无论是以何种形式组建的行业协会（商会），在中国民间组织中都拥有相对独特的地位。公共选择理论将政府视为“经济人”，认为政府制定和实施政策都以自身利益最大化为出发点。无疑，任何一个国家的政府都以稳固政权作为第一目标。为了达致这一目标，政府会运用多种手段，其中发展经济以提高和改善民众福利水平无疑是最持久有效的手段之一。改革开放后，中国政府一直致力于发展市场经济，在政权稳定的前提下不断放松管制。在这一大背景下，一个由国家主动释放出的社会空间不断形成。根据前述“分类控制”的观点，行业组织属于具有较高社会经济效益而对政权威胁程度较低的社会组织，因而成为政府在社会领域中予以培育的首要对象。
相应地，政府推动行业组织发展以服务于其经济发展目标。1949年后特别是社会主义改造开展以后，我国的私营经济成分逐渐被清除，工商业行业组织的组织基础不复存在，政府通过改造部分行业组织，将其纳入政府系统，成为准政府部门，如于1953年成立了中华全国工商业联合会（简称全国工商联，又称中国民间商会）。新中国成立初期，全国工商联在团结广大民族工商业者，恢复和发展国民经济，实现对资本主义工商业的社会主义改造等方面，发挥了重要作用。改革开放后，随着市场经济体制的逐步确立，部门管理向行业管理转变，行业组织重新获得了发展。简而言之，从改革开放开始，行业组织的发展大致经历了三个阶段：第一阶段是20世纪80年代，这一时期政府主导成立行业协会，开始以行业管理替代部门管理。1979年，国务院提出了“按行业组织、按行业管理、按行业规划”的原则。次年，国家经委成立中国食品工业协会和中国包装技术工业协会，这是中国行业协会在行业管理中发挥作用的初步尝试。1984年，机械工业部和电子工业部被国务院确定为管理体制改革试点部门，目的是使政府部门实现三个转向：由直接管理转向间接管理，由微观管理转向宏观管理，由部门管理转向行业管理。以中国汽车工业协会为代表的一批工业行业协会随即诞生。1986年撤销地方行政性公司和1988年中央国家机构改革撤销一批专业司局，相应地在中央和地方成立了若干行业协会。第二阶段是20世纪90年代，在邓小平南方谈话发表后，市场经济体制改革的深化推动了商会发展。1993年党的十四届三中全会发布《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，其中明确提出要“发挥行业协会、商会等组织的作用”。此一时期中央对经济管理体制再次进行重大改革，将专业经济管理部门改革为三大类型：一类改为经济实体；一类属于保留和新设的行政管理机构；另一类则改为行业总会，作为国务院的直属事业单位，代行政府的行业管理职能，据此撤销了纺织工业部和轻工业部，分别组建中国纺织总会和中国轻工总会。
1996年的《政府工作报告》要求“把应由市场解决的问题交给市场，充分发挥行业协会、商会等市场中介组织的作用”。次年，国家经贸委选择上海、广州、厦门和温州等四个城市开展行业协会的试点工作。1998年的国务院机构改革中，中央政府各部门转移到行业组织的职能有200多项。第三阶段是20世纪90年代末至今，政府推动“政会分离”和商会自律机制的建设。1999年，党的十五届四中全会《关于国企改革和发展若干重大问题的决定》要求“社会中介服务机构要与政府部门彻底脱钩”。同年国家经贸委印发了《关于加快培育和发展工商领域协会的若干意见》，对行业协会的性质和职能等进行界定。2001年《国务院关于整顿和规范市场经济秩序的决定》要求“充分发挥商会、行业协会等组织的作用，教育、监督、约束企业自觉遵守法律法规”。2002年，朱镕基总理在《关于行业协会作用的讲话》中指出要发挥协会等中介机构的作用，帮助政府制定政策，进行引导管理。
2002年《政府工作报告》和2003年党的十六届三中全会通过的《关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》都要求加强商会的自律机制建设。2004年的中央一号文件《关于促进农民增加收入若干政策的意见》提出，要适应农产品国际贸易的新形势，加快建立健全禽肉、蔬菜、水果等重点出口农产品的行业和商品协会。2005年《政府工作报告》强调，“坚决把政府不该管的事交给企业、市场和社会组织，充分发挥社会团体、行业协会、商会和中介机构的作用”。2007年国务院办公厅颁发《关于加快推进行业协会、商会改革和发展的意见》，以促进和规范行业协会的机制建设。该意见要求政府在出台涉及行业发展的重大政策措施前需要征求有关行业协会的意见和建议，行业协会要深入开展行业调查研究，向各级政府及其部门反映行业和会员诉求，积极参加相关法律法规、宏观调控和产业政策的研究、制定，参与制定修订行业标准和行业发展规划。可以看到，在改革开放之初，行业协会的发展主要是政府职能转变的结果，它们并没有从政府部门中真正分离出来，因而不可避免地具有某种“二政府”色彩。而随着经济体制改革的深化和市场经济的发展，政府越来越重视商会的民间性和自主性，不断推动商会按照市场机制运行。
经过近三十年的发展，我国行业协会（商会）不仅在数量上，而且在功能发挥上都走到了其他类型民间组织的前列。从数量上看，截至2006年底，全国共有社会团体19.2万个，其中行业性社团达到59783个，居各类社团数量之首。从功能上看，除了服务于经济发展，行业协会（商会）在公共事务管理尤其是地方治理的众多领域中发挥着越来越重要的作用。
