首先，独立学院的学术型特征依然明显。在培养方式、专业设置等方面与传统学术型大学区别不明显。华中科技大学武昌分校在第一次组织本科教学时，所有专业都是按照华中科技大学的教学计划安排课程、选用教材，并全部由华中科技大学的教师来校上课。尽管武昌分校的教学秩序迅速地“步入了正轨”，但实践证明这不是一个恰当的做法。完全照搬重点大学的本科教学计划，教师教得很吃力，学生也学得很吃力，而且效果并不好。原因很简单，进入武昌分校学习的学生与进入华中科技大学的学生相比，基础差一些。
其次，独立学院的行政化倾向依然存在。“官本位”意识深入人心，独立学院变成政府行政体系向大学系统的延伸，主要特征是校内的行政官员队伍是支配和支撑大学的真正主体，单位和人员按权力框框编排在不同的等级中，权力意志是运作的根本价值信号。
相当多的独立学院发展仍然没有摆脱一般高校的发展模式，明显的路径依赖特征，将制约其民办机制优势的发挥。
（二）应用型学生需求与传统型师资来源之间的矛盾
在独立学院未出现之前，我国高校本科招生有两批，接着是高职高专，独立学院成立后，出现了第三批本科，独立学院生源也主要集中在这一批次招生中。显然，这部分学生群体是不包括在原来精英教育范围之内的。因此，独立学院人才培养的目标应该定位在应用型。
从独立学院的师资看，一部分来自母体，一部分面向社会招聘。来自母体的教师，长期接受高校学术氛围的熏陶，其知识结构不一定适合培养应用型人才。从培养应用型人才的角度来看，面向社会招聘一些具有实际操作经验的高素质人才是独立学院招人的首选，但是就目前的情况看，很大一部分独立学院招聘的是名牌大学硕士、博士毕业生。研究型高校的毕业生，自身接受的是学术型教育，缺乏社会工作经验，要培养合格的应用型人才还需要进一步培训。
独立学院应用型学生需求与传统型师资来源之间的矛盾，一方面是观念问题；另一方面，我国缺乏高级技术人才也是一个重要原因。这将限制应用型人才培养所需的师资队伍建设，进而制约独立学院应用型人才的培养。
第三节 多元与一统争议--独立学院的转型
鉴于独立学院发展过程中暴露的问题，教育部在2007年广泛征求意见的基础上，于2008年初出台了《独立学院设置与管理办法》（以下简称《办法》）。该办法统一了独立学院的属性，严格了独立学院的设置，规范了独立学院的管理，有利于促进独立学院的健康发展，但是，其“一刀切”的管理模式，也带来了不少争议。
一、《若干意见》与《办法》的对比
独立学院不仅在我国是一个新生事物，从全球高等教育的发展来看，也难以找到与之性质完全相同的高校，因此，独立学院的发展无经验可以借鉴，政府部门规范、引导独立学院的发展，也必然是一个不断探索的过程，《若干意见》、《办法》的先后出台，就是这种探索的反映，与《若干意见》相比，《办法》对独立学院的认识更加深刻、界定更加清楚、要求更加严格。
（一）认识更加深刻《办法》较《若干意见》在政策制定的目标上有明显的差异，反映了教育行政部门对独立学院的认识在不断深入。
《若干意见》的出台时间为2003年4月，当时我国高等教育还处于规模扩张阶段，“制定《若干意见》，目的不是要收缩独立学院的发展，相反是希望独立学院能有更大的发展。国家积极鼓励独立学院的发展，各地、各部门和各高校都要因地、因校制宜积极发展独立学院。今后国家将在本科招生计划安排上对独立学院进行倾斜，重点支持办学条件较好、办学质量较高、办学行为规范的独立学院积极扩大招生和办学规模。希望通过独立学院的发展，促进民办高等教育真正成为我国高等教育发展的重要组成部分”。
