由上可见，财政包干制的种种弊端，与发展市场经济的基本要求完全背道而驰，用国际通行的分税制财政体制取代财政包干体制，势在必行。为此，从1992年下半年起，在全国选择了部分地区进行了改革试点。试行中的分税制，既具备了一般分税制的某些因素，又保留着财政包干制的某些做法，其基本结构是将现有财政收入项目划分为中央财政固定收入、地方财政固定收入、中央与地方共享收入三大类。中央和地方共享收入包括产品税、增值税、营业税、工商统一税和资源税。对共享收入规定了两类分成比例，即一般地区实行中央和地方“五五”分成，少数民族地区“二八”分成。对试点地区，凡地方财政固定收入加上分享收入大于地方财政支出基数的部分，一律按5%的递增比例包干上解；凡地方财政固定收入加上分享收入小于地方财政支出基数的部分，由中央财政给予定额补助；对少数民族地区，给予适当照顾。从试点情况来看，这一方案还存在着某些不足之处，主要是共享税数额过大，中央、地方各自的主体税种不明确，中央财政的宏观调控能力未有明显增强。
为了促进社会主义市场经济的建立，国务院决定，加大分税制改革的力度，从1994年起，在全国全面推进分税制财政体制。
2．分税制财政体制
1993年12月，国务院发布了《关于实行分税制财政管理体制的决定》，决定从1994年1月1日开始，改革地方财政包干体制，对各省、自治区、直辖市以及计划单列市实行分税制财政管理体制。分税制财政体制改革的具体内容包括四个方面：
（1）根据中央政府与地方政府的事权划分支出范围。中央财政主要承担国家安全、外交和中央国家机关运转所需经费，调整国民经济结构，协调地区发展，实施宏观调控所必需的支出以及由中央直接管理的事业发展支出。具体包括：国防费，武警经费，外交和援外支出，中央级行政管理费，中央统管的基本建设投资，中央直属企业的技术改造和新产品试制费，地质勘探费，由中央财政安排的支农支出，由中央负担的国内外债务的还本付息支出，以及中央本级负担的公检法支出和文化、教育、卫生、科学等各项事业费支出。
地方财政主要承担本地区政权机关运转所需支出以及本地区经济、事业发展所需支出。具体包括：地方行政管理费，公检法支出，部分武警经费，民兵事业费，地方统筹的基本建设投资，地方企业的技术改造和新产品试制经费，支农支出，城市维护和建设经费，地方文化、教育、卫生等各项事业费，价格补贴支出以及其他支出。
（2）根据事权与财权相结合的原则，按税种划分中央与地方的收入。将维护国家权益、实施宏观调控所必需的税种划为中央税；将同经济发展直接相关的主要税种划为中央与地方共享税；将适合地方征管的税种划为地方税，并充实地方税税种，增加地方税收收入。具体划分如下：
中央固定收入包括：关税，海关代征消费税和增值税，消费税，中央企业所得税，地方银行和外资银行及非银行金融企业所得税，铁道部门、各银行总行、各保险总公司等集中交纳的收入（包括营业税、所得税、利润和城市维护建设税），中央企业上交利润等。
地方固定收入包括：营业税（不含铁道部门、各银行总行、各保险总公司集中交纳的营业税），地方企业所得税（不含上述地方银行和外资银行及非银行金融企业所得税），地方企业上交利润，个人所得税，城镇土地使用税，固定资产投资方向调节税，城市维护建设税（不含铁道部门、各银行总行、各保险总公司集中交纳的部分），房产税，车船使用税，印花税，屠宰税，农牧业税，对农业特产收入征收的农业税（简称农业特产税），耕地占用税，契税，遗产和赠与税，土地增值税，国有土地有偿使用收入等。
中央与地方共享收入包括：增值税、资源税、证券交易税。增值税中央分享75%，地方分享25%。资源税按不同的资源品种划分，大部分资源税作为地方收入，海洋石油资源税作为中央收入。证券交易税，中央与地方各分享50%。
在划分税种的同时，分设中央税务机构和地方税务机构，实行分别征税。