已有研究指出，我国行业协会（商会）通过对公共事务的参与，与政府达成了互动，在政府与企业之间起到了桥梁作用。一些以温州商会为个案开展研究的学者认为，温州商会的兴起预示着国家、市场和公民社会这一新的权力格局开始形成，地方政府开始由统治向治理转型，行业组织对公民社会的发育和地方民主的发展意义重大。这些研究者还认为，从行业组织与政府关系的发展趋势看，国家回缩和官办行业组织的民间化是大势所趋。
也有学者对我国行业组织的功能和作用进行了规范性研究。在其中，康晓光提出了八大职能论（代表、监督、沟通等）；中国工经联行业协会工作委员会课题组提出了三大职能论（为行业服务、为企业服务和为政府服务）；余晖提出了两大职能优势论（信息提供和协调行动）；贾西津对行业协会角色和功能进行了全面检讨。与行业组织本质属性所决定的职能相比较，这些学者较多强调了行业组织服务政府的功能，这在某种程度上也反映出我国行业组织的发展现状。而已有诸多经验性研究表明，我国行业组织在协助政府制定行业规划和行业政策、参与反倾销应诉、组织企业间交流、组织会展、组织培训、资格认证、劳资纠纷处理、企业和行业维权等方面发挥了重要作用。
毋庸讳言，众多研究同样表明，我国行业组织的职能发挥在总体上还不尽如人意。有学者揭示了行业组织功能发育不充分、功能异化等问题，也有学者指出行业组织可能会破坏公共性，侵占公共利益，甚至违反国家法律。在关于行业组织反倾销功能的诸多研究中，论者们也认为这些职能有待明确和发展。
诸多论者认为，我国现有的行业组织还远未成为企业和企业家的自治团体，这是其职能不明和职能低下的根本原因。行业组织性质界定不清导致它难以履行其组织目标，而多表现出依赖官方、治理结构不完善、资金不足、服务手段缺乏、职能缺失等问题。这些特征决定了我国行业组织还不可能像发达国家行业组织那样在公共事务管理中发挥强大功能。
至于行业组织性质不明的原因，论者一般认为，它们源自我国与西方迥然不同的国家与社会关系格局。我国历史上“强国家、弱社会”的传统权力格局影响深远，公有制产权结构下的资源占有和分配体系限制了社会组织的发展，政府对行业组织始终存在既鼓励又限制的矛盾态度，等等，都是行业组织性质模糊的根本原因。换言之，在一个自治的公民社会还没有形成的社会环境中，行业组织很难厘清与政府之间的复杂关系。我国行业组织主要由政府组建，这一生长机制就深刻地影响了它们之间的关系。比如，在早期，行业协会曾被当作政府冗员的一个出口，不少官员认为，要建设好行业协会，是因为“这样一来，无论我们的各级政府如何改革、如何精简人员，他们首先已经有了一个极好极理想的选择去处”。另外，政府也没有把行业管理作为社会自我管理的一种体制，而是作为政府部门管理中的一项职能，因而赋予行业协会较多的部门行政管理职能。这样，行业协会作为一种民间中介组织的独立地位不能得到完全确立，带有明显的官办色彩和行政性气息。定位不准、职能不明、体制不顺，直接影响了它在政府和企业之间充当桥梁和纽带作用的充分发挥。有些行业协会甚至被形容为“戴市场的帽子、拿政府的鞭子、坐行业的轿子、收企业的票子、供官员兼职的位子”的怪物。
如何走出商会发展的困境，改善商会与政府的关系？学者们普遍认为，政府一方面应该理顺管理体制，赋予行业组织更宽松的发展环境，另一方面则应通过完善立法、行政监督和司法救济等手段规制行业组织的权力越位。也有学者注意到行业组织自身能力不足是其功能得不到充分发挥的重要原因，因此，他们认为行业组织自身革新的意义同样重大，行业组织应完善法人治理结构，建立合理的管理和运行机制，加强内部管理，引入绩效评估。事实上，上述主张都已经有部分变成了现实，一些新的变革已然出现。
比如温州、上海与深圳都明确要求行业协会从人事、机构、财物和职能等方面与政府脱离，实现行业协会的真正“民间化”。各地还努力从管理体制上厘清政会关系：上海市创建了社团登记管理机关、行业协会发展署和业务主管单位的“三元”行政管理体制。《广东省行业协会条例》规定，行业协会设立申请人不必先经业务主管单位的许可，直接将必要的材料报送到登记管理机关，登记管理机关收到发起人的申请材料后征求政府相关工作部门的意见，再根据申请文件和部门意见在法定期限内对是否予以设立作出决定。这一规定根本性地改变了一般社会团体登记前（包括筹备申请）必须经业务主管单位初审同意的做法，而是将事前同意改为事后征求意见。而且，业务主管单位的意见仅具有参考意义而不起决定作用，是否同意设立的决定权在登记管理机关。广东省的这种做法实质上是将对行业协会的管理由双重管理体制转变为了“一元”管理体制。深圳市建立了“新二元”体制，成立了市政府直管的行业协会服务署，作为市政府培育、监管、规范、服务行业协会的过渡性工作部门，负责行业协会民间化的组织、协调和相关政策制定，对申请筹备行业协会出具意见，协助做好行业协会的监管等。
概而言之，与经济社会的大变革相伴随，我国行业组织获得了快速发展，其参与公共事务管理的作用日渐突出。这不仅为我们理解中国公共治理的转型提供了例证，也为我们理解中国公民社会的演进提供了例证。但是，以行业组织为代表的中国民间组织到底能在多大程度上参与公共事务管理？
民间组织是否具有参与公共事务管理的能力，以及如何形成和提高这种能力？在多元治理结构中，政府与民间组织的关系如何界定，它们之间又如何分工合作？这种合作是否具有可持续性？诸如此类的问题，需要我们通过深入研究予以回答。