而《办法》的出台时间为2008年初，我国高等教育已经从规模扩张为主阶段转入质量提升为主阶段，《办法》出台的目的是为了促进独立学院“健康发展”。“在新形势下，独立学院的主要任务不是增加学院数量和扩大办学规模，而是稳定规模、规范管理和提高质量。贯彻执行《办法》要更加突出独立学院的‘优’、‘独’、‘民’原则。‘优’，就是要更加强调优质教育资源参与举办独立学院，更加强调独立学院提高办学水平和教育质量；‘独’，就是强调独立学院在法律和制度上的独立地位；‘民’，就是进一步明确独立学院的民办属性，促进独立学院在运行机制和管理体制上改革创新”。
（二）界定更加清楚
在《若干意见》出台后，人们对独立学院的属性有较大争议，有些学者从产权或主办方着手，认为独立学院应该是公办高校；有些学者以独立学院适用《民办教育促进法》的规范把它看做是民办高校，独立学院就是在这样的灰色地带中发展。而《办法》则明确独立学院是实施本科学历以上教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校，是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业。
在独立学院的独立性上，《办法》出台之前，独立学院颁发自己的毕业证书，但是由于没有学士学位授予权，独立学院的学位证书都由母体发放，这是造成独立学院“不独”的主要原因。《办法》明确规定，用五年的时间，独立学院逐步颁发自己的学位证书。赋予独立学院学位授予权，这是引导独立学院脱离母体，最终走向完全独立的关键一步。
（三）要求更加严格
比较《若干意见》，《办法》对独立学院的申办要求更加严格。在独立学院母体的要求上，规定参与举办独立学院的普通高等学校须具有较高的教学水平和管理水平，较好的办学条件，一般应具有博士学位授予权。
在参与举办独立学院合作伙伴方面，要求社会组织的注册资金不低于5000万元，总资产不少于3亿元；参与举办独立学院的个人，则要求个人总资产不低于3亿元。这些要求在《若干意见》中均没有明确规定。
《若干意见》规定独立学院占地面积不少于10万平方米（150亩），这个规定曾经引起了不少民办高校的不满，民办专科升到本科，其校园面积不得少于33公顷，两者之间存在明显的不平等。《办法》把对独立学院的要求提高到了不少于33公顷，提高了办学门槛，同时也把独立学院与民办本科院校等同起来了。
《办法》还对独立学院理事会或董事会的地位、构成与运作做了明确的规定。理事会或者董事会要由五人以上组成，是独立学院的决策机构，其中普通高等学校的代表不得少于2／5，每年至少召开两次会议，等等。
此外，《办法》对独立学院的招生、学籍管理、学生管理队伍、教学管理机构、教师聘用和管理制度等方面均比先前的《若干意见》更加详细，对独立学院的运作要求更加严格。
二、独立学院发展展望
从20世纪末开始发展的独立学院，在经过长时间的争论后，尤其是《办法》的出台，使独立学院的发展方向逐步趋于明确。
（一）独立学院的发展仍有广阔的空间
独立学院是我国高等教育适应社会经济发展的产物。从整个高等教育系统来看，独立学院作为其中的一部分，必然受到高等教育自身环境的制约。高等教育自身环境的变化是对外围环境的反应，同时，高等教育内部环境的变化影响着独立学院的发展。
在今后相当长一段时间内，我国高等教育发展的重点在于内涵提升。
而内涵提升的关键在于优化高等教育的结构。我国高等教育大众化与本专科人才结构变动有惊人的巧合。2002年，我国高等教育毛入学率达到15%，这一比例可以认为我国已经步入高等教育大众化阶段，而就在同一年，我国普通高等教育专科招生人数也史无前例地超过了本科招生人数。
这一“相遇”预示着我国高等教育结构在悄悄地发生变化。
