当时受《伤寒论》错简的影响，出现了《金匮要略》类著作。如沈目南认为《伤寒例》是王叔和蛇足添入，《脏腑经络先后病》“夫人秉五常”一条，才是《伤寒论》、《金匮要略》的总纲，故把它列为首篇。《沈注金匮要略·凡例》：“王叔和编辑伤寒杂证，原是一书，统名《金匮玉函经》，诚仲景功臣，功莫大焉。惜以己见插入，致使先圣之意反晦。盖《金匮》首章，原该伤寒、杂病通部之序列，而第一卷，乃通部查病治法之纲领……而叔和复添蛇足，更作序列……余今一概删去。”其后，吴谦《医宗金鉴》、叶子雨《金匮阙疑》、高学山《高注金匮要略》，均以《脏腑经络先后病》“夫人秉五常”一条为全书总纲，列为首篇。如《医宗金鉴》：“此篇乃一书之纲领，前人误编为次篇，先后失序，今冠于首，以统大意”。黄元御《金匮悬解》不但类编章内条文，更把全书病证依次按外感、内伤、外科、妇人分类编排；魏荔彤《金匮要略本义》以《周易》之辞、占类推《金匮》病的常与变和文与法，是对《金匮要略》内在诊治体系的探索。
清代大量注本的出现并广为传播，使《金匮要略》成为一个医学经典著作。如周扬俊在《金匮玉函经二注·自序》中提倡读仲景书，并云：“尝思事不师古，其法不立；师古而不师圣人，其理不精……故仲景既著伤寒论，垂万世法，而复出其心思，著《金匮玉函经》为杂证之范，使天下后世有志此者，少此启悟。”陈修园《长沙方歌括·劝读十则》“以读仲师书，为第一劝”。而清代把《金匮要略》作为国家医学考试基本科目，后又加试《医宗金鉴》，而于谦的《订正仲景全书·金匮要略》就在其中。
民国以后，西学东渐，《金匮要略》学术出现否定阴阳五行及运气学说、引用西医学知识注解原文和强调经方的经验性与实证性两个新特点。如唐宗海《金匮要略浅注补正》开引入西医之说先河，陆渊雷则大胆地将中西医理论相互印证阐发而成《金匮要略今释》，曹颖甫《金匮发微》是理论结合临床较好的一个注本，如其中注“肝病传脾”，不从五行生克解，而从肝脾解剖部位解：“肝脏血虚则其叶燥挺而压于脾。”又以肌肉之间大小缝隙解“腠理”：“所谓腠理者，人身肌肉方斜、长短、大小不等之块凑合而成。凑合处之大隙，即谓之腠；肌肉并众丝而成块，众丝之小隙，即谓之理。”又如严志鸿《金匮广义》注解“风气虽能生万物，亦能害万物”时，“以空气解风气”，以空气的“清洁”，还是“含有一种微生物”来说明“风气”对万物的“生”、“害”；又解三焦为“网膜”、腠理为“白膜”。余无言的观点更为明确，如在《金医要略新义·凡例》中其否定阴阳五行及运气学说：“本书编辑，一贯《伤寒》之前列。探取诸家学说，以脚踏实地指归，力避空谈。凡运气阴阳等理论，概所不取。偶有阴阳等字，系属代表某事某物者，即不得已而用之。”“引证西医学说，择善而从，是者是之，非者非之。治疗之法，不以中西分是非，而以疗效定优劣。”并且强调经验与实证：“每一病证，必在其原有条文下，旁引诸家学说，并参自己经验，详为注释，务使得一明确之理论，合理之治疗”；“凡予附列之医治验案，皆余经验之事实，决非捉风捕影之谈可比。”
同期，出现了一些集注本，如吴考槃的《金匮要略五十家注》，系广泛采集诸家之说，编辑而成的大型《金匮要略》集注本。黄竹斋则精选注释而成《金匮要略方论集注》。日本人丹波元简采辑徐彬等诸家之说，参考大量古今方书，细心校勘，并结合个人体会，编辑成《金匮玉函要略辑义》。丹波元坚则仿《金匮玉函要略辑义》而著《金匮玉函要略述义》。
新中国成立以来，据不完全统计，出版有关研究原著的著作有近百种。在众多注解书籍中，说理透彻、通俗易懂、联系实际的有秦伯未的《金匮要略简释》、任应秋的《金匮要略语译》、何任的《金匮要略校注》、陶葆荪的《金匮要略易解》等。在校勘方面，工作做得比较细致的当推何任教授主编的《金匮要略校注》。该书以元代邓珍仿宋刻本为底本，细心校勘，力求恢复仲景的原书原貌，为当今《金匮要略》的最佳版本之一。
