耶鲁学院共有12所住宿学院，分别是：
·伯克利学院（Berkeley College）
·布兰福德学院（Bran ford College）
·卡尔霍恩学院（Calhoun College）
·达文波特学院（Davenport College）
·以斯拉斯蒂尔斯学院（Ezra Stiles College）
·乔纳森爱德华兹学院（Jonathan Edwards College）
·摩尔斯学院（Morse College）
·皮尔逊学院（Pierson College）
·塞布鲁克学院（Say brook College）
·西利曼学院（Silliman College）
·蒂莫德怀特学院（Timothy Dwight College）
·特朗布尔学院（Trumbull College）
每所学院都有不同的建筑风格，都包括庭院和完备的设施，如图书馆、餐厅、庭院、电脑房、休息室、沙龙屋、游泳池和其他各种健身娱乐活动场所，使得住宿学院在每一方面都体现出小社区的特色。此外，由于耶鲁学院招收残疾学生，所以住宿学院向残疾学生提供可供轮椅出入的特殊宿舍。
耶鲁学院规定，新生在就读的前四个学期必须在住宿学院居住，除非该学生已经结婚或者年龄已满21岁。而在校外住宿的学生也通常被要求在学院内就餐，并经常使用学院的其他资源。耶鲁学院的此项强制规定目的是让来自五湖四海、出身于不同社会阶层、具有不同宗教信仰和不同民族传统的人生活在一起，让同学们在这样一个多元文化的环境中学习、成长。为了给学生营造多元化的文化氛围，学院在分配宿舍时会考虑宿舍成员的构成，特别是考虑宿舍成员背景的多元化和兴趣的多样化。为了确保本科生安于在住宿学院生活学习，耶鲁学院竭尽全力为每位学生提供舒适的居住环境。为此，耶鲁学院对本科生的住宿生活，特别是涉及影响他人的物品和行为有详细而严格的规定，如学生在住宿学院不得产生影响室友的噪音，枪支、弹药、刀具等不得带入宿舍，不得在宿舍养宠物，且禁止校外居住的学生将宠物带到住宿学院，禁止学生向窗外抛掷物品等，禁止学生在住宿学院吸烟，征得学院院长的允许后学生方能在布告栏张贴海报等。
为了保障学生的生活和学习质量，每所住宿学院都有一个完备的学术、生活支持体系，其主要成员是学院院长（Master）和学院主任（Dean）。学院院长是住宿学院的最高领导，主管学院财政、资产保障和学生的住宿、社会、文化、体育、艺术生活的安排。院长作为住宿学院的官方代表出席活动，并负责邀请各领域的名人到学院讲演或与学生对话。住宿学院的院长茶话会是住宿学院的特色项目。院长茶话会（Master's Teas）是一个非正式的问答谈话场合，通常有名人出席。
受邀的名人不乏美国和世界政界、商界、体育、娱乐、社会公益等领域的著名人物。此类活动让学生有机会与社会名流面对面地交谈或争论。
住宿学院主任（Dean）是学院全体学生的总导师，指导学生选课、选专业，指导他们完成培养方案，有时也对学生的个人问题提出建议。
为了方便院长与学生的沟通，耶鲁学院为学院院长及学院主任全家在住宿学院院内提供住房，不过，他们的住房与学生住宿区是隔离开的。
此外，院长和主任每天都必须在院内就餐。这种制度使他们不仅可以在课堂与学生交流，还能在食堂、学院的走廊、庭院以及课外活动中见到学生。由于学院院长和学院主任经常与学生近距离交流，因此他们提供给学生的意见都比较有针对性，学生也更容易接受他们的种种建议。
20世纪60年代到70年代，耶鲁大学曾计划建立第13个学院，但后来由于多方的压力并没有实现。自1990年起，耶鲁大学开始大规模地翻新老旧的住宿学院建筑，伯克利学院是第一个结束翻新的。翻新的住宿学院保持了设计者的初衷，维持了历史感，但更新的设施使其更舒适、更符合现代居住要求。
（二）学生资助工作
耶鲁学院招生遵循的是被称为需求回避（Need Blind Admission）的录取制度，即录取过程只考虑学生的学术能力及发展潜力，而不考虑学生的家庭经济情况和支付学费的能力。该制度建立于1966年，耶鲁是第一所建立该制度的美国私立大学。在这种制度下，耶鲁招收了众多优秀的学生，而无论学生家庭的财富程度如何。然而，在耶鲁就读的学生需要支付高昂的学费，因此，耶鲁大学对于在校学生实行称为基于需要的助学金（Need Based Financial Aid）制度。基于该制度，学校会根据家庭收入对学生给予不同程度的助学金，以保证学生能在不给家庭带来太大负担的同时支付学校的各项费用。事实上，耶鲁大学的奖助学金仅提供给需要经济帮助的学生，而不会奖励那些体育出众或者其他方面有特长的学生，这样做的目的是为了确保让所有优秀的学子不因贫困而失学。从2001年开始，这种资助政策开始惠及外国留学生。为了增加奖助学金分配的透明度，学校在校园网上建立了一个链接，公布学生在校学习期间的开销。通过该链接还可以了解家庭所需资助（contributions）的额度。
