繁殖作物时，由于品种自身能够保持遗传特性的一致和稳定，纯合种本身即是繁殖材料，其子代也可以继续作为繁殖材料使用。因此，在侵权认定上相对较为简单。然而，当授权品种是杂交种时，由于授权品种与繁殖材料出现分离，如何界定侵权行为，颇值探讨。本文认为，杂交种是通过不同亲本（父本、母本）经过特定的组合方式得到的第一子代（F1），而且杂交种的第二子代（F2）会发生遗传变异，在特征特性上与杂交种都有不同，且杂交种本身不具有育种学上的可繁殖性。因此，杂交种的繁殖材料是父本和母本。如果授权品种是杂交种，则授权品种的繁殖材料并不是杂交种本身，而是其亲本。植物新品种保护条例第六条所称的“生产授权品种的繁殖材料”，是指使用授权品种生产时相同的亲本培育出的授权品种，落脚点还是生产出与授权品种相同的品种。如果是单纯生产授权品种的繁殖材料，即父本或者母本，而不产出授权品种，则应当认为不属于该条所称的侵权行为，除非父本或母本本身享有品种权。
此外，植物新品种保护条例第六条所称的“将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料”，是指重复以授权品种的繁殖材料为亲本与其他亲本另行繁殖的情形。需要强调的是，必须是“重复”地另行繁殖的行为，才可能构成对品种权的侵犯。否则，以授权品种的繁殖材料为亲本与其他亲本繁殖出的品种可以独立繁衍，不需要每次都重复地使用授权品种的繁殖材料，则不属于该条所称的侵犯品种权的行为。此条规定源于UPOV1978第5.(3)条的规定：品种权人不得限制他人利用其品种培育新的品种，除非该后续培育出的品种的繁殖或使用本身必须利用在先品种，须征得原品种权人的授权，并支付使用费。换言之，如果利用某一授权品种而进行再次育种获得的另一新品种本身是可以独自繁殖的，则再次育种者可以申请获得独立的品种权。