自20世纪50年代各地相继成立高等中医院校以来，先后多次编写了《金匮要略讲义》。这些讲义分类清晰，评说公允，联系实际，对方便原著的学习及推广临床应用，都起了很好作用。据统计，1950－1996年发表在各中医药刊物上研究原著的论文达3000余篇。在这当中多数是运用原著方剂治疗临床疾病的经验总结，尤以原著方剂治疗疑难疾病引人注目。如用甘草泻心汤治疗贝赫切特综合征（白塞综合征），升麻鳖甲汤治疗系统性红斑狼疮，鳖甲煎丸治疗肝纤维化，乌头汤治疗类风湿关节炎，大黄附子汤治疗尿毒症，桂枝茯苓丸治疗妇女子宫肌瘤等。在方剂及药物研究方面，比较多的集中在对原著方剂药理作用的研究。如有实验研究表明大黄蛰虫丸可促进实验大鼠腹腔内血块的吸收，对肠蠕动呈缓慢和持久的增强作用，证明本方的活血祛瘀作用与此两者有关。日本相当多的制药企业，将原著一些方剂制成冲剂等剂型，我国也有以原著方剂为主化裁而进行新药开发研究的。
综上所述，《金匮要略》一书，经宋人校订刊行后，学术地位逐步提升，到清代才成为一部真正的医学经典著作。《金匮要略》的研究是伴随时代的发展不断发展和创新的。“为道屡迁”、“唯变所适”，不同时代，学术外部的环境不同，《金匮要略》研究的学术特色也会相应改变。注释并不意味着守旧复古。注释经典，关键在于“体道”。不同时期、不同注家“体道”之不同，造就了学术的发展。《金匮要略》的研究应在继承前人成果基础上适应时代要求不断创新。继承，既要研究《金匮要略》中张仲景医学的原本体系，也要研究历代医家研究《金匮要略》学术的历史，为学术的发展与创新奠定基础并指导方向；创新，就是要在《金匮要略》研究中反映最新的临床各科共性的病机与治法的研究成果，精练出共性的辨证论治规律和方法，以便更好地为临床各科提供一个适应现代医疗实践要求的技术平台。
三、学术体系
《金匮要略》的学术体系，主要包括以整体观念为指导思想，以脏腑经络为理论依据，运用四诊八纲，以病为纲、病证结合、辨证论治的诊疗体系。
这一体系包含着丰富的内容，如其诊治疾病所依据的指导思想、基本理论，诊断治疗的原则和方法，方剂的配伍应用，服药的原则方法等。
1.以整体观念为指导思想整体观念就是要求从事物的普遍联系中观察问题，认识事物的本质，而不是孤立地看待局部现象。它是中医学的基本指导思想，主要包括以下两个方面：①天人整体观，即人和自然界是一个整体。②人体整体观，即人的五脏六腑与官窍、四肢、百骸及体表各部组织是一个有机整体。在这个生命整体中，五脏居于核心地位，五脏疾病可以相互传变。诊治疾病时必须要有整体观念，如此才能认清疾病的本质，作出明确的诊断，进而采取正确的治疗方法。
《金匮要略》在以下方面做了很好的示范。
（1）以整体观念认识病因：对于杂病的病因，“脏腑经络先后病”篇概括为三条：
“一者，经络受邪，入脏腑，为内所因也；二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室、金刃、虫兽所伤。”明确指出了杂病的病因并非仅限于外感六淫邪气，而是多种因素作用的结果，形成了多因杂致的发病观。如在虚劳病篇中，有“食伤、忧伤、饮伤、房室伤、饥伤、劳伤、经络营卫气伤”等致病因素。且在发病过程中，杂病多有脏腑病兼有新感，或新感引动原有脏腑病的复杂病理变化。鉴于病因的多样性，仲景并未简单地称为内伤病，而叫“杂病”，以与单纯外感伤寒病相区别，它提醒人们诊治杂病切勿简单化，否则难以切中病情。