耶鲁大学的学生资助主要有两种类型：一是奖助学金，另一类是贷款。奖助学金的层次较多，有国家级、校级和学院级的奖学金。贷款则针对不同的人群及需求设计，不同的贷款类型提供不同的贷款金额、手续费、利率和免息期。如今，耶鲁大学的奖助学金和贷款项目不再局限于美国学生，已经覆盖到在耶鲁就读的国际学生。2008-2009学年有超过65％的在校本科生接受了不同标准的助学金和奖学金。
有50％的本科生接受了基于需要（need-based）的助学金，人均额度为32800美金。学校网站详细介绍助学金的种类、来源、额度以及评定标准。除了助学金之外，学校还提供校内勤工俭学的机会。
以下是耶鲁的资助的详细项目。
1.联邦学生资助（Federal Student Aid）。这是由美国联邦政府提供的基于需要的经济资助，有以下三种类型：助学金和奖学金（Grants and Scholarships），除非退学了，这种助学金是无需返还的；勤工俭学（Work Study），即利用课余时间在学校工作赚钱；助学贷款（Loans），贷款人可以是学生本人或者学生家长，贷款在学生毕业后需返还。
2.联邦佩尔助学金（Federal Pell Grant）。这是一种由美国联邦教育部提供的基于需要的经济资助，符合条件的学生将能获得相应的资助额度。
3.学术突出助学金（Academic Competitiveness Grant，ACG）。这是美国联邦教育部直接针对大一和大二学生的奖励，获得资助的学生必须符合联邦佩尔助学金（Federal Pell Grant）的条件，即受资助的学生必须是美国公民，已经接受严格的普通中学教育，全日制大学在校生学分绩（GPA）在3.0以上。
4.国家科学和数学优异助学金[National Science and Mathematics Access to Retain Talent（SMART）Grant]。这项资助主要是针对大三和大四的本科生，获得资助的学生必须符合联邦佩尔助学金的条件：美国公民，全日制大学生，GPA在3.0以上。此外，所修的专业符合美国联邦教育部指定的范围，如物理、生命和计算机科学、数学、科技、工程和重要的外国语言。
5.联邦教育机会补偿助学金（Federal Supplemental Educational Opportunity Grant，FSEOG）。这是联邦政府设立并拨付给学校管理的项目，获得资助的学生必须符合联邦佩尔助学金的条件，且为尚未获得学位的在校生。
6.联邦勤工俭学助学金（Federal Work Study，FWS），这是一项由联邦政府设立，拨付给学校的资助项目，以学校为中介，为经济困难学生创造勤工俭学的机会和条件。
7.学院奖学金（School Scholarships）。包括耶鲁学院奖学金（Yale Scholarships）、耶鲁俱乐部奖励（Yale Club Awards）、赠与奖学金（Endowed Scholarships）和来自耶鲁校友的资助（Gift Aid from Yale Alumni and Friends）。
除了奖学金外，教育贷款（Education Loans）也是帮助学生完成学业的重要方式，教育贷款主要有两类：一类是学生的助学贷款，另一类是父母的教育贷款。学生的助学贷款（Student Loans）有四种类型：1.受联邦政府补贴的贷款（Federal Subsidized Stafford Loan）。申请该项贷款的学生必须是美国公民，且有永久居住权。贷款针对基本需求，申请人必须出具证明基本需求的相关说明或证明。贷款利率是固定利率，贷款人在校就读期间联邦政府会帮其支付贷款利息。
2.不受联邦政府补贴的贷款（Federal Unsubsidized Stafford Loan）。申请该项贷款的学生必须是美国公民，且有永久居住权。贷款的学生就读期间就需要支付利息，而且利率相对要高一些。
3.联邦珀金斯贷款（Federal Perkins Loans）。申请该项贷款的学生必须是美国公民，且有永久居住权。这是针对符合基于需要的资助条件的学生，所以这类贷款的利率非常低，而且就读期间无需支付利率和其他相关费用。但是每年贷款不得超出4000美金，而且本科期间最多只能贷款两万美金。
4.耶鲁学生贷款（Yale Student Loan，YSL）。当学生为非美国或加拿大国籍但是又需要贷款时，可申请此种贷款。这种贷款需要担保人，担保人必须是美国公民或永久居住者。申请这种贷款无需支付其他费用，但是每年贷款的金额不得超出2600美金，贷款利率为7.5％。
这种贷款的金额较小，通常不能超出就读花费减去奖学金后的金额。