在构建和谐社会、关注民生的主旋律指导下，就业问题日益成为政府、社会关注的焦点，如果高等教育的就业率过低将直接影响社会稳定。从社会需求的角度看，我国高校毕业生就业率低主要是由结构性矛盾所致，社会对应用型人才的需求非常旺盛。劳动和社会保障部公布的数字表明，目前在我国2.7亿城镇从业人员中，获得国家职业资格证书以及具有相当水平的技能劳动者只有8720万人，仅占从业人员的33%。包括高级技师、技师、高级技工在内的高技能人才只有1860万人，只占技能劳动者的21%。因此，培养面向基层的应用型人才将成为今后高等教育发展的重点。从高等教育层次结构调整来看，独立学院、民办本科、高职院校将承担起今后高等教育大众化向普及化过渡的重任，这几类高校在整个高等教育体系中的比重将会继续扩大。
（二）独立学院的发展面临多种转型
从独立学院多样化的角度看，由于《办法》的出台，独立学院多样化的特点将逐步消失。独立学院的办学模式可以主要分成普通高校独立办学模式，普通高校与企业合作模式，普通高校、政府、企业的混合合作模式，普通高校与政府联办的模式。在这四种发展模式中，除了普通高校与企业合作模式外，其他的模式均被否定，也就是说在今后几年，其他三种模式必须转型。目前，在独立学院四种主要办学模式中，普通高校与地方政府的合作模式具有一定的代表性，从全国来看，这类独立学院有相当数量。由于这类独立学院的政府背景和举办双方注重社会效益的特征，因而具有较好的办学声誉，获得了广泛的社会认可，因此，这类独立学院的转型也最为引人注目。
根据《办法》的规定，这类独立学院存在不外乎两种办学选择，其转型的关键在于地方政府的态度。如果地方政府完全退出，那么独立学院就成为民办高校，如果地方政府完全介入，就脱离独立学院序列成为地方普通高校。
从与母体关系的角度看，独立学院在成立之初，使用母体的品牌，颁发母体的学位证书，利用母体的师资队伍与管理人员，迅速壮大，并压倒民办高校，成为我国高等教育领域的一支重要新生力量。随着独立学院的发展，独立学院师资队伍不断加强，管理队伍不断成熟，脱离母体的条件日益成熟。《办法》明确提出，符合条件的独立学院将具有独立颁发学位证书的资格，那么独立学院就具备了完全脱离母体的基础。同任何新生命的成长一样，一部分独立学院将率先突破母体的荫护而茁壮成长。
从办学层次的角度来看，除保持现有的办学层次外，一些独立学院也有可能成为教学研究型大学，一部分独立学院进入高职高专行列。独立学院依托母体而生，因此，母体的水平直接决定了独立学院发展的起点。研究型大学举办的独立学院，其办学水平与社会影响力是依托其他普通院校的独立学院所无法比拟的。一部分在东部沿海发达地区的独立学院，由于受地方政府的支持和具有地方经济较为发达的有利条件，再加上母体的影响，其办学水平甚至会在一些地方普通本科院校之上。如果政府在政策上能优先支持这些独立学院，那么在独立学院中完全有可能出现教学研究型大学。
无论是在国外还是在国内，都出现过后进大学逐渐成为先进大学的例子。同时，一些办学条件较差，办学水平较低的独立学院，在转为民办本科院校后，失去了母体的“光环”，导致竞争力下降，有可能退出本科层次的竞争。这部分退出本科层次的独立学院，可以结合自身的优势与社会的发展需要，逐步转型走上高职高专的发展道路。
三、关于《办法》的几点讨论
当前，有不少研究高等教育的学者主张按照二分法把我国高校分为公办和民办泾渭分明的两大类，要么公办，要么民办，非此即彼，非黑即白。
《办法》对独立学院也是采用了二分法，没有考虑独立学院多种类型的办学尝试，把所有独立学院都统一到民办高校的队列。我们认为，这一思路并不符合中国高等教育发展实际，有违改革开放、解放思想的精神，与世界高等教育发展潮流也不相适应。
首先，我国目前数百所独立学院的举办经费来源多元，有社会组织或个人的投资，更有举办高校自身筹资（主要是银行贷款），还有地方政府的投入。实践证明，在我国目前的情况下，办学最成功最有效的正是举办经费来源于高校自身和地方政府的独立学院。如果排斥地方政府对独立学院的投入，可能会使办学最成功的独立学院陷入困境。