中央税种和共享税种由国税局负责征收，其中共享收入按比例分给地方；地方税种由地税局征收。
（3）中央财政对地方税收返还数额的确定。为了保持现有地方既得利益格局，逐步达到改革的目标，中央财政对地方税收返还数额以1993年为基期年核定。按照1993年地方实际收入以及税制改革和中央与地方收入划分情况，核定1993年中央从地方上划的收入数额（即消费税加75%的增值税减中央下划收入）。1993年中央净上划收入，全额返还地方，保证现有地方既得财力，并以此作为以后中央对地方税收返还基数。1994年以后，税收返还额在1993年基数上逐年递增，递增率按全国增值税和消费税的平均增长率的1：0.3系数确定。
（4）原体制中央补助、地方上解以及有关结算事项的处理。为顺利推行分税制改革，1994年实行分税制以后，原体制的分配格局暂时不变，过渡一段时间再逐步规范化。原体制中央对地方的补助继续按规定补助。原体制地方上解按不同体制类型执行：对实行递增上解的地区，按原规定继续递增上解；对实行定额上解的地区，按规定的上解额，继续定额上解；实行总额分成和原分税制试点地区，暂按递增上解办法，即按1993年实际上解数，并核定一个递增率，每年递增上解（从1995年开始，中央财政取消了对各地区体制上解的递增率，实行定额上解的办法）。此外，原来中央拨给地方的各项专款，该下拨的继续下拨。
分税制财政体制实施至今，尽管有一些局部的调整，比如把个人所得税和企业所得税改革为共享税，但分税制财政体制的总体框架自1994年以来就已经基本确立下来。
分税制财政体制改革起到了积极的效果，首先，它在对中央和地方事权进行相对合理分工的基础上，明确划分了中央和地方的财权，借鉴发达国家的成功经验，设置了中央税、地方税和共享税。其次，经过分税制改革，中央财政的积极性大大增强，中央本级收入从1993年的957.5亿猛增至1994年的2906.5亿，占全国财政收入的比例从22.0%跳跃至55.7%，之后这一比例一直维持在50%左右，2007年为54.1%，这使得中央可以有更多的资金用于调节地区间财力分配、促进均等化以及对整个宏观经济进行调控。与此同时，由于中央对地方采取了一系列复杂的转移支付制度，地方净财政收入（地方本级收入＋中央补助收入－地方上解支出）并没有出现下降，反而有所上升。1993年地方净财政收入3335.8亿，占全国财政收入的比例为76.7%，1994年地方净财政收入4130.6亿，占比79.2%，之后这一比例也一直维持在附近，2007年为79.6%。
但是分税制体制也存在着一些严重的问题。
（1）转移支付制度不规范。要顺利推进分税制改革，必须充分考虑到地方政府的积极性，为此，中央政府设计了一套复杂的转移支付制度来保证地方政府的既得利益。这一转移支付体系包括，税收返还、原体制补助或上解、专项补助与结算补助或上解。首先通过税收返还使得返还后的地方政府收入不低于1993年的地方本级收入水平，然后再按照原财政包干体制的一套制度，相对富裕的地方上解中央，相对贫困的地方得到中央的补助，中央还对地方进行专项补助和结算补助。
一方面，税收返还与原体制上解等转移支付形式都采取了基数法，从而保留了1988年实施财政包干制的某些特征。而当时的财政包干制是中央与地方一对一的谈判和讨价还价确定下来的，包含了很多的利益关系，但基本没有考虑各地区的收入能力和支出需要的客观差异。这种以基数法为基础的转移支付制度由于缺乏合理的客观标准来确定政府间的转移支付额度，势必造成地区间财力的不均等，甚至导致地区间的差异越来越大，比如税收返还制度就会导致税收收入越高的地方政府获得的税收返还也越多。
另一方面，税收返还等补助与原体制上解两类转移支付之间存在着资金的双向流动，这在实际操作中容易导致资金使用的低效率现象。