《金匮要略》中发病学说的特点是以脏腑经络分内外，六淫邪气为主要致病原因，以邪正力量的对比决定病位的深浅。因此，它实际上既有对病因的论述，也有对决定病位的因素以及发病途径的论述。在原文中，提到两个主要致病原因，即六淫之邪和金刃、虫兽所伤，即后世所谓外因和不内外因。首篇第13条所讲“五邪”，进一步讨论“客气邪风”的分类和各自的致病特点，“三者，房室金刃虫兽所伤”，虽为多种因素，但没有明显的传变特点，故不再详细分析其病位和传变情况。对于内因，张仲景在此并未论述，这是其与后世“三因学说”不同之处。《金匮要略》的“内所因”是指经络受邪入脏腑，为深为内，陈无择的“内因”是指七情所伤。《金匮要略》将自然界反常的气候变化作为人体致病的外因，正气（五脏元真）不足作为人体致病的内因。反常的气候变化必须通过正气虚衰，才能使病邪乘虚而入引起疾病。
同时条文提示我们正气的虚实是决定病位的主要因素。也是其独到之处。
（2）以整体观念诊断疾病：由于人体是一个有机的整体，因而对表现于局部的证候，必须综合全身情况才能得出正确诊断，“脏腑经络先后病”篇第3条：“鼻头色青，腹中痛，苦冷者死；鼻头色微黑者，有水气……又色青为痛，色黑为劳，色赤为风，色黄者便难，色鲜明者有留饮。”体现了人体五脏六腑的气血精华，于外而表现出气色的变化，即“有诸内，必形诸外”。又如“吸而微数，其病在中焦，实也，当下之即愈；虚者不治。在上焦者，其吸促，在下焦者，其吸远，此皆难治。呼吸动摇振振者，不治”。呼吸的变化，并非只限于肺脏，可涉及上、中、下三焦，应结合其他表现进行诊断。
（3）以整体观念预测传变：疾病都有一定的部位，由于人体的整体联系，疾病在其发展过程中，必定会由一处向多处蔓延，这就是传变。《金匮要略》重视疾病这一特征，并由此提出“治未病”的法则。如“脏腑经络先后病”篇第1条：“问曰：上工治未病者，何也？师曰：夫治未病者，见肝之病，知肝传脾，当先实脾，四季脾旺不受邪，即勿补之；中工不晓相传，见肝之病，不解实脾，惟治肝也……”本条从整体观出发，举肝脾为例论述杂病治未病的法则。脏病有按所胜之脏相传的趋势，这种相传是最严重的一种，五脏疾病相传还有“反侮”、“母病及子”、“子病及母”等形式。由于人体各部联系的网络性与病理因素的多样性，杂病的传变方式是极其复杂的，我们只能在整体观念的指导下，具体地分析传变的条件，才能加以把握，并在此基础上，经过治疗阻断传变的发生。
《金匮要略》强调治未病的思想十分可贵。仲景在《金匮要略》中从理论和临床实践方面对此进一步阐发，使《黄帝内经》、《难经》的“治未病”思想更加具体明确。
对于疾病，仲景强调预防为主。未病之时要预防致病因素的侵袭，注意房室、衣食等方面的调摄；病变发生后，预防其发展和传变。在整体观念指导下，把预防思想贯穿到防病、治病，甚至立法、组方及服药的各个方面。这可以说是祖国预防医学中的一大进步，值得我们重视和研究。
（4）以整体观念指导辨证论治：中医药治疗疾病，都是对人体进行整体调节，使阴阳归于平衡，因此离不开整体观的指导。如防止脏病传变的肝病实脾；上病下取和下病上取；内病外治与外病内治。都充分体现了人体各部分是相互联系的整体。
这将在辨证论治部分详细论述。
2.以病为纲，病证结合首先，《金匮要略》以病分篇的编写体例，确立了病名诊断。其次，《金匮要略》各篇篇名均冠以“××病脉证治”，则进一步说明病与证相结合、脉与证合参、辨证与施治紧密结合的重要意义。再从各篇条文论述方式来看，大多数先论述疾病的病因、病机或基本症状，然后分列证候、治法、方药。如“腹满寒疝宿食病”篇，“按之心下满痛者，此为实也，当下之，宜大柴胡汤”。文中“按之心下满痛者”言主证，“此为实也”言辨证，“当下之”言治则，“宜大柴胡汤”言处方。
又如“胁下偏痛，发热，其脉紧弦，此寒也，以温药下之，宜大黄附子汤”。文中“胁下偏痛，发热，其脉紧弦”言脉证，“此寒也”言病因，“以温药下之”言治则，“宜大黄附子汤”言处方。反映了将脉、因、证、治与理、法、方、药融为一体的杂病诊疗思路。