（2）导致县乡财政陷入困境。1994年分税制改革较为系统地划分了中央和省级政府间的财权与事权，但没有配套省以下各级政府间的财力分配框架。中央原本寄希望于通过逐步深化省以下体制改革，在动态中解决此问题。但由于省以下体制改革的深化一直未取得明显进展，财权划分模式与事权划分模式出现了两相背离格局。此外，我国的五级行政体制也对税收划分造成了困难。这些因素又进一步造成了县乡基层政府的财政困难。
实行分税制以来，我国各级政府在完善转移支付制度和缓解县乡财政困难方面进行了各种探索和尝试。
1995年，财政部颁布了《过渡期财政转移支付办法》，决定从中央增量收入中抽出一块资金专门用于对欠发达地区和少数民族地区的转移支付，其目的是逐渐调整地区之间的利益分配格局，最终实现地方政府提供基本公共服务的能力均等化。过渡期转移支付采用因素法计算转移支付额度，在对几十种因素进行回归分析的基础上确定“标准收入”与“标准支出”，并以两者的差距作为计算的依据确定客观因素转移支付额，同时为了体现民族政策，还辅之以“政策性转移支付”。此外，为了调动地方增加收入的积极性，还引进了激励机制。
1995年中央对地方的过渡期财政转移支付20.7亿，仅占当年全部转移支付（含税收返还）的0.8%。然而金额虽小，意义却十分重大，表明我国的财政转移支付制度开始摆脱传统的基数法，转而采用先进的因素法，同时也突破了过去一味保护地方既得利益的桎梏，朝以财力均等化为目标的方向迈进。过渡期财政转移支付的实行，是我国财政公共化改革进程的一件大事。
2001年12月，国务院发布了《关于印发所得税收入分享改革方案的通知》，决定从2002年开始在中央和地方之间实行个人所得税和企业所得税共享，共享比例2002年为各50%，2003年开始调整为中央60%，地方40%。
《通知》规定，中央因所得税收入分享改革增加的收入，采用规范的方法进行分配，全部用于对地方主要是中西部地区实行财政转移支付。根据《通知》的精神，财政部发布了《关于2002年一般性转移支付办法》，用“一般性转移支付”的概念取代了原来的“过渡期转移支付”的概念，这表明过渡期转移支付已经开始规范化管理，并获得了稳定增长的机制。2002年，一般性转移支付为279亿，是2001年138亿的2倍，之后一直保持快速增长，2007年达到2505亿，占全部转移支付（含税收返还）的比例达到13.8%。
除了一般性转移支付，中央政府还开始探索各种新型的财力性转移支付：
（1）民族地区转移支付。从2000年开始，为配合西部大开发，并贯彻民族区域自治法有关规定，对少数民族地区专门实施民族地区转移支付。民族地区转移支付资金有两项来源：一是预算安排，即中央财政在2000年安排的少数民族转移支付资金10亿元的基础上，每年按中央增值税增幅递增；二是增值税增量返还，即将民族地区上缴中央的增值税每年增长部分的80%转移给民族地区。其中，增值税增量返还的一半与来源地增值税收入挂钩，直接留给地方，以调动地方增收积极性；增量返还的另一半，连同预算安排的资金，根据各种客观因素进行分配。2007年中央实施的民族地区转移支付为172.7亿元。
（2）调整工资转移支付。1999年、2001年、2003年和2006年中央多次出台调整工资政策。考虑到地区之间财政状况相差较大，各地对因调资增加支出的承受能力不一，中央决定对老工业基地和中西部地区实施调整工资转移支付。调整工资转移支付根据政策要求和地方的承受能力测算实施，2007年调整工资转移支付的资金为2234亿元。
（3）农村税费改革转移支付。我国从2000年开始推行农村税费改革试点，2004年起取消除烟叶外的农业特产税，并逐步免征农业税，到2006年全面取消农业税。对由此减少的地方财政收入，沿海发达地区原则上自行消化，粮食主产区和中西部地区由中央财政适当给予补助。2007年中央财政安排农村税费改革转移支付为759.3亿元。